ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50028

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O6 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N2 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O4' A 0, 0.000, 0.127, 0.254, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.127 std_dev=0.127
C2' A 0, 0.000, 0.159, 0.319, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.159 std_dev=0.159
C4' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.000, 0.222, 0.444, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C3' A 0, 0.000, 0.234, 0.468, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.234 std_dev=0.234
O3' A 0, 0.000, 0.337, 0.674, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.337 std_dev=0.337
O5' B 0, 0.000, 0.337, 0.675, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.337 std_dev=0.337
C5' A 0, 0.000, 0.345, 0.691, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.345 std_dev=0.345
OP2 B 0, 0.000, 0.364, 0.729, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.364 std_dev=0.364
N7 B 0, 0.000, 0.372, 0.744, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.372 std_dev=0.372
P B 0, 0.000, 0.377, 0.754, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C8 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
P A 0, 0.000, 0.413, 0.827, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.413 std_dev=0.413
C5' B 0, 0.000, 0.415, 0.829, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.415 std_dev=0.414
O4' B 0, 0.000, 0.415, 0.830, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.415 std_dev=0.415
C5 B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
N9 B 0, 0.000, 0.452, 0.905, 0.905 max_d=0.905 avg_d=0.452 std_dev=0.452
N6 B 0, 0.000, 0.463, 0.926, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.463 std_dev=0.463
C4 B 0, 0.000, 0.472, 0.944, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C6 B 0, 0.000, 0.475, 0.951, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.475 std_dev=0.475
C4' B 0, 0.000, 0.478, 0.955, 0.955 max_d=0.955 avg_d=0.478 std_dev=0.478
OP1 B 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
C1' B 0, 0.000, 0.510, 1.020, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.510 std_dev=0.510
O5' A 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
N3 B 0, 0.000, 0.534, 1.069, 1.069 max_d=1.069 avg_d=0.534 std_dev=0.534
N1 B 0, 0.000, 0.542, 1.085, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.542 std_dev=0.542
C2 B 0, 0.000, 0.568, 1.135, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.568 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.000, 0.637, 1.275, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.637 std_dev=0.637
C2' B 0, 0.000, 0.683, 1.366, 1.366 max_d=1.366 avg_d=0.683 std_dev=0.683
O3' B 0, 0.000, 0.693, 1.387, 1.387 max_d=1.387 avg_d=0.693 std_dev=0.693
OP2 A 0, 0.000, 0.801, 1.603, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.801 std_dev=0.801
O2' B 0, 0.000, 0.917, 1.833, 1.833 max_d=1.833 avg_d=0.917 std_dev=0.917
OP1 A 0, 0.000, 0.917, 1.835, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.917 std_dev=0.917

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.55 0.07 0.18
C2 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.03 0.07 0.17 0.00 0.59 0.01 0.14
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.42 0.20 0.09
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.26 0.32 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.12 0.00 0.56 0.09 0.13
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.32 0.16 0.07
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.13 0.00 0.51 0.15 0.09
C5' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.11 0.03 0.12 0.12 0.10 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.11 0.14 0.23 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.17 0.00 0.51 0.13 0.08
C8 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.46 0.21 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.05 0.18 0.00 0.55 0.06 0.11
N2 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.04 0.08 0.18 0.01 0.60 0.05 0.15
N3 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.08 0.02 0.07 0.14 0.00 0.60 0.01 0.16
N7 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.09 0.00 0.46 0.22 0.07
N9 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.54 0.12 0.14
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.06 0.02 0.08 0.11 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.47 0.12 0.15
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.00 0.17 0.36 0.03
O4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.08 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.53 0.01 0.19
O5' 0.01 0.17 0.02 0.02 0.12 0.01 0.13 0.00 0.17 0.05 0.18 0.18 0.14 0.09 0.06 0.07 0.08 0.02 0.00 0.18 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.18 0.00 0.47 0.17 0.05
OP1 0.55 0.59 0.42 0.26 0.56 0.32 0.51 0.14 0.51 0.46 0.55 0.60 0.60 0.46 0.54 0.47 0.17 0.53 0.01 0.47 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.01 0.20 0.32 0.09 0.16 0.15 0.23 0.13 0.21 0.06 0.05 0.01 0.22 0.12 0.12 0.36 0.01 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.14 0.09 0.00 0.13 0.07 0.09 0.02 0.08 0.09 0.11 0.15 0.16 0.07 0.14 0.15 0.03 0.19 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.09 0.12 0.02 0.08 0.09 0.12 0.03 0.14 0.07 0.12 0.07 0.16 0.12 0.06 0.16 0.01 0.11 0.06 0.01 0.02 0.01
C2 0.21 0.21 0.11 0.16 0.21 0.22 0.17 0.06 0.16 0.15 0.18 0.22 0.07 0.13 0.19 0.09 0.15 0.24 0.01 0.03 0.05 0.00
C2' 0.01 0.08 0.14 0.03 0.08 0.09 0.11 0.02 0.12 0.10 0.10 0.06 0.14 0.13 0.08 0.17 0.02 0.12 0.07 0.01 0.05 0.03
C3' 0.01 0.08 0.15 0.03 0.07 0.10 0.10 0.00 0.12 0.08 0.10 0.06 0.13 0.11 0.06 0.19 0.03 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
C4 0.12 0.06 0.00 0.07 0.08 0.17 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.06 0.01 0.08 0.06 0.06 0.21 0.04 0.00 0.06 0.02
C4' 0.00 0.09 0.14 0.03 0.07 0.09 0.11 0.01 0.13 0.07 0.12 0.06 0.15 0.11 0.06 0.17 0.04 0.11 0.01 0.04 0.05 0.04
C5 0.12 0.08 0.01 0.08 0.10 0.17 0.07 0.03 0.04 0.09 0.05 0.10 0.00 0.06 0.10 0.09 0.04 0.22 0.04 0.02 0.08 0.03
C5' 0.02 0.10 0.16 0.04 0.08 0.09 0.12 0.01 0.15 0.09 0.13 0.07 0.17 0.14 0.07 0.22 0.03 0.11 0.01 0.06 0.07 0.05
C6 0.17 0.17 0.08 0.13 0.18 0.21 0.17 0.05 0.15 0.16 0.15 0.18 0.11 0.16 0.17 0.00 0.09 0.25 0.02 0.01 0.08 0.03
C8 0.01 0.04 0.14 0.03 0.04 0.10 0.08 0.03 0.08 0.06 0.06 0.03 0.10 0.10 0.04 0.25 0.06 0.14 0.08 0.06 0.09 0.06
N1 0.22 0.23 0.12 0.16 0.23 0.23 0.21 0.07 0.21 0.19 0.21 0.23 0.16 0.18 0.21 0.08 0.14 0.26 0.00 0.01 0.06 0.01
N2 0.24 0.27 0.15 0.19 0.24 0.23 0.19 0.08 0.20 0.17 0.24 0.27 0.10 0.14 0.21 0.15 0.20 0.24 0.00 0.05 0.04 0.01
N3 0.17 0.12 0.06 0.12 0.13 0.19 0.08 0.04 0.04 0.10 0.07 0.14 0.04 0.05 0.13 0.03 0.12 0.22 0.02 0.02 0.04 0.00
N7 0.05 0.02 0.08 0.01 0.02 0.13 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.20 0.03 0.18 0.06 0.05 0.10 0.06
N9 0.03 0.04 0.10 0.00 0.03 0.11 0.08 0.02 0.09 0.04 0.07 0.02 0.12 0.09 0.02 0.17 0.01 0.15 0.07 0.02 0.06 0.04
O2' 0.05 0.10 0.16 0.07 0.11 0.01 0.13 0.09 0.13 0.11 0.12 0.09 0.13 0.14 0.11 0.14 0.01 0.01 0.12 0.01 0.05 0.05
O3' 0.03 0.08 0.17 0.06 0.08 0.06 0.10 0.00 0.11 0.09 0.10 0.06 0.12 0.12 0.08 0.19 0.03 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
O4' 0.00 0.10 0.13 0.02 0.08 0.08 0.12 0.03 0.15 0.07 0.14 0.08 0.17 0.11 0.06 0.17 0.02 0.10 0.04 0.03 0.03 0.01
O5' 0.02 0.09 0.13 0.00 0.07 0.12 0.13 0.06 0.16 0.09 0.14 0.05 0.20 0.14 0.06 0.17 0.09 0.13 0.07 0.15 0.13 0.12
O6 0.17 0.19 0.08 0.13 0.18 0.21 0.18 0.05 0.18 0.17 0.17 0.18 0.16 0.18 0.17 0.01 0.07 0.25 0.02 0.03 0.09 0.04
OP1 0.44 0.58 0.23 0.26 0.52 0.38 0.52 0.21 0.55 0.44 0.58 0.55 0.54 0.46 0.46 0.20 0.35 0.50 0.17 0.04 0.09 0.11
OP2 0.27 0.08 0.52 0.44 0.19 0.26 0.20 0.36 0.14 0.31 0.08 0.13 0.13 0.27 0.27 0.58 0.34 0.16 0.42 0.44 0.48 0.44
P 0.07 0.14 0.13 0.05 0.10 0.10 0.08 0.02 0.09 0.03 0.13 0.13 0.08 0.03 0.06 0.18 0.04 0.17 0.05 0.08 0.08 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.14 0.10 0.14 0.11
C2 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.00 0.08 0.17 0.10 0.15 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.24 0.24 0.30 0.25
C3' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.15 0.17 0.14
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.17 0.12 0.16 0.14
C4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.18 0.14 0.19 0.15
C5' 0.07 0.12 0.11 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.09 0.13 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.08 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.19 0.14 0.19 0.16
C8 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.12 0.09 0.06 0.17 0.15 0.20 0.16
N1 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.09 0.02 0.06 0.18 0.12 0.17 0.14
N3 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.00 0.09 0.16 0.10 0.14 0.12
N6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.01 0.19 0.14 0.19 0.16
N7 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.03 0.18 0.16 0.21 0.17
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.17 0.13 0.18 0.14
O2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.03 0.12 0.09 0.12 0.00 0.09 0.02 0.00 0.04 0.00 0.26 0.26 0.39 0.29
O3' 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.08 0.05 0.09 0.02 0.00 0.06 0.09 0.06 0.04 0.00 0.03 0.03 0.03 0.11 0.04
O4' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.03 0.06 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01
O5' 0.14 0.17 0.24 0.13 0.17 0.01 0.18 0.01 0.19 0.17 0.18 0.16 0.19 0.18 0.17 0.26 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.10 0.10 0.24 0.15 0.12 0.03 0.14 0.01 0.14 0.15 0.12 0.10 0.14 0.16 0.13 0.26 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.15 0.30 0.17 0.16 0.00 0.19 0.01 0.19 0.20 0.17 0.14 0.19 0.21 0.18 0.39 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.13 0.25 0.14 0.14 0.00 0.15 0.01 0.16 0.16 0.14 0.12 0.16 0.17 0.14 0.29 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00