ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49985

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.017, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.017, 0.029, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.029 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.020, 0.038, 0.056, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.026, 0.050, 0.075, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.050 std_dev=0.025
O6 A 0, 0.032, 0.059, 0.085, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.059 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.031, 0.060, 0.089, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.060 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.038, 0.073, 0.109, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.073 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.088, 0.224, 0.361, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.224 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.096, 0.237, 0.377, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.237 std_dev=0.141
O2' A 0, 0.108, 0.270, 0.432, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.270 std_dev=0.162
C5 B 0, 0.140, 0.353, 0.566, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.353 std_dev=0.213
C4' A 0, 0.147, 0.361, 0.576, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.361 std_dev=0.215
N7 B 0, 0.229, 0.445, 0.661, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.445 std_dev=0.216
C3' A 0, 0.171, 0.390, 0.608, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.390 std_dev=0.218
C6 B 0, 0.105, 0.332, 0.559, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.332 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.178, 0.408, 0.638, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.408 std_dev=0.230
O6 B 0, 0.165, 0.397, 0.628, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.397 std_dev=0.232
C8 B 0, 0.256, 0.489, 0.722, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.489 std_dev=0.233
N9 B 0, 0.234, 0.475, 0.716, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.475 std_dev=0.241
P B 0, 0.223, 0.465, 0.707, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.465 std_dev=0.242
N1 B 0, 0.142, 0.390, 0.638, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.390 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.233, 0.490, 0.747, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.490 std_dev=0.257
N3 B 0, 0.207, 0.487, 0.766, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.487 std_dev=0.280
C2 B 0, 0.190, 0.478, 0.767, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.478 std_dev=0.289
OP1 B 0, 0.263, 0.552, 0.842, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.552 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.163, 0.468, 0.774, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.468 std_dev=0.305
C1' B 0, 0.292, 0.611, 0.929, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.611 std_dev=0.318
O3' A 0, 0.288, 0.610, 0.933, 1.296 max_d=1.296 avg_d=0.610 std_dev=0.322
C5' A 0, 0.201, 0.537, 0.874, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.537 std_dev=0.337
O5' A 0, 0.147, 0.488, 0.830, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.488 std_dev=0.342
OP2 B 0, 0.096, 0.439, 0.782, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.439 std_dev=0.343
N2 B 0, 0.258, 0.616, 0.974, 1.380 max_d=1.380 avg_d=0.616 std_dev=0.358
P A 0, 0.116, 0.512, 0.908, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.512 std_dev=0.396
O5' B 0, 0.337, 0.785, 1.232, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.785 std_dev=0.448
C4' B 0, 0.516, 0.985, 1.455, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.985 std_dev=0.470
OP1 A 0, 0.200, 0.699, 1.198, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.699 std_dev=0.499
C5' B 0, 0.520, 1.027, 1.535, 1.599 max_d=1.599 avg_d=1.027 std_dev=0.507
C2' B 0, 0.744, 1.323, 1.902, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.323 std_dev=0.579
C3' B 0, 0.732, 1.343, 1.954, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.343 std_dev=0.611
O2' B 0, 1.026, 1.803, 2.580, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.803 std_dev=0.777
O3' B 0, 1.081, 1.961, 2.841, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.961 std_dev=0.880

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.11 0.06
C2 0.03 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.10 0.07 0.09 0.02 0.11 0.21 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.08 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06 0.04
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.11 0.05 0.08 0.06 0.09 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.11 0.08 0.06
C4 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.04 0.04 0.09 0.02 0.11 0.20 0.14
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.05 0.03 0.05 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.10 0.01 0.15 0.24 0.17
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.09 0.07 0.01 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.04 0.11 0.01 0.16 0.25 0.18
C8 0.01 0.01 0.05 0.11 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.13 0.04 0.09 0.02 0.13 0.21 0.13
N1 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.07 0.06 0.10 0.01 0.14 0.24 0.17
N2 0.03 0.00 0.12 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.14 0.08 0.09 0.01 0.11 0.21 0.14
N3 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.10 0.06 0.08 0.02 0.10 0.19 0.13
N7 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.03 0.11 0.01 0.17 0.25 0.17
N9 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.17 0.11
O2' 0.01 0.14 0.01 0.02 0.07 0.05 0.05 0.05 0.08 0.04 0.12 0.17 0.13 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.05 0.07 0.11 0.07 0.06
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.05 0.13 0.07 0.14 0.10 0.12 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.06 0.17 0.14 0.11
O4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.10 0.05
O5' 0.04 0.09 0.03 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.11 0.09 0.10 0.09 0.08 0.11 0.07 0.05 0.08 0.04 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.04 0.12 0.00 0.19 0.27 0.20
OP1 0.05 0.11 0.09 0.11 0.11 0.08 0.15 0.07 0.16 0.13 0.14 0.11 0.10 0.17 0.09 0.11 0.17 0.04 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.21 0.06 0.08 0.20 0.03 0.24 0.01 0.25 0.21 0.24 0.21 0.19 0.25 0.17 0.07 0.14 0.10 0.02 0.27 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.15 0.04 0.06 0.14 0.02 0.17 0.02 0.18 0.13 0.17 0.14 0.13 0.17 0.11 0.06 0.11 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.17 0.19 0.16 0.18 0.08 0.29 0.11 0.41 0.16 0.16 0.17 0.24 0.15 0.17 0.11 0.22 0.34 0.19 0.27 0.20 0.05 0.07 0.06
C2 0.28 0.09 0.39 0.23 0.14 0.22 0.11 0.29 0.11 0.20 0.13 0.18 0.12 0.16 0.21 0.49 0.35 0.20 0.27 0.15 0.07 0.12 0.06
C2' 0.19 0.22 0.17 0.17 0.16 0.26 0.18 0.42 0.20 0.20 0.21 0.24 0.19 0.20 0.16 0.23 0.29 0.14 0.29 0.23 0.08 0.09 0.10
C3' 0.18 0.19 0.16 0.07 0.17 0.08 0.20 0.21 0.20 0.25 0.19 0.20 0.17 0.25 0.18 0.14 0.10 0.15 0.15 0.23 0.06 0.05 0.01
C4 0.20 0.13 0.21 0.20 0.08 0.24 0.08 0.32 0.11 0.18 0.14 0.19 0.09 0.15 0.15 0.25 0.30 0.22 0.32 0.17 0.06 0.13 0.09
C4' 0.17 0.17 0.16 0.08 0.14 0.13 0.20 0.24 0.21 0.25 0.18 0.21 0.15 0.27 0.17 0.15 0.14 0.14 0.09 0.25 0.18 0.11 0.06
C5 0.19 0.08 0.21 0.25 0.12 0.24 0.11 0.29 0.09 0.19 0.08 0.13 0.10 0.17 0.17 0.17 0.26 0.24 0.36 0.16 0.10 0.18 0.14
C5' 0.16 0.15 0.18 0.12 0.15 0.08 0.21 0.10 0.21 0.26 0.17 0.17 0.14 0.29 0.17 0.14 0.13 0.15 0.08 0.27 0.29 0.19 0.13
C6 0.22 0.09 0.28 0.29 0.16 0.22 0.15 0.27 0.12 0.20 0.05 0.12 0.15 0.18 0.19 0.22 0.26 0.24 0.35 0.17 0.10 0.18 0.13
C8 0.17 0.12 0.21 0.24 0.08 0.27 0.06 0.34 0.11 0.16 0.12 0.15 0.11 0.14 0.13 0.20 0.28 0.25 0.40 0.18 0.15 0.24 0.21
N1 0.25 0.07 0.37 0.27 0.16 0.21 0.13 0.27 0.12 0.19 0.09 0.12 0.15 0.16 0.20 0.37 0.30 0.22 0.31 0.17 0.07 0.14 0.08
N2 0.32 0.10 0.49 0.24 0.15 0.22 0.12 0.29 0.11 0.21 0.14 0.19 0.13 0.16 0.23 0.66 0.40 0.20 0.25 0.15 0.12 0.12 0.08
N3 0.25 0.14 0.30 0.19 0.10 0.23 0.10 0.32 0.12 0.20 0.15 0.22 0.10 0.16 0.19 0.44 0.35 0.19 0.27 0.16 0.07 0.10 0.05
N7 0.18 0.09 0.19 0.26 0.12 0.25 0.11 0.31 0.08 0.20 0.09 0.12 0.11 0.18 0.17 0.21 0.26 0.25 0.41 0.16 0.16 0.25 0.21
N9 0.16 0.15 0.15 0.19 0.05 0.27 0.08 0.36 0.14 0.15 0.16 0.20 0.12 0.14 0.11 0.17 0.30 0.22 0.34 0.19 0.07 0.14 0.12
O2' 0.27 0.26 0.24 0.27 0.20 0.36 0.20 0.54 0.21 0.22 0.24 0.30 0.24 0.21 0.21 0.41 0.42 0.20 0.26 0.22 0.12 0.08 0.10
O3' 0.22 0.21 0.21 0.10 0.20 0.12 0.20 0.19 0.20 0.25 0.20 0.22 0.20 0.24 0.21 0.15 0.14 0.27 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01
O4' 0.16 0.17 0.14 0.12 0.10 0.22 0.16 0.32 0.18 0.20 0.17 0.22 0.14 0.23 0.13 0.17 0.24 0.14 0.18 0.24 0.13 0.09 0.02
O5' 0.10 0.13 0.16 0.21 0.12 0.10 0.19 0.09 0.20 0.22 0.15 0.14 0.10 0.27 0.13 0.18 0.21 0.12 0.18 0.26 0.26 0.22 0.15
O6 0.22 0.15 0.28 0.32 0.19 0.23 0.19 0.26 0.16 0.21 0.11 0.16 0.18 0.21 0.20 0.19 0.24 0.25 0.37 0.20 0.12 0.20 0.15
OP1 0.17 0.16 0.29 0.30 0.18 0.22 0.24 0.21 0.24 0.25 0.19 0.15 0.16 0.30 0.19 0.35 0.37 0.21 0.24 0.31 0.40 0.29 0.23
OP2 0.08 0.14 0.22 0.27 0.11 0.15 0.16 0.16 0.20 0.11 0.17 0.14 0.12 0.18 0.09 0.37 0.27 0.13 0.23 0.27 0.32 0.22 0.19
P 0.10 0.10 0.21 0.24 0.11 0.13 0.17 0.12 0.19 0.18 0.14 0.11 0.09 0.24 0.11 0.29 0.26 0.13 0.19 0.26 0.33 0.22 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.01 0.22 0.05 0.11 0.24 0.11
C2 0.02 0.00 0.27 0.19 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.25 0.22 0.27 0.04 0.12 0.23 0.13
C2' 0.01 0.27 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.19 0.11 0.16 0.20 0.33 0.26 0.10 0.02 0.01 0.03 0.01 0.51 0.08 0.52 0.40 0.41
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.22 0.00 0.30 0.01 0.31 0.31 0.25 0.16 0.15 0.34 0.20 0.01 0.01 0.02 0.23 0.34 0.30 0.15 0.11
C4 0.02 0.00 0.13 0.22 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.14 0.12 0.24 0.03 0.07 0.23 0.10
C4' 0.00 0.10 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.09 0.23 0.05 0.15 0.11 0.21 0.09 0.24 0.04 0.00 0.01 0.13 0.12 0.25 0.06
C5 0.02 0.01 0.06 0.30 0.01 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.27 0.07 0.05 0.23 0.03 0.08 0.22 0.09
C5' 0.06 0.13 0.19 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.14 0.25 0.10 0.18 0.14 0.25 0.09 0.06 0.16 0.01 0.01 0.18 0.19 0.27 0.01
C6 0.03 0.02 0.11 0.31 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.24 0.08 0.10 0.24 0.02 0.10 0.21 0.10
C8 0.01 0.01 0.16 0.31 0.01 0.23 0.01 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.40 0.15 0.13 0.20 0.03 0.07 0.23 0.11
N1 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.17 0.26 0.03 0.09 0.22 0.11
N2 0.03 0.01 0.33 0.16 0.01 0.15 0.01 0.18 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.33 0.26 0.28 0.05 0.14 0.24 0.15
N3 0.02 0.01 0.26 0.15 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.29 0.22 0.27 0.03 0.12 0.24 0.13
N7 0.01 0.00 0.10 0.34 0.01 0.21 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.18 0.07 0.21 0.03 0.12 0.22 0.12
N9 0.00 0.01 0.02 0.20 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.09 0.01 0.21 0.04 0.06 0.24 0.09
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.12 0.24 0.27 0.06 0.24 0.40 0.10 0.23 0.12 0.41 0.20 0.00 0.05 0.19 0.32 0.31 0.37 0.44 0.30
O3' 0.30 0.25 0.03 0.01 0.14 0.04 0.07 0.16 0.08 0.15 0.14 0.33 0.29 0.18 0.09 0.05 0.00 0.22 0.19 0.12 0.30 0.26 0.17
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.00 0.05 0.01 0.10 0.13 0.17 0.26 0.22 0.07 0.01 0.19 0.22 0.00 0.03 0.08 0.09 0.29 0.17
O5' 0.22 0.27 0.51 0.23 0.24 0.01 0.23 0.01 0.24 0.20 0.26 0.28 0.27 0.21 0.21 0.32 0.19 0.03 0.00 0.23 0.02 0.02 0.01
O6 0.05 0.04 0.08 0.34 0.03 0.13 0.03 0.18 0.02 0.03 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04 0.31 0.12 0.08 0.23 0.00 0.13 0.20 0.11
OP1 0.11 0.12 0.52 0.30 0.07 0.12 0.08 0.19 0.10 0.07 0.09 0.14 0.12 0.12 0.06 0.37 0.30 0.09 0.02 0.13 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.23 0.40 0.15 0.23 0.25 0.22 0.27 0.21 0.23 0.22 0.24 0.24 0.22 0.24 0.44 0.26 0.29 0.02 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.41 0.11 0.10 0.06 0.09 0.01 0.10 0.11 0.11 0.15 0.13 0.12 0.09 0.30 0.17 0.17 0.01 0.11 0.01 0.00 0.00