ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 49998

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2' A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C3' A 0, 0.000, 0.074, 0.148, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.074 std_dev=0.074
C4' A 0, 0.000, 0.086, 0.171, 0.171 max_d=0.171 avg_d=0.086 std_dev=0.086
C5' A 0, 0.000, 0.138, 0.277, 0.277 max_d=0.277 avg_d=0.138 std_dev=0.138
C5' B 0, 0.000, 0.143, 0.287, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.143 std_dev=0.143
O3' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
O5' B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
O4' B 0, 0.000, 0.155, 0.309, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C4' B 0, 0.000, 0.166, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.166 std_dev=0.166
O5' A 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
C1' B 0, 0.000, 0.171, 0.341, 0.341 max_d=0.341 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C2' B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
P B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
N9 B 0, 0.000, 0.228, 0.456, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.228 std_dev=0.228
C3' B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
O2' B 0, 0.000, 0.251, 0.501, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.251 std_dev=0.251
OP2 B 0, 0.000, 0.258, 0.516, 0.516 max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
C8 B 0, 0.000, 0.273, 0.546, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.273 std_dev=0.273
OP1 B 0, 0.000, 0.273, 0.547, 0.547 max_d=0.547 avg_d=0.273 std_dev=0.273
C4 B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
N3 B 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
P A 0, 0.000, 0.340, 0.681, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.340
N7 B 0, 0.000, 0.362, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.362 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.000, 0.363, 0.725, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.363 std_dev=0.363
O3' B 0, 0.000, 0.368, 0.737, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.368 std_dev=0.368
C2 B 0, 0.000, 0.409, 0.817, 0.817 max_d=0.817 avg_d=0.409 std_dev=0.409
OP1 A 0, 0.000, 0.436, 0.872, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.436 std_dev=0.436
C6 B 0, 0.000, 0.452, 0.904, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.452 std_dev=0.452
N1 B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
N2 B 0, 0.000, 0.466, 0.932, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.466 std_dev=0.466
OP2 A 0, 0.000, 0.478, 0.957, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.478 std_dev=0.478
O6 B 0, 0.000, 0.540, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.540 std_dev=0.540

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.11 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.08 0.05 0.04
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.09 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.11 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.08 0.00 0.11 0.16 0.12
C5' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.12 0.17 0.13
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.10 0.15 0.12
N1 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.09 0.15 0.11
N2 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.09 0.07
N7 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.14 0.20 0.15
N9 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.10 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.09 0.05 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.12 0.10 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.00 0.05 0.03 0.03 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.08 0.07 0.05 0.04 0.09 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.00 0.14 0.20 0.15
OP1 0.02 0.05 0.08 0.09 0.06 0.05 0.11 0.04 0.12 0.10 0.09 0.03 0.03 0.14 0.05 0.09 0.12 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.11 0.05 0.08 0.11 0.02 0.16 0.02 0.17 0.15 0.15 0.10 0.09 0.20 0.10 0.05 0.10 0.01 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.08 0.04 0.06 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.12 0.11 0.07 0.07 0.15 0.08 0.03 0.08 0.01 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.02 0.04 0.09 0.09 0.14 0.08 0.16 0.11 0.13 0.08 0.06 0.15 0.07 0.03 0.07 0.05 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00
C2 0.11 0.07 0.11 0.12 0.08 0.12 0.05 0.09 0.04 0.05 0.05 0.07 0.09 0.04 0.08 0.13 0.17 0.08 0.06 0.02 0.04 0.07 0.05
C2' 0.03 0.11 0.00 0.02 0.11 0.07 0.15 0.08 0.16 0.14 0.14 0.10 0.09 0.16 0.10 0.00 0.05 0.02 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01
C3' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.11 0.05 0.15 0.06 0.16 0.13 0.14 0.10 0.09 0.17 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00
C4 0.06 0.03 0.06 0.07 0.01 0.11 0.05 0.09 0.07 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.01 0.07 0.10 0.09 0.04 0.08 0.03 0.07 0.05
C4' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.11 0.05 0.15 0.05 0.18 0.13 0.15 0.10 0.08 0.17 0.08 0.01 0.01 0.03 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01
C5 0.07 0.02 0.06 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.05 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.10 0.06 0.06 0.06 0.09 0.07
C5' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.10 0.04 0.15 0.04 0.18 0.11 0.15 0.10 0.08 0.17 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01
C6 0.10 0.05 0.08 0.08 0.09 0.11 0.06 0.10 0.04 0.08 0.03 0.04 0.08 0.07 0.10 0.10 0.11 0.11 0.07 0.02 0.07 0.11 0.08
C8 0.02 0.11 0.02 0.02 0.08 0.09 0.13 0.09 0.16 0.06 0.15 0.10 0.07 0.11 0.03 0.03 0.04 0.08 0.04 0.19 0.05 0.07 0.06
N1 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.09 0.10 0.07 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.11 0.13 0.15 0.10 0.07 0.06 0.06 0.10 0.07
N2 0.11 0.11 0.14 0.15 0.10 0.12 0.07 0.09 0.07 0.06 0.08 0.11 0.12 0.05 0.09 0.16 0.21 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.05
N3 0.07 0.01 0.08 0.10 0.02 0.11 0.01 0.09 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.09 0.14 0.08 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04
N7 0.04 0.08 0.03 0.03 0.04 0.09 0.07 0.09 0.11 0.00 0.11 0.08 0.04 0.05 0.01 0.05 0.05 0.10 0.05 0.14 0.07 0.10 0.07
N9 0.02 0.08 0.03 0.04 0.07 0.10 0.11 0.09 0.13 0.07 0.11 0.07 0.05 0.11 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.16 0.03 0.05 0.04
O2' 0.07 0.12 0.03 0.00 0.12 0.02 0.15 0.02 0.16 0.15 0.14 0.11 0.10 0.17 0.12 0.04 0.04 0.06 0.05 0.17 0.05 0.05 0.05
O3' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.12 0.10 0.11 0.09 0.08 0.12 0.08 0.04 0.01 0.00 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00
O4' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.12 0.07 0.18 0.07 0.21 0.14 0.18 0.11 0.09 0.20 0.09 0.01 0.04 0.04 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01
O5' 0.01 0.12 0.01 0.04 0.10 0.03 0.16 0.03 0.19 0.10 0.16 0.10 0.08 0.17 0.06 0.01 0.05 0.05 0.02 0.23 0.02 0.01 0.02
O6 0.10 0.08 0.08 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.08 0.11 0.07 0.06 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.11 0.08 0.06 0.08 0.12 0.09
OP1 0.06 0.12 0.09 0.15 0.12 0.07 0.15 0.09 0.18 0.13 0.15 0.11 0.10 0.17 0.10 0.08 0.18 0.01 0.12 0.21 0.15 0.13 0.13
OP2 0.04 0.15 0.09 0.15 0.14 0.05 0.21 0.07 0.25 0.14 0.21 0.13 0.12 0.23 0.10 0.05 0.18 0.02 0.13 0.32 0.14 0.15 0.13
P 0.03 0.14 0.06 0.11 0.12 0.02 0.18 0.04 0.22 0.13 0.19 0.12 0.10 0.20 0.09 0.04 0.13 0.03 0.09 0.28 0.10 0.11 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.07 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.05 0.05 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.06 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.07 0.07
C8 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.04 0.03 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.01 0.06 0.00 0.05 0.07 0.07
N2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.07 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.05 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.04 0.04
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.10 0.06
O4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.06 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.07 0.07
OP1 0.03 0.05 0.01 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.06 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.07 0.02 0.06 0.05 0.01 0.06 0.01 0.07 0.03 0.07 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.10 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.05 0.07 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00