ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49990

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 3, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.007, 0.022, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.015
N2 A 0, 0.012, 0.028, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.008, 0.028, 0.048, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.028 std_dev=0.020
O6 A 0, 0.005, 0.028, 0.050, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.005, 0.039, 0.073, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.039 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.005, 0.043, 0.081, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.043 std_dev=0.038
O2' A 0, 0.159, 0.278, 0.397, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.278 std_dev=0.119
C2' A 0, 0.125, 0.260, 0.395, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.260 std_dev=0.135
O6 B 0, 0.228, 0.380, 0.532, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.380 std_dev=0.152
O4' A 0, 0.149, 0.307, 0.466, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.307 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.250, 0.412, 0.575, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.412 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.240, 0.424, 0.608, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.424 std_dev=0.184
N7 B 0, 0.311, 0.520, 0.728, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.520 std_dev=0.208
C3' A 0, 0.284, 0.510, 0.737, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.510 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.287, 0.521, 0.755, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.521 std_dev=0.234
C4' A 0, 0.283, 0.523, 0.762, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.523 std_dev=0.240
N1 B 0, 0.321, 0.567, 0.814, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.567 std_dev=0.246
C8 B 0, 0.373, 0.623, 0.874, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.623 std_dev=0.250
N3 B 0, 0.393, 0.654, 0.915, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.654 std_dev=0.261
N9 B 0, 0.295, 0.581, 0.867, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.581 std_dev=0.286
C2 B 0, 0.389, 0.682, 0.975, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.682 std_dev=0.293
C5' B 0, 0.398, 0.718, 1.039, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.718 std_dev=0.320
O3' A 0, 0.394, 0.723, 1.053, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.723 std_dev=0.329
O4' B 0, 0.321, 0.674, 1.026, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.674 std_dev=0.352
O5' B 0, 0.463, 0.820, 1.177, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.820 std_dev=0.357
C4' B 0, 0.338, 0.697, 1.055, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.697 std_dev=0.359
C1' B 0, 0.313, 0.680, 1.048, 1.319 max_d=1.319 avg_d=0.680 std_dev=0.367
C3' B 0, 0.372, 0.761, 1.151, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.761 std_dev=0.389
C5' A 0, 0.467, 0.866, 1.266, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.866 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.353, 0.762, 1.171, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.762 std_dev=0.409
P B 0, 0.475, 0.897, 1.320, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.897 std_dev=0.422
N2 B 0, 0.428, 0.857, 1.286, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.857 std_dev=0.429
OP2 B 0, 0.462, 0.966, 1.470, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.966 std_dev=0.504
O5' A 0, 0.478, 0.981, 1.485, 1.940 max_d=1.940 avg_d=0.981 std_dev=0.504
O2' B 0, 0.275, 0.792, 1.308, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.792 std_dev=0.517
O3' B 0, 0.255, 0.777, 1.299, 2.020 max_d=2.020 avg_d=0.777 std_dev=0.522
OP1 B 0, 0.516, 1.061, 1.606, 2.149 max_d=2.149 avg_d=1.061 std_dev=0.545
P A 0, 0.482, 1.150, 1.819, 2.137 max_d=2.137 avg_d=1.150 std_dev=0.669
OP2 A 0, 0.418, 1.169, 1.920, 2.382 max_d=2.382 avg_d=1.169 std_dev=0.751
OP1 A 0, 0.478, 1.491, 2.505, 3.428 max_d=3.428 avg_d=1.491 std_dev=1.014

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.17 0.02 0.12 0.25 0.11
C2 0.03 0.00 0.10 0.09 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.05 0.37 0.01 0.26 0.48 0.29
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.08 0.05 0.09 0.10 0.09 0.05 0.03 0.00 0.04 0.01 0.25 0.08 0.29 0.16 0.18
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.08 0.05 0.02 0.01 0.01 0.33 0.11 0.41 0.12 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.03 0.40 0.01 0.28 0.45 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.07 0.12 0.28 0.03
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.02 0.51 0.01 0.39 0.59 0.42
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.07 0.01 0.11 0.00 0.12 0.12 0.10 0.05 0.05 0.13 0.07 0.06 0.07 0.02 0.01 0.14 0.22 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.12 0.03 0.52 0.00 0.41 0.65 0.45
C8 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.52 0.02 0.39 0.50 0.41
N1 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.04 0.45 0.01 0.34 0.58 0.38
N2 0.03 0.00 0.10 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.15 0.06 0.32 0.01 0.22 0.45 0.25
N3 0.03 0.01 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.11 0.04 0.32 0.01 0.22 0.40 0.24
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.58 0.02 0.47 0.64 0.49
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.37 0.01 0.26 0.38 0.27
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.08 0.06 0.08 0.06 0.10 0.03 0.13 0.16 0.12 0.05 0.03 0.00 0.07 0.06 0.10 0.10 0.18 0.15 0.08
O3' 0.02 0.13 0.04 0.01 0.08 0.03 0.09 0.07 0.12 0.10 0.14 0.15 0.11 0.10 0.05 0.07 0.00 0.02 0.26 0.14 0.47 0.18 0.24
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.32 0.13
O5' 0.17 0.37 0.25 0.33 0.40 0.02 0.51 0.01 0.52 0.52 0.45 0.32 0.32 0.58 0.37 0.10 0.26 0.06 0.00 0.57 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.11 0.01 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.14 0.03 0.57 0.00 0.48 0.74 0.51
OP1 0.12 0.26 0.29 0.41 0.28 0.12 0.39 0.22 0.41 0.39 0.34 0.22 0.22 0.47 0.26 0.18 0.47 0.06 0.02 0.48 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.48 0.16 0.12 0.45 0.28 0.59 0.39 0.65 0.50 0.58 0.45 0.40 0.64 0.38 0.15 0.18 0.32 0.02 0.74 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.29 0.18 0.24 0.30 0.03 0.42 0.02 0.45 0.41 0.38 0.25 0.24 0.49 0.27 0.08 0.24 0.13 0.00 0.51 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.23 0.19 0.16 0.16 0.21 0.09 0.15 0.12 0.10 0.17 0.28 0.24 0.12 0.14 0.26 0.17 0.25 0.13 0.14 0.04 0.12 0.07
C2 0.27 0.36 0.26 0.20 0.23 0.22 0.14 0.18 0.18 0.21 0.28 0.42 0.35 0.21 0.21 0.32 0.21 0.25 0.19 0.18 0.20 0.36 0.22
C2' 0.19 0.14 0.16 0.14 0.11 0.21 0.12 0.16 0.14 0.12 0.13 0.17 0.15 0.18 0.10 0.24 0.16 0.25 0.14 0.19 0.08 0.16 0.10
C3' 0.20 0.16 0.17 0.15 0.15 0.21 0.15 0.18 0.17 0.14 0.16 0.17 0.17 0.18 0.15 0.22 0.17 0.25 0.06 0.20 0.02 0.05 0.01
C4 0.26 0.29 0.22 0.18 0.21 0.22 0.11 0.16 0.13 0.16 0.22 0.33 0.29 0.13 0.20 0.28 0.18 0.28 0.11 0.12 0.12 0.25 0.13
C4' 0.19 0.17 0.15 0.14 0.13 0.19 0.12 0.17 0.13 0.10 0.14 0.19 0.17 0.13 0.13 0.22 0.17 0.22 0.05 0.16 0.06 0.05 0.03
C5 0.26 0.28 0.21 0.19 0.22 0.23 0.14 0.18 0.13 0.19 0.22 0.31 0.28 0.16 0.21 0.25 0.18 0.28 0.10 0.10 0.16 0.27 0.15
C5' 0.22 0.21 0.19 0.19 0.19 0.22 0.18 0.20 0.20 0.16 0.20 0.23 0.21 0.18 0.18 0.24 0.21 0.25 0.10 0.21 0.17 0.18 0.13
C6 0.24 0.29 0.20 0.17 0.22 0.21 0.15 0.18 0.14 0.20 0.23 0.33 0.28 0.18 0.21 0.24 0.16 0.26 0.11 0.10 0.20 0.33 0.20
C8 0.27 0.25 0.24 0.24 0.21 0.26 0.14 0.21 0.13 0.18 0.19 0.28 0.26 0.13 0.22 0.27 0.25 0.30 0.17 0.11 0.13 0.17 0.13
N1 0.24 0.33 0.21 0.17 0.21 0.21 0.11 0.18 0.13 0.19 0.26 0.39 0.30 0.19 0.19 0.27 0.16 0.24 0.16 0.13 0.21 0.37 0.22
N2 0.30 0.43 0.32 0.26 0.26 0.25 0.20 0.21 0.23 0.25 0.33 0.51 0.40 0.24 0.24 0.38 0.28 0.25 0.25 0.22 0.23 0.38 0.26
N3 0.29 0.33 0.26 0.20 0.23 0.23 0.14 0.17 0.16 0.20 0.25 0.38 0.33 0.19 0.21 0.33 0.21 0.27 0.18 0.17 0.16 0.30 0.19
N7 0.27 0.26 0.24 0.24 0.23 0.25 0.17 0.21 0.15 0.21 0.21 0.28 0.26 0.18 0.23 0.26 0.24 0.30 0.14 0.12 0.17 0.23 0.15
N9 0.26 0.25 0.22 0.20 0.20 0.23 0.10 0.17 0.12 0.13 0.19 0.30 0.26 0.10 0.19 0.27 0.19 0.29 0.12 0.12 0.07 0.16 0.08
O2' 0.13 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.21 0.14 0.21 0.26 0.17 0.17 0.15 0.28 0.14 0.20 0.16 0.15 0.24 0.25 0.16 0.19 0.17
O3' 0.15 0.18 0.13 0.13 0.18 0.15 0.22 0.15 0.23 0.21 0.21 0.17 0.16 0.25 0.16 0.16 0.15 0.17 0.02 0.26 0.02 0.01 0.00
O4' 0.21 0.21 0.17 0.15 0.15 0.20 0.08 0.16 0.11 0.08 0.16 0.26 0.22 0.09 0.13 0.25 0.16 0.24 0.09 0.13 0.03 0.06 0.02
O5' 0.53 0.63 0.50 0.45 0.62 0.40 0.65 0.32 0.66 0.60 0.65 0.63 0.61 0.65 0.58 0.49 0.41 0.48 0.44 0.68 0.31 0.64 0.43
O6 0.24 0.28 0.19 0.18 0.22 0.22 0.19 0.20 0.18 0.21 0.24 0.31 0.26 0.21 0.22 0.22 0.16 0.26 0.13 0.15 0.24 0.35 0.22
OP1 0.61 0.64 0.64 0.64 0.66 0.57 0.69 0.55 0.69 0.68 0.66 0.63 0.64 0.71 0.65 0.62 0.64 0.58 0.66 0.71 0.70 0.94 0.72
OP2 0.50 0.71 0.46 0.40 0.65 0.37 0.70 0.31 0.77 0.58 0.76 0.71 0.65 0.67 0.57 0.45 0.36 0.45 0.32 0.82 0.31 0.45 0.30
P 0.50 0.59 0.48 0.45 0.57 0.41 0.60 0.34 0.62 0.55 0.61 0.59 0.57 0.60 0.54 0.48 0.42 0.47 0.43 0.64 0.37 0.64 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.11 0.02 0.12 0.21 0.12
C2 0.03 0.00 0.14 0.14 0.01 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.19 0.03 0.21 0.01 0.31 0.43 0.29
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.07 0.03 0.09 0.05 0.12 0.16 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.08 0.12 0.17 0.10
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.10 0.09 0.13 0.17 0.13 0.08 0.05 0.03 0.01 0.01 0.07 0.10 0.11 0.09 0.07
C4 0.02 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.20 0.01 0.27 0.39 0.26
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05 0.07 0.05 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.08 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.02 0.22 0.01 0.33 0.45 0.32
C5' 0.04 0.10 0.03 0.03 0.10 0.00 0.13 0.00 0.14 0.14 0.12 0.10 0.09 0.15 0.09 0.05 0.05 0.02 0.01 0.15 0.12 0.03 0.02
C6 0.02 0.00 0.09 0.10 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.15 0.02 0.23 0.00 0.37 0.49 0.34
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.03 0.21 0.01 0.27 0.36 0.27
N1 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.18 0.02 0.23 0.01 0.36 0.48 0.33
N2 0.04 0.01 0.16 0.17 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.04 0.21 0.01 0.30 0.43 0.28
N3 0.03 0.01 0.13 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.17 0.03 0.19 0.01 0.26 0.38 0.25
N7 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.03 0.22 0.02 0.34 0.45 0.33
N9 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.18 0.01 0.22 0.32 0.22
O2' 0.02 0.14 0.00 0.03 0.08 0.05 0.06 0.05 0.09 0.03 0.12 0.17 0.12 0.04 0.03 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.07 0.12 0.05
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.11 0.03 0.12 0.05 0.15 0.10 0.18 0.23 0.17 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.11 0.15 0.11 0.11 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.02 0.11 0.13 0.08
O5' 0.11 0.21 0.09 0.07 0.20 0.02 0.22 0.01 0.23 0.21 0.23 0.21 0.19 0.22 0.18 0.05 0.11 0.09 0.00 0.23 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.15 0.02 0.23 0.00 0.40 0.51 0.36
OP1 0.12 0.31 0.12 0.11 0.27 0.10 0.33 0.12 0.37 0.27 0.36 0.30 0.26 0.34 0.22 0.07 0.11 0.11 0.02 0.40 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.43 0.17 0.09 0.39 0.05 0.45 0.03 0.49 0.36 0.48 0.43 0.38 0.45 0.32 0.12 0.11 0.13 0.02 0.51 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.29 0.10 0.07 0.26 0.02 0.32 0.02 0.34 0.27 0.33 0.28 0.25 0.33 0.22 0.05 0.08 0.08 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00