ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50018

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.022, 0.034, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.017, 0.034, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.034 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.016, 0.036, 0.055, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.022, 0.045, 0.068, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.045 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.020, 0.043, 0.067, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.043 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.010, 0.035, 0.059, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.032, 0.061, 0.089, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.061 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.025, 0.056, 0.086, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.056 std_dev=0.031
C8 A 0, 0.023, 0.054, 0.085, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.054 std_dev=0.031
C5 B 0, 0.138, 0.335, 0.531, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.335 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.191, 0.391, 0.590, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.391 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.240, 0.479, 0.718, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.479 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.168, 0.414, 0.661, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.414 std_dev=0.246
N7 B 0, 0.182, 0.442, 0.703, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.442 std_dev=0.261
N6 B 0, 0.265, 0.545, 0.825, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.545 std_dev=0.280
O4' A 0, 0.209, 0.502, 0.795, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.502 std_dev=0.293
C2 B 0, 0.238, 0.536, 0.834, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.536 std_dev=0.298
C8 B 0, 0.212, 0.514, 0.816, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.514 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.233, 0.549, 0.864, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.549 std_dev=0.315
N9 B 0, 0.210, 0.526, 0.842, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.526 std_dev=0.316
C2' A 0, 0.125, 0.463, 0.801, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.463 std_dev=0.338
O2' A 0, 0.356, 0.753, 1.149, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.753 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.348, 0.783, 1.218, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.783 std_dev=0.435
C4' A 0, 0.533, 0.973, 1.412, 1.338 max_d=1.338 avg_d=0.973 std_dev=0.440
C3' A 0, 0.330, 0.798, 1.265, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.798 std_dev=0.467
C2' B 0, 0.422, 0.894, 1.367, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.894 std_dev=0.472
O4' B 0, 0.340, 0.933, 1.527, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.933 std_dev=0.593
O2' B 0, 0.535, 1.259, 1.984, 2.239 max_d=2.239 avg_d=1.259 std_dev=0.724
O3' A 0, 0.418, 1.199, 1.980, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.199 std_dev=0.781
C5' A 0, 1.051, 1.850, 2.649, 2.421 max_d=2.421 avg_d=1.850 std_dev=0.799
C4' B 0, 0.384, 1.215, 2.046, 2.616 max_d=2.616 avg_d=1.215 std_dev=0.831
C3' B 0, 0.324, 1.187, 2.049, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.187 std_dev=0.863
O5' A 0, 0.930, 1.795, 2.660, 2.466 max_d=2.466 avg_d=1.795 std_dev=0.865
C5' B 0, 0.395, 1.342, 2.288, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.342 std_dev=0.946
O5' B 0, 0.310, 1.351, 2.392, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.351 std_dev=1.041
O3' B 0, 0.356, 1.612, 2.868, 4.324 max_d=4.324 avg_d=1.612 std_dev=1.256
P A 0, 1.536, 2.907, 4.279, 3.939 max_d=3.939 avg_d=2.907 std_dev=1.371
OP2 A 0, 1.845, 3.315, 4.786, 4.307 max_d=4.307 avg_d=3.315 std_dev=1.470
OP1 A 0, 1.902, 3.443, 4.984, 4.605 max_d=4.605 avg_d=3.443 std_dev=1.541
OP2 B 0, 0.486, 2.067, 3.648, 5.215 max_d=5.215 avg_d=2.067 std_dev=1.581
P B 0, 0.490, 2.102, 3.714, 4.788 max_d=4.788 avg_d=2.102 std_dev=1.612
OP1 B 0, 0.668, 2.759, 4.851, 5.766 max_d=5.766 avg_d=2.759 std_dev=2.092

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.03 0.09 0.23 0.12
C2 0.06 0.00 0.26 0.30 0.02 0.07 0.01 0.13 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.20 0.39 0.12 0.43 0.02 0.27 0.29 0.26
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.15 0.02 0.09 0.02 0.14 0.08 0.21 0.30 0.24 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.26 0.11 0.22 0.11 0.07
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.19 0.00 0.15 0.01 0.21 0.09 0.27 0.35 0.27 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.28 0.19 0.38 0.07 0.15
C4 0.03 0.02 0.15 0.19 0.00 0.06 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.07 0.45 0.02 0.27 0.27 0.26
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.09 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.00 0.02 0.10 0.09 0.31 0.15
C5 0.02 0.01 0.09 0.15 0.01 0.08 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.19 0.05 0.53 0.01 0.37 0.39 0.38
C5' 0.03 0.13 0.02 0.01 0.14 0.01 0.19 0.00 0.20 0.18 0.17 0.11 0.10 0.21 0.12 0.05 0.03 0.02 0.02 0.24 0.27 0.32 0.03
C6 0.03 0.01 0.14 0.21 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.27 0.07 0.54 0.01 0.40 0.44 0.42
C8 0.01 0.03 0.08 0.09 0.01 0.08 0.01 0.18 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.06 0.10 0.06 0.55 0.02 0.35 0.31 0.34
N1 0.05 0.01 0.21 0.27 0.02 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.17 0.36 0.11 0.49 0.02 0.35 0.38 0.36
N2 0.08 0.00 0.30 0.35 0.02 0.09 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.25 0.46 0.14 0.39 0.03 0.24 0.26 0.22
N3 0.06 0.01 0.24 0.27 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.18 0.33 0.12 0.39 0.02 0.22 0.23 0.20
N7 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.08 0.04 0.58 0.03 0.43 0.43 0.44
N9 0.01 0.03 0.03 0.07 0.01 0.05 0.01 0.12 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.06 0.02 0.43 0.02 0.23 0.22 0.21
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.10 0.04 0.08 0.05 0.12 0.06 0.17 0.25 0.18 0.05 0.03 0.00 0.03 0.04 0.06 0.10 0.06 0.23 0.19
O3' 0.01 0.39 0.01 0.01 0.21 0.02 0.19 0.03 0.27 0.10 0.36 0.46 0.33 0.08 0.06 0.03 0.00 0.02 0.16 0.25 0.43 0.07 0.15
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.02 0.07 0.06 0.11 0.14 0.12 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.10 0.07 0.11 0.37 0.23
O5' 0.25 0.43 0.26 0.28 0.45 0.02 0.53 0.02 0.54 0.55 0.49 0.39 0.39 0.58 0.43 0.06 0.16 0.10 0.00 0.56 0.02 0.01 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.19 0.02 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.10 0.25 0.07 0.56 0.00 0.46 0.52 0.49
OP1 0.09 0.27 0.22 0.38 0.27 0.09 0.37 0.27 0.40 0.35 0.35 0.24 0.22 0.43 0.23 0.06 0.43 0.11 0.02 0.46 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.29 0.11 0.07 0.27 0.31 0.39 0.32 0.44 0.31 0.38 0.26 0.23 0.43 0.22 0.23 0.07 0.37 0.01 0.52 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.26 0.07 0.15 0.26 0.15 0.38 0.03 0.42 0.34 0.36 0.22 0.20 0.44 0.21 0.19 0.15 0.23 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.27 0.20 0.28 0.38 0.17 0.40 0.15 0.47 0.18 0.15 0.18 0.21 0.23 0.16 0.18 0.30 0.34 0.35 0.61 1.06 0.93 1.01
C2 0.18 0.31 0.17 0.25 0.15 0.31 0.14 0.27 0.18 0.27 0.27 0.26 0.16 0.21 0.17 0.16 0.63 0.27 0.14 0.15 0.46 0.31
C2' 0.56 0.37 0.55 0.65 0.36 0.72 0.26 0.74 0.27 0.24 0.30 0.42 0.32 0.24 0.39 0.63 0.63 0.67 0.80 1.15 0.84 1.06
C3' 0.84 0.53 0.87 1.07 0.59 1.11 0.46 1.22 0.41 0.59 0.45 0.61 0.39 0.42 0.69 0.90 1.07 0.96 1.37 1.91 1.52 1.80
C4 0.15 0.20 0.15 0.19 0.12 0.18 0.11 0.21 0.14 0.20 0.18 0.18 0.15 0.18 0.13 0.14 0.27 0.17 0.34 0.56 0.75 0.67
C4' 0.63 0.42 0.69 0.91 0.47 0.91 0.41 1.07 0.39 0.49 0.39 0.47 0.39 0.41 0.53 0.70 0.91 0.75 1.27 2.05 1.67 1.85
C5 0.13 0.15 0.15 0.20 0.09 0.14 0.10 0.18 0.11 0.22 0.15 0.10 0.12 0.19 0.14 0.14 0.27 0.14 0.32 0.53 0.80 0.66
C5' 0.74 0.55 0.83 1.10 0.62 1.06 0.60 1.26 0.56 0.70 0.54 0.59 0.56 0.65 0.68 0.80 1.12 0.85 1.46 2.39 2.08 2.15
C6 0.18 0.18 0.19 0.18 0.11 0.18 0.14 0.13 0.17 0.24 0.22 0.10 0.18 0.21 0.18 0.22 0.46 0.18 0.15 0.28 0.65 0.46
C8 0.17 0.12 0.17 0.36 0.08 0.30 0.08 0.40 0.12 0.18 0.14 0.10 0.17 0.15 0.14 0.14 0.17 0.24 0.58 0.96 1.08 1.00
N1 0.21 0.29 0.21 0.24 0.13 0.29 0.15 0.23 0.20 0.26 0.29 0.19 0.19 0.20 0.20 0.20 0.64 0.27 0.08 0.12 0.51 0.31
N2 0.22 0.36 0.20 0.43 0.17 0.49 0.16 0.45 0.20 0.28 0.31 0.30 0.18 0.21 0.19 0.22 0.86 0.39 0.28 0.30 0.40 0.28
N3 0.16 0.27 0.15 0.16 0.15 0.21 0.13 0.18 0.16 0.23 0.22 0.24 0.16 0.21 0.14 0.19 0.42 0.19 0.21 0.34 0.55 0.47
N7 0.14 0.10 0.15 0.30 0.08 0.21 0.09 0.30 0.08 0.21 0.11 0.07 0.11 0.19 0.14 0.14 0.13 0.17 0.47 0.77 0.99 0.86
N9 0.19 0.17 0.19 0.30 0.12 0.29 0.11 0.36 0.15 0.16 0.16 0.16 0.19 0.15 0.14 0.18 0.22 0.26 0.52 0.87 0.93 0.91
O2' 0.51 0.35 0.54 0.59 0.32 0.67 0.25 0.65 0.27 0.24 0.28 0.39 0.33 0.28 0.34 0.64 0.62 0.60 0.59 1.02 0.54 0.79
O3' 1.07 0.67 1.15 1.40 0.74 1.44 0.58 1.59 0.51 0.75 0.56 0.77 0.47 0.55 0.87 1.21 1.47 1.21 1.67 2.39 1.59 2.14
O4' 0.34 0.23 0.37 0.54 0.23 0.55 0.21 0.69 0.23 0.22 0.23 0.25 0.26 0.19 0.26 0.37 0.50 0.44 0.91 1.56 1.36 1.45
O5' 0.53 0.42 0.61 0.87 0.43 0.83 0.43 1.05 0.44 0.51 0.44 0.41 0.50 0.45 0.48 0.57 0.85 0.65 1.24 2.11 1.87 1.90
O6 0.22 0.12 0.24 0.21 0.13 0.20 0.17 0.13 0.22 0.23 0.22 0.06 0.27 0.22 0.20 0.33 0.52 0.20 0.12 0.25 0.65 0.43
OP1 0.64 0.46 0.77 1.07 0.50 1.00 0.51 1.22 0.51 0.63 0.50 0.46 0.58 0.58 0.58 0.72 1.10 0.75 1.38 2.32 2.06 2.03
OP2 0.49 0.46 0.56 0.84 0.45 0.77 0.48 0.98 0.50 0.55 0.50 0.42 0.56 0.55 0.48 0.49 0.76 0.59 1.20 1.93 1.89 1.81
P 0.49 0.38 0.59 0.89 0.39 0.83 0.42 1.07 0.44 0.52 0.44 0.36 0.51 0.48 0.46 0.52 0.86 0.62 1.28 2.15 1.97 1.94

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.27 0.00 0.16 0.20 0.45 0.22
C2 0.03 0.00 0.17 0.20 0.01 0.08 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.37 0.29 0.03 0.06 0.30 0.48 0.19
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.10 0.01 0.08 0.18 0.12 0.04 0.16 0.16 0.11 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.40 0.55 0.57 0.44
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.21 0.00 0.30 0.01 0.30 0.31 0.27 0.16 0.34 0.35 0.20 0.02 0.00 0.01 0.20 0.49 0.19 0.21
C4 0.02 0.01 0.10 0.21 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.29 0.14 0.02 0.05 0.21 0.52 0.25
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.15 0.10 0.07 0.13 0.15 0.08 0.24 0.02 0.00 0.01 0.19 0.23 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.30 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.11 0.03 0.11 0.30 0.61 0.35
C5' 0.07 0.03 0.18 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.09 0.14 0.05 0.03 0.12 0.15 0.05 0.07 0.16 0.01 0.01 0.03 0.15 0.01
C6 0.03 0.01 0.12 0.30 0.01 0.11 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.16 0.03 0.11 0.33 0.58 0.34
C8 0.01 0.01 0.04 0.31 0.00 0.15 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.18 0.15 0.03 0.18 0.34 0.68 0.44
N1 0.03 0.01 0.16 0.27 0.01 0.10 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.21 0.03 0.06 0.31 0.51 0.25
N3 0.03 0.00 0.16 0.16 0.00 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.33 0.31 0.03 0.08 0.28 0.48 0.19
N6 0.03 0.02 0.11 0.34 0.02 0.13 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.37 0.19 0.03 0.16 0.41 0.62 0.41
N7 0.02 0.02 0.02 0.35 0.01 0.15 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.25 0.18 0.03 0.21 0.43 0.74 0.49
N9 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.07 0.02 0.08 0.15 0.52 0.26
O2' 0.00 0.37 0.01 0.02 0.29 0.24 0.31 0.07 0.36 0.18 0.38 0.33 0.37 0.25 0.18 0.00 0.05 0.17 0.28 0.55 0.67 0.41
O3' 0.27 0.29 0.03 0.00 0.14 0.02 0.11 0.16 0.16 0.15 0.21 0.31 0.19 0.18 0.07 0.05 0.00 0.19 0.30 0.78 0.30 0.45
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.17 0.19 0.00 0.14 0.06 0.38 0.20
O5' 0.16 0.06 0.40 0.20 0.05 0.01 0.11 0.01 0.11 0.18 0.06 0.08 0.16 0.21 0.08 0.28 0.30 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.20 0.30 0.55 0.49 0.21 0.19 0.30 0.03 0.33 0.34 0.31 0.28 0.41 0.43 0.15 0.55 0.78 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.48 0.57 0.19 0.52 0.23 0.61 0.15 0.58 0.68 0.51 0.48 0.62 0.74 0.52 0.67 0.30 0.38 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.19 0.44 0.21 0.25 0.04 0.35 0.01 0.34 0.44 0.25 0.19 0.41 0.49 0.26 0.41 0.45 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00