ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49993

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N9 A 0, 0.014, 0.026, 0.037, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.026 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.011, 0.023, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.020, 0.045, 0.069, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.045 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.013, 0.042, 0.071, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.042 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.126, 0.240, 0.354, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.240 std_dev=0.114
O4' A 0, 0.074, 0.217, 0.360, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.217 std_dev=0.143
O2' A 0, 0.168, 0.327, 0.487, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.327 std_dev=0.159
C3' A 0, 0.186, 0.371, 0.556, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.371 std_dev=0.185
C4' A 0, 0.150, 0.337, 0.525, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.337 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.204, 0.442, 0.681, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.442 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.085, 0.354, 0.622, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.354 std_dev=0.269
O3' A 0, 0.261, 0.532, 0.803, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.532 std_dev=0.271
C2 B 0, 0.242, 0.523, 0.804, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.523 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.207, 0.503, 0.800, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.503 std_dev=0.296
C4 B 0, 0.063, 0.362, 0.662, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.362 std_dev=0.300
N9 B 0, 0.069, 0.369, 0.670, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.369 std_dev=0.301
N2 B 0, 0.350, 0.658, 0.966, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.658 std_dev=0.308
C5' A 0, 0.310, 0.667, 1.025, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.667 std_dev=0.357
N1 B 0, 0.154, 0.516, 0.879, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.516 std_dev=0.362
O4' B 0, 0.133, 0.512, 0.892, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.512 std_dev=0.380
C5 B 0, 0.029, 0.414, 0.798, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.414 std_dev=0.384
C8 B 0, 0.069, 0.460, 0.851, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.460 std_dev=0.391
O2' B 0, 0.234, 0.656, 1.077, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.656 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.034, 0.463, 0.891, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.463 std_dev=0.429
N7 B 0, 0.024, 0.472, 0.921, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.472 std_dev=0.448
C2' B 0, 0.039, 0.508, 0.976, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.508 std_dev=0.468
O6 B 0, 0.042, 0.546, 1.050, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.546 std_dev=0.504
P B 0, 0.040, 0.603, 1.165, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.603 std_dev=0.563
P A 0, 0.171, 0.742, 1.313, 1.664 max_d=1.664 avg_d=0.742 std_dev=0.571
C4' B 0, 0.097, 0.698, 1.300, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.698 std_dev=0.602
C5' B 0, 0.069, 0.734, 1.399, 2.138 max_d=2.138 avg_d=0.734 std_dev=0.665
OP2 B 0, 0.016, 0.693, 1.371, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.693 std_dev=0.678
O5' B 0, 0.082, 0.790, 1.499, 1.823 max_d=1.823 avg_d=0.790 std_dev=0.709
OP1 B 0, 0.088, 0.826, 1.564, 2.313 max_d=2.313 avg_d=0.826 std_dev=0.738
C3' B 0, 0.145, 0.897, 1.649, 2.256 max_d=2.256 avg_d=0.897 std_dev=0.752
OP1 A 0, 0.195, 1.027, 1.858, 2.422 max_d=2.422 avg_d=1.027 std_dev=0.832
OP2 A 0, 0.009, 0.845, 1.681, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.845 std_dev=0.836
O3' B 0, 0.209, 1.236, 2.262, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.236 std_dev=1.027

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.13 0.20 0.10
C2 0.05 0.00 0.10 0.13 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.11 0.04 0.21 0.02 0.22 0.52 0.31
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.08 0.07 0.13 0.11 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.18 0.04 0.06 0.23 0.13
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.08 0.02 0.09 0.13 0.11 0.16 0.13 0.12 0.05 0.02 0.01 0.02 0.26 0.10 0.07 0.20 0.18
C4 0.03 0.01 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.01 0.23 0.02 0.23 0.50 0.31
C4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.04 0.08 0.02 0.00 0.01 0.10 0.19 0.10 0.08
C5 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.30 0.01 0.38 0.66 0.45
C5' 0.05 0.20 0.02 0.02 0.19 0.01 0.23 0.00 0.26 0.19 0.24 0.19 0.18 0.24 0.15 0.08 0.05 0.01 0.01 0.28 0.09 0.23 0.01
C6 0.03 0.01 0.04 0.09 0.01 0.09 0.01 0.26 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.09 0.02 0.32 0.00 0.42 0.73 0.49
C8 0.01 0.01 0.08 0.13 0.01 0.08 0.01 0.19 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.30 0.03 0.34 0.57 0.41
N1 0.04 0.00 0.07 0.11 0.01 0.08 0.01 0.24 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.08 0.02 0.27 0.02 0.33 0.65 0.41
N2 0.06 0.00 0.13 0.16 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.19 0.16 0.05 0.18 0.02 0.18 0.48 0.26
N3 0.05 0.00 0.11 0.13 0.00 0.07 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.04 0.17 0.02 0.16 0.42 0.23
N7 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.09 0.00 0.24 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.34 0.03 0.46 0.73 0.52
N9 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.20 0.02 0.19 0.41 0.26
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.08 0.08 0.07 0.08 0.10 0.04 0.13 0.19 0.14 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03 0.10 0.09 0.19 0.11 0.03
O3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.05 0.02 0.09 0.05 0.09 0.14 0.08 0.16 0.11 0.15 0.05 0.02 0.00 0.04 0.23 0.12 0.08 0.12 0.12
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.12 0.03 0.19 0.09 0.08
O5' 0.11 0.21 0.18 0.26 0.23 0.01 0.30 0.01 0.32 0.30 0.27 0.18 0.17 0.34 0.20 0.10 0.23 0.12 0.00 0.37 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.02 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.28 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.09 0.12 0.03 0.37 0.00 0.53 0.84 0.58
OP1 0.13 0.22 0.06 0.07 0.23 0.19 0.38 0.09 0.42 0.34 0.33 0.18 0.16 0.46 0.19 0.19 0.08 0.19 0.02 0.53 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.52 0.23 0.20 0.50 0.10 0.66 0.23 0.73 0.57 0.65 0.48 0.42 0.73 0.41 0.11 0.12 0.09 0.02 0.84 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.31 0.13 0.18 0.31 0.08 0.45 0.01 0.49 0.41 0.41 0.26 0.23 0.52 0.26 0.03 0.12 0.08 0.00 0.58 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.08 0.35 0.12 0.08 0.21 0.06 0.26 0.17 0.34 0.17 0.37 0.38 0.28 0.25 0.09 0.09 0.11 0.08 0.25 0.38 0.07 0.19 0.10
C2 0.10 0.27 0.13 0.21 0.06 0.24 0.14 0.25 0.15 0.26 0.20 0.37 0.22 0.26 0.10 0.27 0.59 0.21 0.27 0.19 0.19 0.25 0.13
C2' 0.10 0.28 0.17 0.11 0.20 0.05 0.23 0.18 0.28 0.17 0.30 0.31 0.24 0.23 0.11 0.15 0.09 0.09 0.30 0.31 0.13 0.24 0.17
C3' 0.28 0.36 0.42 0.31 0.33 0.20 0.35 0.26 0.37 0.30 0.38 0.37 0.34 0.34 0.30 0.39 0.30 0.24 0.09 0.38 0.03 0.11 0.02
C4 0.11 0.35 0.06 0.10 0.13 0.10 0.14 0.12 0.23 0.24 0.32 0.42 0.28 0.25 0.04 0.16 0.26 0.10 0.20 0.25 0.08 0.28 0.11
C4' 0.24 0.45 0.40 0.27 0.39 0.15 0.46 0.26 0.52 0.36 0.51 0.46 0.39 0.46 0.31 0.36 0.23 0.18 0.08 0.58 0.10 0.23 0.09
C5 0.16 0.35 0.12 0.20 0.08 0.12 0.09 0.11 0.16 0.30 0.31 0.45 0.26 0.31 0.13 0.20 0.18 0.12 0.20 0.19 0.13 0.38 0.18
C5' 0.43 0.68 0.62 0.43 0.61 0.26 0.71 0.32 0.79 0.58 0.75 0.67 0.60 0.72 0.53 0.64 0.41 0.30 0.18 0.85 0.26 0.46 0.23
C6 0.18 0.32 0.20 0.20 0.08 0.14 0.18 0.14 0.10 0.33 0.19 0.47 0.24 0.36 0.18 0.29 0.29 0.14 0.19 0.20 0.12 0.36 0.16
C8 0.15 0.36 0.05 0.26 0.14 0.14 0.13 0.14 0.29 0.21 0.38 0.43 0.26 0.19 0.07 0.12 0.07 0.15 0.24 0.34 0.22 0.45 0.26
N1 0.16 0.25 0.20 0.18 0.05 0.18 0.17 0.19 0.14 0.30 0.15 0.40 0.20 0.32 0.16 0.32 0.49 0.17 0.19 0.21 0.11 0.28 0.10
N2 0.10 0.23 0.13 0.34 0.08 0.35 0.16 0.34 0.16 0.25 0.18 0.33 0.18 0.25 0.13 0.32 0.81 0.29 0.35 0.20 0.31 0.26 0.22
N3 0.07 0.32 0.07 0.15 0.14 0.21 0.16 0.23 0.21 0.23 0.27 0.38 0.27 0.24 0.06 0.20 0.48 0.16 0.29 0.22 0.19 0.24 0.15
N7 0.17 0.36 0.11 0.29 0.10 0.16 0.06 0.15 0.21 0.29 0.36 0.46 0.26 0.29 0.14 0.17 0.06 0.15 0.26 0.24 0.24 0.48 0.29
N9 0.11 0.36 0.05 0.14 0.17 0.07 0.20 0.11 0.31 0.19 0.37 0.41 0.28 0.21 0.03 0.11 0.10 0.10 0.20 0.34 0.08 0.30 0.14
O2' 0.08 0.24 0.11 0.13 0.15 0.14 0.21 0.24 0.26 0.19 0.26 0.26 0.18 0.23 0.10 0.20 0.18 0.10 0.48 0.30 0.22 0.23 0.24
O3' 0.27 0.27 0.40 0.35 0.25 0.25 0.25 0.32 0.26 0.24 0.27 0.28 0.27 0.24 0.25 0.40 0.40 0.28 0.02 0.27 0.02 0.03 0.01
O4' 0.12 0.40 0.24 0.15 0.27 0.06 0.33 0.20 0.42 0.20 0.44 0.43 0.32 0.31 0.17 0.18 0.09 0.11 0.13 0.47 0.06 0.20 0.04
O5' 0.24 0.20 0.21 0.49 0.19 0.30 0.21 0.29 0.25 0.27 0.24 0.21 0.18 0.26 0.22 0.23 0.51 0.30 0.34 0.32 0.30 0.53 0.35
O6 0.20 0.31 0.24 0.24 0.15 0.15 0.25 0.14 0.18 0.35 0.14 0.51 0.24 0.40 0.22 0.33 0.25 0.14 0.21 0.29 0.17 0.41 0.21
OP1 0.36 0.32 0.42 0.63 0.35 0.36 0.37 0.35 0.34 0.42 0.31 0.29 0.33 0.42 0.38 0.44 0.74 0.35 0.38 0.34 0.34 0.69 0.37
OP2 0.44 0.42 0.37 0.71 0.46 0.45 0.46 0.35 0.42 0.49 0.40 0.40 0.44 0.49 0.47 0.32 0.77 0.46 0.45 0.41 0.29 0.57 0.35
P 0.33 0.26 0.32 0.60 0.31 0.35 0.32 0.31 0.28 0.39 0.25 0.24 0.29 0.38 0.35 0.31 0.65 0.35 0.37 0.29 0.29 0.61 0.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.27 0.00 0.16 0.01 0.11 0.32 0.15
C2 0.05 0.00 0.23 0.23 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.20 0.15 0.09 0.17 0.01 0.07 0.22 0.10
C2' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.10 0.03 0.04 0.20 0.08 0.16 0.16 0.30 0.23 0.12 0.03 0.00 0.06 0.02 0.39 0.06 0.32 0.44 0.35
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.23 0.00 0.29 0.03 0.31 0.26 0.28 0.22 0.19 0.31 0.19 0.01 0.01 0.02 0.29 0.34 0.24 0.07 0.22
C4 0.02 0.02 0.10 0.23 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.15 0.05 0.19 0.01 0.06 0.25 0.10
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.10 0.05 0.04 0.03 0.10 0.05 0.27 0.03 0.00 0.03 0.09 0.08 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.04 0.29 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.28 0.20 0.03 0.24 0.01 0.07 0.20 0.09
C5' 0.11 0.09 0.20 0.03 0.10 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.19 0.02 0.02 0.09 0.09 0.29 0.03
C6 0.02 0.01 0.08 0.31 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.21 0.05 0.25 0.00 0.07 0.16 0.10
C8 0.01 0.02 0.16 0.26 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.31 0.22 0.08 0.25 0.01 0.07 0.28 0.11
N1 0.04 0.00 0.16 0.28 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.15 0.08 0.21 0.00 0.07 0.18 0.09
N2 0.07 0.00 0.30 0.22 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.23 0.16 0.10 0.15 0.01 0.06 0.22 0.10
N3 0.05 0.01 0.23 0.19 0.01 0.03 0.00 0.10 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.18 0.18 0.09 0.15 0.01 0.06 0.25 0.11
N7 0.01 0.01 0.12 0.31 0.01 0.10 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.34 0.26 0.04 0.28 0.01 0.07 0.21 0.10
N9 0.00 0.03 0.03 0.19 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01 0.19 0.01 0.07 0.29 0.12
O2' 0.01 0.20 0.00 0.01 0.20 0.27 0.28 0.09 0.27 0.31 0.22 0.23 0.18 0.34 0.20 0.00 0.04 0.17 0.35 0.31 0.29 0.45 0.31
O3' 0.27 0.15 0.06 0.01 0.15 0.03 0.20 0.19 0.21 0.22 0.15 0.16 0.18 0.26 0.15 0.04 0.00 0.20 0.35 0.26 0.47 0.28 0.38
O4' 0.00 0.09 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.08 0.08 0.10 0.09 0.04 0.01 0.17 0.20 0.00 0.08 0.04 0.05 0.34 0.14
O5' 0.16 0.17 0.39 0.29 0.19 0.03 0.24 0.02 0.25 0.25 0.21 0.15 0.15 0.28 0.19 0.35 0.35 0.08 0.00 0.28 0.03 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.06 0.34 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.26 0.04 0.28 0.00 0.09 0.13 0.11
OP1 0.11 0.07 0.32 0.24 0.06 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.29 0.47 0.05 0.03 0.09 0.00 0.02 0.01
OP2 0.32 0.22 0.44 0.07 0.25 0.23 0.20 0.29 0.16 0.28 0.18 0.22 0.25 0.21 0.29 0.45 0.28 0.34 0.01 0.13 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.10 0.35 0.22 0.10 0.04 0.09 0.03 0.10 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.31 0.38 0.14 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00