ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49992

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.009, 0.016, 0.024, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.015, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.008, 0.023, 0.037, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O6 A 0, 0.017, 0.033, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.033 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O4' A 0, -0.012, 0.098, 0.208, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.098 std_dev=0.110
C2' A 0, -0.034, 0.096, 0.226, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.096 std_dev=0.130
C4' A 0, -0.012, 0.128, 0.267, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.128 std_dev=0.139
O2' A 0, -0.018, 0.154, 0.325, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.154 std_dev=0.172
P A 0, 0.119, 0.294, 0.470, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.294 std_dev=0.176
C3' A 0, -0.032, 0.155, 0.342, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.155 std_dev=0.187
O2' B 0, 0.234, 0.483, 0.732, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.483 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.111, 0.364, 0.617, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.364 std_dev=0.253
O4' B 0, 0.081, 0.338, 0.595, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.338 std_dev=0.257
N9 B 0, 0.087, 0.344, 0.601, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.344 std_dev=0.257
C8 B 0, 0.073, 0.331, 0.590, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.331 std_dev=0.259
C4 B 0, 0.077, 0.338, 0.599, 0.902 max_d=0.902 avg_d=0.338 std_dev=0.261
N3 B 0, 0.089, 0.350, 0.612, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.350 std_dev=0.261
C2' B 0, 0.210, 0.475, 0.739, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.475 std_dev=0.264
N7 B 0, 0.050, 0.316, 0.582, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.316 std_dev=0.266
C4' B 0, 0.169, 0.439, 0.708, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.439 std_dev=0.270
O3' A 0, -0.041, 0.229, 0.500, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.229 std_dev=0.271
C5 B 0, 0.048, 0.322, 0.595, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.322 std_dev=0.273
C2 B 0, 0.069, 0.350, 0.630, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.350 std_dev=0.280
C5' A 0, -0.045, 0.240, 0.526, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.240 std_dev=0.285
N2 B 0, 0.084, 0.370, 0.655, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.370 std_dev=0.286
C3' B 0, 0.224, 0.518, 0.812, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.518 std_dev=0.294
C6 B 0, 0.027, 0.329, 0.631, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.329 std_dev=0.302
N1 B 0, 0.038, 0.341, 0.643, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.341 std_dev=0.302
C5' B 0, 0.183, 0.499, 0.816, 1.059 max_d=1.059 avg_d=0.499 std_dev=0.316
O3' B 0, 0.291, 0.617, 0.943, 1.021 max_d=1.021 avg_d=0.617 std_dev=0.326
O6 B 0, 0.003, 0.332, 0.662, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.332 std_dev=0.330
O5' B 0, 0.170, 0.535, 0.900, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.535 std_dev=0.365
OP1 B 0, 0.289, 0.697, 1.105, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.697 std_dev=0.408
P B 0, 0.219, 0.653, 1.088, 1.463 max_d=1.463 avg_d=0.653 std_dev=0.435
O5' A 0, -0.066, 0.401, 0.868, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.401 std_dev=0.467
OP2 B 0, 0.254, 0.723, 1.192, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.723 std_dev=0.469
OP1 A 0, -0.111, 0.564, 1.238, 2.172 max_d=2.172 avg_d=0.564 std_dev=0.674
OP2 A 0, -0.185, 0.582, 1.349, 2.420 max_d=2.420 avg_d=0.582 std_dev=0.767

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.11 0.01 0.18 0.19 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.07 0.44 0.00 0.12 0.69 0.19
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.38 0.13 0.07
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.06 0.08 0.43 0.08 0.10
C4 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.31 0.01 0.26 0.50 0.15
C4' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.06 0.02 0.08 0.11 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.26 0.01 0.37 0.50 0.16
C5' 0.03 0.22 0.02 0.01 0.16 0.00 0.13 0.00 0.16 0.05 0.20 0.25 0.21 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.00 0.15 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.31 0.00 0.32 0.60 0.19
C8 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.05 0.07 0.01 0.48 0.21 0.10
N1 0.01 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.04 0.40 0.00 0.20 0.70 0.20
N2 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.11 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.10 0.49 0.00 0.07 0.73 0.20
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.04 0.09 0.41 0.00 0.13 0.59 0.17
N7 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.04 0.11 0.01 0.50 0.32 0.14
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.17 0.01 0.30 0.30 0.09
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.06 0.11 0.08 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.29 0.11 0.05
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.04 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.11 0.08 0.49 0.10 0.12
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.10 0.09 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.12 0.09
O5' 0.11 0.44 0.03 0.06 0.31 0.01 0.26 0.00 0.31 0.07 0.40 0.49 0.41 0.11 0.17 0.03 0.11 0.11 0.00 0.27 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.27 0.00 0.37 0.57 0.19
OP1 0.18 0.12 0.38 0.43 0.26 0.09 0.37 0.07 0.32 0.48 0.20 0.07 0.13 0.50 0.30 0.29 0.49 0.11 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.69 0.13 0.08 0.50 0.04 0.50 0.01 0.60 0.21 0.70 0.73 0.59 0.32 0.30 0.11 0.10 0.12 0.02 0.57 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.19 0.07 0.10 0.15 0.02 0.16 0.01 0.19 0.10 0.20 0.20 0.17 0.14 0.09 0.05 0.12 0.09 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.29 0.07 0.03 0.26 0.03 0.28 0.05 0.31 0.20 0.31 0.29 0.26 0.25 0.21 0.05 0.05 0.05 0.06 0.32 0.11 0.06 0.10
C2 0.14 0.26 0.13 0.14 0.11 0.17 0.16 0.19 0.24 0.08 0.29 0.29 0.16 0.10 0.07 0.14 0.14 0.18 0.23 0.26 0.21 0.28 0.26
C2' 0.28 0.35 0.23 0.20 0.34 0.18 0.34 0.14 0.35 0.31 0.36 0.35 0.34 0.32 0.32 0.16 0.15 0.25 0.14 0.35 0.04 0.11 0.07
C3' 0.23 0.29 0.20 0.21 0.29 0.20 0.31 0.21 0.32 0.29 0.31 0.28 0.28 0.31 0.28 0.13 0.17 0.23 0.20 0.33 0.10 0.18 0.14
C4 0.05 0.29 0.06 0.08 0.22 0.14 0.26 0.17 0.31 0.11 0.33 0.29 0.23 0.19 0.11 0.09 0.09 0.13 0.20 0.32 0.21 0.22 0.24
C4' 0.15 0.24 0.11 0.11 0.23 0.11 0.26 0.14 0.28 0.23 0.27 0.23 0.22 0.26 0.21 0.06 0.09 0.14 0.13 0.30 0.06 0.11 0.09
C5 0.11 0.26 0.09 0.13 0.16 0.19 0.23 0.24 0.31 0.04 0.32 0.27 0.19 0.15 0.05 0.11 0.13 0.19 0.28 0.33 0.30 0.31 0.34
C5' 0.07 0.14 0.05 0.06 0.14 0.07 0.18 0.12 0.20 0.17 0.17 0.13 0.11 0.20 0.12 0.08 0.06 0.07 0.11 0.23 0.06 0.10 0.07
C6 0.18 0.22 0.14 0.17 0.07 0.23 0.13 0.27 0.26 0.10 0.29 0.24 0.12 0.05 0.10 0.15 0.17 0.24 0.33 0.30 0.34 0.39 0.39
C8 0.06 0.28 0.05 0.06 0.24 0.13 0.29 0.18 0.33 0.18 0.32 0.27 0.23 0.26 0.16 0.06 0.09 0.08 0.19 0.35 0.27 0.19 0.26
N1 0.18 0.22 0.15 0.17 0.04 0.21 0.10 0.24 0.22 0.11 0.27 0.25 0.10 0.07 0.11 0.16 0.16 0.22 0.29 0.25 0.28 0.36 0.34
N2 0.15 0.22 0.15 0.15 0.09 0.16 0.13 0.17 0.20 0.10 0.25 0.27 0.12 0.10 0.09 0.16 0.15 0.17 0.22 0.22 0.19 0.27 0.24
N3 0.08 0.29 0.09 0.09 0.19 0.13 0.22 0.15 0.28 0.10 0.31 0.31 0.23 0.16 0.10 0.11 0.10 0.13 0.18 0.29 0.17 0.21 0.21
N7 0.08 0.26 0.08 0.11 0.19 0.18 0.26 0.24 0.32 0.09 0.31 0.26 0.20 0.21 0.09 0.10 0.13 0.16 0.28 0.35 0.34 0.30 0.35
N9 0.06 0.29 0.04 0.04 0.25 0.10 0.28 0.13 0.32 0.18 0.32 0.29 0.25 0.24 0.18 0.05 0.06 0.05 0.14 0.33 0.19 0.14 0.19
O2' 0.35 0.40 0.30 0.27 0.37 0.26 0.36 0.20 0.37 0.31 0.39 0.41 0.39 0.32 0.35 0.25 0.22 0.32 0.19 0.36 0.09 0.15 0.12
O3' 0.31 0.33 0.29 0.31 0.33 0.31 0.34 0.34 0.34 0.33 0.33 0.32 0.32 0.34 0.33 0.22 0.29 0.31 0.32 0.34 0.22 0.29 0.26
O4' 0.07 0.23 0.05 0.03 0.20 0.03 0.24 0.03 0.28 0.18 0.27 0.22 0.19 0.23 0.15 0.10 0.07 0.03 0.05 0.30 0.08 0.05 0.07
O5' 0.10 0.08 0.13 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.08 0.10 0.04 0.12 0.09 0.13 0.04 0.22 0.08 0.06 0.08 0.13 0.03 0.07 0.04
O6 0.21 0.18 0.17 0.21 0.09 0.26 0.07 0.31 0.20 0.16 0.24 0.21 0.11 0.06 0.16 0.17 0.20 0.26 0.38 0.27 0.40 0.47 0.45
OP1 0.25 0.03 0.25 0.33 0.14 0.36 0.18 0.46 0.11 0.33 0.03 0.11 0.06 0.29 0.24 0.22 0.32 0.33 0.58 0.13 0.72 0.73 0.73
OP2 0.35 0.38 0.36 0.28 0.33 0.25 0.26 0.19 0.26 0.23 0.32 0.42 0.39 0.21 0.30 0.42 0.28 0.28 0.24 0.21 0.23 0.22 0.23
P 0.07 0.09 0.08 0.06 0.06 0.07 0.12 0.08 0.15 0.09 0.13 0.09 0.05 0.13 0.05 0.12 0.08 0.07 0.14 0.19 0.20 0.17 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.11 0.00 0.13 0.22 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.15 0.06 0.06
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.17 0.06 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.12 0.00 0.13 0.21 0.15
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.15 0.00 0.18 0.27 0.21
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.09 0.06 0.04 0.04 0.10 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.02 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.01 0.15 0.00 0.19 0.29 0.22
C8 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.15 0.01 0.17 0.22 0.19
N1 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.13 0.00 0.16 0.26 0.19
N2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.08 0.01 0.10 0.00 0.12 0.21 0.13
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.10 0.00 0.11 0.19 0.12
N7 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.01 0.21 0.29 0.24
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.11 0.16 0.13
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.16 0.06 0.06
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.08 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.06 0.24 0.11 0.14
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.04
O5' 0.05 0.11 0.02 0.03 0.12 0.00 0.15 0.00 0.15 0.15 0.13 0.10 0.10 0.17 0.10 0.02 0.06 0.04 0.00 0.17 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.17 0.00 0.22 0.33 0.25
OP1 0.08 0.13 0.15 0.17 0.13 0.07 0.18 0.02 0.19 0.17 0.16 0.12 0.11 0.21 0.11 0.16 0.24 0.04 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.22 0.06 0.06 0.21 0.02 0.27 0.01 0.29 0.22 0.26 0.21 0.19 0.29 0.16 0.06 0.11 0.06 0.01 0.33 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.15 0.06 0.09 0.15 0.02 0.21 0.00 0.22 0.19 0.19 0.13 0.12 0.24 0.13 0.06 0.14 0.04 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00