ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50024

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N2 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.025 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.013, 0.044, 0.075, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.044 std_dev=0.031
N7 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O3' A 0, 0.027, 0.094, 0.160, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.094 std_dev=0.067
N9 B 0, 0.002, 0.069, 0.136, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.069 std_dev=0.067
C4 B 0, 0.021, 0.092, 0.164, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.092 std_dev=0.071
OP2 B 0, 0.022, 0.122, 0.221, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.100
C2' A 0, 0.044, 0.152, 0.260, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.152 std_dev=0.108
P B 0, 0.040, 0.153, 0.266, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.153 std_dev=0.113
C3' A 0, 0.048, 0.166, 0.283, 0.256 max_d=0.256 avg_d=0.166 std_dev=0.117
O4' A 0, 0.051, 0.173, 0.295, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.173 std_dev=0.122
O5' B 0, 0.051, 0.176, 0.301, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.176 std_dev=0.125
N1 B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.060, 0.206, 0.351, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.206 std_dev=0.145
C8 B 0, 0.053, 0.205, 0.357, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.205 std_dev=0.152
O2' A 0, 0.065, 0.222, 0.380, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.222 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.065, 0.224, 0.382, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.224 std_dev=0.159
C4' A 0, 0.060, 0.223, 0.386, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.223 std_dev=0.163
C2 B 0, 0.068, 0.231, 0.394, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.231 std_dev=0.163
OP1 B 0, 0.057, 0.225, 0.393, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.225 std_dev=0.168
O4' B 0, 0.076, 0.260, 0.443, 0.394 max_d=0.394 avg_d=0.260 std_dev=0.184
C5' B 0, 0.077, 0.265, 0.452, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.265 std_dev=0.188
N3 B 0, 0.081, 0.278, 0.475, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.278 std_dev=0.197
C6 B 0, 0.080, 0.282, 0.483, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.282 std_dev=0.202
C4' B 0, 0.088, 0.302, 0.516, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.302 std_dev=0.214
C2' B 0, 0.091, 0.311, 0.530, 0.467 max_d=0.467 avg_d=0.311 std_dev=0.220
C3' B 0, 0.092, 0.316, 0.539, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.316 std_dev=0.223
N7 B 0, 0.098, 0.352, 0.605, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.352 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.107, 0.374, 0.640, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.374 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.120, 0.409, 0.698, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.409 std_dev=0.289
OP1 A 0, 0.112, 0.407, 0.701, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.407 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.131, 0.447, 0.763, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.447 std_dev=0.316
O5' A 0, 0.137, 0.471, 0.804, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.471 std_dev=0.333
P A 0, 0.138, 0.475, 0.811, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.475 std_dev=0.337
N6 B 0, 0.157, 0.538, 0.919, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.538 std_dev=0.381
OP2 A 0, 0.160, 0.548, 0.936, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.548 std_dev=0.388

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.06 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.07 0.10 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.10 0.05
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.10 0.05
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.09 0.05 0.04 0.04 0.10 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.02 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.09 0.05
C8 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.06 0.10 0.05
N1 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.04 0.00 0.06 0.10 0.05
N2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.10 0.06
N7 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.01 0.06 0.10 0.05
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.06 0.11 0.05
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.07 0.13 0.07
O3' 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.08 0.04
O5' 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.02 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05
OP1 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.04 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.10 0.10 0.04 0.10 0.02 0.10 0.01 0.09 0.10 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.13 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.06 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.02 0.02 0.04 0.05 0.07 0.04 0.10 0.06 0.09 0.08 0.18 0.12 0.01 0.03 0.02 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05
C2 0.07 0.10 0.05 0.05 0.05 0.07 0.07 0.05 0.09 0.06 0.03 0.13 0.16 0.11 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04 0.04 0.05 0.04
C2' 0.07 0.11 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.06 0.07 0.02 0.10 0.10 0.10 0.03 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06
C3' 0.06 0.10 0.04 0.04 0.07 0.07 0.06 0.05 0.08 0.02 0.10 0.09 0.11 0.04 0.04 0.04 0.04 0.08 0.02 0.02 0.02 0.02
C4 0.06 0.13 0.03 0.04 0.06 0.05 0.08 0.04 0.11 0.06 0.10 0.12 0.21 0.12 0.03 0.02 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04
C4' 0.05 0.09 0.04 0.04 0.06 0.07 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.08 0.13 0.10 0.04 0.04 0.05 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01
C5 0.06 0.15 0.03 0.03 0.07 0.05 0.08 0.04 0.12 0.06 0.12 0.13 0.21 0.11 0.04 0.02 0.04 0.06 0.04 0.05 0.06 0.04
C5' 0.05 0.09 0.03 0.05 0.05 0.07 0.06 0.07 0.08 0.06 0.08 0.08 0.12 0.09 0.03 0.03 0.05 0.08 0.02 0.03 0.02 0.03
C6 0.06 0.15 0.04 0.04 0.07 0.06 0.07 0.04 0.10 0.06 0.09 0.14 0.18 0.10 0.04 0.03 0.05 0.07 0.03 0.04 0.06 0.04
C8 0.05 0.14 0.02 0.02 0.06 0.04 0.08 0.03 0.13 0.06 0.14 0.12 0.23 0.11 0.03 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.07 0.05
N1 0.07 0.12 0.05 0.05 0.06 0.06 0.07 0.05 0.10 0.06 0.05 0.14 0.17 0.10 0.04 0.03 0.06 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03
N2 0.07 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.07 0.06 0.10 0.06 0.05 0.11 0.15 0.10 0.04 0.05 0.08 0.07 0.03 0.03 0.03 0.03
N3 0.07 0.10 0.05 0.05 0.05 0.06 0.07 0.05 0.09 0.06 0.05 0.12 0.17 0.12 0.03 0.04 0.05 0.07 0.04 0.05 0.05 0.04
N7 0.05 0.15 0.02 0.02 0.07 0.05 0.08 0.03 0.13 0.06 0.14 0.13 0.22 0.11 0.04 0.01 0.03 0.06 0.04 0.05 0.07 0.04
N9 0.05 0.12 0.02 0.02 0.06 0.05 0.08 0.04 0.12 0.06 0.11 0.11 0.21 0.12 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.05 0.06 0.05
O2' 0.09 0.12 0.07 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.12 0.11 0.12 0.06 0.08 0.08 0.07 0.08 0.11 0.12 0.13 0.12
O3' 0.06 0.08 0.04 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.08 0.02 0.08 0.07 0.10 0.05 0.04 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
O4' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.11 0.10 0.09 0.07 0.18 0.15 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04
O5' 0.06 0.11 0.03 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.03 0.11 0.10 0.12 0.06 0.04 0.03 0.05 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04
O6 0.06 0.15 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.05 0.09 0.14 0.16 0.09 0.05 0.03 0.06 0.07 0.03 0.04 0.06 0.04
OP1 0.02 0.10 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.10 0.03 0.12 0.07 0.14 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04
OP2 0.11 0.20 0.09 0.08 0.14 0.10 0.14 0.08 0.19 0.08 0.21 0.17 0.21 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.04 0.04 0.04 0.04
P 0.05 0.13 0.04 0.04 0.08 0.06 0.08 0.05 0.13 0.04 0.14 0.11 0.16 0.06 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.05 0.00 0.11 0.10 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.04 0.09 0.12 0.10 0.10
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.10 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.04 0.03
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.06 0.09 0.09 0.06 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.02 0.07 0.09 0.08 0.07
C4' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.07 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.00 0.07 0.09 0.09 0.08
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.07 0.08 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.07 0.07 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.06 0.01 0.07 0.10 0.09 0.08
C8 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.08 0.09 0.09 0.09
N1 0.04 0.00 0.10 0.09 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.03 0.08 0.11 0.10 0.09
N3 0.04 0.01 0.10 0.09 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.04 0.09 0.12 0.10 0.09
N6 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.07 0.11 0.10 0.09
N7 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.02 0.09 0.10 0.11 0.10
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.07 0.06 0.06
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.08 0.03 0.07 0.03 0.10 0.00 0.13 0.13 0.09 0.02 0.02 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02
O3' 0.01 0.11 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.09 0.09 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02
O5' 0.03 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.12 0.04 0.04 0.09 0.03 0.09 0.02 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.10 0.07 0.02 0.04 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.10 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.00 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.06 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
P 0.03 0.10 0.03 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.08 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00