ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50019

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.016, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C1' A 0, -0.002, 0.017, 0.037, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.001, 0.023, 0.044, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.023 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.028 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.001, 0.026, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2 A 0, -0.009, 0.017, 0.044, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.027
C8 A 0, 0.011, 0.045, 0.079, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.034
N7 A 0, -0.002, 0.044, 0.090, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.044 std_dev=0.046
N2 A 0, -0.024, 0.049, 0.121, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.049 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.042, 0.118, 0.193, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.118 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.021, 0.118, 0.215, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.118 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.024, 0.147, 0.270, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.147 std_dev=0.123
N1 B 0, 0.087, 0.215, 0.344, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.215 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.048, 0.206, 0.364, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.206 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.060, 0.228, 0.396, 0.472 max_d=0.472 avg_d=0.228 std_dev=0.168
P A 0, 0.042, 0.214, 0.385, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.214 std_dev=0.172
C4' A 0, 0.023, 0.215, 0.407, 0.525 max_d=0.525 avg_d=0.215 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.063, 0.264, 0.465, 0.561 max_d=0.561 avg_d=0.264 std_dev=0.201
N6 B 0, 0.056, 0.290, 0.523, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.290 std_dev=0.233
C5 B 0, 0.011, 0.251, 0.491, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.251 std_dev=0.240
O5' A 0, 0.023, 0.275, 0.527, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.275 std_dev=0.252
C4 B 0, -0.010, 0.264, 0.538, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.264 std_dev=0.274
N3 B 0, -0.001, 0.286, 0.573, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.286 std_dev=0.287
O3' A 0, 0.060, 0.348, 0.636, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.348 std_dev=0.288
O5' B 0, 0.067, 0.386, 0.706, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.386 std_dev=0.319
N7 B 0, -0.008, 0.330, 0.668, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.330 std_dev=0.338
C5' B 0, 0.026, 0.375, 0.724, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.375 std_dev=0.349
N9 B 0, -0.039, 0.326, 0.692, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.326 std_dev=0.365
C8 B 0, -0.011, 0.363, 0.738, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.363 std_dev=0.375
C5' A 0, 0.008, 0.392, 0.777, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.392 std_dev=0.384
P B 0, -0.031, 0.371, 0.774, 1.048 max_d=1.048 avg_d=0.371 std_dev=0.402
O4' B 0, -0.046, 0.363, 0.772, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.363 std_dev=0.409
C1' B 0, -0.087, 0.388, 0.863, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.388 std_dev=0.475
OP1 B 0, -0.029, 0.450, 0.928, 1.256 max_d=1.256 avg_d=0.450 std_dev=0.479
C4' B 0, -0.058, 0.432, 0.922, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.432 std_dev=0.490
OP2 A 0, -0.061, 0.457, 0.974, 1.327 max_d=1.327 avg_d=0.457 std_dev=0.518
C3' B 0, -0.123, 0.507, 1.136, 1.586 max_d=1.586 avg_d=0.507 std_dev=0.630
OP2 B 0, -0.112, 0.524, 1.159, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.524 std_dev=0.636
OP1 A 0, -0.147, 0.496, 1.140, 1.594 max_d=1.594 avg_d=0.496 std_dev=0.644
C2' B 0, -0.163, 0.512, 1.187, 1.673 max_d=1.673 avg_d=0.512 std_dev=0.675
O3' B 0, -0.148, 0.632, 1.412, 1.967 max_d=1.967 avg_d=0.632 std_dev=0.780
O2' B 0, -0.203, 0.599, 1.401, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.599 std_dev=0.802

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03 0.02 0.09 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.03 0.18 0.08 0.03
C2 0.04 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.23 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.05 0.09 0.24 0.03 0.07 0.09 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.26 0.25 0.08
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.06 0.05 0.03 0.03 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.30 0.27 0.07
C4 0.00 0.02 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.21 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.27 0.04 0.07 0.10 0.08
C4' 0.00 0.07 0.03 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.07 0.04 0.06 0.10 0.04 0.04 0.04 0.09 0.02 0.00 0.01 0.10 0.21 0.17 0.03
C5 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.25 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.02 0.31 0.04 0.10 0.18 0.09
C5' 0.08 0.23 0.02 0.01 0.21 0.00 0.25 0.00 0.27 0.23 0.24 0.25 0.19 0.24 0.19 0.08 0.10 0.02 0.02 0.31 0.19 0.12 0.01
C6 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.07 0.01 0.27 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.09 0.05 0.31 0.01 0.12 0.20 0.10
C8 0.03 0.04 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.23 0.03 0.00 0.02 0.07 0.03 0.01 0.00 0.02 0.08 0.04 0.33 0.05 0.07 0.15 0.07
N1 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.06 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.06 0.29 0.01 0.09 0.16 0.09
N2 0.09 0.02 0.04 0.03 0.05 0.10 0.04 0.25 0.03 0.07 0.01 0.00 0.05 0.05 0.06 0.09 0.03 0.14 0.19 0.02 0.06 0.08 0.12
N3 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.19 0.03 0.03 0.02 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.07 0.23 0.04 0.07 0.08 0.08
N7 0.04 0.03 0.05 0.09 0.00 0.04 0.01 0.24 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.12 0.03 0.35 0.06 0.11 0.24 0.08
N9 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.19 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.26 0.04 0.08 0.07 0.06
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.02 0.34 0.25 0.03
O3' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.07 0.02 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.03 0.06 0.12 0.04 0.04 0.00 0.01 0.12 0.08 0.42 0.37 0.07
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.04 0.06 0.14 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.23 0.06 0.21 0.06 0.10
O5' 0.20 0.24 0.10 0.03 0.27 0.01 0.31 0.02 0.31 0.33 0.29 0.19 0.23 0.35 0.26 0.06 0.12 0.23 0.00 0.30 0.01 0.03 0.00
O6 0.03 0.03 0.01 0.04 0.04 0.10 0.04 0.31 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.02 0.08 0.06 0.30 0.00 0.19 0.24 0.12
OP1 0.18 0.07 0.26 0.30 0.07 0.21 0.10 0.19 0.12 0.07 0.09 0.06 0.07 0.11 0.08 0.34 0.42 0.21 0.01 0.19 0.00 0.07 0.01
OP2 0.08 0.09 0.25 0.27 0.10 0.17 0.18 0.12 0.20 0.15 0.16 0.08 0.08 0.24 0.07 0.25 0.37 0.06 0.03 0.24 0.07 0.00 0.06
P 0.03 0.10 0.08 0.07 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.07 0.09 0.12 0.08 0.08 0.06 0.03 0.07 0.10 0.00 0.12 0.01 0.06 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.12 0.07 0.11 0.05 0.16 0.07 0.22 0.12 0.05 0.14 0.06 0.14 0.06 0.04 0.09 0.12 0.13 0.07 0.02 0.17 0.06
C2 0.23 0.10 0.22 0.21 0.16 0.24 0.10 0.26 0.03 0.16 0.01 0.18 0.05 0.11 0.19 0.24 0.21 0.24 0.13 0.09 0.37 0.17
C2' 0.07 0.09 0.08 0.12 0.02 0.15 0.02 0.22 0.04 0.09 0.08 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.12 0.10 0.07 0.03 0.16 0.07
C3' 0.02 0.09 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.14 0.05 0.02 0.08 0.08 0.04 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.06 0.02
C4 0.11 0.07 0.08 0.11 0.01 0.16 0.04 0.22 0.10 0.06 0.12 0.02 0.15 0.04 0.06 0.10 0.10 0.15 0.09 0.11 0.35 0.17
C4' 0.05 0.14 0.05 0.10 0.08 0.17 0.12 0.24 0.17 0.04 0.17 0.09 0.20 0.10 0.02 0.09 0.12 0.11 0.04 0.05 0.04 0.02
C5 0.03 0.10 0.01 0.03 0.04 0.09 0.08 0.17 0.15 0.03 0.15 0.05 0.20 0.07 0.01 0.01 0.02 0.08 0.09 0.18 0.41 0.20
C5' 0.09 0.32 0.09 0.04 0.26 0.08 0.32 0.19 0.38 0.21 0.37 0.25 0.43 0.30 0.18 0.04 0.05 0.02 0.05 0.19 0.05 0.06
C6 0.07 0.05 0.03 0.06 0.02 0.11 0.02 0.18 0.07 0.04 0.09 0.04 0.13 0.04 0.04 0.04 0.04 0.11 0.11 0.19 0.45 0.22
C8 0.08 0.19 0.12 0.08 0.17 0.02 0.21 0.12 0.24 0.15 0.22 0.15 0.28 0.20 0.13 0.09 0.08 0.01 0.06 0.16 0.31 0.16
N1 0.17 0.09 0.14 0.15 0.12 0.19 0.08 0.23 0.03 0.13 0.02 0.14 0.05 0.09 0.14 0.15 0.14 0.19 0.14 0.16 0.44 0.22
N2 0.28 0.17 0.29 0.26 0.21 0.26 0.14 0.25 0.08 0.19 0.08 0.25 0.04 0.14 0.23 0.32 0.27 0.27 0.11 0.03 0.33 0.12
N3 0.22 0.03 0.21 0.21 0.12 0.25 0.06 0.27 0.03 0.15 0.05 0.11 0.08 0.09 0.17 0.23 0.21 0.25 0.12 0.08 0.34 0.15
N7 0.06 0.17 0.12 0.07 0.14 0.02 0.19 0.13 0.25 0.12 0.22 0.13 0.31 0.18 0.11 0.10 0.08 0.01 0.07 0.22 0.40 0.21
N9 0.02 0.14 0.02 0.03 0.09 0.09 0.13 0.17 0.17 0.06 0.17 0.09 0.19 0.11 0.04 0.01 0.03 0.07 0.06 0.08 0.27 0.11
O2' 0.19 0.08 0.23 0.28 0.06 0.31 0.06 0.35 0.04 0.18 0.08 0.05 0.04 0.12 0.15 0.23 0.29 0.24 0.11 0.08 0.10 0.07
O3' 0.07 0.05 0.09 0.12 0.06 0.11 0.08 0.17 0.07 0.13 0.05 0.05 0.08 0.13 0.09 0.08 0.12 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01
O4' 0.05 0.14 0.05 0.09 0.07 0.15 0.10 0.22 0.15 0.03 0.17 0.09 0.18 0.08 0.02 0.08 0.11 0.11 0.06 0.02 0.09 0.03
O5' 0.07 0.06 0.15 0.18 0.02 0.09 0.01 0.06 0.05 0.10 0.08 0.03 0.06 0.07 0.06 0.12 0.22 0.06 0.20 0.12 0.20 0.16
O6 0.01 0.06 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.14 0.10 0.03 0.09 0.03 0.15 0.06 0.01 0.03 0.03 0.06 0.10 0.21 0.46 0.22
OP1 0.09 0.13 0.05 0.10 0.09 0.23 0.15 0.36 0.20 0.08 0.18 0.08 0.28 0.15 0.06 0.09 0.11 0.17 0.23 0.61 0.18 0.39
OP2 0.66 0.32 0.80 0.84 0.50 0.70 0.45 0.63 0.30 0.69 0.25 0.43 0.21 0.59 0.62 0.78 0.90 0.63 0.66 0.38 0.57 0.50
P 0.36 0.32 0.44 0.42 0.38 0.29 0.40 0.18 0.37 0.45 0.33 0.34 0.38 0.47 0.40 0.40 0.44 0.29 0.30 0.07 0.26 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.11 0.05
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.32 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.08 0.05 0.06
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.10 0.30 0.14
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.09 0.07 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.13 0.21 0.41 0.22
C5' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.05 0.02 0.09 0.10 0.06 0.03 0.05 0.01 0.01 0.11 0.12 0.04
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.11 0.22 0.44 0.22
C8 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.01 0.18 0.24 0.32 0.23
N1 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.07 0.14 0.39 0.16
N3 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.27 0.08
N6 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.14 0.28 0.49 0.26
N7 0.02 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.04 0.01 0.18 0.30 0.43 0.27
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.10 0.11 0.24 0.14
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.02
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.08 0.13 0.05
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.11 0.04 0.04
O5' 0.03 0.03 0.08 0.10 0.07 0.01 0.13 0.01 0.11 0.18 0.07 0.03 0.14 0.18 0.10 0.03 0.08 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.01 0.06 0.06 0.08 0.10 0.09 0.21 0.11 0.22 0.24 0.14 0.03 0.28 0.30 0.11 0.06 0.08 0.11 0.01 0.00 0.05 0.00
OP2 0.11 0.32 0.05 0.05 0.30 0.07 0.41 0.12 0.44 0.32 0.39 0.27 0.49 0.43 0.24 0.02 0.13 0.04 0.03 0.05 0.00 0.04
P 0.05 0.11 0.06 0.06 0.14 0.03 0.22 0.04 0.22 0.23 0.16 0.08 0.26 0.27 0.14 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00