Doublet Group distance statistics: 50025

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C2	A	0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C6	A	0, 0.004, 0.014, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N9	A	0, 0.005, 0.023, 0.041, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C5	A	0, 0.003, 0.024, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.020
N1	A	0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N3	A	0, 0.009, 0.033, 0.056, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N2	A	0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.026
C4	A	0, 0.010, 0.039, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.039 std_dev=0.028
O6	A	0, 0.008, 0.046, 0.084, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.046 std_dev=0.038
N7	A	0, -0.006, 0.035, 0.075, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.035 std_dev=0.041
C8	A	0, -0.005, 0.045, 0.096, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.045 std_dev=0.051
C6	B	0, 0.107, 0.423, 0.739, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.423 std_dev=0.316
C5	B	0, 0.064, 0.390, 0.715, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.390 std_dev=0.326
N1	B	0, 0.090, 0.420, 0.749, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.420 std_dev=0.330
C4	B	0, -0.021, 0.326, 0.673, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.326 std_dev=0.347
N3	B	0, 0.007, 0.357, 0.706, 0.832 max_d=0.832 avg_d=0.357 std_dev=0.350
N6	B	0, 0.145, 0.496, 0.847, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.496 std_dev=0.351
C2	B	0, 0.043, 0.395, 0.746, 0.854 max_d=0.854 avg_d=0.395 std_dev=0.352
N7	B	0, 0.085, 0.456, 0.828, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.456 std_dev=0.371
N9	B	0, -0.035, 0.346, 0.728, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.346 std_dev=0.381
C8	B	0, 0.025, 0.426, 0.828, 0.964 max_d=0.964 avg_d=0.426 std_dev=0.401
C1'	B	0, 0.007, 0.449, 0.891, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.449 std_dev=0.442
C4'	B	0, 0.154, 0.693, 1.231, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.693 std_dev=0.539
O4'	B	0, -0.008, 0.811, 1.630, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.811 std_dev=0.819
C3'	B	0, 0.018, 1.107, 2.196, 2.588 max_d=2.588 avg_d=1.107 std_dev=1.089
C2'	A	0, -0.228, 0.928, 2.084, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.928 std_dev=1.156
C2'	B	0, -0.070, 1.094, 2.258, 2.706 max_d=2.706 avg_d=1.094 std_dev=1.164
O4'	A	0, -0.306, 0.883, 2.072, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.883 std_dev=1.189
C3'	A	0, -0.427, 1.159, 2.746, 3.403 max_d=3.403 avg_d=1.159 std_dev=1.586
O3'	B	0, 0.033, 1.626, 3.219, 3.789 max_d=3.789 avg_d=1.626 std_dev=1.593
C4'	A	0, -0.410, 1.183, 2.777, 3.436 max_d=3.436 avg_d=1.183 std_dev=1.593
O2'	A	0, -0.260, 1.341, 2.941, 3.590 max_d=3.590 avg_d=1.341 std_dev=1.600
O3'	A	0, -0.345, 1.293, 2.930, 3.603 max_d=3.603 avg_d=1.293 std_dev=1.638
C5'	B	0, -0.095, 1.659, 3.413, 4.085 max_d=4.085 avg_d=1.659 std_dev=1.754
O2'	B	0, -0.244, 1.766, 3.775, 4.577 max_d=4.577 avg_d=1.766 std_dev=2.010
O5'	B	0, -0.574, 2.149, 4.871, 5.990 max_d=5.990 avg_d=2.149 std_dev=2.722
C5'	A	0, -0.746, 2.209, 5.164, 6.385 max_d=6.385 avg_d=2.209 std_dev=2.955
O5'	A	0, -0.706, 2.526, 5.758, 7.088 max_d=7.088 avg_d=2.526 std_dev=3.232
OP2	B	0, -0.398, 3.662, 7.722, 9.323 max_d=9.323 avg_d=3.662 std_dev=4.060
P	B	0, -0.755, 3.320, 7.394, 9.059 max_d=9.059 avg_d=3.320 std_dev=4.075
OP1	B	0, -0.787, 3.882, 8.551, 10.449 max_d=10.449 avg_d=3.882 std_dev=4.669
P	A	0, -1.226, 3.472, 8.169, 10.112 max_d=10.112 avg_d=3.472 std_dev=4.697
OP1	A	0, -1.465, 3.759, 8.983, 11.147 max_d=11.147 avg_d=3.759 std_dev=5.224
OP2	A	0, -1.428, 3.900, 9.227, 11.432 max_d=11.432 avg_d=3.900 std_dev=5.327

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.17	0.00	0.02	0.01	0.15	0.13	0.09
C2	0.01	0.00	0.57	0.42	0.00	0.21	0.01	0.47	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.66	0.48	0.09	0.64	0.01	1.19	0.77	0.82
C2'	0.00	0.57	0.00	0.00	0.24	0.02	0.07	0.17	0.19	0.37	0.41	0.71	0.57	0.24	0.06	0.01	0.02	0.02	0.38	0.12	0.66	0.11	0.24
C3'	0.01	0.42	0.00	0.00	0.02	0.01	0.25	0.01	0.12	0.71	0.18	0.65	0.43	0.62	0.25	0.01	0.01	0.01	0.12	0.26	0.25	0.16	0.09
C4	0.01	0.00	0.24	0.02	0.00	0.01	0.00	0.07	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.44	0.15	0.07	0.01	0.01	0.19	0.08	0.07
C4'	0.01	0.21	0.02	0.01	0.01	0.00	0.18	0.01	0.12	0.41	0.07	0.35	0.22	0.38	0.15	0.23	0.03	0.01	0.02	0.20	0.03	0.14	0.09
C5	0.01	0.01	0.07	0.25	0.00	0.18	0.00	0.24	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.40	0.09	0.08	0.46	0.01	0.49	0.64	0.65
C5'	0.05	0.47	0.17	0.01	0.07	0.01	0.24	0.00	0.13	0.63	0.21	0.72	0.47	0.60	0.17	0.05	0.16	0.02	0.01	0.28	0.09	0.09	0.02
C6	0.00	0.00	0.19	0.12	0.01	0.12	0.00	0.13	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.52	0.03	0.10	0.29	0.00	0.26	0.42	0.42
C8	0.01	0.00	0.37	0.71	0.01	0.41	0.00	0.63	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.45	0.03	1.04	0.01	1.17	1.34	1.36
N1	0.01	0.00	0.41	0.18	0.01	0.07	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.64	0.29	0.09	0.23	0.01	0.55	0.26	0.28
N2	0.01	0.00	0.71	0.65	0.00	0.35	0.01	0.72	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.72	0.69	0.08	1.04	0.01	1.89	1.36	1.39
N3	0.01	0.01	0.57	0.43	0.00	0.22	0.00	0.47	0.01	0.00	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.60	0.48	0.08	0.65	0.01	1.10	0.70	0.76
N7	0.01	0.00	0.24	0.62	0.00	0.38	0.00	0.60	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.21	0.41	0.06	1.03	0.01	1.30	1.37	1.40
N9	0.00	0.00	0.06	0.25	0.00	0.15	0.01	0.17	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.20	0.05	0.03	0.33	0.01	0.25	0.50	0.48
O2'	0.02	0.66	0.01	0.01	0.44	0.23	0.40	0.05	0.52	0.07	0.64	0.72	0.60	0.21	0.20	0.00	0.00	0.18	0.29	0.50	0.73	0.05	0.22
O3'	0.17	0.48	0.02	0.01	0.15	0.03	0.09	0.16	0.03	0.45	0.29	0.69	0.48	0.41	0.05	0.00	0.00	0.10	0.05	0.11	0.09	0.43	0.28
O4'	0.00	0.09	0.02	0.01	0.07	0.01	0.08	0.02	0.10	0.03	0.09	0.08	0.08	0.06	0.03	0.18	0.10	0.00	0.15	0.11	0.11	0.18	0.17
O5'	0.02	0.64	0.38	0.12	0.01	0.02	0.46	0.01	0.29	1.04	0.23	1.04	0.65	1.03	0.33	0.29	0.05	0.15	0.00	0.52	0.02	0.01	0.01
O6	0.01	0.01	0.12	0.26	0.01	0.20	0.01	0.28	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.50	0.11	0.11	0.52	0.00	0.67	0.75	0.75
OP1	0.15	1.19	0.66	0.25	0.19	0.03	0.49	0.09	0.26	1.17	0.55	1.89	1.10	1.30	0.25	0.73	0.09	0.11	0.02	0.67	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.77	0.11	0.16	0.08	0.14	0.64	0.09	0.42	1.34	0.26	1.36	0.70	1.37	0.50	0.05	0.43	0.18	0.01	0.75	0.01	0.00	0.00
P	0.09	0.82	0.24	0.09	0.07	0.09	0.65	0.02	0.42	1.36	0.28	1.39	0.76	1.40	0.48	0.22	0.28	0.17	0.01	0.75	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.28	0.04	0.37	0.48	0.19	0.13	0.23	0.35	0.15	0.33	0.03	0.05	0.17	0.31	0.27	0.14	0.50	0.14	0.82	0.35	0.62	0.76
C2	0.05	0.38	0.45	0.10	0.10	0.20	0.09	0.47	0.24	0.17	0.40	0.25	0.23	0.16	0.05	0.79	0.37	0.30	0.52	1.71	1.13	1.07
C2'	0.97	0.39	0.48	0.33	0.64	0.59	0.44	0.29	0.22	0.66	0.16	0.67	0.06	0.49	0.77	0.78	0.37	0.76	0.23	0.25	0.17	0.30
C3'	1.12	0.03	0.66	0.45	0.53	0.74	0.33	0.33	0.02	0.74	0.21	0.43	0.17	0.49	0.81	1.15	0.57	0.90	0.34	0.32	0.26	0.51
C4	0.14	0.30	0.52	0.31	0.06	0.10	0.13	0.21	0.12	0.27	0.25	0.19	0.13	0.26	0.15	0.65	0.50	0.32	0.07	1.03	0.50	0.42
C4'	0.28	0.76	0.22	0.45	0.20	0.15	0.25	0.56	0.50	0.15	0.76	0.43	0.52	0.09	0.09	0.32	0.32	0.05	1.23	1.10	1.06	1.35
C5	0.08	0.34	0.66	0.30	0.10	0.23	0.10	0.50	0.18	0.24	0.30	0.26	0.16	0.21	0.09	0.95	0.58	0.48	0.41	1.56	0.94	0.88
C5'	0.20	1.47	0.21	0.36	0.62	0.08	0.75	0.45	1.17	0.17	1.55	0.93	1.22	0.43	0.19	0.38	0.20	0.05	1.12	1.08	0.82	1.21
C6	0.05	0.40	0.65	0.15	0.19	0.37	0.17	0.82	0.29	0.14	0.39	0.32	0.26	0.13	0.03	1.16	0.52	0.53	0.92	2.32	1.60	1.58
C8	0.22	0.19	0.65	0.58	0.09	0.02	0.14	0.03	0.08	0.30	0.14	0.12	0.09	0.25	0.21	0.55	0.70	0.38	0.42	0.42	0.13	0.20
N1	0.04	0.42	0.54	0.07	0.19	0.31	0.17	0.74	0.33	0.11	0.44	0.31	0.31	0.11	0.03	1.03	0.41	0.41	0.88	2.27	1.59	1.56
N2	0.03	0.38	0.39	0.04	0.11	0.18	0.09	0.47	0.25	0.13	0.41	0.25	0.25	0.12	0.02	0.76	0.30	0.24	0.57	1.77	1.22	1.16
N3	0.12	0.31	0.43	0.21	0.06	0.09	0.12	0.22	0.14	0.24	0.29	0.18	0.14	0.24	0.13	0.61	0.40	0.25	0.13	1.12	0.61	0.53
N7	0.12	0.28	0.80	0.48	0.07	0.20	0.09	0.38	0.13	0.25	0.22	0.22	0.12	0.21	0.12	0.96	0.73	0.55	0.16	1.16	0.59	0.52
N9	0.23	0.18	0.49	0.45	0.12	0.03	0.18	0.08	0.09	0.31	0.12	0.07	0.12	0.29	0.23	0.41	0.55	0.27	0.43	0.40	0.16	0.23
O2'	0.79	0.78	0.28	0.11	0.69	0.39	0.53	0.11	0.47	0.54	0.57	0.85	0.32	0.46	0.67	0.52	0.12	0.59	0.40	0.28	0.38	0.47
O3'	1.17	0.27	0.74	0.45	0.65	0.75	0.44	0.26	0.16	0.78	0.07	0.62	0.01	0.56	0.87	1.32	0.63	0.91	0.49	0.58	0.55	0.78
O4'	0.20	0.82	0.80	0.99	0.41	0.66	0.31	0.95	0.41	0.12	0.64	0.69	0.32	0.15	0.25	0.41	0.93	0.38	1.51	1.09	1.26	1.49
O5'	0.63	1.51	0.25	0.25	0.46	0.58	0.70	0.35	1.30	0.22	1.76	0.78	1.44	0.32	0.19	0.70	0.34	0.64	0.31	0.10	0.18	0.24
O6	0.12	0.39	0.70	0.12	0.24	0.52	0.23	1.14	0.32	0.05	0.39	0.33	0.31	0.10	0.10	1.38	0.55	0.66	1.34	2.93	2.13	2.13
OP1	0.93	1.80	0.64	0.90	0.57	1.36	1.02	1.34	1.91	0.19	2.37	0.88	2.30	0.51	0.22	1.02	1.00	1.24	0.75	0.97	1.47	0.90
OP2	1.22	1.34	1.03	1.04	0.19	1.34	0.59	1.01	1.36	0.45	1.78	0.47	1.68	0.18	0.52	1.70	1.29	1.23	0.29	0.05	0.65	0.12
P	1.06	1.57	0.80	0.89	0.35	1.24	0.74	1.03	1.54	0.35	2.02	0.67	1.83	0.28	0.39	1.32	1.05	1.16	0.40	0.39	0.88	0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.01	0.00	0.02	0.05	0.00	0.00	0.01	0.04	0.03	0.04	0.01	0.03	0.01	0.02	0.21	0.02	0.08	0.53	0.14	0.23
C2	0.04	0.00	0.14	0.06	0.01	0.30	0.00	0.49	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.24	0.11	0.42	0.54	0.35	0.42	0.45
C2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.11	0.03	0.11	0.00	0.12	0.06	0.14	0.13	0.12	0.08	0.07	0.01	0.06	0.01	0.06	0.30	0.14	0.06
C3'	0.00	0.06	0.01	0.00	0.19	0.01	0.35	0.02	0.31	0.50	0.17	0.06	0.39	0.50	0.27	0.01	0.01	0.02	0.04	0.23	0.19	0.04
C4	0.02	0.01	0.11	0.19	0.00	0.08	0.00	0.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.04	0.07	0.21	0.13	0.67	0.28	0.36
C4'	0.05	0.30	0.03	0.01	0.08	0.00	0.09	0.00	0.01	0.38	0.16	0.31	0.09	0.32	0.10	0.21	0.02	0.01	0.01	0.18	0.03	0.04
C5	0.00	0.00	0.11	0.35	0.00	0.09	0.00	0.27	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.23	0.14	0.06	0.61	1.32	0.84	0.97
C5'	0.00	0.49	0.00	0.02	0.04	0.00	0.27	0.00	0.11	0.78	0.23	0.50	0.29	0.71	0.26	0.18	0.11	0.01	0.00	0.08	0.04	0.01
C6	0.01	0.00	0.12	0.31	0.00	0.01	0.00	0.11	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.15	0.18	0.16	0.40	1.05	0.65	0.74
C8	0.04	0.01	0.06	0.50	0.01	0.38	0.01	0.78	0.01	0.00	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.49	0.09	0.28	1.28	2.07	1.46	1.69
N1	0.03	0.00	0.14	0.17	0.00	0.16	0.00	0.23	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.07	0.16	0.31	0.13	0.38	0.09	0.11
N3	0.04	0.00	0.13	0.06	0.00	0.31	0.01	0.50	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.27	0.07	0.43	0.56	0.33	0.44	0.45
N6	0.01	0.00	0.12	0.39	0.00	0.09	0.01	0.29	0.00	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.25	0.22	0.09	0.68	1.45	1.01	1.12
N7	0.03	0.00	0.08	0.50	0.00	0.32	0.00	0.71	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.46	0.16	0.17	1.23	2.14	1.52	1.73
N9	0.01	0.00	0.07	0.27	0.00	0.10	0.00	0.26	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.21	0.01	0.02	0.50	1.07	0.62	0.75
O2'	0.02	0.24	0.01	0.01	0.04	0.21	0.23	0.18	0.15	0.49	0.07	0.27	0.25	0.46	0.21	0.00	0.16	0.17	0.04	0.35	0.06	0.07
O3'	0.21	0.11	0.06	0.01	0.07	0.02	0.14	0.11	0.18	0.09	0.16	0.07	0.22	0.16	0.01	0.16	0.00	0.09	0.19	0.25	0.14	0.10
O4'	0.02	0.42	0.01	0.02	0.21	0.01	0.06	0.01	0.16	0.28	0.31	0.43	0.09	0.17	0.02	0.17	0.09	0.00	0.07	0.38	0.19	0.19
O5'	0.08	0.54	0.06	0.04	0.13	0.01	0.61	0.00	0.40	1.28	0.13	0.56	0.68	1.23	0.50	0.04	0.19	0.07	0.00	0.00	0.00	0.00
OP1	0.53	0.35	0.30	0.23	0.67	0.18	1.32	0.08	1.05	2.07	0.38	0.33	1.45	2.14	1.07	0.35	0.25	0.38	0.00	0.00	0.01	0.00
OP2	0.14	0.42	0.14	0.19	0.28	0.03	0.84	0.04	0.65	1.46	0.09	0.44	1.01	1.52	0.62	0.06	0.14	0.19	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.23	0.45	0.06	0.04	0.36	0.04	0.97	0.01	0.74	1.69	0.11	0.45	1.12	1.73	0.75	0.07	0.10	0.19	0.00	0.00	0.00	0.00