Doublet Group distance statistics: 50026

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C4	A	0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C5	A	0, 0.002, 0.011, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.009
O6	A	0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N9	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
N1	A	0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C2	A	0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C1'	A	0, 0.002, 0.021, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.021 std_dev=0.018
N7	A	0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C8	A	0, 0.005, 0.030, 0.056, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.026
N2	A	0, 0.008, 0.036, 0.065, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.036 std_dev=0.028
N6	B	0, 0.051, 0.189, 0.326, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.189 std_dev=0.138
C6	B	0, 0.017, 0.205, 0.394, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.205 std_dev=0.189
N1	B	0, 0.075, 0.273, 0.471, 0.464 max_d=0.464 avg_d=0.273 std_dev=0.198
C2	B	0, 0.051, 0.306, 0.562, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.306 std_dev=0.256
C5	B	0, -0.007, 0.266, 0.540, 0.642 max_d=0.642 avg_d=0.266 std_dev=0.273
N7	B	0, 0.078, 0.378, 0.678, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.378 std_dev=0.300
C4	B	0, 0.010, 0.343, 0.676, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.343 std_dev=0.333
O4'	A	0, -0.014, 0.325, 0.664, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.325 std_dev=0.339
N3	B	0, -0.014, 0.325, 0.665, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.325 std_dev=0.339
C2'	A	0, 0.040, 0.389, 0.739, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.389 std_dev=0.350
C8	B	0, 0.125, 0.508, 0.891, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.508 std_dev=0.383
N9	B	0, 0.096, 0.488, 0.881, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.488 std_dev=0.393
C1'	B	0, 0.139, 0.587, 1.034, 1.086 max_d=1.086 avg_d=0.587 std_dev=0.448
P	A	0, 0.053, 0.634, 1.214, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.634 std_dev=0.580
C4'	A	0, -0.072, 0.515, 1.101, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.515 std_dev=0.587
C5'	A	0, 0.004, 0.622, 1.239, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.622 std_dev=0.618
C3'	A	0, -0.059, 0.592, 1.242, 1.498 max_d=1.498 avg_d=0.592 std_dev=0.651
O2'	A	0, 0.034, 0.757, 1.480, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.757 std_dev=0.723
C2'	B	0, 0.093, 0.936, 1.779, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.936 std_dev=0.843
OP1	A	0, -0.040, 0.864, 1.769, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.864 std_dev=0.904
O5'	A	0, -0.098, 0.920, 1.937, 2.338 max_d=2.338 avg_d=0.920 std_dev=1.018
O3'	A	0, -0.204, 0.849, 1.903, 2.335 max_d=2.335 avg_d=0.849 std_dev=1.054
O2'	B	0, 0.111, 1.170, 2.229, 2.564 max_d=2.564 avg_d=1.170 std_dev=1.059
OP2	A	0, -0.087, 1.048, 2.183, 2.625 max_d=2.625 avg_d=1.048 std_dev=1.135
C3'	B	0, -0.124, 1.452, 3.028, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.452 std_dev=1.576
O4'	B	0, -0.146, 1.435, 3.016, 3.637 max_d=3.637 avg_d=1.435 std_dev=1.581
C4'	B	0, -0.138, 1.528, 3.193, 3.844 max_d=3.844 avg_d=1.528 std_dev=1.665
O3'	B	0, -0.171, 1.707, 3.585, 4.323 max_d=4.323 avg_d=1.707 std_dev=1.878
C5'	B	0, -0.547, 2.483, 5.513, 6.749 max_d=6.749 avg_d=2.483 std_dev=3.030
O5'	B	0, -0.756, 3.009, 6.775, 8.319 max_d=8.319 avg_d=3.009 std_dev=3.765
P	B	0, -1.089, 4.120, 9.329, 11.468 max_d=11.468 avg_d=4.120 std_dev=5.209
OP2	B	0, -1.254, 4.471, 10.197, 12.553 max_d=12.553 avg_d=4.471 std_dev=5.726
OP1	B	0, -1.167, 4.585, 10.336, 12.696 max_d=12.696 avg_d=4.585 std_dev=5.751

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.06	0.01	0.01	0.02	0.04	0.02	0.00	0.00	0.03	0.23	0.00	0.10	0.01	0.80	0.18	0.25
C2	0.03	0.00	0.22	0.13	0.01	0.11	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.13	0.23	0.20	0.30	0.01	0.97	0.43	0.39
C2'	0.00	0.22	0.00	0.00	0.09	0.01	0.02	0.21	0.07	0.16	0.16	0.29	0.20	0.10	0.02	0.00	0.01	0.01	0.15	0.03	1.11	0.28	0.48
C3'	0.00	0.13	0.00	0.00	0.18	0.00	0.27	0.02	0.26	0.31	0.20	0.10	0.09	0.33	0.19	0.02	0.00	0.01	0.26	0.29	0.39	0.24	0.03
C4	0.01	0.01	0.09	0.18	0.00	0.01	0.00	0.08	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.10	0.10	0.11	0.17	0.00	0.97	0.30	0.32
C4'	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.00	0.06	0.01	0.03	0.21	0.05	0.15	0.11	0.17	0.07	0.29	0.03	0.01	0.02	0.05	0.19	0.01	0.01
C5	0.01	0.00	0.02	0.27	0.00	0.06	0.00	0.03	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.25	0.05	0.03	0.08	0.01	1.00	0.23	0.28
C5'	0.06	0.17	0.21	0.02	0.08	0.01	0.03	0.00	0.05	0.13	0.12	0.21	0.17	0.11	0.01	0.07	0.21	0.03	0.01	0.03	0.05	0.01	0.02
C6	0.01	0.00	0.07	0.26	0.01	0.03	0.00	0.05	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.21	0.02	0.08	0.13	0.01	1.00	0.29	0.30
C8	0.01	0.01	0.16	0.31	0.00	0.21	0.00	0.13	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.41	0.19	0.14	0.17	0.01	0.97	0.01	0.16
N1	0.02	0.00	0.16	0.20	0.01	0.05	0.00	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.08	0.11	0.15	0.23	0.01	1.00	0.39	0.36
N2	0.04	0.01	0.29	0.10	0.02	0.15	0.01	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.02	0.26	0.31	0.24	0.36	0.01	0.95	0.49	0.41
N3	0.02	0.01	0.20	0.09	0.00	0.11	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.14	0.26	0.21	0.29	0.00	0.95	0.40	0.37
N7	0.00	0.00	0.10	0.33	0.00	0.17	0.00	0.11	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.41	0.21	0.09	0.13	0.01	0.98	0.03	0.18
N9	0.00	0.01	0.02	0.19	0.00	0.07	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.18	0.04	0.01	0.06	0.01	0.94	0.18	0.26
O2'	0.03	0.13	0.00	0.02	0.10	0.29	0.25	0.07	0.21	0.41	0.08	0.26	0.14	0.41	0.18	0.00	0.03	0.22	0.03	0.29	1.04	0.27	0.39
O3'	0.23	0.23	0.01	0.00	0.10	0.03	0.05	0.21	0.02	0.19	0.11	0.31	0.26	0.21	0.04	0.03	0.00	0.16	0.41	0.09	0.02	0.43	0.27
O4'	0.00	0.20	0.01	0.01	0.11	0.01	0.03	0.03	0.08	0.14	0.15	0.24	0.21	0.09	0.01	0.22	0.16	0.00	0.12	0.05	0.39	0.13	0.08
O5'	0.10	0.30	0.15	0.26	0.17	0.02	0.08	0.01	0.13	0.17	0.23	0.36	0.29	0.13	0.06	0.03	0.41	0.12	0.00	0.09	0.02	0.00	0.02
O6	0.01	0.01	0.03	0.29	0.00	0.05	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.29	0.09	0.05	0.09	0.00	0.98	0.24	0.27
OP1	0.80	0.97	1.11	0.39	0.97	0.19	1.00	0.05	1.00	0.97	1.00	0.95	0.95	0.98	0.94	1.04	0.02	0.39	0.02	0.98	0.00	0.01	0.00
OP2	0.18	0.43	0.28	0.24	0.30	0.01	0.23	0.01	0.29	0.01	0.39	0.49	0.40	0.03	0.18	0.27	0.43	0.13	0.00	0.24	0.01	0.00	0.01
P	0.25	0.39	0.48	0.03	0.32	0.01	0.28	0.02	0.30	0.16	0.36	0.41	0.37	0.18	0.26	0.39	0.27	0.08	0.02	0.27	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.14	0.14	0.53	1.21	0.16	0.97	0.16	1.68	0.14	0.17	0.13	0.15	0.12	0.17	0.17	0.16	1.18	0.68	2.45	3.32	2.78	3.07
C2	0.06	0.17	0.36	0.65	0.04	0.45	0.06	0.89	0.12	0.07	0.21	0.08	0.13	0.06	0.04	0.07	0.66	0.24	1.35	2.28	1.12	1.68
C2'	0.12	0.33	0.29	1.08	0.26	1.03	0.28	1.88	0.31	0.22	0.33	0.28	0.30	0.26	0.21	0.57	0.93	0.81	2.74	3.74	3.17	3.47
C3'	0.88	0.63	1.12	2.02	0.81	1.89	0.75	2.74	0.64	0.85	0.56	0.78	0.58	0.79	0.87	0.20	1.91	1.57	3.63	4.32	4.20	4.36
C4	0.04	0.12	0.45	0.82	0.06	0.54	0.09	1.00	0.12	0.07	0.15	0.05	0.13	0.09	0.05	0.07	0.82	0.30	1.55	2.32	1.47	1.90
C4'	0.66	0.41	1.14	2.01	0.55	1.64	0.48	2.41	0.39	0.59	0.34	0.53	0.33	0.52	0.62	0.34	2.09	1.21	3.24	3.92	3.98	3.98
C5	0.16	0.06	0.42	0.60	0.07	0.24	0.03	0.54	0.08	0.09	0.10	0.08	0.11	0.06	0.11	0.19	0.64	0.03	0.96	1.55	0.73	1.16
C5'	0.61	0.32	1.23	2.08	0.47	1.53	0.43	2.17	0.33	0.55	0.28	0.43	0.29	0.48	0.56	0.49	2.33	1.03	2.93	3.31	3.76	3.55
C6	0.22	0.07	0.32	0.39	0.13	0.07	0.07	0.26	0.05	0.17	0.10	0.11	0.11	0.11	0.18	0.24	0.45	0.17	0.57	1.17	0.19	0.68
C8	0.06	0.04	0.57	0.94	0.03	0.50	0.08	0.89	0.08	0.10	0.05	0.05	0.10	0.11	0.06	0.13	0.95	0.22	1.47	1.90	1.48	1.73
N1	0.15	0.10	0.31	0.46	0.06	0.20	0.03	0.50	0.08	0.13	0.16	0.03	0.11	0.09	0.12	0.16	0.49	0.04	0.84	1.62	0.47	1.04
N2	0.03	0.21	0.35	0.66	0.07	0.51	0.07	0.99	0.14	0.06	0.24	0.13	0.13	0.06	0.04	0.05	0.66	0.31	1.44	2.50	1.22	1.82
N3	0.02	0.19	0.42	0.82	0.09	0.62	0.10	1.15	0.14	0.07	0.20	0.12	0.13	0.08	0.06	0.03	0.81	0.39	1.71	2.67	1.65	2.14
N7	0.20	0.09	0.49	0.64	0.10	0.17	0.03	0.42	0.05	0.08	0.04	0.16	0.10	0.07	0.13	0.26	0.69	0.10	0.84	1.24	0.68	0.98
N9	0.05	0.09	0.53	1.02	0.10	0.71	0.12	1.24	0.12	0.12	0.11	0.07	0.12	0.13	0.10	0.06	1.00	0.44	1.89	2.59	1.97	2.30
O2'	0.43	0.33	0.39	0.47	0.38	0.57	0.34	1.53	0.30	0.38	0.27	0.38	0.27	0.35	0.39	1.20	0.33	0.36	2.37	3.74	3.02	3.33
O3'	1.09	0.49	1.23	2.28	0.81	2.34	0.68	3.38	0.48	0.91	0.36	0.76	0.38	0.77	0.96	0.32	2.21	1.93	4.22	5.21	5.17	5.29
O4'	0.37	0.20	0.93	1.65	0.29	1.24	0.24	1.91	0.17	0.32	0.15	0.29	0.12	0.27	0.34	0.25	1.75	0.83	2.69	3.41	3.19	3.32
O5'	0.83	0.41	1.62	2.34	0.63	1.62	0.56	2.07	0.43	0.72	0.36	0.57	0.37	0.62	0.75	1.00	2.62	1.10	2.72	2.86	3.25	3.08
O6	0.33	0.11	0.26	0.18	0.22	0.23	0.16	0.17	0.05	0.28	0.08	0.19	0.08	0.20	0.29	0.33	0.27	0.44	0.09	0.51	0.54	0.11
OP1	0.58	0.91	0.23	0.96	0.78	0.21	0.77	0.60	0.83	0.60	0.89	0.87	0.83	0.67	0.66	0.21	1.59	0.38	1.09	1.13	1.94	1.49
OP2	0.67	0.21	1.69	2.00	0.44	1.04	0.41	1.11	0.29	0.60	0.20	0.32	0.26	0.51	0.58	1.54	2.43	0.53	1.53	1.38	1.85	1.61
P	0.27	0.04	1.16	1.71	0.13	0.85	0.13	1.14	0.05	0.26	0.03	0.04	0.03	0.20	0.23	0.75	2.17	0.33	1.69	1.68	2.27	1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N3	N6	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.02	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.09	0.09	0.03
C2	0.03	0.00	0.12	0.28	0.00	0.53	0.00	1.04	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.46	0.10	0.56	1.40	2.23	1.10	1.66
C2'	0.00	0.12	0.00	0.00	0.07	0.04	0.04	0.02	0.06	0.03	0.09	0.12	0.05	0.01	0.02	0.01	0.08	0.00	0.18	0.13	0.23	0.24
C3'	0.02	0.28	0.00	0.00	0.05	0.00	0.11	0.03	0.05	0.35	0.15	0.28	0.11	0.30	0.13	0.02	0.02	0.03	0.14	0.05	0.36	0.23
C4	0.02	0.00	0.07	0.05	0.00	0.22	0.00	0.44	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.14	0.08	0.29	0.51	0.97	0.09	0.54
C4'	0.01	0.53	0.04	0.00	0.22	0.00	0.06	0.00	0.19	0.31	0.39	0.52	0.10	0.21	0.03	0.20	0.03	0.00	0.00	0.16	0.29	0.02
C5	0.01	0.00	0.04	0.11	0.00	0.06	0.00	0.17	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.05	0.18	0.12	0.12	0.64	0.50	0.10
C5'	0.02	1.04	0.02	0.03	0.44	0.00	0.17	0.00	0.41	0.49	0.80	0.97	0.25	0.33	0.01	0.17	0.02	0.01	0.01	0.24	0.40	0.01
C6	0.01	0.00	0.06	0.05	0.00	0.19	0.00	0.41	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.06	0.14	0.24	0.46	1.15	0.17	0.51
C8	0.02	0.01	0.03	0.35	0.00	0.31	0.00	0.49	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.38	0.29	0.30	0.79	0.52	1.37	0.95
N1	0.02	0.00	0.09	0.15	0.00	0.39	0.00	0.80	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.28	0.06	0.43	1.03	1.89	0.58	1.23
N3	0.03	0.00	0.12	0.28	0.00	0.52	0.00	0.97	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.47	0.10	0.57	1.29	1.87	0.99	1.44
N6	0.01	0.00	0.05	0.11	0.00	0.10	0.00	0.25	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.20	0.15	0.22	0.92	0.54	0.23
N7	0.01	0.01	0.01	0.30	0.00	0.21	0.00	0.33	0.00	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.31	0.29	0.16	0.58	0.22	1.34	0.76
N9	0.00	0.00	0.02	0.13	0.00	0.03	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.15	0.01	0.10	0.18	0.45	0.15
O2'	0.01	0.46	0.01	0.02	0.14	0.20	0.05	0.17	0.06	0.38	0.28	0.47	0.03	0.31	0.09	0.00	0.08	0.12	0.05	0.11	0.26	0.12
O3'	0.03	0.10	0.08	0.02	0.08	0.03	0.18	0.02	0.14	0.29	0.06	0.10	0.20	0.29	0.15	0.08	0.00	0.04	0.15	0.21	0.66	0.32
O4'	0.01	0.56	0.00	0.03	0.29	0.00	0.12	0.01	0.24	0.30	0.43	0.57	0.15	0.16	0.01	0.12	0.04	0.00	0.10	0.03	0.12	0.15
O5'	0.01	1.40	0.18	0.14	0.51	0.00	0.12	0.01	0.46	0.79	1.03	1.29	0.22	0.58	0.10	0.05	0.15	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01
OP1	0.09	2.23	0.13	0.05	0.97	0.16	0.64	0.24	1.15	0.52	1.89	1.87	0.92	0.22	0.18	0.11	0.21	0.03	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.09	1.10	0.23	0.36	0.09	0.29	0.50	0.40	0.17	1.37	0.58	0.99	0.54	1.34	0.45	0.26	0.66	0.12	0.00	0.01	0.00	0.00
P	0.03	1.66	0.24	0.23	0.54	0.02	0.10	0.01	0.51	0.95	1.23	1.44	0.23	0.76	0.15	0.12	0.32	0.15	0.01	0.01	0.00	0.00