ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50023

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.002, 0.006, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.001, 0.005, 0.010, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2 A 0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.005 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.029, 0.140, 0.251, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.140 std_dev=0.111
C2' A 0, 0.056, 0.172, 0.287, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.172 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.076, 0.196, 0.316, 0.308 max_d=0.308 avg_d=0.196 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.053, 0.214, 0.374, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.214 std_dev=0.160
C3' A 0, 0.087, 0.262, 0.436, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.262 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.144, 0.379, 0.615, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.379 std_dev=0.236
N6 B 0, 0.202, 0.481, 0.759, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.481 std_dev=0.278
C5' A 0, 0.087, 0.377, 0.667, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.377 std_dev=0.290
N7 B 0, 0.210, 0.505, 0.800, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.505 std_dev=0.295
C6 B 0, 0.217, 0.514, 0.812, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.514 std_dev=0.297
C5 B 0, 0.219, 0.520, 0.822, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.520 std_dev=0.302
C8 B 0, 0.222, 0.532, 0.843, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.532 std_dev=0.310
N1 B 0, 0.226, 0.560, 0.894, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.560 std_dev=0.334
N9 B 0, 0.232, 0.566, 0.900, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.566 std_dev=0.334
C4 B 0, 0.232, 0.567, 0.901, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.567 std_dev=0.335
O5' A 0, 0.111, 0.473, 0.836, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.473 std_dev=0.363
C1' B 0, 0.230, 0.599, 0.968, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.599 std_dev=0.369
O4' B 0, 0.266, 0.642, 1.018, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.642 std_dev=0.376
C2 B 0, 0.229, 0.607, 0.986, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.607 std_dev=0.379
N3 B 0, 0.233, 0.614, 0.996, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.614 std_dev=0.381
C4' B 0, 0.268, 0.688, 1.109, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.688 std_dev=0.421
C2' B 0, 0.151, 0.582, 1.013, 1.216 max_d=1.216 avg_d=0.582 std_dev=0.431
C5' B 0, 0.290, 0.729, 1.168, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.729 std_dev=0.439
C3' B 0, 0.185, 0.646, 1.107, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.646 std_dev=0.461
OP1 A 0, 0.104, 0.571, 1.038, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.571 std_dev=0.467
P A 0, 0.109, 0.582, 1.055, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.582 std_dev=0.473
O5' B 0, 0.324, 0.803, 1.283, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.803 std_dev=0.480
O3' B 0, 0.158, 0.654, 1.150, 1.394 max_d=1.394 avg_d=0.654 std_dev=0.496
O2' B 0, 0.036, 0.537, 1.038, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.537 std_dev=0.501
P B 0, 0.351, 0.902, 1.452, 1.494 max_d=1.494 avg_d=0.902 std_dev=0.551
OP2 B 0, 0.346, 0.897, 1.448, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.897 std_dev=0.551
OP2 A 0, 0.101, 0.670, 1.238, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.670 std_dev=0.568
OP1 B 0, 0.402, 0.989, 1.576, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.989 std_dev=0.587

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02
C2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.03 0.00 0.06 0.04 0.04
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.04 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.07 0.04 0.08 0.09 0.07 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.02 0.08 0.03
C4 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.04
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.08 0.04 0.05
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.06 0.03 0.02 0.02 0.06 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.05 0.00 0.09 0.06 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.05
N1 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.09 0.02 0.04 0.00 0.07 0.05 0.05
N2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.05 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.09 0.05 0.06
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.03
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.09 0.10 0.08 0.06 0.04 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.06 0.13 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04
O5' 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03 0.03 0.06 0.03 0.01 0.06 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.02 0.06 0.00 0.10 0.07 0.06
OP1 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.08 0.07 0.05 0.05 0.09 0.06 0.01 0.06 0.03 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.04 0.08 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.13 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01 0.07 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.33 0.40 0.39 0.35 0.35 0.32 0.33 0.28 0.33 0.29 0.36 0.20 0.30 0.36 0.43 0.41 0.33 0.37 0.36 0.29 0.34
C2 0.22 0.18 0.19 0.19 0.13 0.17 0.09 0.10 0.19 0.18 0.23 0.14 0.24 0.09 0.18 0.26 0.27 0.17 0.15 0.12 0.06 0.10
C2' 0.33 0.31 0.35 0.34 0.32 0.31 0.30 0.30 0.29 0.30 0.29 0.32 0.24 0.28 0.32 0.37 0.35 0.29 0.34 0.35 0.30 0.32
C3' 0.35 0.35 0.38 0.37 0.34 0.33 0.31 0.32 0.30 0.31 0.33 0.35 0.25 0.28 0.33 0.40 0.38 0.31 0.36 0.37 0.31 0.34
C4 0.38 0.21 0.39 0.37 0.31 0.33 0.25 0.27 0.13 0.33 0.12 0.29 0.03 0.27 0.35 0.44 0.42 0.32 0.30 0.27 0.18 0.25
C4' 0.39 0.38 0.43 0.42 0.36 0.37 0.32 0.36 0.30 0.33 0.34 0.39 0.24 0.30 0.37 0.46 0.43 0.34 0.38 0.40 0.32 0.36
C5 0.45 0.21 0.47 0.45 0.35 0.39 0.27 0.33 0.12 0.37 0.09 0.34 0.04 0.29 0.41 0.53 0.50 0.38 0.34 0.30 0.19 0.28
C5' 0.42 0.41 0.47 0.47 0.39 0.41 0.34 0.40 0.32 0.35 0.36 0.43 0.24 0.31 0.39 0.51 0.49 0.38 0.42 0.44 0.34 0.39
C6 0.42 0.10 0.43 0.40 0.24 0.34 0.14 0.24 0.04 0.32 0.12 0.19 0.12 0.21 0.35 0.52 0.48 0.33 0.26 0.20 0.08 0.18
C8 0.50 0.43 0.53 0.52 0.46 0.47 0.39 0.44 0.32 0.42 0.34 0.48 0.20 0.37 0.47 0.55 0.54 0.45 0.46 0.44 0.35 0.42
N1 0.28 0.20 0.25 0.25 0.11 0.21 0.05 0.11 0.18 0.22 0.25 0.13 0.22 0.09 0.22 0.35 0.35 0.21 0.15 0.11 0.04 0.09
N2 0.12 0.26 0.09 0.09 0.19 0.10 0.23 0.09 0.30 0.11 0.31 0.21 0.33 0.15 0.13 0.11 0.15 0.12 0.12 0.11 0.13 0.10
N3 0.28 0.13 0.27 0.26 0.19 0.22 0.14 0.17 0.08 0.24 0.12 0.18 0.12 0.18 0.25 0.32 0.32 0.22 0.21 0.19 0.11 0.17
N7 0.52 0.38 0.56 0.54 0.45 0.49 0.36 0.45 0.25 0.42 0.25 0.47 0.13 0.35 0.48 0.59 0.57 0.46 0.45 0.42 0.31 0.39
N9 0.42 0.34 0.44 0.43 0.38 0.39 0.33 0.35 0.27 0.37 0.27 0.38 0.16 0.32 0.40 0.47 0.46 0.37 0.38 0.36 0.28 0.34
O2' 0.28 0.26 0.30 0.29 0.27 0.26 0.26 0.26 0.25 0.26 0.25 0.27 0.22 0.25 0.28 0.32 0.30 0.25 0.31 0.32 0.28 0.30
O3' 0.30 0.31 0.34 0.32 0.30 0.28 0.28 0.28 0.28 0.28 0.30 0.31 0.26 0.27 0.30 0.36 0.33 0.26 0.32 0.34 0.29 0.31
O4' 0.41 0.37 0.44 0.44 0.38 0.39 0.33 0.37 0.29 0.35 0.32 0.40 0.21 0.31 0.38 0.48 0.46 0.36 0.40 0.40 0.32 0.37
O5' 0.45 0.42 0.51 0.50 0.41 0.44 0.35 0.42 0.31 0.37 0.35 0.45 0.22 0.32 0.42 0.55 0.53 0.40 0.43 0.45 0.33 0.39
O6 0.47 0.09 0.51 0.48 0.21 0.39 0.11 0.27 0.06 0.32 0.14 0.16 0.13 0.20 0.36 0.62 0.56 0.37 0.27 0.20 0.07 0.18
OP1 0.53 0.51 0.60 0.60 0.48 0.54 0.41 0.54 0.38 0.43 0.44 0.53 0.29 0.38 0.49 0.63 0.61 0.49 0.54 0.60 0.47 0.52
OP2 0.47 0.38 0.56 0.56 0.39 0.47 0.31 0.44 0.24 0.36 0.27 0.43 0.14 0.29 0.42 0.61 0.59 0.41 0.42 0.44 0.28 0.37
P 0.48 0.43 0.55 0.55 0.42 0.48 0.35 0.46 0.30 0.38 0.35 0.46 0.21 0.32 0.43 0.59 0.57 0.42 0.45 0.48 0.34 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.04 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.04 0.08 0.12 0.08
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.07 0.07 0.09 0.08
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.10 0.10 0.11 0.10
C5' 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.05 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.08 0.10 0.11 0.10
C8 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03 0.12 0.10 0.11 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.05 0.09 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.06 0.05 0.06 0.11 0.08
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.10 0.12 0.13 0.12
N7 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.12 0.11 0.13 0.13
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.08 0.07 0.08 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.03
O3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.06 0.07 0.05
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04
O5' 0.05 0.04 0.03 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.08 0.12 0.05 0.05 0.10 0.12 0.08 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.08 0.02 0.03 0.07 0.02 0.10 0.03 0.10 0.10 0.09 0.06 0.12 0.11 0.07 0.02 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.12 0.04 0.06 0.09 0.04 0.11 0.06 0.11 0.11 0.10 0.11 0.13 0.13 0.08 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.03 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.12 0.08 0.08 0.12 0.13 0.08 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00