Doublet Group distance statistics: 50021

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C6	A	0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N1	A	0, 0.000, 0.016, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2	A	0, 0.002, 0.018, 0.034, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N3	A	0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C8	A	0, 0.002, 0.024, 0.046, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.024 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.001, 0.023, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1'	A	0, 0.003, 0.026, 0.049, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.026 std_dev=0.023
O6	A	0, 0.008, 0.033, 0.058, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.033 std_dev=0.025
N2	A	0, 0.016, 0.054, 0.091, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.054 std_dev=0.038
O4'	A	0, 0.042, 0.103, 0.163, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.103 std_dev=0.061
C2'	A	0, 0.015, 0.087, 0.158, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.087 std_dev=0.072
C3'	A	0, 0.059, 0.183, 0.306, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.183 std_dev=0.123
C4'	A	0, 0.066, 0.191, 0.315, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.191 std_dev=0.125
O2'	A	0, 0.044, 0.174, 0.304, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.174 std_dev=0.130
O3'	A	0, 0.079, 0.295, 0.511, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.295 std_dev=0.216
C5'	A	0, 0.128, 0.353, 0.578, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.353 std_dev=0.225
C4	B	0, 0.109, 0.351, 0.594, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.351 std_dev=0.243
OP1	B	0, 0.221, 0.573, 0.925, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.573 std_dev=0.352
P	A	0, 0.167, 0.535, 0.902, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.535 std_dev=0.367
C5	B	0, 0.240, 0.619, 0.999, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.619 std_dev=0.380
N9	B	0, 0.206, 0.592, 0.979, 1.084 max_d=1.084 avg_d=0.592 std_dev=0.387
N3	B	0, 0.298, 0.709, 1.119, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.709 std_dev=0.410
O5'	A	0, 0.063, 0.478, 0.894, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.478 std_dev=0.416
P	B	0, 0.290, 0.739, 1.188, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.739 std_dev=0.449
C3'	B	0, 0.068, 0.595, 1.123, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.595 std_dev=0.528
OP1	A	0, 0.238, 0.781, 1.325, 1.536 max_d=1.536 avg_d=0.781 std_dev=0.543
C6	B	0, 0.389, 0.932, 1.475, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.932 std_dev=0.543
C8	B	0, 0.368, 0.913, 1.458, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.913 std_dev=0.545
C2'	B	0, 0.240, 0.794, 1.348, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.794 std_dev=0.554
C2	B	0, 0.404, 0.963, 1.522, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.963 std_dev=0.559
OP2	A	0, 0.153, 0.732, 1.311, 1.616 max_d=1.616 avg_d=0.732 std_dev=0.579
N7	B	0, 0.391, 0.972, 1.553, 1.501 max_d=1.501 avg_d=0.972 std_dev=0.581
N1	B	0, 0.439, 1.042, 1.645, 1.454 max_d=1.454 avg_d=1.042 std_dev=0.603
C1'	B	0, 0.417, 1.038, 1.659, 1.643 max_d=1.643 avg_d=1.038 std_dev=0.621
O3'	B	0, 0.009, 0.710, 1.411, 1.852 max_d=1.852 avg_d=0.710 std_dev=0.701
N6	B	0, 0.566, 1.363, 2.160, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.363 std_dev=0.797
C4'	B	0, 0.584, 1.433, 2.282, 2.165 max_d=2.165 avg_d=1.433 std_dev=0.849
O2'	B	0, 0.530, 1.427, 2.325, 2.483 max_d=2.483 avg_d=1.427 std_dev=0.897
O4'	B	0, 0.678, 1.608, 2.537, 2.187 max_d=2.187 avg_d=1.608 std_dev=0.930
O5'	B	0, 0.522, 1.513, 2.504, 2.767 max_d=2.767 avg_d=1.513 std_dev=0.991
C5'	B	0, 0.801, 1.913, 3.026, 2.752 max_d=2.752 avg_d=1.913 std_dev=1.112
OP2	B	0, 0.778, 1.960, 3.142, 3.167 max_d=3.167 avg_d=1.960 std_dev=1.182

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.01	0.02	0.02	0.01	0.02	0.02	0.04	0.01	0.04	0.07	0.05	0.02	0.00	0.01	0.02	0.00	0.05	0.04	0.07	0.55	0.21
C2	0.05	0.00	0.06	0.06	0.00	0.05	0.01	0.05	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.07	0.06	0.19	0.02	0.14	0.53	0.21
C2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.04	0.09	0.06	0.05	0.01	0.00	0.02	0.01	0.21	0.02	0.16	0.43	0.04
C3'	0.02	0.06	0.01	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.04	0.10	0.04	0.08	0.06	0.09	0.05	0.02	0.01	0.01	0.34	0.05	0.30	0.29	0.13
C4	0.02	0.00	0.02	0.02	0.00	0.02	0.01	0.04	0.02	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.03	0.19	0.03	0.14	0.53	0.21
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.04	0.03	0.07	0.05	0.05	0.02	0.05	0.01	0.00	0.02	0.04	0.09	0.42	0.07
C5	0.02	0.01	0.02	0.05	0.01	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.02	0.24	0.01	0.20	0.49	0.21
C5'	0.02	0.05	0.01	0.01	0.04	0.01	0.06	0.00	0.06	0.06	0.06	0.07	0.05	0.07	0.04	0.05	0.04	0.01	0.01	0.07	0.10	0.33	0.00
C6	0.04	0.01	0.02	0.04	0.02	0.03	0.00	0.06	0.00	0.01	0.00	0.02	0.03	0.01	0.02	0.02	0.05	0.03	0.25	0.01	0.22	0.46	0.21
C8	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.12	0.02	0.24	0.02	0.18	0.53	0.21
N1	0.04	0.00	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.05	0.05	0.04	0.22	0.02	0.19	0.49	0.22
N2	0.07	0.01	0.09	0.08	0.00	0.07	0.02	0.07	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.10	0.11	0.08	0.18	0.02	0.12	0.53	0.21
N3	0.05	0.01	0.06	0.06	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.02	0.06	0.07	0.06	0.17	0.04	0.12	0.54	0.20
N7	0.02	0.01	0.05	0.09	0.01	0.05	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.04	0.12	0.02	0.27	0.02	0.23	0.47	0.21
N9	0.00	0.01	0.01	0.05	0.00	0.02	0.02	0.04	0.02	0.00	0.01	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01	0.05	0.01	0.17	0.03	0.13	0.55	0.21
O2'	0.01	0.07	0.00	0.02	0.02	0.05	0.01	0.05	0.02	0.04	0.05	0.10	0.06	0.04	0.01	0.00	0.04	0.04	0.12	0.02	0.18	0.43	0.06
O3'	0.02	0.07	0.02	0.01	0.03	0.01	0.06	0.04	0.05	0.12	0.05	0.11	0.07	0.12	0.05	0.04	0.00	0.01	0.37	0.07	0.50	0.16	0.27
O4'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.03	0.00	0.02	0.01	0.03	0.02	0.04	0.08	0.06	0.02	0.01	0.04	0.01	0.00	0.13	0.03	0.13	0.56	0.27
O5'	0.05	0.19	0.21	0.34	0.19	0.02	0.24	0.01	0.25	0.24	0.22	0.18	0.17	0.27	0.17	0.12	0.37	0.13	0.00	0.28	0.01	0.00	0.00
O6	0.04	0.02	0.02	0.05	0.03	0.04	0.01	0.07	0.01	0.02	0.02	0.02	0.04	0.02	0.03	0.02	0.07	0.03	0.28	0.00	0.25	0.41	0.21
OP1	0.07	0.14	0.16	0.30	0.14	0.09	0.20	0.10	0.22	0.18	0.19	0.12	0.12	0.23	0.13	0.18	0.50	0.13	0.01	0.25	0.00	0.01	0.00
OP2	0.55	0.53	0.43	0.29	0.53	0.42	0.49	0.33	0.46	0.53	0.49	0.53	0.54	0.47	0.55	0.43	0.16	0.56	0.00	0.41	0.01	0.00	0.01
P	0.21	0.21	0.04	0.13	0.21	0.07	0.21	0.00	0.21	0.21	0.22	0.21	0.20	0.21	0.21	0.06	0.27	0.27	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.35	0.09	0.39	0.53	0.09	0.51	0.13	0.64	0.20	0.21	0.15	0.13	0.33	0.22	0.20	0.48	0.59	0.39	0.25	0.01	0.14	0.06
C2	0.33	0.11	0.32	0.43	0.16	0.42	0.06	0.52	0.12	0.25	0.16	0.14	0.20	0.14	0.27	0.32	0.40	0.40	0.29	0.04	0.44	0.14
C2'	0.30	0.14	0.36	0.51	0.06	0.48	0.17	0.65	0.23	0.20	0.19	0.13	0.33	0.27	0.12	0.47	0.59	0.32	0.24	0.05	0.21	0.07
C3'	0.26	0.16	0.26	0.38	0.10	0.36	0.23	0.44	0.28	0.17	0.23	0.14	0.39	0.31	0.06	0.40	0.51	0.29	0.18	0.05	0.09	0.01
C4	0.35	0.09	0.35	0.48	0.12	0.46	0.09	0.56	0.19	0.25	0.17	0.12	0.32	0.17	0.26	0.37	0.51	0.40	0.35	0.03	0.33	0.11
C4'	0.27	0.15	0.28	0.40	0.08	0.38	0.21	0.47	0.28	0.14	0.22	0.13	0.41	0.29	0.07	0.43	0.53	0.28	0.16	0.10	0.10	0.06
C5	0.34	0.08	0.31	0.46	0.13	0.44	0.10	0.52	0.20	0.27	0.19	0.09	0.34	0.17	0.27	0.32	0.49	0.40	0.43	0.06	0.34	0.14
C5'	0.26	0.20	0.22	0.30	0.14	0.34	0.27	0.35	0.36	0.16	0.29	0.15	0.49	0.33	0.09	0.37	0.46	0.31	0.25	0.17	0.24	0.12
C6	0.32	0.07	0.29	0.43	0.16	0.41	0.11	0.49	0.14	0.30	0.16	0.09	0.28	0.21	0.28	0.26	0.44	0.38	0.42	0.06	0.39	0.15
C8	0.35	0.09	0.34	0.51	0.10	0.49	0.13	0.57	0.24	0.21	0.20	0.09	0.39	0.18	0.23	0.38	0.58	0.42	0.47	0.08	0.25	0.18
N1	0.31	0.05	0.28	0.41	0.17	0.39	0.11	0.48	0.08	0.28	0.13	0.11	0.19	0.19	0.28	0.26	0.39	0.37	0.34	0.03	0.44	0.14
N2	0.33	0.17	0.31	0.40	0.16	0.43	0.07	0.53	0.13	0.23	0.19	0.17	0.17	0.12	0.26	0.31	0.36	0.43	0.27	0.07	0.48	0.16
N3	0.34	0.12	0.35	0.47	0.13	0.45	0.06	0.57	0.15	0.24	0.16	0.15	0.25	0.15	0.26	0.38	0.46	0.40	0.27	0.04	0.39	0.12
N7	0.34	0.10	0.32	0.48	0.11	0.47	0.11	0.54	0.23	0.25	0.21	0.08	0.39	0.16	0.25	0.33	0.54	0.42	0.50	0.09	0.30	0.19
N9	0.35	0.09	0.36	0.51	0.10	0.49	0.12	0.59	0.22	0.22	0.17	0.11	0.35	0.20	0.23	0.42	0.57	0.41	0.36	0.04	0.23	0.11
O2'	0.30	0.18	0.41	0.54	0.08	0.52	0.14	0.76	0.19	0.22	0.18	0.19	0.28	0.25	0.14	0.55	0.62	0.33	0.21	0.10	0.19	0.07
O3'	0.23	0.17	0.23	0.33	0.13	0.28	0.24	0.35	0.27	0.23	0.21	0.15	0.36	0.34	0.09	0.39	0.51	0.25	0.01	0.01	0.00	0.01
O4'	0.31	0.11	0.34	0.46	0.05	0.45	0.16	0.56	0.24	0.14	0.18	0.11	0.38	0.23	0.14	0.46	0.56	0.34	0.21	0.07	0.04	0.03
O5'	0.55	0.28	0.65	0.83	0.37	0.74	0.36	0.80	0.34	0.46	0.28	0.35	0.41	0.43	0.46	0.70	0.97	0.60	0.71	0.28	0.76	0.54
O6	0.30	0.09	0.26	0.41	0.17	0.39	0.14	0.47	0.12	0.31	0.17	0.10	0.24	0.25	0.27	0.21	0.42	0.37	0.46	0.07	0.40	0.17
OP1	0.36	0.15	0.47	0.71	0.12	0.66	0.25	0.75	0.37	0.21	0.31	0.08	0.55	0.29	0.20	0.55	0.94	0.47	0.77	0.48	0.87	0.65
OP2	0.31	0.50	0.13	0.15	0.38	0.27	0.48	0.28	0.61	0.29	0.59	0.40	0.73	0.44	0.28	0.21	0.33	0.41	0.33	0.18	0.20	0.03
P	0.28	0.18	0.33	0.55	0.07	0.51	0.24	0.60	0.37	0.12	0.32	0.05	0.53	0.26	0.10	0.40	0.74	0.40	0.60	0.24	0.61	0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.03	0.03	0.00	0.02	0.02	0.02	0.01	0.03	0.05	0.02	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.08	0.20	0.60	0.21
C2	0.04	0.00	0.07	0.11	0.01	0.05	0.02	0.09	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.14	0.10	0.04	0.26	0.11	0.71	0.25
C2'	0.01	0.07	0.00	0.01	0.04	0.02	0.05	0.01	0.05	0.06	0.06	0.06	0.06	0.05	0.02	0.00	0.00	0.01	0.25	0.22	0.46	0.02
C3'	0.03	0.11	0.01	0.00	0.13	0.01	0.17	0.02	0.17	0.21	0.13	0.10	0.19	0.21	0.13	0.01	0.01	0.01	0.41	0.30	0.32	0.20
C4	0.03	0.01	0.04	0.13	0.00	0.06	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.12	0.02	0.28	0.12	0.72	0.27
C4'	0.00	0.05	0.02	0.01	0.06	0.00	0.08	0.01	0.07	0.09	0.06	0.05	0.08	0.09	0.06	0.10	0.02	0.00	0.01	0.26	0.37	0.13
C5	0.02	0.02	0.05	0.17	0.00	0.08	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.06	0.20	0.01	0.35	0.24	0.81	0.38
C5'	0.02	0.09	0.01	0.02	0.10	0.01	0.12	0.00	0.12	0.15	0.10	0.08	0.13	0.15	0.10	0.09	0.05	0.00	0.01	0.08	0.27	0.01
C6	0.02	0.01	0.05	0.17	0.00	0.07	0.00	0.12	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.08	0.19	0.00	0.36	0.26	0.83	0.39
C8	0.01	0.01	0.06	0.21	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.24	0.04	0.36	0.27	0.81	0.39
N1	0.03	0.01	0.06	0.13	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.12	0.14	0.02	0.31	0.17	0.78	0.33
N3	0.05	0.01	0.06	0.10	0.00	0.05	0.01	0.08	0.01	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.13	0.08	0.05	0.23	0.11	0.66	0.21
N6	0.02	0.00	0.06	0.19	0.01	0.08	0.01	0.13	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.07	0.23	0.02	0.39	0.35	0.88	0.47
N7	0.01	0.02	0.05	0.21	0.00	0.09	0.00	0.15	0.01	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.26	0.04	0.40	0.36	0.87	0.46
N9	0.00	0.01	0.02	0.13	0.01	0.06	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.03	0.12	0.01	0.25	0.11	0.70	0.25
O2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.08	0.10	0.06	0.09	0.08	0.02	0.12	0.13	0.07	0.02	0.03	0.00	0.05	0.09	0.20	0.40	0.35	0.13
O3'	0.00	0.10	0.00	0.01	0.12	0.02	0.20	0.05	0.19	0.24	0.14	0.08	0.23	0.26	0.12	0.05	0.00	0.01	0.47	0.58	0.21	0.39
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.00	0.04	0.02	0.05	0.02	0.04	0.01	0.09	0.01	0.00	0.19	0.27	0.65	0.33
O5'	0.08	0.26	0.25	0.41	0.28	0.01	0.35	0.01	0.36	0.36	0.31	0.23	0.39	0.40	0.25	0.20	0.47	0.19	0.00	0.00	0.01	0.01
OP1	0.20	0.11	0.22	0.30	0.12	0.26	0.24	0.08	0.26	0.27	0.17	0.11	0.35	0.36	0.11	0.40	0.58	0.27	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.60	0.71	0.46	0.32	0.72	0.37	0.81	0.27	0.83	0.81	0.78	0.66	0.88	0.87	0.70	0.35	0.21	0.65	0.01	0.00	0.00	0.00
P	0.21	0.25	0.02	0.20	0.27	0.13	0.38	0.01	0.39	0.39	0.33	0.21	0.47	0.46	0.25	0.13	0.39	0.33	0.01	0.00	0.00	0.00