ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50027

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N2 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.001, 0.010, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.009
N3 A 0, -0.001, 0.009, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.002, 0.014, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.014 std_dev=0.017
C4 A 0, -0.001, 0.018, 0.037, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.026 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.002, 0.027, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.027 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.000, 0.037, 0.073, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.037 std_dev=0.036
C8 A 0, 0.002, 0.044, 0.086, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.044 std_dev=0.042
O4' A 0, -0.005, 0.122, 0.249, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.122 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.023, 0.177, 0.331, 0.375 max_d=0.375 avg_d=0.177 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.013, 0.197, 0.381, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.197 std_dev=0.184
O2' A 0, 0.054, 0.268, 0.482, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.268 std_dev=0.214
C3' A 0, 0.047, 0.286, 0.525, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.286 std_dev=0.239
C1' B 0, 0.132, 0.480, 0.828, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.480 std_dev=0.348
N9 B 0, 0.121, 0.479, 0.837, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.479 std_dev=0.358
C8 B 0, 0.117, 0.482, 0.847, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.482 std_dev=0.365
N7 B 0, 0.120, 0.495, 0.869, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.495 std_dev=0.375
C4 B 0, 0.115, 0.491, 0.867, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.491 std_dev=0.376
C5' A 0, -0.074, 0.303, 0.679, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.303 std_dev=0.376
C5 B 0, 0.100, 0.479, 0.857, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.479 std_dev=0.379
P A 0, 0.044, 0.426, 0.807, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.426 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.117, 0.499, 0.880, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.499 std_dev=0.382
OP2 A 0, 0.137, 0.532, 0.927, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.532 std_dev=0.395
C6 B 0, 0.117, 0.525, 0.933, 0.994 max_d=0.994 avg_d=0.525 std_dev=0.408
C2' B 0, 0.170, 0.584, 0.997, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.584 std_dev=0.414
N3 B 0, 0.160, 0.580, 1.000, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.580 std_dev=0.420
N6 B 0, 0.152, 0.575, 0.999, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.575 std_dev=0.424
N1 B 0, 0.144, 0.589, 1.034, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.589 std_dev=0.445
OP1 A 0, -0.010, 0.443, 0.895, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.443 std_dev=0.452
C2 B 0, 0.166, 0.619, 1.073, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.619 std_dev=0.454
O4' B 0, 0.167, 0.628, 1.088, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.628 std_dev=0.461
O2' B 0, 0.150, 0.621, 1.091, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.621 std_dev=0.470
P B 0, 0.188, 0.718, 1.249, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.718 std_dev=0.530
O5' A 0, -0.114, 0.418, 0.950, 1.169 max_d=1.169 avg_d=0.418 std_dev=0.532
O5' B 0, 0.173, 0.752, 1.331, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.752 std_dev=0.579
OP2 B 0, 0.219, 0.799, 1.378, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.799 std_dev=0.580
C5' B 0, 0.157, 0.758, 1.360, 1.472 max_d=1.472 avg_d=0.758 std_dev=0.602
OP1 B 0, 0.244, 0.863, 1.482, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.863 std_dev=0.619
C4' B 0, 0.140, 0.797, 1.455, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.797 std_dev=0.658
C3' B 0, 0.138, 0.949, 1.760, 1.981 max_d=1.981 avg_d=0.949 std_dev=0.811
O3' B 0, 0.024, 1.349, 2.674, 3.150 max_d=3.150 avg_d=1.349 std_dev=1.325

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.12 0.08 0.04
C2 0.00 0.00 0.10 0.09 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.13 0.05 0.09 0.00 0.06 0.13 0.02
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.09 0.12 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.10 0.04
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.06 0.08 0.10 0.08 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.21 0.16 0.07
C4 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.07 0.03 0.09 0.01 0.05 0.13 0.03
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.03 0.11 0.01 0.02 0.15 0.02
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.15 0.02 0.02
C6 0.01 0.00 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.04 0.11 0.00 0.00 0.16 0.02
C8 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.11 0.01 0.03 0.13 0.03
N1 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.11 0.05 0.10 0.00 0.03 0.15 0.02
N2 0.00 0.00 0.12 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.12 0.16 0.06 0.08 0.00 0.06 0.12 0.02
N3 0.00 0.00 0.10 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.11 0.05 0.08 0.01 0.07 0.12 0.03
N7 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.16 0.02
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.01 0.07 0.11 0.03
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.08 0.12 0.09 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.20 0.09 0.03
O3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.08 0.11 0.16 0.11 0.07 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.09 0.29 0.27 0.13
O4' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.11 0.12 0.06
O5' 0.07 0.09 0.01 0.03 0.09 0.01 0.11 0.01 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.12 0.09 0.01 0.07 0.09 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.11 0.00 0.03 0.18 0.02
OP1 0.12 0.06 0.17 0.21 0.05 0.17 0.02 0.15 0.00 0.03 0.03 0.06 0.07 0.01 0.07 0.20 0.29 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.13 0.10 0.16 0.13 0.03 0.15 0.02 0.16 0.13 0.15 0.12 0.12 0.16 0.11 0.09 0.27 0.12 0.01 0.18 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.13 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.28 0.25 0.03 0.18 0.12 0.18 0.18 0.25 0.07 0.29 0.23 0.24 0.10 0.10 0.13 0.12 0.07 0.06 0.01 0.05 0.02
C2 0.26 0.21 0.28 0.30 0.17 0.39 0.09 0.38 0.11 0.22 0.21 0.20 0.15 0.14 0.25 0.22 0.66 0.38 0.24 0.16 0.24 0.18
C2' 0.11 0.26 0.30 0.06 0.18 0.12 0.18 0.18 0.22 0.10 0.26 0.23 0.21 0.11 0.14 0.14 0.10 0.07 0.06 0.02 0.08 0.03
C3' 0.16 0.24 0.42 0.05 0.19 0.08 0.19 0.12 0.21 0.16 0.23 0.22 0.20 0.16 0.18 0.32 0.05 0.08 0.03 0.00 0.06 0.00
C4 0.11 0.25 0.23 0.10 0.12 0.20 0.12 0.24 0.22 0.11 0.28 0.18 0.23 0.03 0.11 0.22 0.31 0.18 0.13 0.08 0.15 0.10
C4' 0.14 0.26 0.40 0.05 0.19 0.10 0.19 0.15 0.23 0.16 0.26 0.22 0.23 0.16 0.17 0.29 0.03 0.08 0.02 0.04 0.05 0.03
C5 0.09 0.21 0.19 0.11 0.09 0.15 0.09 0.19 0.20 0.10 0.25 0.14 0.24 0.03 0.09 0.30 0.23 0.14 0.15 0.10 0.16 0.11
C5' 0.17 0.26 0.45 0.05 0.21 0.07 0.22 0.11 0.25 0.18 0.27 0.23 0.25 0.19 0.19 0.41 0.13 0.08 0.05 0.05 0.08 0.04
C6 0.17 0.17 0.22 0.14 0.12 0.22 0.07 0.25 0.12 0.18 0.20 0.14 0.17 0.13 0.17 0.34 0.37 0.22 0.18 0.13 0.21 0.15
C8 0.05 0.26 0.15 0.21 0.18 0.09 0.20 0.11 0.26 0.05 0.29 0.21 0.27 0.12 0.08 0.25 0.10 0.08 0.20 0.12 0.11 0.13
N1 0.24 0.19 0.26 0.23 0.18 0.32 0.11 0.33 0.08 0.23 0.18 0.20 0.12 0.17 0.24 0.30 0.57 0.32 0.21 0.15 0.23 0.17
N2 0.32 0.19 0.30 0.41 0.21 0.49 0.11 0.45 0.06 0.25 0.17 0.23 0.12 0.16 0.29 0.19 0.84 0.46 0.30 0.20 0.27 0.22
N3 0.21 0.24 0.27 0.24 0.14 0.34 0.09 0.35 0.18 0.17 0.26 0.19 0.19 0.08 0.19 0.18 0.54 0.32 0.19 0.12 0.20 0.15
N7 0.01 0.22 0.14 0.22 0.12 0.10 0.15 0.13 0.24 0.04 0.26 0.16 0.26 0.07 0.03 0.31 0.08 0.07 0.19 0.12 0.14 0.13
N9 0.04 0.27 0.22 0.06 0.16 0.09 0.18 0.16 0.25 0.04 0.29 0.21 0.25 0.08 0.08 0.20 0.11 0.05 0.11 0.05 0.09 0.06
O2' 0.10 0.28 0.28 0.19 0.18 0.23 0.17 0.29 0.22 0.09 0.27 0.23 0.21 0.10 0.13 0.01 0.23 0.13 0.10 0.03 0.09 0.06
O3' 0.18 0.21 0.45 0.10 0.18 0.10 0.16 0.13 0.18 0.16 0.20 0.20 0.16 0.14 0.18 0.29 0.09 0.10 0.02 0.01 0.02 0.00
O4' 0.10 0.28 0.32 0.02 0.18 0.11 0.19 0.17 0.25 0.11 0.29 0.23 0.26 0.12 0.13 0.22 0.04 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01
O5' 0.19 0.26 0.49 0.04 0.21 0.06 0.22 0.12 0.25 0.20 0.27 0.23 0.26 0.20 0.20 0.56 0.13 0.07 0.01 0.12 0.10 0.07
O6 0.17 0.16 0.21 0.16 0.13 0.20 0.10 0.24 0.08 0.19 0.16 0.14 0.09 0.17 0.18 0.40 0.34 0.21 0.19 0.15 0.22 0.16
OP1 0.14 0.25 0.32 0.33 0.21 0.28 0.22 0.27 0.25 0.16 0.25 0.22 0.26 0.20 0.17 0.45 0.56 0.26 0.36 0.30 0.35 0.33
OP2 0.28 0.29 0.27 0.60 0.28 0.43 0.27 0.39 0.29 0.27 0.29 0.28 0.29 0.26 0.27 0.39 0.72 0.36 0.53 0.42 0.51 0.45
P 0.16 0.28 0.34 0.30 0.24 0.19 0.25 0.14 0.28 0.19 0.29 0.25 0.28 0.22 0.20 0.47 0.45 0.19 0.28 0.17 0.27 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.31 0.00 0.17 0.13 0.28 0.19
C2 0.02 0.00 0.12 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.51 0.07 0.09 0.10 0.21 0.13
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.20 0.01 0.16 0.07 0.12 0.04 0.12 0.03 0.00 0.02 0.03 0.48 0.44 0.62 0.52
C3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.13 0.02 0.11 0.22 0.04 0.04 0.14 0.21 0.11 0.01 0.00 0.04 0.07 0.08 0.03 0.06
C4 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.32 0.03 0.08 0.09 0.23 0.13
C4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.10 0.03 0.06 0.04 0.09 0.03 0.26 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.13 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.35 0.20 0.02 0.04 0.08 0.22 0.12
C5' 0.07 0.07 0.20 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.06 0.08 0.02 0.01 0.04 0.06 0.22 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02
C6 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.32 0.26 0.02 0.03 0.08 0.20 0.11
C8 0.02 0.00 0.16 0.22 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.45 0.03 0.08 0.04 0.11 0.26 0.14
N1 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.41 0.05 0.06 0.09 0.20 0.12
N3 0.02 0.00 0.12 0.04 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.51 0.08 0.10 0.10 0.22 0.14
N6 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.40 0.20 0.02 0.02 0.07 0.19 0.09
N7 0.01 0.00 0.12 0.21 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.49 0.01 0.06 0.00 0.09 0.23 0.11
N9 0.00 0.00 0.03 0.11 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.22 0.18 0.01 0.09 0.11 0.26 0.16
O2' 0.02 0.03 0.00 0.01 0.18 0.26 0.35 0.06 0.32 0.45 0.18 0.04 0.40 0.49 0.22 0.00 0.02 0.14 0.38 0.31 0.69 0.44
O3' 0.31 0.51 0.02 0.00 0.32 0.01 0.20 0.22 0.26 0.03 0.41 0.51 0.20 0.01 0.18 0.02 0.00 0.15 0.18 0.34 0.27 0.24
O4' 0.00 0.07 0.03 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.08 0.05 0.08 0.02 0.06 0.01 0.14 0.15 0.00 0.04 0.07 0.05 0.05
O5' 0.17 0.09 0.48 0.07 0.08 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.10 0.02 0.00 0.09 0.38 0.18 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.13 0.10 0.44 0.08 0.09 0.03 0.08 0.05 0.08 0.11 0.09 0.10 0.07 0.09 0.11 0.31 0.34 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.28 0.21 0.62 0.03 0.23 0.02 0.22 0.01 0.20 0.26 0.20 0.22 0.19 0.23 0.26 0.69 0.27 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.13 0.52 0.06 0.13 0.02 0.12 0.02 0.11 0.14 0.12 0.14 0.09 0.11 0.16 0.44 0.24 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00