Doublet Group distance statistics: 50011

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 4, 2, 2, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C2	A	0, 0.002, 0.015, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.018 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.009, 0.025, 0.040, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.016
O6	A	0, 0.014, 0.031, 0.047, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N1	A	0, 0.003, 0.020, 0.037, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.020 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.020 std_dev=0.019
N2	A	0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.019
N7	A	0, 0.012, 0.033, 0.055, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.011, 0.037, 0.063, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.026
N3	B	0, 0.158, 0.262, 0.366, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.262 std_dev=0.104
C4	B	0, 0.116, 0.244, 0.372, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.244 std_dev=0.128
C6	B	0, 0.179, 0.309, 0.438, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.309 std_dev=0.129
O2'	A	0, 0.130, 0.264, 0.398, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.264 std_dev=0.134
C5	B	0, 0.149, 0.285, 0.421, 0.600 max_d=0.600 avg_d=0.285 std_dev=0.136
C2	B	0, 0.135, 0.273, 0.412, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.273 std_dev=0.139
N1	B	0, 0.157, 0.305, 0.452, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.305 std_dev=0.147
C2'	A	0, 0.102, 0.269, 0.435, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.269 std_dev=0.166
O4'	A	0, 0.090, 0.264, 0.438, 0.469 max_d=0.469 avg_d=0.264 std_dev=0.174
N6	B	0, 0.212, 0.441, 0.669, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.441 std_dev=0.228
N9	B	0, 0.136, 0.378, 0.620, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.378 std_dev=0.242
N7	B	0, 0.179, 0.433, 0.687, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.433 std_dev=0.254
C3'	A	0, 0.167, 0.451, 0.736, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.451 std_dev=0.284
C4'	A	0, 0.136, 0.421, 0.707, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.421 std_dev=0.286
C2'	B	0, 0.191, 0.484, 0.777, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.484 std_dev=0.293
C8	B	0, 0.168, 0.467, 0.766, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.467 std_dev=0.299
O2'	B	0, 0.354, 0.702, 1.049, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.702 std_dev=0.347
C1'	B	0, 0.142, 0.496, 0.851, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.496 std_dev=0.355
OP2	B	0, 0.249, 0.641, 1.034, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.641 std_dev=0.392
O3'	A	0, 0.255, 0.662, 1.068, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.662 std_dev=0.406
C5'	A	0, 0.235, 0.672, 1.108, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.672 std_dev=0.437
P	B	0, 0.259, 0.724, 1.188, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.724 std_dev=0.464
O5'	A	0, 0.178, 0.657, 1.136, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.657 std_dev=0.479
C3'	B	0, 0.210, 0.691, 1.172, 1.484 max_d=1.484 avg_d=0.691 std_dev=0.481
O5'	B	0, 0.310, 0.793, 1.275, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.793 std_dev=0.483
OP2	A	0, 0.247, 0.767, 1.286, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.767 std_dev=0.520
P	A	0, 0.316, 0.837, 1.357, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.837 std_dev=0.521
O4'	B	0, 0.141, 0.681, 1.221, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.681 std_dev=0.540
O3'	B	0, 0.275, 0.853, 1.431, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.853 std_dev=0.578
OP1	B	0, 0.366, 0.987, 1.607, 1.765 max_d=1.765 avg_d=0.987 std_dev=0.621
C4'	B	0, 0.248, 0.883, 1.518, 1.775 max_d=1.775 avg_d=0.883 std_dev=0.635
OP1	A	0, 0.403, 1.048, 1.694, 2.030 max_d=2.030 avg_d=1.048 std_dev=0.645
C5'	B	0, 0.373, 1.202, 2.031, 2.231 max_d=2.231 avg_d=1.202 std_dev=0.829

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.05	0.04	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.12	0.03	0.12	0.22	0.05
C2	0.04	0.00	0.16	0.20	0.01	0.10	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.14	0.24	0.04	0.32	0.02	0.28	0.23	0.21
C2'	0.00	0.16	0.00	0.01	0.09	0.02	0.07	0.02	0.10	0.04	0.14	0.18	0.14	0.03	0.02	0.01	0.02	0.01	0.19	0.09	0.26	0.12	0.11
C3'	0.01	0.20	0.01	0.00	0.12	0.01	0.12	0.02	0.15	0.06	0.19	0.22	0.17	0.07	0.06	0.02	0.01	0.01	0.27	0.15	0.37	0.10	0.20
C4	0.02	0.01	0.09	0.12	0.00	0.07	0.00	0.11	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.14	0.02	0.33	0.02	0.25	0.20	0.20
C4'	0.01	0.10	0.02	0.01	0.07	0.00	0.08	0.01	0.09	0.07	0.10	0.10	0.08	0.08	0.05	0.07	0.02	0.00	0.02	0.09	0.13	0.28	0.05
C5	0.02	0.01	0.07	0.12	0.00	0.08	0.00	0.14	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.07	0.13	0.02	0.41	0.01	0.31	0.25	0.28
C5'	0.03	0.12	0.02	0.02	0.11	0.01	0.14	0.00	0.15	0.14	0.14	0.12	0.10	0.16	0.09	0.07	0.04	0.01	0.01	0.16	0.17	0.34	0.02
C6	0.03	0.01	0.10	0.15	0.02	0.09	0.01	0.15	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.09	0.19	0.03	0.43	0.01	0.35	0.29	0.31
C8	0.01	0.01	0.04	0.06	0.01	0.07	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.03	0.07	0.03	0.39	0.01	0.26	0.20	0.23
N1	0.05	0.01	0.14	0.19	0.02	0.10	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.03	0.13	0.24	0.04	0.38	0.02	0.32	0.27	0.27
N2	0.04	0.01	0.18	0.22	0.01	0.10	0.01	0.12	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.16	0.29	0.04	0.29	0.03	0.27	0.23	0.19
N3	0.03	0.01	0.14	0.17	0.01	0.08	0.01	0.10	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.12	0.20	0.03	0.27	0.01	0.23	0.20	0.16
N7	0.01	0.01	0.03	0.07	0.01	0.08	0.00	0.16	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.08	0.03	0.45	0.01	0.32	0.26	0.31
N9	0.01	0.02	0.02	0.06	0.01	0.05	0.01	0.09	0.02	0.00	0.03	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.06	0.01	0.29	0.02	0.21	0.19	0.15
O2'	0.01	0.14	0.01	0.02	0.07	0.07	0.07	0.07	0.09	0.03	0.13	0.16	0.12	0.03	0.03	0.00	0.03	0.05	0.04	0.09	0.16	0.21	0.07
O3'	0.01	0.24	0.02	0.01	0.14	0.02	0.13	0.04	0.19	0.07	0.24	0.29	0.20	0.08	0.06	0.03	0.00	0.02	0.21	0.18	0.44	0.15	0.23
O4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.04	0.03	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.05	0.03	0.04	0.33	0.13
O5'	0.12	0.32	0.19	0.27	0.33	0.02	0.41	0.01	0.43	0.39	0.38	0.29	0.27	0.45	0.29	0.04	0.21	0.05	0.00	0.47	0.02	0.02	0.01
O6	0.03	0.02	0.09	0.15	0.02	0.09	0.01	0.16	0.01	0.01	0.02	0.03	0.01	0.01	0.02	0.09	0.18	0.03	0.47	0.00	0.39	0.34	0.36
OP1	0.12	0.28	0.26	0.37	0.25	0.13	0.31	0.17	0.35	0.26	0.32	0.27	0.23	0.32	0.21	0.16	0.44	0.04	0.02	0.39	0.00	0.01	0.01
OP2	0.22	0.23	0.12	0.10	0.20	0.28	0.25	0.34	0.29	0.20	0.27	0.23	0.20	0.26	0.19	0.21	0.15	0.33	0.02	0.34	0.01	0.00	0.01
P	0.05	0.21	0.11	0.20	0.20	0.05	0.28	0.02	0.31	0.23	0.27	0.19	0.16	0.31	0.15	0.07	0.23	0.13	0.01	0.36	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.24	0.14	0.19	0.10	0.11	0.12	0.16	0.27	0.19	0.16	0.16	0.15	0.25	0.23	0.12	0.34	0.11	0.18	0.12	0.03	0.12	0.06
C2	0.12	0.16	0.16	0.09	0.08	0.16	0.14	0.27	0.14	0.20	0.15	0.14	0.15	0.21	0.10	0.27	0.09	0.18	0.33	0.30	0.29	0.28
C2'	0.18	0.18	0.13	0.13	0.18	0.10	0.26	0.30	0.28	0.27	0.23	0.16	0.34	0.34	0.16	0.25	0.13	0.15	0.16	0.06	0.18	0.10
C3'	0.18	0.28	0.15	0.22	0.27	0.09	0.38	0.22	0.40	0.34	0.35	0.24	0.47	0.44	0.23	0.16	0.21	0.18	0.05	0.01	0.05	0.01
C4	0.24	0.16	0.21	0.09	0.10	0.12	0.11	0.19	0.16	0.12	0.16	0.17	0.21	0.16	0.13	0.33	0.10	0.16	0.18	0.15	0.20	0.15
C4'	0.17	0.22	0.12	0.21	0.21	0.11	0.31	0.31	0.34	0.28	0.29	0.18	0.42	0.38	0.18	0.20	0.22	0.16	0.05	0.04	0.13	0.04
C5	0.26	0.17	0.23	0.14	0.13	0.17	0.08	0.17	0.15	0.15	0.18	0.17	0.20	0.08	0.18	0.31	0.15	0.21	0.21	0.16	0.22	0.17
C5'	0.20	0.28	0.15	0.24	0.25	0.11	0.35	0.23	0.40	0.29	0.35	0.23	0.48	0.40	0.21	0.18	0.25	0.20	0.12	0.09	0.27	0.13
C6	0.20	0.18	0.20	0.13	0.11	0.13	0.07	0.16	0.14	0.15	0.19	0.15	0.17	0.09	0.15	0.27	0.14	0.15	0.29	0.24	0.28	0.23
C8	0.32	0.16	0.25	0.17	0.15	0.23	0.10	0.19	0.16	0.16	0.17	0.18	0.22	0.09	0.21	0.36	0.17	0.31	0.11	0.09	0.17	0.10
N1	0.12	0.17	0.16	0.08	0.06	0.10	0.08	0.18	0.12	0.13	0.17	0.13	0.14	0.13	0.08	0.24	0.08	0.12	0.35	0.30	0.31	0.28
N2	0.17	0.16	0.16	0.16	0.13	0.27	0.16	0.37	0.13	0.26	0.14	0.13	0.13	0.23	0.19	0.25	0.15	0.33	0.38	0.36	0.32	0.32
N3	0.17	0.16	0.18	0.09	0.08	0.14	0.14	0.30	0.15	0.20	0.14	0.15	0.19	0.23	0.09	0.32	0.09	0.13	0.25	0.23	0.23	0.21
N7	0.31	0.17	0.26	0.19	0.16	0.24	0.10	0.22	0.16	0.20	0.18	0.18	0.21	0.09	0.23	0.34	0.20	0.30	0.15	0.11	0.19	0.12
N9	0.28	0.16	0.22	0.11	0.12	0.16	0.11	0.18	0.17	0.11	0.16	0.17	0.23	0.15	0.16	0.35	0.11	0.23	0.09	0.07	0.15	0.08
O2'	0.23	0.17	0.22	0.22	0.18	0.21	0.24	0.49	0.23	0.29	0.18	0.18	0.29	0.33	0.19	0.35	0.22	0.19	0.31	0.10	0.18	0.14
O3'	0.21	0.35	0.25	0.36	0.35	0.17	0.45	0.32	0.47	0.43	0.42	0.30	0.54	0.52	0.31	0.14	0.34	0.20	0.01	0.02	0.03	0.00
O4'	0.22	0.16	0.15	0.11	0.13	0.09	0.19	0.28	0.23	0.18	0.19	0.16	0.30	0.26	0.13	0.30	0.12	0.17	0.07	0.03	0.10	0.03
O5'	0.50	0.48	0.43	0.35	0.50	0.35	0.55	0.23	0.55	0.56	0.51	0.47	0.61	0.60	0.51	0.46	0.30	0.48	0.38	0.29	0.56	0.38
O6	0.20	0.18	0.20	0.17	0.13	0.16	0.10	0.19	0.14	0.19	0.21	0.15	0.16	0.15	0.17	0.24	0.17	0.17	0.31	0.24	0.29	0.24
OP1	0.56	0.50	0.54	0.54	0.53	0.52	0.58	0.48	0.59	0.60	0.54	0.50	0.66	0.63	0.56	0.55	0.54	0.57	0.59	0.63	0.81	0.63
OP2	0.43	0.40	0.38	0.33	0.40	0.37	0.44	0.33	0.47	0.45	0.44	0.38	0.54	0.48	0.42	0.40	0.32	0.44	0.35	0.29	0.48	0.30
P	0.46	0.40	0.40	0.35	0.43	0.36	0.48	0.29	0.49	0.50	0.44	0.40	0.55	0.53	0.46	0.43	0.34	0.46	0.40	0.39	0.62	0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.02	0.03	0.04	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.22	0.25	0.15	0.14
C2	0.04	0.00	0.18	0.20	0.01	0.08	0.01	0.12	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.18	0.24	0.04	0.46	0.43	0.38	0.39
C2'	0.00	0.18	0.00	0.00	0.10	0.01	0.06	0.02	0.09	0.09	0.14	0.18	0.08	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.30	0.39	0.20	0.25
C3'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.12	0.00	0.11	0.02	0.14	0.14	0.17	0.19	0.14	0.12	0.07	0.02	0.01	0.02	0.39	0.49	0.23	0.34
C4	0.02	0.01	0.10	0.12	0.00	0.05	0.00	0.11	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.09	0.13	0.02	0.48	0.43	0.33	0.38
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.07	0.08	0.08	0.07	0.09	0.08	0.04	0.04	0.02	0.01	0.01	0.18	0.29	0.02
C5	0.02	0.01	0.06	0.11	0.00	0.06	0.00	0.15	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.06	0.13	0.01	0.59	0.53	0.46	0.50
C5'	0.02	0.12	0.02	0.02	0.11	0.01	0.15	0.00	0.16	0.15	0.14	0.10	0.18	0.17	0.09	0.05	0.04	0.01	0.01	0.21	0.42	0.01
C6	0.02	0.01	0.09	0.14	0.01	0.07	0.01	0.16	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.17	0.02	0.61	0.56	0.53	0.53
C8	0.02	0.01	0.09	0.14	0.01	0.08	0.01	0.15	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.00	0.01	0.06	0.16	0.02	0.60	0.49	0.33	0.45
N1	0.03	0.00	0.14	0.17	0.01	0.08	0.01	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.15	0.21	0.03	0.55	0.51	0.48	0.48
N3	0.04	0.01	0.18	0.19	0.00	0.07	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.18	0.22	0.04	0.40	0.38	0.30	0.32
N6	0.03	0.01	0.08	0.14	0.01	0.09	0.02	0.18	0.01	0.03	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.08	0.17	0.02	0.65	0.62	0.62	0.60
N7	0.01	0.01	0.06	0.12	0.02	0.08	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.03	0.00	0.01	0.04	0.15	0.02	0.66	0.57	0.50	0.56
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.01	0.04	0.01	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.07	0.01	0.44	0.38	0.24	0.32
O2'	0.02	0.18	0.00	0.02	0.09	0.04	0.06	0.05	0.10	0.06	0.15	0.18	0.08	0.04	0.02	0.00	0.06	0.04	0.09	0.22	0.19	0.08
O3'	0.01	0.24	0.02	0.01	0.13	0.02	0.13	0.04	0.17	0.16	0.21	0.22	0.17	0.15	0.07	0.06	0.00	0.01	0.29	0.51	0.27	0.33
O4'	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.03	0.04	0.02	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.09	0.16	0.30	0.12
O5'	0.22	0.46	0.30	0.39	0.48	0.01	0.59	0.01	0.61	0.60	0.55	0.40	0.65	0.66	0.44	0.09	0.29	0.09	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.25	0.43	0.39	0.49	0.43	0.18	0.53	0.21	0.56	0.49	0.51	0.38	0.62	0.57	0.38	0.22	0.51	0.16	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.15	0.38	0.20	0.23	0.33	0.29	0.46	0.42	0.53	0.33	0.48	0.30	0.62	0.50	0.24	0.19	0.27	0.30	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.14	0.39	0.25	0.34	0.38	0.02	0.50	0.01	0.53	0.45	0.48	0.32	0.60	0.56	0.32	0.08	0.33	0.12	0.00	0.00	0.01	0.00