ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50022

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C8 A 0, 0.008, 0.023, 0.039, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.002, 0.023, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.023 std_dev=0.021
N2 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.012, 0.057, 0.102, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.057 std_dev=0.045
C3' A 0, 0.028, 0.076, 0.123, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.076 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.033, 0.082, 0.132, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.082 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.062, 0.155, 0.248, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.155 std_dev=0.093
C4' A 0, 0.005, 0.101, 0.197, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.101 std_dev=0.096
O3' A 0, -0.013, 0.155, 0.322, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.155 std_dev=0.167
C5' A 0, 0.011, 0.222, 0.434, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.222 std_dev=0.212
OP2 B 0, 0.121, 0.370, 0.618, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.370 std_dev=0.248
O5' A 0, 0.055, 0.308, 0.562, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.308 std_dev=0.254
C5' B 0, 0.001, 0.259, 0.517, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.259 std_dev=0.258
O4' B 0, -0.008, 0.255, 0.517, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.255 std_dev=0.262
N3 B 0, 0.034, 0.301, 0.568, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.301 std_dev=0.267
C5 B 0, 0.019, 0.287, 0.555, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.287 std_dev=0.268
C2 B 0, 0.055, 0.324, 0.593, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.324 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.043, 0.313, 0.582, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.313 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.058, 0.328, 0.599, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.328 std_dev=0.271
C4 B 0, 0.006, 0.277, 0.548, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.277 std_dev=0.271
N7 B 0, 0.018, 0.289, 0.561, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.289 std_dev=0.272
N6 B 0, 0.063, 0.335, 0.608, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.335 std_dev=0.273
C8 B 0, 0.002, 0.280, 0.557, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.280 std_dev=0.278
N9 B 0, -0.016, 0.265, 0.545, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.265 std_dev=0.280
C4' B 0, -0.014, 0.268, 0.550, 0.702 max_d=0.702 avg_d=0.268 std_dev=0.282
C1' B 0, -0.018, 0.272, 0.562, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.272 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.157, 0.447, 0.738, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.447 std_dev=0.291
C2' B 0, -0.011, 0.298, 0.607, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.298 std_dev=0.309
C3' B 0, -0.016, 0.302, 0.620, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.302 std_dev=0.318
P B 0, -0.034, 0.289, 0.613, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.289 std_dev=0.324
O2' B 0, 0.014, 0.354, 0.694, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.354 std_dev=0.340
O3' B 0, -0.010, 0.363, 0.736, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.363 std_dev=0.373
OP1 B 0, 0.052, 0.435, 0.819, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.435 std_dev=0.384
P A 0, 0.014, 0.409, 0.804, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.409 std_dev=0.395
OP1 A 0, 0.017, 0.418, 0.818, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.418 std_dev=0.401
OP2 A 0, -0.013, 0.451, 0.914, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.451 std_dev=0.463

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.10 0.08
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.01 0.11 0.01 0.14 0.28 0.20
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.03 0.00 0.05 0.01 0.10 0.05 0.04 0.12 0.10
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.03 0.03 0.08 0.08
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.13 0.23 0.19
C4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.12 0.01 0.19 0.28 0.24
C5' 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.01 0.13 0.00 0.14 0.14 0.11 0.04 0.06 0.16 0.09 0.03 0.08 0.00 0.01 0.16 0.04 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.04 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.08 0.04 0.14 0.00 0.22 0.33 0.27
C8 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.05 0.10 0.01 0.14 0.18 0.19
N1 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.10 0.02 0.13 0.01 0.19 0.32 0.25
N2 0.04 0.01 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.14 0.02 0.09 0.01 0.12 0.27 0.18
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.10 0.01 0.09 0.01 0.11 0.23 0.17
N7 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.12 0.01 0.20 0.27 0.25
N9 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.09 0.17 0.14
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.03 0.08 0.02 0.10 0.13 0.09 0.04 0.03 0.00 0.05 0.03 0.08 0.07 0.01 0.10 0.08
O3' 0.03 0.11 0.05 0.00 0.08 0.03 0.07 0.08 0.08 0.04 0.10 0.14 0.10 0.05 0.05 0.05 0.00 0.01 0.16 0.07 0.08 0.11 0.13
O4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.05 0.05 0.02 0.01
O5' 0.04 0.11 0.10 0.11 0.10 0.01 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.09 0.09 0.12 0.08 0.08 0.16 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.07 0.05 0.16 0.00 0.26 0.36 0.30
OP1 0.03 0.14 0.04 0.03 0.13 0.04 0.19 0.04 0.22 0.14 0.19 0.12 0.11 0.20 0.09 0.01 0.08 0.05 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.28 0.12 0.08 0.23 0.03 0.28 0.02 0.33 0.18 0.32 0.27 0.23 0.27 0.17 0.10 0.11 0.02 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.20 0.10 0.08 0.19 0.02 0.24 0.02 0.27 0.19 0.25 0.18 0.17 0.25 0.14 0.08 0.13 0.01 0.00 0.30 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.12 0.13 0.15 0.15 0.03 0.14 0.04 0.17 0.11 0.17 0.17 0.05 0.15 0.12 0.11 0.13 0.15 0.14 0.24 0.02 0.03 0.09
C2 0.24 0.09 0.24 0.25 0.14 0.25 0.12 0.26 0.04 0.24 0.13 0.07 0.06 0.20 0.22 0.22 0.26 0.25 0.14 0.17 0.06 0.04
C2' 0.11 0.12 0.15 0.14 0.04 0.13 0.06 0.14 0.13 0.16 0.15 0.05 0.16 0.12 0.10 0.13 0.14 0.12 0.22 0.05 0.03 0.08
C3' 0.10 0.10 0.13 0.13 0.03 0.11 0.05 0.12 0.12 0.13 0.14 0.05 0.16 0.09 0.08 0.11 0.13 0.11 0.18 0.07 0.03 0.05
C4 0.20 0.07 0.21 0.21 0.12 0.21 0.12 0.22 0.04 0.24 0.11 0.05 0.06 0.21 0.19 0.19 0.22 0.21 0.18 0.12 0.04 0.03
C4' 0.11 0.13 0.15 0.15 0.03 0.14 0.05 0.16 0.13 0.14 0.17 0.06 0.18 0.09 0.09 0.12 0.15 0.13 0.18 0.05 0.06 0.04
C5 0.24 0.07 0.25 0.24 0.19 0.23 0.20 0.23 0.12 0.27 0.04 0.13 0.07 0.25 0.24 0.24 0.26 0.24 0.14 0.14 0.05 0.02
C5' 0.05 0.20 0.09 0.10 0.07 0.10 0.09 0.13 0.19 0.07 0.24 0.12 0.25 0.03 0.02 0.06 0.10 0.08 0.18 0.06 0.07 0.04
C6 0.27 0.12 0.27 0.27 0.23 0.26 0.22 0.25 0.15 0.28 0.09 0.19 0.10 0.26 0.27 0.27 0.30 0.26 0.12 0.17 0.06 0.04
C8 0.19 0.03 0.21 0.20 0.13 0.18 0.14 0.19 0.06 0.23 0.05 0.07 0.04 0.22 0.19 0.20 0.21 0.19 0.17 0.08 0.03 0.02
N1 0.27 0.06 0.27 0.27 0.21 0.27 0.19 0.27 0.09 0.27 0.03 0.16 0.04 0.23 0.26 0.26 0.30 0.27 0.11 0.18 0.07 0.05
N2 0.24 0.14 0.24 0.26 0.12 0.28 0.10 0.29 0.06 0.23 0.15 0.05 0.07 0.17 0.21 0.22 0.26 0.27 0.12 0.19 0.07 0.06
N3 0.19 0.15 0.20 0.20 0.09 0.21 0.08 0.23 0.09 0.22 0.19 0.05 0.11 0.17 0.18 0.18 0.21 0.21 0.19 0.13 0.05 0.04
N7 0.23 0.09 0.25 0.24 0.19 0.22 0.21 0.22 0.14 0.27 0.07 0.14 0.12 0.26 0.24 0.24 0.26 0.22 0.14 0.12 0.05 0.02
N9 0.16 0.08 0.18 0.18 0.08 0.17 0.09 0.18 0.05 0.21 0.12 0.02 0.09 0.18 0.15 0.16 0.18 0.17 0.20 0.07 0.03 0.05
O2' 0.16 0.11 0.20 0.20 0.07 0.18 0.09 0.20 0.13 0.20 0.14 0.06 0.16 0.15 0.14 0.18 0.19 0.17 0.19 0.03 0.04 0.08
O3' 0.18 0.07 0.22 0.22 0.09 0.19 0.09 0.19 0.09 0.19 0.09 0.07 0.13 0.15 0.16 0.20 0.22 0.18 0.07 0.15 0.12 0.06
O4' 0.12 0.13 0.14 0.15 0.03 0.14 0.04 0.16 0.11 0.15 0.16 0.05 0.15 0.11 0.10 0.12 0.14 0.13 0.23 0.02 0.04 0.09
O5' 0.08 0.26 0.06 0.05 0.16 0.03 0.18 0.02 0.26 0.06 0.29 0.20 0.31 0.10 0.10 0.11 0.05 0.04 0.30 0.07 0.08 0.16
O6 0.28 0.20 0.29 0.28 0.26 0.27 0.25 0.26 0.21 0.28 0.17 0.23 0.16 0.27 0.28 0.29 0.32 0.27 0.10 0.17 0.07 0.05
OP1 0.05 0.26 0.03 0.03 0.14 0.03 0.16 0.06 0.25 0.03 0.30 0.19 0.29 0.07 0.07 0.08 0.04 0.02 0.17 0.09 0.07 0.03
OP2 0.17 0.36 0.16 0.14 0.25 0.12 0.24 0.08 0.32 0.14 0.38 0.30 0.35 0.16 0.18 0.21 0.14 0.13 0.33 0.08 0.08 0.16
P 0.10 0.31 0.09 0.06 0.19 0.05 0.20 0.03 0.29 0.08 0.34 0.25 0.33 0.11 0.12 0.14 0.07 0.06 0.28 0.07 0.04 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.22 0.09 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.24 0.07 0.17 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.19 0.29 0.03 0.14
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.26 0.05 0.13
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.19 0.12 0.14 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.20 0.12 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.02 0.21 0.11 0.14 0.11
C5' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.04 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.24 0.08 0.16 0.14
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.12 0.24 0.10 0.05
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.04 0.25 0.07 0.17 0.15
N3 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.04 0.20 0.09 0.15 0.10
N6 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.03 0.24 0.08 0.17 0.15
N7 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.17 0.17 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.13 0.19 0.11 0.04
O2' 0.02 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.21 0.29 0.03 0.15
O3' 0.04 0.07 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.16 0.24 0.06 0.10
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.18 0.13 0.04
O5' 0.05 0.24 0.19 0.21 0.19 0.01 0.21 0.00 0.24 0.12 0.25 0.20 0.24 0.17 0.13 0.21 0.16 0.16 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.22 0.07 0.29 0.26 0.12 0.20 0.11 0.20 0.08 0.24 0.07 0.09 0.08 0.17 0.19 0.29 0.24 0.18 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.17 0.03 0.05 0.14 0.12 0.14 0.15 0.16 0.10 0.17 0.15 0.17 0.13 0.11 0.03 0.06 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.13 0.14 0.13 0.08 0.02 0.11 0.01 0.14 0.05 0.15 0.10 0.15 0.09 0.04 0.15 0.10 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00