Doublet Group distance statistics: 50004

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 7, 14, 6, 16, 14, 10, 8, 6, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.017, 0.025, 0.033, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.012, 0.025, 0.037, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N3	A	0, 0.033, 0.046, 0.059, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.046 std_dev=0.013
C2	A	0, 0.017, 0.030, 0.044, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.030 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.019, 0.033, 0.047, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.033 std_dev=0.014
C1'	A	0, 0.035, 0.050, 0.064, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.050 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.022, 0.037, 0.053, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.037 std_dev=0.016
C4	A	0, 0.024, 0.042, 0.060, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.042 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.018, 0.041, 0.063, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.041 std_dev=0.022
N2	A	0, 0.060, 0.084, 0.107, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.084 std_dev=0.023
O6	A	0, 0.044, 0.068, 0.093, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.068 std_dev=0.024
C8	A	0, 0.019, 0.047, 0.075, 0.141 max_d=0.141 avg_d=0.047 std_dev=0.028
O4'	A	0, 0.060, 0.145, 0.229, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.145 std_dev=0.085
C2'	A	0, 0.084, 0.177, 0.271, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.177 std_dev=0.094
C4'	A	0, 0.148, 0.263, 0.379, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.263 std_dev=0.116
C3'	A	0, 0.118, 0.262, 0.407, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.262 std_dev=0.144
O2'	A	0, 0.123, 0.273, 0.423, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.273 std_dev=0.150
O3'	A	0, 0.153, 0.349, 0.546, 1.100 max_d=1.100 avg_d=0.349 std_dev=0.196
C6	B	0, 0.314, 0.543, 0.771, 1.019 max_d=1.019 avg_d=0.543 std_dev=0.229
C5'	A	0, 0.257, 0.492, 0.728, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.492 std_dev=0.235
O5'	B	0, 0.252, 0.490, 0.728, 1.245 max_d=1.245 avg_d=0.490 std_dev=0.238
N1	B	0, 0.403, 0.642, 0.881, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.642 std_dev=0.239
C5	B	0, 0.239, 0.480, 0.722, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.480 std_dev=0.241
C4	B	0, 0.262, 0.509, 0.756, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.509 std_dev=0.247
P	B	0, 0.192, 0.442, 0.692, 1.179 max_d=1.179 avg_d=0.442 std_dev=0.250
C2	B	0, 0.420, 0.686, 0.953, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.686 std_dev=0.267
OP2	B	0, 0.217, 0.490, 0.762, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.490 std_dev=0.273
N3	B	0, 0.358, 0.631, 0.904, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.631 std_dev=0.273
N9	B	0, 0.231, 0.506, 0.782, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.506 std_dev=0.276
N6	B	0, 0.314, 0.591, 0.868, 1.262 max_d=1.262 avg_d=0.591 std_dev=0.277
C8	B	0, 0.244, 0.523, 0.801, 1.178 max_d=1.178 avg_d=0.523 std_dev=0.279
C3'	B	0, 0.331, 0.616, 0.901, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.616 std_dev=0.285
O4'	B	0, 0.271, 0.558, 0.845, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.558 std_dev=0.287
N7	B	0, 0.222, 0.510, 0.798, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.510 std_dev=0.288
C4'	B	0, 0.282, 0.571, 0.859, 1.506 max_d=1.506 avg_d=0.571 std_dev=0.289
OP1	B	0, 0.285, 0.617, 0.950, 1.679 max_d=1.679 avg_d=0.617 std_dev=0.333
C1'	B	0, 0.236, 0.580, 0.923, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.580 std_dev=0.344
C5'	B	0, 0.268, 0.619, 0.969, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.619 std_dev=0.350
O3'	B	0, 0.382, 0.741, 1.101, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.741 std_dev=0.359
C2'	B	0, 0.213, 0.676, 1.139, 2.722 max_d=2.722 avg_d=0.676 std_dev=0.463
O5'	A	0, 0.211, 0.679, 1.147, 2.392 max_d=2.392 avg_d=0.679 std_dev=0.468
P	A	0, 0.419, 1.030, 1.641, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.030 std_dev=0.611
OP1	A	0, 0.450, 1.149, 1.849, 3.093 max_d=3.093 avg_d=1.149 std_dev=0.699
OP2	A	0, 0.709, 1.413, 2.117, 3.490 max_d=3.490 avg_d=1.413 std_dev=0.704
O2'	B	0, -0.016, 0.859, 1.734, 4.758 max_d=4.758 avg_d=0.859 std_dev=0.875

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.04	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.12	0.03	0.17	0.19	0.11
C2	0.03	0.00	0.09	0.12	0.01	0.05	0.01	0.11	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.11	0.14	0.03	0.28	0.02	0.36	0.35	0.26
C2'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.05	0.02	0.05	0.03	0.07	0.05	0.08	0.11	0.09	0.05	0.02	0.00	0.02	0.01	0.17	0.07	0.21	0.14	0.13
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.08	0.01	0.09	0.03	0.10	0.09	0.11	0.13	0.10	0.10	0.05	0.02	0.01	0.02	0.23	0.11	0.29	0.14	0.19
C4	0.02	0.01	0.05	0.08	0.00	0.04	0.01	0.12	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.08	0.02	0.29	0.02	0.35	0.33	0.26
C4'	0.01	0.05	0.02	0.01	0.04	0.00	0.07	0.01	0.07	0.08	0.06	0.06	0.05	0.08	0.04	0.06	0.03	0.01	0.02	0.08	0.12	0.21	0.04
C5	0.02	0.01	0.05	0.09	0.01	0.07	0.00	0.16	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.06	0.10	0.02	0.36	0.02	0.46	0.43	0.34
C5'	0.03	0.11	0.03	0.03	0.12	0.01	0.16	0.00	0.17	0.17	0.14	0.10	0.09	0.19	0.11	0.06	0.05	0.02	0.01	0.19	0.17	0.30	0.02
C6	0.02	0.02	0.07	0.10	0.01	0.07	0.01	0.17	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.08	0.12	0.02	0.37	0.01	0.49	0.47	0.37
C8	0.01	0.02	0.05	0.09	0.01	0.08	0.01	0.17	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.11	0.03	0.35	0.02	0.41	0.37	0.30
N1	0.03	0.01	0.08	0.11	0.02	0.06	0.01	0.14	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.10	0.13	0.03	0.34	0.02	0.44	0.42	0.33
N2	0.04	0.01	0.11	0.13	0.01	0.06	0.01	0.10	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.14	0.17	0.04	0.26	0.03	0.33	0.33	0.24
N3	0.03	0.01	0.09	0.10	0.01	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.12	0.03	0.24	0.02	0.30	0.29	0.22
N7	0.02	0.01	0.05	0.10	0.01	0.08	0.01	0.19	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.04	0.12	0.03	0.39	0.02	0.50	0.47	0.38
N9	0.01	0.02	0.02	0.05	0.01	0.04	0.01	0.11	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.05	0.01	0.26	0.02	0.30	0.28	0.22
O2'	0.02	0.11	0.00	0.02	0.06	0.06	0.06	0.06	0.08	0.04	0.10	0.14	0.10	0.04	0.03	0.00	0.05	0.05	0.07	0.08	0.16	0.15	0.07
O3'	0.01	0.14	0.02	0.01	0.08	0.03	0.10	0.05	0.12	0.11	0.13	0.17	0.12	0.12	0.05	0.05	0.00	0.02	0.20	0.14	0.36	0.21	0.20
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.04	0.03	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.07	0.03	0.14	0.23	0.13
O5'	0.12	0.28	0.17	0.23	0.29	0.02	0.36	0.01	0.37	0.35	0.34	0.26	0.24	0.39	0.26	0.07	0.20	0.07	0.00	0.41	0.02	0.02	0.01
O6	0.03	0.02	0.07	0.11	0.02	0.08	0.02	0.19	0.01	0.02	0.02	0.03	0.02	0.02	0.02	0.08	0.14	0.03	0.41	0.00	0.56	0.53	0.42
OP1	0.17	0.36	0.21	0.29	0.35	0.12	0.46	0.17	0.49	0.41	0.44	0.33	0.30	0.50	0.30	0.16	0.36	0.14	0.02	0.56	0.00	0.01	0.01
OP2	0.19	0.35	0.14	0.14	0.33	0.21	0.43	0.30	0.47	0.37	0.42	0.33	0.29	0.47	0.28	0.15	0.21	0.23	0.02	0.53	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.26	0.13	0.19	0.26	0.04	0.34	0.02	0.37	0.30	0.33	0.24	0.22	0.38	0.22	0.07	0.20	0.13	0.01	0.42	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.25	0.21	0.19	0.13	0.19	0.15	0.20	0.25	0.21	0.21	0.21	0.21	0.24	0.22	0.20	0.25	0.14	0.23	0.19	0.05	0.10	0.06
C2	0.33	0.25	0.32	0.24	0.18	0.19	0.14	0.24	0.19	0.18	0.22	0.26	0.22	0.17	0.21	0.46	0.20	0.20	0.22	0.16	0.22	0.15
C2'	0.22	0.21	0.20	0.14	0.22	0.14	0.25	0.25	0.25	0.26	0.23	0.21	0.28	0.29	0.22	0.20	0.14	0.23	0.20	0.09	0.12	0.09
C3'	0.21	0.25	0.26	0.15	0.25	0.12	0.30	0.17	0.31	0.29	0.28	0.24	0.35	0.34	0.24	0.21	0.15	0.25	0.09	0.02	0.07	0.02
C4	0.27	0.22	0.20	0.16	0.18	0.17	0.15	0.23	0.19	0.16	0.21	0.23	0.22	0.17	0.19	0.28	0.14	0.21	0.20	0.10	0.19	0.11
C4'	0.21	0.23	0.24	0.15	0.23	0.12	0.27	0.21	0.29	0.27	0.26	0.22	0.33	0.31	0.22	0.20	0.15	0.24	0.08	0.07	0.13	0.05
C5	0.26	0.22	0.21	0.19	0.18	0.19	0.14	0.25	0.18	0.17	0.21	0.22	0.22	0.15	0.20	0.26	0.17	0.22	0.22	0.15	0.24	0.15
C5'	0.23	0.31	0.28	0.17	0.29	0.13	0.36	0.17	0.38	0.32	0.35	0.28	0.44	0.38	0.27	0.25	0.19	0.26	0.10	0.15	0.25	0.13
C6	0.26	0.24	0.23	0.23	0.19	0.20	0.13	0.24	0.17	0.19	0.21	0.24	0.23	0.19	0.21	0.28	0.19	0.21	0.23	0.17	0.26	0.17
C8	0.24	0.20	0.24	0.17	0.18	0.20	0.16	0.26	0.19	0.17	0.20	0.20	0.23	0.16	0.19	0.28	0.18	0.25	0.21	0.15	0.22	0.16
N1	0.29	0.25	0.29	0.25	0.18	0.19	0.12	0.23	0.18	0.17	0.22	0.26	0.24	0.17	0.20	0.36	0.20	0.20	0.23	0.16	0.25	0.16
N2	0.37	0.27	0.43	0.29	0.19	0.23	0.16	0.26	0.20	0.21	0.24	0.28	0.23	0.18	0.24	0.63	0.27	0.23	0.24	0.21	0.23	0.18
N3	0.32	0.24	0.26	0.19	0.19	0.18	0.17	0.25	0.19	0.19	0.21	0.24	0.22	0.19	0.22	0.40	0.17	0.20	0.21	0.14	0.19	0.12
N7	0.24	0.21	0.24	0.20	0.18	0.22	0.15	0.27	0.19	0.19	0.21	0.21	0.23	0.16	0.20	0.30	0.19	0.25	0.23	0.18	0.26	0.18
N9	0.25	0.21	0.20	0.14	0.18	0.16	0.17	0.24	0.20	0.17	0.20	0.21	0.23	0.18	0.19	0.25	0.14	0.23	0.19	0.08	0.16	0.09
O2'	0.26	0.24	0.24	0.24	0.24	0.24	0.26	0.38	0.25	0.29	0.24	0.24	0.27	0.30	0.25	0.28	0.24	0.27	0.26	0.16	0.13	0.14
O3'	0.21	0.27	0.33	0.23	0.28	0.15	0.33	0.20	0.34	0.32	0.31	0.26	0.38	0.37	0.26	0.25	0.21	0.25	0.03	0.02	0.03	0.01
O4'	0.23	0.21	0.21	0.12	0.19	0.13	0.21	0.23	0.23	0.21	0.21	0.21	0.26	0.24	0.20	0.22	0.12	0.23	0.14	0.04	0.10	0.03
O5'	0.40	0.51	0.44	0.35	0.48	0.31	0.53	0.28	0.56	0.48	0.54	0.48	0.60	0.54	0.45	0.44	0.35	0.40	0.33	0.24	0.39	0.29
O6	0.26	0.25	0.24	0.25	0.21	0.22	0.18	0.26	0.20	0.23	0.23	0.25	0.26	0.24	0.22	0.28	0.22	0.22	0.25	0.20	0.29	0.20
OP1	0.44	0.63	0.50	0.44	0.57	0.40	0.65	0.41	0.72	0.54	0.70	0.57	0.79	0.64	0.51	0.52	0.50	0.44	0.42	0.46	0.53	0.44
OP2	0.40	0.55	0.44	0.42	0.49	0.39	0.55	0.40	0.61	0.45	0.60	0.50	0.67	0.52	0.44	0.48	0.47	0.42	0.33	0.38	0.43	0.32
P	0.40	0.54	0.44	0.38	0.50	0.34	0.56	0.33	0.60	0.48	0.59	0.50	0.66	0.55	0.45	0.46	0.41	0.41	0.33	0.33	0.43	0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.06	0.03	0.02	0.04	0.04	0.03	0.01	0.01	0.03	0.16	0.01	0.19	0.23	0.26	0.18
C2	0.04	0.00	0.23	0.21	0.01	0.07	0.01	0.10	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.17	0.20	0.11	0.30	0.30	0.36	0.29
C2'	0.00	0.23	0.00	0.01	0.12	0.01	0.07	0.15	0.11	0.11	0.18	0.24	0.09	0.08	0.02	0.00	0.02	0.01	0.37	0.50	0.48	0.42
C3'	0.01	0.21	0.01	0.00	0.18	0.01	0.22	0.03	0.23	0.20	0.23	0.18	0.26	0.23	0.14	0.03	0.01	0.02	0.23	0.37	0.19	0.23
C4	0.02	0.01	0.12	0.18	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.11	0.10	0.06	0.30	0.29	0.33	0.28
C4'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.05	0.00	0.09	0.01	0.09	0.14	0.07	0.07	0.12	0.14	0.06	0.18	0.03	0.01	0.02	0.14	0.20	0.04
C5	0.02	0.01	0.07	0.22	0.01	0.09	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.19	0.12	0.03	0.37	0.35	0.41	0.35
C5'	0.06	0.10	0.15	0.03	0.09	0.01	0.14	0.00	0.14	0.17	0.11	0.09	0.18	0.19	0.09	0.07	0.12	0.02	0.01	0.14	0.25	0.02
C6	0.03	0.01	0.11	0.23	0.01	0.09	0.01	0.14	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.19	0.15	0.04	0.38	0.38	0.45	0.38
C8	0.02	0.02	0.11	0.20	0.01	0.14	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.24	0.16	0.10	0.36	0.31	0.33	0.31
N1	0.04	0.01	0.18	0.23	0.01	0.07	0.01	0.11	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.16	0.17	0.08	0.35	0.35	0.42	0.34
N3	0.04	0.01	0.24	0.18	0.01	0.07	0.01	0.09	0.02	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.17	0.19	0.12	0.27	0.27	0.32	0.25
N6	0.03	0.02	0.09	0.26	0.02	0.12	0.02	0.18	0.01	0.03	0.02	0.02	0.00	0.03	0.02	0.23	0.18	0.04	0.41	0.44	0.51	0.43
N7	0.01	0.02	0.08	0.23	0.01	0.14	0.01	0.19	0.01	0.00	0.02	0.01	0.03	0.00	0.01	0.26	0.17	0.08	0.40	0.39	0.43	0.39
N9	0.01	0.02	0.02	0.14	0.01	0.06	0.01	0.09	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.11	0.07	0.02	0.28	0.26	0.29	0.24
O2'	0.03	0.17	0.00	0.03	0.11	0.18	0.19	0.07	0.19	0.24	0.16	0.17	0.23	0.26	0.11	0.00	0.05	0.13	0.28	0.48	0.57	0.40
O3'	0.16	0.20	0.02	0.01	0.10	0.03	0.12	0.12	0.15	0.16	0.17	0.19	0.18	0.17	0.07	0.05	0.00	0.10	0.19	0.33	0.21	0.20
O4'	0.01	0.11	0.01	0.02	0.06	0.01	0.03	0.02	0.04	0.10	0.08	0.12	0.04	0.08	0.02	0.13	0.10	0.00	0.10	0.12	0.26	0.14
O5'	0.19	0.30	0.37	0.23	0.30	0.02	0.37	0.01	0.38	0.36	0.35	0.27	0.41	0.40	0.28	0.28	0.19	0.10	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.23	0.30	0.50	0.37	0.29	0.14	0.35	0.14	0.38	0.31	0.35	0.27	0.44	0.39	0.26	0.48	0.33	0.12	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.26	0.36	0.48	0.19	0.33	0.20	0.41	0.25	0.45	0.33	0.42	0.32	0.51	0.43	0.29	0.57	0.21	0.26	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.18	0.29	0.42	0.23	0.28	0.04	0.35	0.02	0.38	0.31	0.34	0.25	0.43	0.39	0.24	0.40	0.20	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00