ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49997

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.008, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, -0.001, 0.017, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.019
N2 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C4 A 0, -0.002, 0.021, 0.044, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.021 std_dev=0.023
N3 A 0, -0.002, 0.023, 0.047, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.024
C8 A 0, -0.004, 0.026, 0.057, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.030
N9 A 0, -0.008, 0.038, 0.084, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.038 std_dev=0.046
O4' A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.243 max_d=0.243 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.018, 0.148, 0.279, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.148 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.084, 0.306, 0.527, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.306 std_dev=0.222
OP1 B 0, 0.122, 0.427, 0.732, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.427 std_dev=0.305
OP2 B 0, 0.129, 0.443, 0.756, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.443 std_dev=0.313
O3' A 0, 0.113, 0.429, 0.746, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.429 std_dev=0.316
P B 0, 0.132, 0.450, 0.768, 0.678 max_d=0.678 avg_d=0.450 std_dev=0.318
C4' A 0, 0.101, 0.468, 0.835, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.468 std_dev=0.367
N7 B 0, 0.026, 0.398, 0.770, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.398 std_dev=0.372
C8 B 0, 0.052, 0.434, 0.816, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.434 std_dev=0.382
O2' A 0, 0.101, 0.499, 0.896, 0.973 max_d=0.973 avg_d=0.499 std_dev=0.397
O4' B 0, 0.098, 0.502, 0.907, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.502 std_dev=0.405
C5 B 0, 0.115, 0.537, 0.959, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.537 std_dev=0.422
O5' B 0, 0.165, 0.591, 1.016, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.591 std_dev=0.425
N9 B 0, 0.111, 0.558, 1.006, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.558 std_dev=0.448
C4 B 0, 0.115, 0.582, 1.050, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.582 std_dev=0.468
OP2 A 0, 0.086, 0.562, 1.037, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.562 std_dev=0.475
P A 0, 0.146, 0.626, 1.106, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.626 std_dev=0.480
C5' B 0, 0.163, 0.643, 1.124, 1.155 max_d=1.155 avg_d=0.643 std_dev=0.481
C6 B 0, 0.196, 0.682, 1.168, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.682 std_dev=0.486
O5' A 0, 0.147, 0.639, 1.132, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.639 std_dev=0.493
N3 B 0, 0.158, 0.680, 1.201, 1.267 max_d=1.267 avg_d=0.680 std_dev=0.521
C1' B 0, 0.185, 0.707, 1.229, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.707 std_dev=0.522
OP1 A 0, 0.226, 0.771, 1.316, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.771 std_dev=0.545
C2 B 0, 0.206, 0.757, 1.307, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.757 std_dev=0.550
N1 B 0, 0.226, 0.777, 1.329, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.777 std_dev=0.551
O6 B 0, 0.226, 0.779, 1.332, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.779 std_dev=0.553
C4' B 0, 0.172, 0.778, 1.384, 1.478 max_d=1.478 avg_d=0.778 std_dev=0.606
N2 B 0, 0.238, 0.854, 1.471, 1.431 max_d=1.431 avg_d=0.854 std_dev=0.616
C5' A 0, 0.199, 0.916, 1.633, 1.750 max_d=1.750 avg_d=0.916 std_dev=0.717
C2' B 0, 0.296, 1.026, 1.755, 1.639 max_d=1.639 avg_d=1.026 std_dev=0.730
C3' B 0, 0.280, 1.186, 2.092, 2.199 max_d=2.199 avg_d=1.186 std_dev=0.906
O2' B 0, 0.263, 1.246, 2.229, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.246 std_dev=0.983
O3' B 0, 0.396, 1.570, 2.744, 2.823 max_d=2.823 avg_d=1.570 std_dev=1.174

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.01 0.23 0.10 0.17
C2 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.06 0.03 0.29 0.01 0.28 0.31 0.28
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.08 0.19 0.07 0.12
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.11 0.06 0.05 0.03 0.10 0.07 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.17 0.02 0.08
C4 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.07 0.01 0.21 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.14 0.04 0.03 0.30 0.00 0.28 0.28 0.27
C4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.17 0.08 0.04 0.03 0.16 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.12 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.12 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.06 0.04 0.34 0.01 0.35 0.38 0.35
C5' 0.06 0.18 0.02 0.01 0.21 0.00 0.30 0.00 0.31 0.34 0.26 0.14 0.15 0.37 0.21 0.02 0.07 0.01 0.01 0.36 0.22 0.22 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.11 0.01 0.31 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.06 0.05 0.35 0.01 0.37 0.43 0.38
C8 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.17 0.01 0.34 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.04 0.34 0.01 0.32 0.28 0.32
N1 0.01 0.00 0.08 0.06 0.02 0.08 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.05 0.05 0.33 0.00 0.33 0.39 0.34
N2 0.02 0.01 0.09 0.05 0.00 0.04 0.01 0.14 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.09 0.02 0.27 0.01 0.26 0.29 0.26
N3 0.01 0.00 0.07 0.03 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.04 0.02 0.27 0.01 0.26 0.26 0.25
N7 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.16 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.08 0.10 0.04 0.37 0.01 0.38 0.40 0.39
N9 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.02 0.28 0.00 0.26 0.20 0.24
O2' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.14 0.02 0.14 0.02 0.17 0.03 0.19 0.24 0.18 0.08 0.04 0.00 0.03 0.06 0.00 0.16 0.07 0.04 0.01
O3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.07 0.06 0.11 0.05 0.09 0.04 0.10 0.06 0.03 0.00 0.01 0.10 0.07 0.08 0.11 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.20 0.05 0.23 0.06 0.16
O5' 0.21 0.29 0.13 0.07 0.30 0.01 0.34 0.01 0.35 0.34 0.33 0.27 0.27 0.37 0.28 0.00 0.10 0.20 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01
O6 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.14 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.07 0.05 0.36 0.00 0.41 0.48 0.42
OP1 0.23 0.28 0.19 0.17 0.28 0.13 0.35 0.22 0.37 0.32 0.33 0.26 0.26 0.38 0.26 0.07 0.08 0.23 0.01 0.41 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.31 0.07 0.02 0.28 0.12 0.38 0.22 0.43 0.28 0.39 0.29 0.26 0.40 0.20 0.04 0.11 0.06 0.00 0.48 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.28 0.12 0.08 0.27 0.02 0.35 0.01 0.38 0.32 0.34 0.26 0.25 0.39 0.24 0.01 0.06 0.16 0.01 0.42 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.07 0.17 0.06 0.09 0.10 0.11 0.15 0.09 0.20 0.12 0.20 0.17 0.11 0.15 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.24 0.06 0.05 0.02
C2 0.18 0.23 0.18 0.06 0.09 0.03 0.16 0.05 0.25 0.11 0.29 0.26 0.12 0.12 0.08 0.37 0.23 0.07 0.02 0.30 0.05 0.06 0.03
C2' 0.10 0.23 0.17 0.05 0.18 0.10 0.20 0.07 0.23 0.16 0.24 0.24 0.20 0.19 0.13 0.05 0.05 0.09 0.06 0.24 0.08 0.07 0.03
C3' 0.02 0.05 0.18 0.09 0.04 0.04 0.09 0.03 0.10 0.11 0.07 0.05 0.04 0.15 0.02 0.16 0.12 0.03 0.04 0.13 0.01 0.04 0.00
C4 0.15 0.18 0.11 0.14 0.06 0.09 0.14 0.08 0.23 0.09 0.24 0.19 0.10 0.11 0.06 0.21 0.07 0.11 0.06 0.28 0.07 0.04 0.03
C4' 0.02 0.01 0.16 0.08 0.03 0.03 0.09 0.02 0.10 0.12 0.05 0.01 0.02 0.15 0.04 0.15 0.10 0.04 0.04 0.14 0.02 0.03 0.02
C5 0.20 0.18 0.18 0.22 0.08 0.14 0.11 0.12 0.23 0.08 0.25 0.20 0.13 0.04 0.12 0.20 0.15 0.14 0.10 0.29 0.09 0.03 0.06
C5' 0.13 0.24 0.14 0.19 0.22 0.08 0.26 0.03 0.29 0.21 0.27 0.24 0.22 0.27 0.18 0.19 0.22 0.12 0.08 0.33 0.13 0.06 0.06
C6 0.23 0.22 0.24 0.22 0.10 0.15 0.11 0.14 0.24 0.09 0.28 0.25 0.15 0.03 0.14 0.25 0.21 0.16 0.10 0.30 0.09 0.03 0.06
C8 0.14 0.12 0.12 0.23 0.07 0.14 0.09 0.14 0.18 0.07 0.17 0.13 0.09 0.04 0.09 0.15 0.14 0.13 0.13 0.24 0.11 0.02 0.09
N1 0.20 0.23 0.23 0.13 0.04 0.09 0.12 0.10 0.24 0.08 0.29 0.27 0.11 0.07 0.09 0.34 0.21 0.11 0.06 0.30 0.07 0.04 0.04
N2 0.18 0.25 0.20 0.07 0.12 0.04 0.17 0.04 0.26 0.12 0.30 0.28 0.15 0.14 0.10 0.45 0.33 0.05 0.04 0.30 0.05 0.09 0.05
N3 0.17 0.21 0.14 0.10 0.11 0.07 0.17 0.04 0.25 0.14 0.27 0.23 0.12 0.14 0.09 0.31 0.18 0.11 0.02 0.29 0.05 0.06 0.01
N7 0.20 0.15 0.18 0.28 0.12 0.17 0.10 0.15 0.20 0.12 0.19 0.16 0.14 0.05 0.16 0.18 0.19 0.16 0.14 0.27 0.11 0.03 0.09
N9 0.13 0.15 0.04 0.16 0.06 0.13 0.13 0.12 0.21 0.10 0.20 0.16 0.08 0.12 0.05 0.12 0.02 0.13 0.10 0.26 0.09 0.02 0.06
O2' 0.22 0.32 0.29 0.20 0.25 0.24 0.23 0.17 0.25 0.18 0.30 0.35 0.30 0.19 0.21 0.09 0.20 0.21 0.12 0.24 0.10 0.03 0.04
O3' 0.12 0.06 0.28 0.05 0.06 0.05 0.09 0.04 0.09 0.11 0.06 0.08 0.08 0.15 0.07 0.25 0.14 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00
O4' 0.03 0.12 0.12 0.07 0.07 0.07 0.11 0.06 0.16 0.07 0.15 0.12 0.08 0.11 0.02 0.10 0.03 0.07 0.03 0.20 0.02 0.07 0.01
O5' 0.17 0.31 0.28 0.07 0.26 0.05 0.31 0.01 0.37 0.20 0.35 0.31 0.27 0.28 0.20 0.33 0.14 0.14 0.03 0.41 0.14 0.12 0.11
O6 0.27 0.25 0.29 0.29 0.16 0.20 0.12 0.17 0.24 0.13 0.30 0.28 0.21 0.07 0.20 0.26 0.26 0.19 0.13 0.31 0.11 0.04 0.08
OP1 0.22 0.38 0.35 0.04 0.30 0.09 0.37 0.09 0.46 0.25 0.44 0.38 0.31 0.34 0.24 0.46 0.16 0.18 0.06 0.54 0.15 0.05 0.08
OP2 0.11 0.40 0.18 0.19 0.27 0.09 0.34 0.07 0.46 0.12 0.46 0.42 0.32 0.23 0.16 0.34 0.22 0.12 0.09 0.54 0.14 0.13 0.11
P 0.16 0.35 0.27 0.10 0.27 0.05 0.33 0.02 0.42 0.19 0.41 0.35 0.28 0.28 0.19 0.37 0.17 0.13 0.02 0.49 0.12 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.22 0.00 0.14 0.04 0.13 0.21 0.16
C2 0.04 0.00 0.15 0.17 0.01 0.08 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.25 0.10 0.03 0.02 0.04 0.09 0.06
C2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.03 0.05 0.16 0.08 0.08 0.12 0.18 0.14 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.30 0.07 0.31 0.39 0.34
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.18 0.01 0.25 0.02 0.26 0.24 0.22 0.14 0.13 0.28 0.16 0.01 0.01 0.02 0.07 0.29 0.05 0.12 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.18 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.17 0.05 0.04 0.03 0.05 0.10 0.07
C4' 0.01 0.08 0.03 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.17 0.07 0.09 0.08 0.16 0.07 0.18 0.03 0.00 0.02 0.10 0.02 0.04 0.02
C5 0.02 0.00 0.05 0.25 0.01 0.09 0.00 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.18 0.01 0.09 0.02 0.09 0.10 0.09
C5' 0.06 0.04 0.16 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.06 0.16 0.02 0.07 0.05 0.16 0.03 0.10 0.13 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.01
C6 0.04 0.01 0.08 0.26 0.03 0.08 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.21 0.22 0.04 0.09 0.01 0.11 0.11 0.10
C8 0.01 0.02 0.08 0.24 0.02 0.17 0.03 0.16 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.26 0.16 0.11 0.13 0.04 0.10 0.10 0.10
N1 0.05 0.01 0.12 0.22 0.02 0.07 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.14 0.23 0.08 0.04 0.01 0.07 0.09 0.07
N2 0.04 0.01 0.18 0.14 0.01 0.09 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.29 0.12 0.04 0.03 0.04 0.09 0.06
N3 0.04 0.01 0.14 0.13 0.00 0.08 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.25 0.10 0.05 0.03 0.05 0.10 0.08
N7 0.01 0.01 0.04 0.28 0.00 0.16 0.01 0.16 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.21 0.08 0.17 0.04 0.15 0.12 0.14
N9 0.00 0.02 0.01 0.16 0.01 0.07 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.12 0.01 0.05 0.03 0.06 0.14 0.09
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.14 0.18 0.22 0.10 0.21 0.26 0.14 0.13 0.10 0.27 0.14 0.00 0.03 0.13 0.26 0.25 0.30 0.48 0.34
O3' 0.22 0.25 0.03 0.01 0.17 0.03 0.18 0.13 0.22 0.16 0.23 0.29 0.25 0.21 0.12 0.03 0.00 0.15 0.19 0.25 0.30 0.29 0.24
O4' 0.00 0.10 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.08 0.12 0.10 0.08 0.01 0.13 0.15 0.00 0.06 0.03 0.02 0.09 0.07
O5' 0.14 0.03 0.30 0.07 0.04 0.02 0.09 0.01 0.09 0.13 0.04 0.04 0.05 0.17 0.05 0.26 0.19 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01
O6 0.04 0.02 0.07 0.29 0.03 0.10 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.25 0.25 0.03 0.13 0.00 0.15 0.16 0.14
OP1 0.13 0.04 0.31 0.05 0.05 0.02 0.09 0.03 0.11 0.10 0.07 0.04 0.05 0.15 0.06 0.30 0.30 0.02 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.09 0.39 0.12 0.10 0.04 0.10 0.01 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.12 0.14 0.48 0.29 0.09 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.06 0.34 0.07 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.10 0.07 0.06 0.08 0.14 0.09 0.34 0.24 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00