ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50020

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N2 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.016, 0.027, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.007, 0.019, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N7 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C1' B 0, 0.080, 0.200, 0.321, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.200 std_dev=0.120
O4' B 0, 0.101, 0.271, 0.440, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.271 std_dev=0.170
N9 B 0, 0.031, 0.245, 0.458, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.245 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.081, 0.315, 0.549, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.315 std_dev=0.234
N3 B 0, -0.044, 0.234, 0.512, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.234 std_dev=0.278
C4 B 0, -0.040, 0.243, 0.526, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.243 std_dev=0.283
C3' B 0, 0.113, 0.417, 0.720, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.417 std_dev=0.304
C4' B 0, 0.113, 0.441, 0.769, 0.921 max_d=0.921 avg_d=0.441 std_dev=0.328
C8 B 0, -0.007, 0.336, 0.679, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.336 std_dev=0.343
C2 B 0, -0.099, 0.300, 0.698, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.300 std_dev=0.398
O2' B 0, 0.049, 0.452, 0.855, 1.094 max_d=1.094 avg_d=0.452 std_dev=0.403
C5 B 0, -0.084, 0.331, 0.747, 1.042 max_d=1.042 avg_d=0.331 std_dev=0.415
N7 B 0, -0.064, 0.388, 0.841, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.388 std_dev=0.453
N1 B 0, -0.110, 0.380, 0.870, 1.222 max_d=1.222 avg_d=0.380 std_dev=0.490
C6 B 0, -0.105, 0.399, 0.903, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.399 std_dev=0.504
O5' B 0, 0.078, 0.597, 1.116, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.597 std_dev=0.519
O3' B 0, 0.080, 0.639, 1.199, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.639 std_dev=0.559
OP2 B 0, 0.099, 0.663, 1.227, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.663 std_dev=0.564
C5' B 0, 0.066, 0.633, 1.200, 1.544 max_d=1.544 avg_d=0.633 std_dev=0.567
OP2 A 0, -0.080, 0.525, 1.130, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.525 std_dev=0.605
O4' A 0, -0.149, 0.460, 1.068, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.460 std_dev=0.608
N6 B 0, -0.100, 0.517, 1.134, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.517 std_dev=0.617
C2' A 0, -0.151, 0.502, 1.156, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.502 std_dev=0.653
P B 0, 0.017, 0.769, 1.520, 2.004 max_d=2.004 avg_d=0.769 std_dev=0.752
C3' A 0, -0.218, 0.647, 1.513, 2.137 max_d=2.137 avg_d=0.647 std_dev=0.865
C4' A 0, -0.250, 0.661, 1.572, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.661 std_dev=0.911
O2' A 0, -0.223, 0.774, 1.771, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.774 std_dev=0.997
OP1 B 0, -0.110, 0.928, 1.966, 2.689 max_d=2.689 avg_d=0.928 std_dev=1.038
O3' A 0, -0.294, 0.763, 1.820, 2.586 max_d=2.586 avg_d=0.763 std_dev=1.057
O5' A 0, -0.301, 0.807, 1.915, 2.714 max_d=2.714 avg_d=0.807 std_dev=1.108
C5' A 0, -0.326, 0.964, 2.254, 3.185 max_d=3.185 avg_d=0.964 std_dev=1.290
P A 0, -0.435, 0.908, 2.251, 3.227 max_d=3.227 avg_d=0.908 std_dev=1.343
OP1 A 0, -0.671, 1.312, 3.294, 4.741 max_d=4.741 avg_d=1.312 std_dev=1.983

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.29 0.00 0.14 0.01 0.06 0.12 0.18
C2 0.01 0.00 0.39 0.36 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.07 0.17 0.06 0.01 0.35 0.27 0.11
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.19 0.01 0.08 0.18 0.15 0.21 0.29 0.48 0.39 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.40 0.10 0.36 0.50 0.44
C3' 0.01 0.36 0.00 0.00 0.30 0.00 0.33 0.00 0.38 0.19 0.39 0.36 0.31 0.27 0.20 0.00 0.01 0.02 0.02 0.39 0.05 0.04 0.02
C4 0.00 0.00 0.19 0.30 0.00 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.04 0.09 0.03 0.01 0.28 0.26 0.13
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.03 0.03 0.12 0.07 0.28 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.22 0.01
C5 0.00 0.00 0.08 0.33 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.07 0.04 0.07 0.01 0.43 0.33 0.10
C5' 0.06 0.03 0.18 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.02 0.09 0.20 0.02 0.01 0.07 0.26 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.38 0.01 0.09 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.11 0.07 0.10 0.01 0.52 0.35 0.08
C8 0.00 0.00 0.21 0.19 0.00 0.11 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.38 0.02 0.11 0.01 0.01 0.27 0.28 0.14
N1 0.01 0.00 0.29 0.39 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.09 0.13 0.09 0.01 0.46 0.32 0.09
N2 0.01 0.00 0.48 0.36 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.10 0.21 0.05 0.00 0.32 0.26 0.12
N3 0.01 0.00 0.39 0.31 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.10 0.17 0.04 0.01 0.25 0.24 0.13
N7 0.00 0.00 0.13 0.27 0.00 0.12 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.40 0.08 0.06 0.07 0.01 0.44 0.35 0.10
N9 0.00 0.00 0.02 0.20 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.08 0.00 0.04 0.01 0.16 0.21 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.11 0.28 0.26 0.09 0.22 0.38 0.08 0.22 0.12 0.40 0.19 0.00 0.03 0.18 0.28 0.29 0.33 0.41 0.33
O3' 0.29 0.07 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.20 0.11 0.02 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.03 0.00 0.21 0.19 0.15 0.21 0.18 0.23
O4' 0.00 0.17 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.02 0.07 0.11 0.13 0.21 0.17 0.06 0.00 0.18 0.21 0.00 0.04 0.05 0.03 0.27 0.05
O5' 0.14 0.06 0.40 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.09 0.05 0.04 0.07 0.04 0.28 0.19 0.04 0.00 0.13 0.03 0.03 0.00
O6 0.01 0.01 0.10 0.39 0.01 0.11 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.15 0.05 0.13 0.00 0.61 0.39 0.06
OP1 0.06 0.35 0.36 0.05 0.28 0.15 0.43 0.26 0.52 0.27 0.46 0.32 0.25 0.44 0.16 0.33 0.21 0.03 0.03 0.61 0.00 0.01 0.00
OP2 0.12 0.27 0.50 0.04 0.26 0.22 0.33 0.25 0.35 0.28 0.32 0.26 0.24 0.35 0.21 0.41 0.18 0.27 0.03 0.39 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.11 0.44 0.02 0.13 0.01 0.10 0.01 0.08 0.14 0.09 0.12 0.13 0.10 0.15 0.33 0.23 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.35 0.03 0.26 0.31 0.37 0.46 0.64 0.53 0.32 0.46 0.26 0.63 0.49 0.22 0.04 0.34 0.17 0.46 0.77 0.35 0.67
C2 0.10 0.20 0.14 0.11 0.16 0.22 0.21 0.40 0.24 0.16 0.23 0.15 0.25 0.19 0.13 0.20 0.09 0.20 0.35 0.34 0.19 0.38
C2' 0.44 0.09 0.51 0.72 0.05 0.90 0.28 1.11 0.41 0.06 0.29 0.09 0.64 0.37 0.18 0.59 0.82 0.69 0.82 0.98 0.35 0.84
C3' 0.63 0.31 0.80 1.03 0.41 1.02 0.27 1.22 0.15 0.45 0.20 0.42 0.05 0.26 0.51 0.80 1.15 0.74 1.11 1.49 1.06 1.39
C4 0.04 0.32 0.05 0.18 0.25 0.31 0.36 0.55 0.44 0.17 0.41 0.23 0.49 0.31 0.14 0.09 0.19 0.21 0.48 0.54 0.30 0.57
C4' 0.37 0.04 0.57 0.86 0.14 0.85 0.05 1.14 0.09 0.25 0.09 0.12 0.20 0.10 0.26 0.54 1.02 0.52 1.02 1.65 1.18 1.46
C5 0.03 0.34 0.07 0.16 0.20 0.29 0.27 0.54 0.42 0.06 0.43 0.23 0.46 0.16 0.08 0.15 0.15 0.22 0.52 0.50 0.34 0.58
C5' 0.47 0.06 0.69 1.02 0.23 0.97 0.15 1.26 0.03 0.41 0.04 0.18 0.13 0.25 0.37 0.65 1.20 0.61 1.18 1.89 1.49 1.67
C6 0.05 0.29 0.13 0.09 0.12 0.23 0.14 0.46 0.26 0.03 0.34 0.19 0.25 0.04 0.04 0.23 0.05 0.21 0.47 0.37 0.27 0.49
C8 0.03 0.38 0.02 0.25 0.25 0.37 0.37 0.64 0.52 0.12 0.49 0.26 0.64 0.29 0.12 0.05 0.29 0.22 0.59 0.71 0.47 0.73
N1 0.08 0.21 0.16 0.08 0.11 0.20 0.12 0.39 0.18 0.07 0.23 0.14 0.17 0.07 0.08 0.26 0.07 0.20 0.39 0.31 0.19 0.39
N2 0.15 0.09 0.18 0.14 0.12 0.20 0.15 0.32 0.15 0.18 0.13 0.07 0.16 0.18 0.15 0.24 0.15 0.21 0.27 0.28 0.20 0.30
N3 0.07 0.26 0.08 0.15 0.23 0.28 0.32 0.48 0.36 0.23 0.32 0.20 0.39 0.32 0.17 0.11 0.15 0.20 0.38 0.45 0.23 0.46
N7 0.02 0.37 0.05 0.20 0.20 0.33 0.29 0.60 0.47 0.04 0.48 0.25 0.57 0.17 0.07 0.11 0.21 0.22 0.58 0.60 0.44 0.68
N9 0.04 0.35 0.02 0.24 0.28 0.36 0.42 0.62 0.51 0.21 0.46 0.26 0.61 0.39 0.16 0.03 0.28 0.20 0.53 0.69 0.38 0.68
O2' 0.20 0.71 0.15 0.09 0.71 0.38 1.01 0.62 1.07 0.90 0.91 0.57 1.24 1.20 0.58 0.09 0.22 0.15 0.12 0.41 0.60 0.12
O3' 0.45 0.16 0.73 1.01 0.25 0.90 0.15 1.15 0.07 0.32 0.09 0.24 0.05 0.18 0.34 0.72 1.21 0.50 1.04 1.80 1.20 1.59
O4' 0.04 0.28 0.17 0.46 0.17 0.50 0.25 0.81 0.35 0.07 0.35 0.19 0.42 0.20 0.07 0.13 0.57 0.22 0.70 1.22 0.81 1.08
O5' 0.45 0.08 0.63 0.92 0.25 0.88 0.18 1.14 0.04 0.42 0.03 0.19 0.11 0.29 0.38 0.58 1.08 0.58 1.10 1.61 1.38 1.49
O6 0.04 0.27 0.15 0.07 0.07 0.20 0.04 0.44 0.15 0.07 0.29 0.16 0.14 0.06 0.02 0.27 0.03 0.21 0.48 0.33 0.28 0.48
OP1 0.86 0.68 1.07 1.30 0.80 1.15 0.80 1.32 0.71 0.91 0.65 0.74 0.67 0.89 0.86 0.99 1.47 0.87 1.33 1.77 1.70 1.65
OP2 0.08 0.60 0.09 0.40 0.35 0.48 0.45 0.81 0.67 0.12 0.72 0.43 0.82 0.28 0.17 0.08 0.53 0.21 0.75 1.21 0.89 1.09
P 0.38 0.06 0.56 0.89 0.17 0.83 0.13 1.12 0.08 0.39 0.13 0.08 0.17 0.28 0.31 0.49 1.06 0.51 1.10 1.66 1.43 1.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.23 0.21 0.10
C2 0.02 0.00 0.17 0.12 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.19 0.05 0.13 0.31 0.21 0.06
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.01 0.02 0.03 0.06 0.10 0.12 0.18 0.03 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.29 0.19 0.11
C3' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.02 0.03 0.19 0.06 0.12 0.07 0.16 0.06 0.00 0.00 0.00 0.13 0.27 0.14 0.09
C4 0.01 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.05 0.03 0.13 0.24 0.19 0.05
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.10 0.01 0.03 0.07 0.10 0.04 0.02 0.01 0.00 0.03 0.13 0.11 0.06
C5 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.18 0.17 0.12 0.03
C5' 0.03 0.07 0.03 0.02 0.09 0.01 0.14 0.00 0.14 0.16 0.11 0.05 0.17 0.18 0.09 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.03 0.03 0.19 0.18 0.11 0.04
C8 0.00 0.01 0.10 0.19 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.03 0.18 0.10 0.09 0.04
N1 0.01 0.00 0.12 0.06 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.11 0.04 0.17 0.26 0.16 0.02
N3 0.02 0.00 0.18 0.12 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.19 0.04 0.10 0.32 0.23 0.09
N6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.22 0.13 0.04 0.09
N7 0.00 0.01 0.07 0.16 0.00 0.10 0.00 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.20 0.01 0.21 0.09 0.04 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.11 0.20 0.19 0.05
O2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.03 0.10 0.07 0.18 0.22 0.07 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.08 0.24 0.17 0.09
O3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.22 0.11 0.19 0.08 0.20 0.05 0.04 0.00 0.01 0.16 0.21 0.14 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.17 0.22 0.11
O5' 0.04 0.13 0.09 0.13 0.13 0.03 0.18 0.01 0.19 0.18 0.17 0.10 0.22 0.21 0.11 0.08 0.16 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.23 0.31 0.29 0.27 0.24 0.13 0.17 0.01 0.18 0.10 0.26 0.32 0.13 0.09 0.20 0.24 0.21 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.21 0.19 0.14 0.19 0.11 0.12 0.01 0.11 0.09 0.16 0.23 0.04 0.04 0.19 0.17 0.14 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.06 0.11 0.09 0.05 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.09 0.09 0.09 0.05 0.09 0.05 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00