Doublet Group distance statistics: 50008

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 3, 11, 7, 12, 6, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N9	A	0, 0.024, 0.034, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.034 std_dev=0.010
N1	A	0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C5	A	0, 0.016, 0.027, 0.039, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.027 std_dev=0.012
C6	A	0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C1'	A	0, 0.008, 0.024, 0.040, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.024 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N2	A	0, 0.033, 0.052, 0.070, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.052 std_dev=0.019
C8	A	0, 0.031, 0.050, 0.069, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.050 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.029, 0.049, 0.069, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.049 std_dev=0.020
N3	A	0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.030 std_dev=0.021
O6	A	0, 0.011, 0.033, 0.055, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.033 std_dev=0.022
O4'	A	0, 0.056, 0.176, 0.295, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.176 std_dev=0.120
C2'	A	0, 0.074, 0.211, 0.348, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.211 std_dev=0.137
C4'	A	0, 0.139, 0.309, 0.480, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.309 std_dev=0.170
C4	B	0, 0.226, 0.406, 0.587, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.406 std_dev=0.180
O2'	A	0, 0.167, 0.353, 0.539, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.353 std_dev=0.186
N3	B	0, 0.272, 0.464, 0.656, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.464 std_dev=0.192
C5	B	0, 0.228, 0.423, 0.617, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.423 std_dev=0.194
C3'	A	0, 0.084, 0.295, 0.506, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.295 std_dev=0.211
N1	B	0, 0.274, 0.486, 0.698, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.486 std_dev=0.212
C2	B	0, 0.278, 0.490, 0.703, 0.908 max_d=0.908 avg_d=0.490 std_dev=0.212
C6	B	0, 0.253, 0.465, 0.677, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.465 std_dev=0.212
N9	B	0, 0.196, 0.413, 0.630, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.413 std_dev=0.217
N7	B	0, 0.233, 0.469, 0.706, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.469 std_dev=0.236
C1'	B	0, 0.260, 0.496, 0.733, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.496 std_dev=0.237
C8	B	0, 0.181, 0.437, 0.692, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.437 std_dev=0.256
N6	B	0, 0.296, 0.559, 0.822, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.559 std_dev=0.263
O4'	B	0, 0.202, 0.469, 0.736, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.469 std_dev=0.267
O3'	A	0, 0.130, 0.440, 0.749, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.440 std_dev=0.309
C2'	B	0, 0.317, 0.633, 0.949, 1.496 max_d=1.496 avg_d=0.633 std_dev=0.316
C5'	A	0, 0.203, 0.525, 0.847, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.525 std_dev=0.322
C4'	B	0, 0.205, 0.563, 0.921, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.563 std_dev=0.358
C3'	B	0, 0.281, 0.660, 1.039, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.660 std_dev=0.379
C5'	B	0, 0.201, 0.580, 0.960, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.580 std_dev=0.379
P	B	0, 0.157, 0.543, 0.929, 1.741 max_d=1.741 avg_d=0.543 std_dev=0.386
O5'	B	0, 0.218, 0.620, 1.022, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.620 std_dev=0.402
O2'	B	0, 0.390, 0.800, 1.209, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.800 std_dev=0.409
OP2	B	0, 0.190, 0.615, 1.041, 1.781 max_d=1.781 avg_d=0.615 std_dev=0.426
O5'	A	0, 0.234, 0.715, 1.196, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.715 std_dev=0.481
O3'	B	0, 0.413, 0.918, 1.423, 2.177 max_d=2.177 avg_d=0.918 std_dev=0.505
OP1	B	0, 0.176, 0.692, 1.207, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.692 std_dev=0.516
P	A	0, 0.215, 0.808, 1.401, 3.202 max_d=3.202 avg_d=0.808 std_dev=0.593
OP1	A	0, 0.231, 1.022, 1.813, 3.938 max_d=3.938 avg_d=1.022 std_dev=0.791
OP2	A	0, 0.050, 0.961, 1.872, 5.619 max_d=5.619 avg_d=0.961 std_dev=0.911

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.05	0.04	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.15	0.03	0.24	0.22	0.13
C2	0.04	0.00	0.15	0.16	0.02	0.07	0.01	0.11	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.17	0.20	0.04	0.32	0.02	0.38	0.45	0.31
C2'	0.00	0.15	0.00	0.01	0.08	0.02	0.06	0.02	0.08	0.08	0.12	0.18	0.14	0.06	0.03	0.01	0.02	0.01	0.19	0.08	0.26	0.21	0.15
C3'	0.01	0.16	0.01	0.00	0.08	0.01	0.07	0.02	0.08	0.14	0.12	0.20	0.15	0.11	0.05	0.02	0.01	0.01	0.26	0.08	0.35	0.21	0.21
C4	0.02	0.02	0.08	0.08	0.00	0.05	0.01	0.09	0.01	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.09	0.09	0.02	0.34	0.01	0.39	0.45	0.32
C4'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.05	0.00	0.05	0.01	0.05	0.09	0.06	0.10	0.07	0.08	0.04	0.07	0.03	0.01	0.02	0.06	0.14	0.26	0.07
C5	0.02	0.01	0.06	0.07	0.01	0.05	0.00	0.12	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.07	0.08	0.02	0.43	0.02	0.49	0.61	0.44
C5'	0.03	0.11	0.02	0.02	0.09	0.01	0.12	0.00	0.13	0.14	0.12	0.12	0.09	0.15	0.08	0.07	0.05	0.02	0.01	0.14	0.20	0.26	0.03
C6	0.02	0.02	0.08	0.08	0.01	0.05	0.01	0.13	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.10	0.10	0.02	0.44	0.00	0.51	0.67	0.47
C8	0.01	0.02	0.08	0.14	0.01	0.09	0.02	0.14	0.02	0.00	0.02	0.02	0.02	0.02	0.01	0.05	0.15	0.03	0.44	0.02	0.48	0.54	0.42
N1	0.03	0.01	0.12	0.12	0.02	0.06	0.01	0.12	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.15	0.03	0.39	0.01	0.45	0.58	0.40
N2	0.05	0.01	0.18	0.20	0.02	0.10	0.02	0.12	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.02	0.21	0.27	0.05	0.28	0.02	0.34	0.41	0.28
N3	0.04	0.01	0.14	0.15	0.01	0.07	0.02	0.09	0.03	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.15	0.18	0.04	0.28	0.03	0.34	0.38	0.27
N7	0.02	0.02	0.06	0.11	0.01	0.08	0.01	0.15	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.14	0.03	0.48	0.03	0.54	0.69	0.50
N9	0.01	0.02	0.03	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01	0.31	0.02	0.36	0.38	0.28
O2'	0.02	0.17	0.01	0.02	0.09	0.07	0.07	0.07	0.10	0.05	0.14	0.21	0.15	0.05	0.03	0.00	0.06	0.05	0.08	0.10	0.20	0.30	0.11
O3'	0.02	0.20	0.02	0.01	0.09	0.03	0.08	0.05	0.10	0.15	0.15	0.27	0.18	0.14	0.06	0.06	0.00	0.03	0.22	0.10	0.43	0.35	0.23
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.03	0.03	0.05	0.04	0.03	0.01	0.05	0.03	0.00	0.11	0.03	0.23	0.26	0.15
O5'	0.15	0.32	0.19	0.26	0.34	0.02	0.43	0.01	0.44	0.44	0.39	0.28	0.28	0.48	0.31	0.08	0.22	0.11	0.00	0.48	0.02	0.03	0.01
O6	0.03	0.02	0.08	0.08	0.01	0.06	0.02	0.14	0.00	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.02	0.10	0.10	0.03	0.48	0.00	0.56	0.77	0.53
OP1	0.24	0.38	0.26	0.35	0.39	0.14	0.49	0.20	0.51	0.48	0.45	0.34	0.34	0.54	0.36	0.20	0.43	0.23	0.02	0.56	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.45	0.21	0.21	0.45	0.26	0.61	0.26	0.67	0.54	0.58	0.41	0.38	0.69	0.38	0.30	0.35	0.26	0.03	0.77	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.31	0.15	0.21	0.32	0.07	0.44	0.03	0.47	0.42	0.40	0.28	0.27	0.50	0.28	0.11	0.23	0.15	0.01	0.53	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.19	0.16	0.18	0.17	0.12	0.20	0.18	0.23	0.21	0.19	0.18	0.14	0.27	0.24	0.13	0.26	0.21	0.20	0.21	0.06	0.11	0.06
C2	0.28	0.20	0.31	0.25	0.16	0.27	0.15	0.24	0.16	0.18	0.16	0.22	0.19	0.19	0.19	0.42	0.29	0.27	0.21	0.18	0.22	0.17
C2'	0.16	0.17	0.13	0.15	0.15	0.16	0.21	0.23	0.23	0.21	0.20	0.15	0.28	0.26	0.14	0.20	0.19	0.17	0.23	0.11	0.13	0.11
C3'	0.17	0.22	0.11	0.12	0.21	0.09	0.26	0.14	0.28	0.23	0.26	0.20	0.33	0.29	0.18	0.15	0.17	0.17	0.09	0.03	0.08	0.02
C4	0.22	0.19	0.20	0.16	0.13	0.20	0.15	0.20	0.18	0.17	0.18	0.18	0.23	0.21	0.14	0.29	0.19	0.22	0.18	0.09	0.17	0.08
C4'	0.15	0.21	0.10	0.11	0.19	0.10	0.25	0.17	0.29	0.22	0.25	0.18	0.35	0.29	0.16	0.17	0.15	0.15	0.09	0.10	0.17	0.07
C5	0.22	0.21	0.19	0.17	0.13	0.19	0.13	0.20	0.17	0.19	0.20	0.19	0.23	0.20	0.16	0.27	0.20	0.22	0.21	0.12	0.21	0.13
C5'	0.19	0.29	0.16	0.16	0.26	0.12	0.33	0.16	0.37	0.27	0.34	0.25	0.44	0.36	0.22	0.17	0.20	0.18	0.11	0.21	0.31	0.17
C6	0.22	0.24	0.21	0.16	0.15	0.19	0.11	0.18	0.13	0.18	0.19	0.23	0.20	0.20	0.17	0.29	0.19	0.22	0.20	0.12	0.21	0.13
C8	0.22	0.19	0.20	0.24	0.13	0.23	0.15	0.27	0.20	0.20	0.21	0.16	0.27	0.20	0.17	0.24	0.28	0.25	0.28	0.19	0.26	0.21
N1	0.26	0.23	0.27	0.20	0.16	0.23	0.11	0.20	0.13	0.16	0.16	0.25	0.19	0.17	0.18	0.37	0.23	0.24	0.19	0.15	0.21	0.14
N2	0.34	0.20	0.41	0.36	0.19	0.35	0.16	0.31	0.16	0.21	0.17	0.24	0.19	0.19	0.24	0.53	0.42	0.32	0.27	0.27	0.26	0.24
N3	0.25	0.18	0.26	0.21	0.15	0.24	0.17	0.23	0.18	0.20	0.17	0.19	0.22	0.22	0.17	0.37	0.25	0.25	0.19	0.16	0.19	0.14
N7	0.22	0.21	0.20	0.23	0.14	0.22	0.14	0.25	0.19	0.22	0.21	0.18	0.25	0.21	0.18	0.24	0.27	0.25	0.27	0.19	0.28	0.21
N9	0.21	0.17	0.18	0.18	0.12	0.20	0.16	0.22	0.20	0.18	0.19	0.16	0.26	0.22	0.14	0.26	0.22	0.22	0.21	0.08	0.16	0.10
O2'	0.23	0.19	0.24	0.25	0.20	0.26	0.23	0.32	0.24	0.26	0.21	0.19	0.27	0.28	0.21	0.30	0.27	0.23	0.30	0.18	0.14	0.16
O3'	0.20	0.23	0.16	0.18	0.23	0.15	0.27	0.18	0.28	0.26	0.26	0.22	0.32	0.29	0.22	0.17	0.20	0.21	0.03	0.03	0.03	0.01
O4'	0.17	0.18	0.13	0.12	0.15	0.14	0.22	0.19	0.25	0.18	0.22	0.16	0.33	0.26	0.12	0.23	0.16	0.17	0.14	0.06	0.15	0.03
O5'	0.41	0.51	0.39	0.39	0.49	0.32	0.54	0.31	0.58	0.49	0.55	0.48	0.64	0.56	0.46	0.37	0.41	0.37	0.36	0.27	0.46	0.32
O6	0.22	0.27	0.20	0.17	0.17	0.19	0.14	0.18	0.13	0.20	0.21	0.24	0.21	0.22	0.18	0.28	0.20	0.22	0.22	0.15	0.24	0.15
OP1	0.51	0.67	0.55	0.58	0.63	0.47	0.71	0.49	0.77	0.63	0.74	0.61	0.86	0.71	0.58	0.50	0.63	0.46	0.57	0.62	0.78	0.61
OP2	0.49	0.74	0.50	0.50	0.66	0.40	0.76	0.41	0.85	0.61	0.82	0.65	0.96	0.74	0.58	0.46	0.56	0.42	0.45	0.45	0.53	0.41
P	0.41	0.58	0.41	0.42	0.54	0.32	0.62	0.32	0.68	0.52	0.65	0.52	0.76	0.62	0.48	0.37	0.46	0.36	0.38	0.32	0.51	0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.10	0.09	0.22	0.11
C2	0.04	0.00	0.11	0.12	0.02	0.05	0.01	0.07	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.15	0.17	0.04	0.21	0.18	0.25	0.19
C2'	0.01	0.11	0.00	0.00	0.07	0.01	0.07	0.02	0.08	0.07	0.10	0.11	0.09	0.07	0.03	0.00	0.05	0.01	0.13	0.16	0.12	0.08
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.09	0.01	0.11	0.02	0.12	0.13	0.12	0.11	0.14	0.13	0.07	0.03	0.01	0.01	0.17	0.21	0.11	0.13
C4	0.02	0.02	0.07	0.09	0.00	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.08	0.12	0.02	0.22	0.18	0.24	0.18
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.08	0.05	0.05	0.08	0.08	0.04	0.06	0.03	0.01	0.01	0.10	0.18	0.03
C5	0.01	0.01	0.07	0.11	0.01	0.06	0.00	0.10	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.07	0.18	0.03	0.28	0.24	0.28	0.24
C5'	0.03	0.07	0.02	0.02	0.07	0.01	0.10	0.00	0.10	0.11	0.08	0.06	0.13	0.13	0.07	0.06	0.06	0.02	0.01	0.11	0.18	0.02
C6	0.02	0.01	0.08	0.12	0.01	0.06	0.01	0.10	0.00	0.02	0.01	0.03	0.01	0.02	0.01	0.10	0.20	0.03	0.30	0.26	0.30	0.26
C8	0.02	0.02	0.07	0.13	0.01	0.08	0.02	0.11	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.01	0.04	0.18	0.05	0.29	0.22	0.24	0.22
N1	0.03	0.01	0.10	0.12	0.02	0.05	0.01	0.08	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.13	0.19	0.03	0.26	0.23	0.28	0.23
N3	0.04	0.01	0.11	0.11	0.01	0.05	0.02	0.06	0.03	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.01	0.14	0.14	0.04	0.18	0.15	0.23	0.16
N6	0.02	0.01	0.09	0.14	0.01	0.08	0.02	0.13	0.01	0.03	0.01	0.03	0.00	0.04	0.02	0.10	0.24	0.05	0.33	0.31	0.34	0.31
N7	0.02	0.01	0.07	0.13	0.01	0.08	0.00	0.13	0.02	0.02	0.02	0.01	0.04	0.00	0.01	0.05	0.22	0.05	0.32	0.27	0.29	0.27
N9	0.00	0.02	0.03	0.07	0.01	0.04	0.01	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.09	0.01	0.20	0.15	0.22	0.16
O2'	0.02	0.15	0.00	0.03	0.08	0.06	0.07	0.06	0.10	0.04	0.13	0.14	0.10	0.05	0.02	0.00	0.13	0.05	0.07	0.15	0.14	0.06
O3'	0.02	0.17	0.05	0.01	0.12	0.03	0.18	0.06	0.20	0.18	0.19	0.14	0.24	0.22	0.09	0.13	0.00	0.02	0.20	0.30	0.25	0.22
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.05	0.03	0.04	0.05	0.05	0.01	0.05	0.02	0.00	0.08	0.08	0.28	0.14
O5'	0.10	0.21	0.13	0.17	0.22	0.01	0.28	0.01	0.30	0.29	0.26	0.18	0.33	0.32	0.20	0.07	0.20	0.08	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.09	0.18	0.16	0.21	0.18	0.10	0.24	0.11	0.26	0.22	0.23	0.15	0.31	0.27	0.15	0.15	0.30	0.08	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.25	0.12	0.11	0.24	0.18	0.28	0.18	0.30	0.24	0.28	0.23	0.34	0.29	0.22	0.14	0.25	0.28	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.19	0.08	0.13	0.18	0.03	0.24	0.02	0.26	0.22	0.23	0.16	0.31	0.27	0.16	0.06	0.22	0.14	0.01	0.01	0.01	0.00