ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49989

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.027 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.018, 0.047, 0.076, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.047 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.023, 0.056, 0.090, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.056 std_dev=0.033
C8 A 0, 0.028, 0.067, 0.106, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.067 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.034, 0.074, 0.114, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.074 std_dev=0.040
C2' A 0, 0.046, 0.118, 0.189, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.118 std_dev=0.071
C4' A 0, 0.039, 0.152, 0.264, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.152 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.061, 0.183, 0.304, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.183 std_dev=0.122
O2' A 0, 0.077, 0.205, 0.333, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.205 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.074, 0.234, 0.393, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.234 std_dev=0.160
C5' A 0, 0.062, 0.232, 0.403, 0.532 max_d=0.532 avg_d=0.232 std_dev=0.171
O5' B 0, 0.163, 0.369, 0.574, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.369 std_dev=0.206
O3' A 0, 0.086, 0.292, 0.498, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.292 std_dev=0.206
C4' B 0, 0.195, 0.434, 0.673, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.434 std_dev=0.239
N9 B 0, 0.200, 0.445, 0.690, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.445 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.183, 0.438, 0.692, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.438 std_dev=0.255
P B 0, 0.148, 0.411, 0.674, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.411 std_dev=0.263
C1' B 0, 0.209, 0.477, 0.745, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.477 std_dev=0.268
C8 B 0, 0.196, 0.470, 0.745, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.470 std_dev=0.275
C2' B 0, 0.202, 0.488, 0.774, 0.838 max_d=0.838 avg_d=0.488 std_dev=0.286
C4 B 0, 0.225, 0.514, 0.803, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.514 std_dev=0.289
O4' B 0, 0.151, 0.440, 0.729, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.440 std_dev=0.289
C5 B 0, 0.220, 0.513, 0.807, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.513 std_dev=0.294
P A 0, 0.102, 0.406, 0.710, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.406 std_dev=0.304
N7 B 0, 0.232, 0.541, 0.850, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.541 std_dev=0.309
OP2 B 0, 0.145, 0.466, 0.786, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.466 std_dev=0.320
C6 B 0, 0.220, 0.572, 0.924, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.572 std_dev=0.352
OP1 B 0, 0.215, 0.569, 0.924, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.569 std_dev=0.355
C5' B 0, 0.071, 0.445, 0.819, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.445 std_dev=0.374
OP1 A 0, 0.126, 0.512, 0.897, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.512 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.255, 0.643, 1.031, 1.146 max_d=1.146 avg_d=0.643 std_dev=0.388
OP2 A 0, 0.092, 0.483, 0.874, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.483 std_dev=0.391
O6 B 0, 0.223, 0.623, 1.023, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.623 std_dev=0.400
N1 B 0, 0.242, 0.652, 1.062, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.652 std_dev=0.410
C2 B 0, 0.266, 0.710, 1.155, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.710 std_dev=0.445
O3' B 0, 0.212, 0.676, 1.139, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.676 std_dev=0.463
O2' B 0, 0.255, 0.737, 1.219, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.737 std_dev=0.482
N2 B 0, 0.307, 0.890, 1.474, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.890 std_dev=0.584

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.17 0.12
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.23 0.17
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.06 0.06 0.11 0.10 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.09 0.04 0.02 0.02 0.01 0.09 0.10 0.15 0.07 0.06
C4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.10 0.01 0.10 0.22 0.17
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.05 0.06 0.03 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.02 0.13 0.01 0.14 0.26 0.21
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.11 0.08 0.03 0.04 0.12 0.06 0.05 0.02 0.02 0.01 0.12 0.11 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.14 0.00 0.16 0.27 0.22
C8 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.03 0.12 0.02 0.14 0.24 0.20
N1 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.13 0.01 0.13 0.25 0.20
N2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.10 0.02 0.09 0.02 0.09 0.22 0.16
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.07 0.01 0.08 0.01 0.08 0.21 0.15
N7 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.03 0.15 0.02 0.17 0.27 0.23
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.21 0.16
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.07 0.11 0.08 0.03 0.01 0.00 0.06 0.04 0.07 0.07 0.14 0.09 0.08
O3' 0.03 0.08 0.03 0.02 0.06 0.02 0.09 0.02 0.11 0.08 0.10 0.10 0.07 0.10 0.05 0.06 0.00 0.03 0.12 0.13 0.23 0.12 0.09
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.03 0.08 0.18 0.13
O5' 0.04 0.10 0.06 0.09 0.10 0.01 0.13 0.01 0.14 0.12 0.13 0.09 0.08 0.15 0.08 0.07 0.12 0.07 0.00 0.16 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.07 0.13 0.03 0.16 0.00 0.20 0.30 0.25
OP1 0.06 0.10 0.11 0.15 0.10 0.11 0.14 0.11 0.16 0.14 0.13 0.09 0.08 0.17 0.08 0.14 0.23 0.08 0.02 0.20 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.23 0.10 0.07 0.22 0.06 0.26 0.02 0.27 0.24 0.25 0.22 0.21 0.27 0.21 0.09 0.12 0.18 0.02 0.30 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.07 0.06 0.17 0.04 0.21 0.02 0.22 0.20 0.20 0.16 0.15 0.23 0.16 0.08 0.09 0.13 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.20 0.11 0.12 0.17 0.17 0.20 0.22 0.22 0.19 0.21 0.22 0.19 0.25 0.13 0.22 0.15 0.15 0.13 0.25 0.08 0.05 0.05
C2 0.23 0.22 0.26 0.19 0.11 0.23 0.10 0.20 0.11 0.16 0.12 0.31 0.25 0.22 0.09 0.39 0.26 0.21 0.19 0.18 0.15 0.16 0.13
C2' 0.11 0.19 0.10 0.17 0.19 0.16 0.23 0.26 0.24 0.24 0.21 0.19 0.18 0.28 0.17 0.16 0.17 0.13 0.14 0.26 0.10 0.04 0.07
C3' 0.15 0.25 0.14 0.20 0.25 0.12 0.30 0.19 0.31 0.28 0.28 0.24 0.23 0.33 0.23 0.10 0.19 0.14 0.06 0.34 0.03 0.04 0.02
C4 0.22 0.26 0.19 0.12 0.19 0.19 0.16 0.17 0.19 0.14 0.21 0.31 0.26 0.21 0.14 0.30 0.15 0.22 0.13 0.21 0.10 0.12 0.09
C4' 0.13 0.24 0.12 0.19 0.23 0.14 0.27 0.23 0.29 0.25 0.27 0.24 0.22 0.30 0.20 0.13 0.20 0.13 0.06 0.33 0.04 0.07 0.02
C5 0.24 0.32 0.20 0.11 0.23 0.19 0.16 0.18 0.21 0.09 0.27 0.37 0.32 0.17 0.17 0.29 0.11 0.23 0.12 0.21 0.12 0.18 0.12
C5' 0.14 0.27 0.13 0.19 0.25 0.11 0.30 0.16 0.34 0.25 0.31 0.27 0.24 0.32 0.21 0.10 0.20 0.13 0.03 0.38 0.08 0.12 0.06
C6 0.24 0.35 0.22 0.13 0.21 0.19 0.07 0.18 0.12 0.10 0.25 0.42 0.35 0.17 0.15 0.32 0.14 0.22 0.15 0.15 0.15 0.22 0.15
C8 0.22 0.31 0.17 0.11 0.25 0.18 0.25 0.18 0.29 0.16 0.30 0.33 0.29 0.23 0.20 0.24 0.10 0.23 0.09 0.31 0.09 0.14 0.09
N1 0.24 0.30 0.25 0.18 0.15 0.21 0.07 0.18 0.09 0.14 0.16 0.39 0.32 0.21 0.12 0.38 0.22 0.22 0.17 0.18 0.15 0.20 0.15
N2 0.22 0.18 0.29 0.24 0.08 0.26 0.13 0.23 0.13 0.18 0.09 0.28 0.21 0.23 0.09 0.45 0.34 0.21 0.22 0.20 0.19 0.17 0.15
N3 0.20 0.20 0.22 0.16 0.13 0.22 0.13 0.20 0.14 0.17 0.15 0.27 0.22 0.22 0.10 0.35 0.22 0.20 0.18 0.18 0.14 0.12 0.11
N7 0.24 0.34 0.18 0.10 0.26 0.19 0.24 0.20 0.29 0.13 0.33 0.38 0.32 0.18 0.20 0.26 0.09 0.25 0.09 0.29 0.13 0.19 0.13
N9 0.19 0.25 0.15 0.10 0.20 0.17 0.20 0.17 0.23 0.16 0.24 0.28 0.24 0.23 0.15 0.25 0.11 0.21 0.11 0.25 0.07 0.09 0.06
O2' 0.14 0.19 0.15 0.25 0.21 0.24 0.24 0.41 0.24 0.27 0.21 0.19 0.19 0.29 0.21 0.19 0.25 0.17 0.16 0.26 0.15 0.05 0.09
O3' 0.16 0.26 0.19 0.27 0.27 0.14 0.32 0.24 0.33 0.31 0.30 0.25 0.25 0.35 0.25 0.08 0.27 0.13 0.02 0.36 0.02 0.01 0.00
O4' 0.14 0.23 0.10 0.13 0.20 0.15 0.24 0.22 0.27 0.20 0.25 0.25 0.21 0.27 0.16 0.19 0.15 0.14 0.10 0.30 0.04 0.07 0.02
O5' 0.14 0.29 0.13 0.18 0.25 0.15 0.30 0.20 0.35 0.22 0.33 0.29 0.25 0.30 0.19 0.13 0.21 0.17 0.13 0.40 0.18 0.19 0.16
O6 0.23 0.39 0.20 0.13 0.22 0.19 0.07 0.21 0.11 0.14 0.29 0.47 0.36 0.18 0.16 0.30 0.12 0.22 0.16 0.14 0.19 0.27 0.19
OP1 0.23 0.34 0.29 0.35 0.32 0.21 0.36 0.23 0.38 0.31 0.37 0.33 0.31 0.36 0.29 0.19 0.40 0.21 0.27 0.42 0.45 0.41 0.36
OP2 0.14 0.26 0.08 0.14 0.21 0.09 0.25 0.12 0.31 0.14 0.31 0.27 0.22 0.22 0.15 0.08 0.23 0.17 0.14 0.37 0.31 0.33 0.24
P 0.14 0.28 0.12 0.17 0.23 0.10 0.28 0.13 0.34 0.19 0.32 0.28 0.24 0.27 0.18 0.10 0.22 0.16 0.11 0.39 0.26 0.28 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.13 0.02 0.13 0.17 0.13
C2 0.04 0.00 0.07 0.10 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.04 0.28 0.00 0.30 0.35 0.29
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.07 0.04 0.07 0.08 0.07 0.05 0.02 0.00 0.04 0.01 0.18 0.07 0.20 0.15 0.16
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.06 0.10 0.10 0.08 0.07 0.05 0.02 0.01 0.01 0.26 0.09 0.27 0.13 0.22
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.03 0.28 0.01 0.29 0.33 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.03 0.01 0.03 0.05 0.08 0.14 0.03
C5 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.04 0.32 0.01 0.35 0.40 0.35
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.13 0.11 0.11 0.06 0.06 0.13 0.07 0.05 0.02 0.02 0.02 0.15 0.12 0.24 0.02
C6 0.03 0.00 0.07 0.09 0.01 0.04 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.04 0.34 0.00 0.38 0.43 0.37
C8 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.06 0.31 0.01 0.32 0.34 0.31
N1 0.04 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.14 0.04 0.32 0.01 0.35 0.40 0.34
N2 0.05 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.15 0.04 0.27 0.01 0.29 0.34 0.28
N3 0.04 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.04 0.25 0.01 0.26 0.31 0.26
N7 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.06 0.34 0.02 0.37 0.41 0.37
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.03 0.25 0.01 0.25 0.27 0.25
O2' 0.03 0.11 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.09 0.03 0.11 0.13 0.10 0.04 0.02 0.00 0.08 0.05 0.04 0.09 0.11 0.09 0.04
O3' 0.04 0.13 0.04 0.01 0.09 0.03 0.11 0.02 0.13 0.07 0.14 0.15 0.11 0.10 0.05 0.08 0.00 0.04 0.23 0.14 0.29 0.17 0.22
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.00 0.10 0.05 0.08 0.17 0.10
O5' 0.13 0.28 0.18 0.26 0.28 0.03 0.32 0.02 0.34 0.31 0.32 0.27 0.25 0.34 0.25 0.04 0.23 0.10 0.00 0.35 0.01 0.02 0.01
O6 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.05 0.35 0.00 0.42 0.47 0.40
OP1 0.13 0.30 0.20 0.27 0.29 0.08 0.35 0.12 0.38 0.32 0.35 0.29 0.26 0.37 0.25 0.11 0.29 0.08 0.01 0.42 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.35 0.15 0.13 0.33 0.14 0.40 0.24 0.43 0.34 0.40 0.34 0.31 0.41 0.27 0.09 0.17 0.17 0.02 0.47 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.29 0.16 0.22 0.28 0.03 0.35 0.02 0.37 0.31 0.34 0.28 0.26 0.37 0.25 0.04 0.22 0.10 0.01 0.40 0.01 0.01 0.00