ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49988

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 1, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.014, 0.037, 0.059, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C5 A 0, 0.012, 0.038, 0.063, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.019, 0.044, 0.070, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.010, 0.037, 0.063, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.018, 0.044, 0.071, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.044 std_dev=0.026
C4 A 0, 0.020, 0.048, 0.077, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.048 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.016, 0.048, 0.080, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.048 std_dev=0.032
O6 A 0, 0.029, 0.078, 0.126, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.078 std_dev=0.048
N7 A 0, 0.015, 0.069, 0.123, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.069 std_dev=0.054
C8 A 0, 0.017, 0.080, 0.143, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.080 std_dev=0.063
N2 A 0, 0.012, 0.081, 0.149, 0.231 max_d=0.231 avg_d=0.081 std_dev=0.069
C4 B 0, 0.156, 0.402, 0.649, 0.835 max_d=0.835 avg_d=0.402 std_dev=0.247
N9 B 0, 0.188, 0.437, 0.685, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.437 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.231, 0.481, 0.731, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.481 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.167, 0.451, 0.735, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.451 std_dev=0.284
C2' A 0, 0.054, 0.347, 0.641, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.347 std_dev=0.294
O4' A 0, 0.031, 0.333, 0.635, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.333 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.182, 0.507, 0.831, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.507 std_dev=0.324
C2' B 0, 0.290, 0.616, 0.942, 1.250 max_d=1.250 avg_d=0.616 std_dev=0.326
C8 B 0, 0.231, 0.564, 0.897, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.564 std_dev=0.333
O2' B 0, 0.336, 0.677, 1.019, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.677 std_dev=0.342
N7 B 0, 0.227, 0.574, 0.920, 1.192 max_d=1.192 avg_d=0.574 std_dev=0.346
O4' B 0, 0.190, 0.544, 0.897, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.544 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.169, 0.650, 1.131, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.650 std_dev=0.481
C2 B 0, 0.122, 0.606, 1.091, 1.891 max_d=1.891 avg_d=0.606 std_dev=0.485
C4' B 0, 0.160, 0.664, 1.168, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.664 std_dev=0.504
C3' B 0, 0.238, 0.757, 1.276, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.757 std_dev=0.519
N1 B 0, 0.117, 0.685, 1.253, 2.179 max_d=2.179 avg_d=0.685 std_dev=0.568
O2' A 0, 0.040, 0.618, 1.196, 1.791 max_d=1.791 avg_d=0.618 std_dev=0.578
C4' A 0, -0.018, 0.564, 1.147, 2.124 max_d=2.124 avg_d=0.564 std_dev=0.583
O6 B 0, 0.224, 0.812, 1.401, 2.141 max_d=2.141 avg_d=0.812 std_dev=0.588
C3' A 0, -0.004, 0.636, 1.276, 2.270 max_d=2.270 avg_d=0.636 std_dev=0.640
O3' B 0, 0.317, 0.958, 1.599, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.958 std_dev=0.641
N2 B 0, 0.141, 0.783, 1.424, 2.426 max_d=2.426 avg_d=0.783 std_dev=0.642
C5' B 0, 0.204, 0.859, 1.514, 2.494 max_d=2.494 avg_d=0.859 std_dev=0.655
C5' A 0, 0.024, 0.762, 1.500, 2.754 max_d=2.754 avg_d=0.762 std_dev=0.738
O5' B 0, 0.244, 1.001, 1.759, 2.536 max_d=2.536 avg_d=1.001 std_dev=0.758
P B 0, 0.153, 1.092, 2.031, 3.226 max_d=3.226 avg_d=1.092 std_dev=0.939
O5' A 0, 1.023, 2.045, 3.068, 3.576 max_d=3.576 avg_d=2.045 std_dev=1.023
O3' A 0, 0.032, 1.091, 2.149, 3.562 max_d=3.562 avg_d=1.091 std_dev=1.059
P A 0, 1.261, 2.517, 3.773, 4.175 max_d=4.175 avg_d=2.517 std_dev=1.256
OP1 B 0, 0.113, 1.384, 2.656, 4.439 max_d=4.439 avg_d=1.384 std_dev=1.272
OP2 B 0, 0.061, 1.434, 2.807, 4.182 max_d=4.182 avg_d=1.434 std_dev=1.373
OP1 A 0, 0.581, 2.038, 3.495, 4.596 max_d=4.596 avg_d=2.038 std_dev=1.457
OP2 A 0, 1.897, 3.783, 5.668, 5.698 max_d=5.698 avg_d=3.783 std_dev=1.885

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.11 0.07 0.02 0.01 0.02 0.23 0.01 0.33 0.02 0.48 0.50 0.32
C2 0.08 0.00 0.28 0.34 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.37 0.19 0.09 0.52 0.02 1.17 0.71 0.65
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.15 0.03 0.11 0.15 0.16 0.12 0.23 0.35 0.27 0.10 0.04 0.01 0.02 0.02 0.40 0.15 0.68 0.54 0.43
C3' 0.02 0.34 0.01 0.00 0.30 0.01 0.34 0.02 0.37 0.26 0.37 0.35 0.30 0.32 0.22 0.01 0.01 0.03 0.34 0.38 0.62 0.34 0.37
C4 0.03 0.01 0.15 0.30 0.00 0.10 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.29 0.11 0.05 0.56 0.01 1.06 0.76 0.63
C4' 0.01 0.12 0.03 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.14 0.12 0.15 0.11 0.15 0.09 0.29 0.04 0.00 0.02 0.15 0.28 0.25 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.34 0.01 0.13 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.17 0.05 0.71 0.02 1.31 0.98 0.82
C5' 0.06 0.16 0.15 0.02 0.14 0.01 0.19 0.00 0.20 0.19 0.18 0.17 0.14 0.22 0.12 0.15 0.19 0.02 0.01 0.23 0.33 0.36 0.02
C6 0.02 0.02 0.16 0.37 0.00 0.13 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.38 0.19 0.06 0.74 0.01 1.44 1.03 0.89
C8 0.02 0.03 0.12 0.26 0.02 0.14 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.23 0.16 0.07 0.71 0.04 1.02 0.98 0.72
N1 0.05 0.01 0.23 0.37 0.01 0.12 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.18 0.08 0.64 0.01 1.36 0.88 0.79
N2 0.11 0.01 0.35 0.35 0.03 0.15 0.02 0.17 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.39 0.25 0.13 0.45 0.02 1.13 0.62 0.59
N3 0.07 0.01 0.27 0.30 0.01 0.11 0.01 0.14 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.32 0.19 0.09 0.46 0.01 1.01 0.62 0.55
N7 0.02 0.02 0.10 0.32 0.01 0.15 0.00 0.22 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.30 0.21 0.06 0.79 0.04 1.31 1.12 0.88
N9 0.01 0.03 0.04 0.22 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.19 0.07 0.01 0.53 0.03 0.84 0.73 0.54
O2' 0.02 0.37 0.01 0.01 0.29 0.29 0.33 0.15 0.38 0.23 0.40 0.39 0.32 0.30 0.19 0.00 0.07 0.21 0.25 0.40 0.53 0.41 0.26
O3' 0.23 0.19 0.02 0.01 0.11 0.04 0.17 0.19 0.19 0.16 0.18 0.25 0.19 0.21 0.07 0.07 0.00 0.16 0.48 0.23 0.74 0.63 0.56
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.08 0.13 0.09 0.06 0.01 0.21 0.16 0.00 0.28 0.08 0.24 0.49 0.28
O5' 0.33 0.52 0.40 0.34 0.56 0.02 0.71 0.01 0.74 0.71 0.64 0.45 0.46 0.79 0.53 0.25 0.48 0.28 0.00 0.82 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.15 0.38 0.01 0.15 0.02 0.23 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.40 0.23 0.08 0.82 0.00 1.58 1.16 1.00
OP1 0.48 1.17 0.68 0.62 1.06 0.28 1.31 0.33 1.44 1.02 1.36 1.13 1.01 1.31 0.84 0.53 0.74 0.24 0.03 1.58 0.00 0.02 0.01
OP2 0.50 0.71 0.54 0.34 0.76 0.25 0.98 0.36 1.03 0.98 0.88 0.62 0.62 1.12 0.73 0.41 0.63 0.49 0.02 1.16 0.02 0.00 0.01
P 0.32 0.65 0.43 0.37 0.63 0.07 0.82 0.02 0.89 0.72 0.79 0.59 0.55 0.88 0.54 0.26 0.56 0.28 0.01 1.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.27 0.21 0.29 0.42 0.11 0.38 0.07 0.49 0.16 0.25 0.21 0.27 0.19 0.18 0.19 0.28 0.45 0.34 0.47 0.23 0.35 0.30 0.32
C2 0.27 0.36 0.26 0.27 0.15 0.28 0.23 0.32 0.32 0.36 0.38 0.43 0.24 0.32 0.23 0.29 0.26 0.30 0.34 0.36 0.44 0.54 0.25
C2' 0.42 0.39 0.42 0.49 0.32 0.47 0.24 0.52 0.27 0.21 0.34 0.43 0.40 0.19 0.31 0.48 0.54 0.47 0.55 0.27 0.38 0.27 0.33
C3' 0.54 0.62 0.55 0.62 0.59 0.52 0.60 0.55 0.62 0.55 0.63 0.63 0.60 0.58 0.55 0.55 0.67 0.53 0.68 0.64 0.16 0.56 0.71
C4 0.26 0.29 0.25 0.33 0.15 0.31 0.18 0.38 0.27 0.35 0.31 0.35 0.21 0.30 0.22 0.24 0.34 0.30 0.40 0.33 0.49 0.58 0.29
C4' 0.41 0.44 0.45 0.57 0.40 0.50 0.41 0.60 0.45 0.38 0.45 0.45 0.42 0.39 0.39 0.46 0.65 0.45 0.66 0.48 0.33 0.67 0.78
C5 0.27 0.31 0.25 0.33 0.19 0.29 0.22 0.34 0.31 0.34 0.35 0.37 0.23 0.31 0.24 0.25 0.34 0.30 0.42 0.39 0.58 0.76 0.37
C5' 0.48 0.54 0.52 0.63 0.50 0.55 0.53 0.63 0.57 0.49 0.57 0.55 0.51 0.52 0.48 0.52 0.72 0.50 0.70 0.61 0.55 0.89 0.88
C6 0.27 0.36 0.25 0.29 0.21 0.27 0.25 0.30 0.36 0.34 0.41 0.42 0.25 0.33 0.25 0.27 0.30 0.29 0.41 0.45 0.58 0.81 0.38
C8 0.27 0.26 0.27 0.38 0.17 0.32 0.18 0.39 0.26 0.31 0.29 0.32 0.21 0.26 0.23 0.25 0.42 0.31 0.43 0.33 0.57 0.69 0.36
N1 0.27 0.39 0.26 0.27 0.19 0.26 0.26 0.29 0.38 0.34 0.44 0.46 0.26 0.32 0.24 0.29 0.26 0.28 0.36 0.44 0.50 0.69 0.32
N2 0.29 0.39 0.29 0.28 0.17 0.30 0.24 0.31 0.33 0.34 0.40 0.48 0.26 0.30 0.24 0.35 0.27 0.31 0.31 0.35 0.39 0.45 0.23
N3 0.27 0.30 0.25 0.31 0.12 0.31 0.18 0.38 0.26 0.37 0.31 0.36 0.21 0.30 0.22 0.26 0.30 0.31 0.37 0.31 0.42 0.46 0.23
N7 0.27 0.29 0.27 0.36 0.20 0.30 0.22 0.36 0.30 0.33 0.33 0.35 0.22 0.30 0.25 0.25 0.40 0.30 0.44 0.38 0.63 0.82 0.41
N9 0.26 0.25 0.27 0.37 0.14 0.33 0.14 0.42 0.23 0.31 0.27 0.31 0.20 0.24 0.21 0.25 0.40 0.31 0.42 0.29 0.47 0.52 0.29
O2' 0.45 0.54 0.48 0.54 0.56 0.38 0.62 0.46 0.62 0.68 0.58 0.53 0.53 0.70 0.56 0.36 0.52 0.40 0.65 0.64 0.60 0.53 0.39
O3' 0.49 0.53 0.54 0.68 0.53 0.55 0.57 0.66 0.58 0.56 0.56 0.52 0.51 0.59 0.52 0.51 0.75 0.51 0.83 0.62 0.69 0.64 1.05
O4' 0.28 0.25 0.29 0.43 0.17 0.39 0.17 0.52 0.25 0.20 0.27 0.30 0.22 0.17 0.19 0.29 0.49 0.34 0.51 0.32 0.14 0.54 0.55
O5' 0.48 0.81 0.55 0.65 0.68 0.54 0.78 0.62 0.91 0.56 0.90 0.82 0.70 0.71 0.56 0.52 0.76 0.47 0.71 0.99 0.75 0.93 0.82
O6 0.27 0.37 0.26 0.30 0.23 0.27 0.27 0.29 0.38 0.33 0.43 0.44 0.26 0.32 0.26 0.28 0.31 0.29 0.43 0.49 0.62 0.91 0.44
OP1 1.19 1.61 1.22 1.16 1.47 1.02 1.58 0.96 1.72 1.34 1.72 1.63 1.48 1.51 1.32 1.14 1.13 1.07 1.09 1.82 1.12 1.34 1.12
OP2 0.41 0.76 0.60 0.77 0.62 0.57 0.75 0.68 0.91 0.55 0.89 0.77 0.62 0.71 0.50 0.56 0.99 0.37 0.69 1.05 1.11 0.89 0.77
P 0.62 0.96 0.72 0.79 0.83 0.64 0.94 0.68 1.08 0.73 1.07 0.98 0.85 0.88 0.71 0.66 0.89 0.57 0.79 1.18 0.92 1.06 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.14 0.04 0.23 0.31 0.21
C2 0.05 0.00 0.21 0.20 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.28 0.26 0.04 0.29 0.03 0.52 0.69 0.40
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.10 0.02 0.06 0.03 0.10 0.12 0.16 0.26 0.21 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.18 0.09 0.35 0.32 0.24
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.12 0.01 0.15 0.03 0.16 0.23 0.17 0.25 0.19 0.22 0.10 0.02 0.01 0.02 0.25 0.18 0.46 0.34 0.31
C4 0.03 0.01 0.10 0.12 0.00 0.04 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.14 0.03 0.30 0.02 0.52 0.66 0.40
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.16 0.05 0.10 0.07 0.15 0.06 0.09 0.04 0.01 0.03 0.12 0.26 0.22 0.08
C5 0.02 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.19 0.04 0.40 0.02 0.66 0.87 0.52
C5' 0.04 0.09 0.03 0.03 0.12 0.01 0.20 0.00 0.20 0.24 0.14 0.07 0.07 0.26 0.12 0.08 0.04 0.02 0.02 0.24 0.27 0.36 0.02
C6 0.03 0.01 0.10 0.16 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.21 0.05 0.41 0.01 0.71 0.94 0.54
C8 0.03 0.01 0.12 0.23 0.01 0.16 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.27 0.04 0.42 0.04 0.60 0.75 0.50
N1 0.04 0.01 0.16 0.17 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.22 0.22 0.04 0.35 0.03 0.63 0.84 0.48
N2 0.06 0.01 0.26 0.25 0.01 0.10 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.35 0.34 0.04 0.26 0.05 0.48 0.64 0.36
N3 0.05 0.00 0.21 0.19 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.23 0.04 0.25 0.02 0.44 0.58 0.34
N7 0.02 0.02 0.09 0.22 0.01 0.15 0.00 0.26 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.28 0.04 0.47 0.04 0.73 0.95 0.59
N9 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.11 0.02 0.28 0.03 0.44 0.55 0.36
O2' 0.03 0.28 0.01 0.02 0.13 0.09 0.09 0.08 0.14 0.10 0.22 0.35 0.26 0.07 0.03 0.00 0.07 0.09 0.12 0.12 0.40 0.29 0.22
O3' 0.03 0.26 0.03 0.01 0.14 0.04 0.19 0.04 0.21 0.27 0.22 0.34 0.23 0.28 0.11 0.07 0.00 0.03 0.26 0.24 0.71 0.52 0.44
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.09 0.03 0.00 0.14 0.06 0.12 0.25 0.19
O5' 0.14 0.29 0.18 0.25 0.30 0.03 0.40 0.02 0.41 0.42 0.35 0.26 0.25 0.47 0.28 0.12 0.26 0.14 0.00 0.46 0.02 0.03 0.01
O6 0.04 0.03 0.09 0.18 0.02 0.12 0.02 0.24 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.12 0.24 0.06 0.46 0.00 0.80 1.05 0.61
OP1 0.23 0.52 0.35 0.46 0.52 0.26 0.66 0.27 0.71 0.60 0.63 0.48 0.44 0.73 0.44 0.40 0.71 0.12 0.02 0.80 0.00 0.03 0.01
OP2 0.31 0.69 0.32 0.34 0.66 0.22 0.87 0.36 0.94 0.75 0.84 0.64 0.58 0.95 0.55 0.29 0.52 0.25 0.03 1.05 0.03 0.00 0.02
P 0.21 0.40 0.24 0.31 0.40 0.08 0.52 0.02 0.54 0.50 0.48 0.36 0.34 0.59 0.36 0.22 0.44 0.19 0.01 0.61 0.01 0.02 0.00