ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50014

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 5, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.027 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.018, 0.033, 0.049, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.030, 0.052, 0.074, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.052 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.026, 0.049, 0.071, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.049 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.027, 0.052, 0.077, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.052 std_dev=0.025
C4 A 0, 0.034, 0.059, 0.084, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.059 std_dev=0.025
C2 A 0, 0.003, 0.030, 0.056, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.027
N3 A 0, 0.032, 0.059, 0.086, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.059 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.019, 0.048, 0.076, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.048 std_dev=0.029
O6 A 0, 0.042, 0.071, 0.100, 0.106 max_d=0.106 avg_d=0.071 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.044, 0.074, 0.104, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.074 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.029, 0.076, 0.123, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.076 std_dev=0.047
N9 B 0, 0.147, 0.313, 0.478, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.313 std_dev=0.166
O4' A 0, -0.040, 0.130, 0.301, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.130 std_dev=0.171
C4 B 0, 0.164, 0.391, 0.617, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.391 std_dev=0.227
C2' A 0, -0.005, 0.223, 0.451, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.223 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.219, 0.468, 0.718, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.468 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.111, 0.373, 0.636, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.373 std_dev=0.263
C8 B 0, 0.155, 0.429, 0.703, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.429 std_dev=0.274
C4' A 0, -0.024, 0.269, 0.561, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.269 std_dev=0.292
O4' B 0, 0.147, 0.475, 0.803, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.475 std_dev=0.328
C5 B 0, 0.216, 0.550, 0.884, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.550 std_dev=0.334
C3' A 0, -0.029, 0.311, 0.650, 1.341 max_d=1.341 avg_d=0.311 std_dev=0.339
O2' A 0, 0.006, 0.351, 0.696, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.351 std_dev=0.345
C2 B 0, 0.238, 0.602, 0.965, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.602 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.192, 0.577, 0.963, 1.218 max_d=1.218 avg_d=0.577 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.078, 0.493, 0.907, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.493 std_dev=0.414
N1 B 0, 0.265, 0.715, 1.165, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.715 std_dev=0.450
C6 B 0, 0.264, 0.715, 1.167, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.715 std_dev=0.452
C5' A 0, -0.028, 0.469, 0.966, 1.912 max_d=1.912 avg_d=0.469 std_dev=0.497
O3' A 0, -0.067, 0.471, 1.008, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.471 std_dev=0.538
C4' B 0, 0.137, 0.682, 1.227, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.682 std_dev=0.545
C3' B 0, 0.100, 0.646, 1.192, 2.298 max_d=2.298 avg_d=0.646 std_dev=0.546
O5' B 0, 0.138, 0.692, 1.246, 2.309 max_d=2.309 avg_d=0.692 std_dev=0.554
O2' B 0, 0.001, 0.605, 1.210, 2.502 max_d=2.502 avg_d=0.605 std_dev=0.604
C5' B 0, 0.143, 0.750, 1.357, 2.506 max_d=2.506 avg_d=0.750 std_dev=0.607
N6 B 0, 0.292, 0.911, 1.530, 1.962 max_d=1.962 avg_d=0.911 std_dev=0.619
P B 0, 0.013, 0.693, 1.373, 2.721 max_d=2.721 avg_d=0.693 std_dev=0.680
OP2 B 0, 0.040, 0.768, 1.496, 2.935 max_d=2.935 avg_d=0.768 std_dev=0.728
O3' B 0, 0.006, 0.806, 1.606, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.806 std_dev=0.800
O5' A 0, 0.036, 0.885, 1.734, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.885 std_dev=0.849
OP1 B 0, 0.038, 0.930, 1.821, 3.600 max_d=3.600 avg_d=0.930 std_dev=0.891
P A 0, 0.156, 1.180, 2.203, 2.595 max_d=2.595 avg_d=1.180 std_dev=1.024
OP2 A 0, 0.172, 1.235, 2.298, 2.970 max_d=2.970 avg_d=1.235 std_dev=1.063
OP1 A 0, 0.248, 1.489, 2.730, 3.475 max_d=3.475 avg_d=1.489 std_dev=1.241

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.26 0.03 0.25 0.15 0.16
C2 0.05 0.00 0.16 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.23 0.17 0.04 0.50 0.02 0.48 0.35 0.39
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.10 0.12 0.20 0.16 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.06 0.34 0.07 0.19
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.10 0.19 0.10 0.18 0.12 0.17 0.07 0.03 0.01 0.01 0.32 0.12 0.46 0.14 0.27
C4 0.02 0.01 0.07 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.07 0.02 0.50 0.02 0.45 0.31 0.38
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.08 0.13 0.05 0.08 0.06 0.13 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.11 0.17 0.28 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.10 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.12 0.02 0.59 0.02 0.53 0.42 0.48
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.11 0.01 0.18 0.00 0.18 0.20 0.14 0.08 0.07 0.22 0.11 0.06 0.04 0.01 0.01 0.23 0.26 0.41 0.02
C6 0.03 0.01 0.07 0.10 0.02 0.08 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.03 0.61 0.01 0.56 0.47 0.51
C8 0.01 0.01 0.10 0.19 0.01 0.13 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.22 0.04 0.57 0.02 0.47 0.31 0.42
N1 0.05 0.01 0.12 0.10 0.02 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.19 0.12 0.04 0.57 0.01 0.53 0.43 0.46
N2 0.06 0.00 0.20 0.18 0.01 0.08 0.01 0.08 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.30 0.25 0.05 0.48 0.03 0.47 0.34 0.38
N3 0.05 0.01 0.16 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.16 0.05 0.45 0.02 0.43 0.29 0.34
N7 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.13 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.21 0.04 0.63 0.02 0.55 0.44 0.52
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.11 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.46 0.03 0.39 0.22 0.32
O2' 0.02 0.23 0.00 0.03 0.11 0.06 0.07 0.06 0.11 0.07 0.19 0.30 0.22 0.05 0.03 0.00 0.03 0.06 0.07 0.10 0.19 0.16 0.10
O3' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.07 0.02 0.12 0.04 0.11 0.22 0.12 0.25 0.16 0.21 0.08 0.03 0.00 0.01 0.25 0.15 0.50 0.27 0.30
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.18 0.04 0.18 0.29 0.17
O5' 0.26 0.50 0.26 0.32 0.50 0.02 0.59 0.01 0.61 0.57 0.57 0.48 0.45 0.63 0.46 0.07 0.25 0.18 0.00 0.64 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.12 0.02 0.11 0.02 0.23 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.15 0.04 0.64 0.00 0.61 0.54 0.56
OP1 0.25 0.48 0.34 0.46 0.45 0.17 0.53 0.26 0.56 0.47 0.53 0.47 0.43 0.55 0.39 0.19 0.50 0.18 0.02 0.61 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.35 0.07 0.14 0.31 0.28 0.42 0.41 0.47 0.31 0.43 0.34 0.29 0.44 0.22 0.16 0.27 0.29 0.02 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.39 0.19 0.27 0.38 0.05 0.48 0.02 0.51 0.42 0.46 0.38 0.34 0.52 0.32 0.10 0.30 0.17 0.01 0.56 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.20 0.15 0.16 0.20 0.13 0.24 0.18 0.24 0.24 0.22 0.18 0.26 0.26 0.19 0.16 0.15 0.14 0.16 0.06 0.09 0.05
C2 0.21 0.19 0.23 0.23 0.17 0.30 0.24 0.27 0.28 0.18 0.25 0.16 0.32 0.25 0.14 0.34 0.28 0.27 0.22 0.22 0.12 0.16
C2' 0.16 0.18 0.15 0.16 0.19 0.13 0.23 0.18 0.22 0.25 0.20 0.17 0.25 0.26 0.19 0.15 0.15 0.15 0.18 0.09 0.07 0.08
C3' 0.15 0.17 0.13 0.11 0.17 0.09 0.21 0.08 0.22 0.19 0.19 0.16 0.25 0.23 0.16 0.13 0.11 0.16 0.06 0.03 0.06 0.01
C4 0.13 0.15 0.13 0.13 0.13 0.15 0.19 0.18 0.20 0.18 0.17 0.14 0.24 0.24 0.10 0.18 0.12 0.16 0.19 0.11 0.15 0.11
C4' 0.15 0.20 0.13 0.11 0.19 0.09 0.22 0.09 0.24 0.19 0.23 0.18 0.27 0.23 0.16 0.13 0.11 0.14 0.04 0.09 0.15 0.07
C5 0.16 0.18 0.14 0.15 0.11 0.15 0.19 0.20 0.21 0.19 0.17 0.18 0.27 0.29 0.09 0.20 0.14 0.17 0.25 0.18 0.26 0.20
C5' 0.19 0.23 0.17 0.15 0.21 0.13 0.23 0.10 0.25 0.19 0.24 0.21 0.27 0.22 0.19 0.16 0.14 0.19 0.11 0.18 0.25 0.15
C6 0.21 0.12 0.19 0.16 0.10 0.20 0.26 0.21 0.29 0.23 0.18 0.14 0.39 0.33 0.13 0.28 0.16 0.23 0.24 0.18 0.25 0.19
C8 0.15 0.28 0.15 0.22 0.22 0.17 0.25 0.27 0.28 0.22 0.28 0.25 0.29 0.27 0.17 0.15 0.23 0.13 0.31 0.28 0.35 0.29
N1 0.24 0.19 0.24 0.21 0.18 0.27 0.29 0.24 0.34 0.22 0.28 0.15 0.40 0.31 0.16 0.36 0.24 0.27 0.22 0.18 0.16 0.14
N2 0.25 0.28 0.30 0.32 0.23 0.39 0.27 0.35 0.32 0.19 0.32 0.25 0.35 0.25 0.18 0.43 0.40 0.30 0.28 0.32 0.16 0.23
N3 0.15 0.14 0.16 0.17 0.13 0.23 0.20 0.23 0.22 0.17 0.18 0.12 0.25 0.22 0.11 0.24 0.20 0.21 0.19 0.19 0.10 0.13
N7 0.15 0.28 0.14 0.20 0.19 0.16 0.20 0.26 0.24 0.20 0.26 0.26 0.26 0.28 0.13 0.16 0.22 0.14 0.32 0.29 0.38 0.30
N9 0.14 0.21 0.13 0.15 0.19 0.12 0.22 0.19 0.23 0.22 0.22 0.19 0.25 0.25 0.16 0.15 0.15 0.12 0.20 0.12 0.18 0.13
O2' 0.21 0.19 0.21 0.21 0.21 0.20 0.24 0.23 0.23 0.26 0.21 0.19 0.25 0.26 0.22 0.22 0.19 0.22 0.20 0.13 0.05 0.10
O3' 0.13 0.13 0.11 0.10 0.13 0.10 0.18 0.08 0.19 0.16 0.16 0.12 0.22 0.20 0.12 0.11 0.10 0.16 0.01 0.04 0.02 0.00
O4' 0.16 0.25 0.14 0.13 0.22 0.10 0.27 0.13 0.29 0.22 0.28 0.22 0.32 0.27 0.19 0.15 0.12 0.13 0.08 0.06 0.12 0.03
O5' 0.76 1.07 0.75 0.67 1.01 0.55 1.11 0.44 1.17 0.95 1.14 0.99 1.23 1.10 0.90 0.69 0.63 0.63 0.49 0.36 0.54 0.41
O6 0.22 0.13 0.20 0.18 0.13 0.21 0.31 0.22 0.36 0.26 0.20 0.18 0.50 0.38 0.16 0.30 0.17 0.23 0.27 0.23 0.32 0.24
OP1 0.90 1.20 0.95 0.94 1.13 0.77 1.24 0.70 1.32 1.08 1.29 1.12 1.41 1.23 1.02 0.89 0.95 0.77 0.77 0.75 0.92 0.76
OP2 0.71 1.15 0.74 0.68 1.01 0.51 1.13 0.42 1.27 0.85 1.25 1.03 1.38 1.06 0.84 0.70 0.69 0.54 0.47 0.49 0.60 0.45
P 0.75 1.11 0.77 0.72 1.01 0.56 1.14 0.48 1.23 0.93 1.20 1.01 1.33 1.11 0.88 0.71 0.72 0.60 0.54 0.50 0.68 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.06 0.11 0.06
C2 0.05 0.00 0.11 0.12 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.14 0.16 0.05 0.12 0.14 0.22 0.13
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.10 0.03 0.11 0.10 0.10 0.05 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.09 0.12 0.06
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.10 0.01 0.11 0.01 0.13 0.09 0.13 0.10 0.13 0.10 0.07 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.12 0.08
C4 0.03 0.02 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.12 0.12 0.19 0.12
C4' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.01 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.03 0.01 0.08 0.11 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.15 0.02 0.15 0.17 0.24 0.17
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.11 0.12 0.10 0.07 0.12 0.14 0.08 0.05 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.02
C6 0.04 0.01 0.10 0.13 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.11 0.17 0.03 0.16 0.19 0.26 0.19
C8 0.01 0.02 0.03 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.14 0.13 0.17 0.14
N1 0.05 0.01 0.11 0.13 0.02 0.07 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.18 0.05 0.14 0.17 0.25 0.17
N3 0.05 0.01 0.10 0.10 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.13 0.14 0.05 0.10 0.11 0.18 0.10
N6 0.04 0.02 0.10 0.13 0.02 0.07 0.02 0.12 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.11 0.18 0.03 0.17 0.22 0.29 0.22
N7 0.02 0.02 0.05 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.14 0.02 0.17 0.19 0.24 0.19
N9 0.01 0.02 0.03 0.07 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.08 0.01 0.10 0.10 0.15 0.09
O2' 0.01 0.14 0.00 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.11 0.03 0.14 0.13 0.11 0.05 0.03 0.00 0.06 0.05 0.06 0.11 0.10 0.06
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.12 0.02 0.15 0.03 0.17 0.11 0.18 0.14 0.18 0.14 0.08 0.06 0.00 0.02 0.12 0.16 0.15 0.12
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.09 0.12 0.09
O5' 0.05 0.12 0.06 0.09 0.12 0.02 0.15 0.01 0.16 0.14 0.14 0.10 0.17 0.17 0.10 0.06 0.12 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.14 0.09 0.12 0.12 0.08 0.17 0.08 0.19 0.13 0.17 0.11 0.22 0.19 0.10 0.11 0.16 0.09 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.11 0.22 0.12 0.12 0.19 0.05 0.24 0.02 0.26 0.17 0.25 0.18 0.29 0.24 0.15 0.10 0.15 0.12 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.06 0.08 0.12 0.02 0.17 0.02 0.19 0.14 0.17 0.10 0.22 0.19 0.09 0.06 0.12 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00