ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50029

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.001, 0.001 max_d=0.001 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N9 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C8 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.010, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N3 B 0, 0.000, 0.085, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C4 B 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
N9 B 0, 0.000, 0.111, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.111 std_dev=0.111
C1' B 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
O4' A 0, 0.000, 0.136, 0.272, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.136 std_dev=0.136
C2 B 0, 0.000, 0.147, 0.293, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.147 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C5 B 0, 0.000, 0.173, 0.347, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.173 std_dev=0.173
O4' B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C8 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
N1 B 0, 0.000, 0.200, 0.400, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.200 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.000, 0.217, 0.434, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.217 std_dev=0.217
C2' B 0, 0.000, 0.219, 0.438, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.219 std_dev=0.219
N7 B 0, 0.000, 0.222, 0.443, 0.443 max_d=0.443 avg_d=0.222 std_dev=0.222
C4' B 0, 0.000, 0.229, 0.458, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.229 std_dev=0.229
C3' A 0, 0.000, 0.254, 0.508, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.254 std_dev=0.254
O2' A 0, 0.000, 0.257, 0.514, 0.514 max_d=0.514 avg_d=0.257 std_dev=0.257
C4' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
C5' B 0, 0.000, 0.270, 0.539, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.270 std_dev=0.270
O2' B 0, 0.000, 0.271, 0.542, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.271 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.000, 0.272, 0.545, 0.545 max_d=0.545 avg_d=0.272 std_dev=0.272
OP1 A 0, 0.000, 0.291, 0.582, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.291 std_dev=0.291
N6 B 0, 0.000, 0.299, 0.597, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.299 std_dev=0.299
P A 0, 0.000, 0.364, 0.727, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.364 std_dev=0.364
O3' B 0, 0.000, 0.369, 0.739, 0.739 max_d=0.739 avg_d=0.369 std_dev=0.369
P B 0, 0.000, 0.381, 0.761, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.381 std_dev=0.381
O5' A 0, 0.000, 0.388, 0.775, 0.775 max_d=0.775 avg_d=0.388 std_dev=0.388
O3' A 0, 0.000, 0.411, 0.822, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.411 std_dev=0.411
OP2 A 0, 0.000, 0.462, 0.923, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.462 std_dev=0.462
C5' A 0, 0.000, 0.484, 0.968, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.484 std_dev=0.484
O5' B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
OP2 B 0, 0.000, 0.780, 1.560, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.780 std_dev=0.780
OP1 B 0, 0.000, 1.333, 2.666, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.333 std_dev=1.333

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.05
C2 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.12 0.00 0.04 0.09 0.05
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.08 0.01
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.05
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.08 0.00 0.04 0.10 0.04
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.06 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.02 0.10 0.00 0.02 0.13 0.07
C5' 0.03 0.21 0.01 0.00 0.18 0.00 0.21 0.00 0.24 0.13 0.24 0.20 0.18 0.18 0.13 0.01 0.02 0.00 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.03 0.13 0.00 0.01 0.15 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.12 0.03
N1 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.05 0.14 0.00 0.01 0.13 0.08
N2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.13 0.01 0.04 0.07 0.04
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.09 0.00 0.05 0.07 0.03
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.14 0.06
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01
O2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.04 0.06 0.00
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.09 0.18 0.11
O4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.05 0.07 0.06 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.07 0.02 0.07 0.00 0.05
O5' 0.05 0.12 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.00 0.13 0.02 0.14 0.13 0.09 0.06 0.02 0.03 0.02 0.07 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.09 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.02 0.14 0.00 0.01 0.17 0.10
OP1 0.09 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.04 0.09 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.09 0.08 0.12 0.10 0.06 0.13 0.02 0.15 0.12 0.13 0.07 0.07 0.14 0.08 0.06 0.18 0.00 0.01 0.17 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.07 0.01 0.09 0.03 0.08 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.11 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.05 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.04 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.04 0.00 0.01 0.44 0.13 0.43 0.00
C2 0.01 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.07 0.03 0.01 0.22 0.41 0.15 0.09
C2' 0.09 0.02 0.11 0.13 0.02 0.14 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.04 0.05 0.03 0.04 0.10 0.14 0.11 0.39 0.08 0.55 0.03
C3' 0.07 0.04 0.10 0.15 0.02 0.17 0.05 0.23 0.07 0.01 0.07 0.01 0.10 0.05 0.02 0.09 0.17 0.11 0.33 0.17 0.65 0.11
C4 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.06 0.06 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.29 0.41 0.25 0.10
C4' 0.01 0.09 0.03 0.08 0.07 0.11 0.09 0.17 0.11 0.04 0.11 0.07 0.12 0.07 0.03 0.01 0.09 0.05 0.37 0.16 0.60 0.08
C5 0.02 0.08 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.10 0.05 0.06 0.08 0.06 0.04 0.04 0.02 0.01 0.05 0.06 0.22 0.57 0.18 0.15
C5' 0.07 0.23 0.04 0.04 0.17 0.08 0.20 0.17 0.24 0.12 0.25 0.19 0.26 0.16 0.12 0.05 0.06 0.01 0.38 0.22 0.56 0.09
C6 0.03 0.08 0.02 0.05 0.00 0.06 0.03 0.09 0.01 0.09 0.07 0.06 0.01 0.09 0.04 0.01 0.04 0.06 0.16 0.64 0.09 0.16
C8 0.02 0.08 0.03 0.07 0.05 0.08 0.06 0.12 0.09 0.00 0.09 0.06 0.10 0.04 0.01 0.01 0.07 0.07 0.31 0.47 0.35 0.13
N1 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04 0.08 0.02 0.05 0.06 0.09 0.04 0.04 0.00 0.04 0.17 0.54 0.09 0.13
N2 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.02 0.07 0.06 0.01 0.09 0.07 0.00 0.21 0.35 0.13 0.07
N3 0.03 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.00 0.28 0.33 0.23 0.07
N7 0.03 0.09 0.04 0.08 0.04 0.09 0.04 0.13 0.08 0.04 0.10 0.06 0.09 0.01 0.02 0.02 0.08 0.08 0.23 0.62 0.22 0.17
N9 0.00 0.07 0.00 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.07 0.02 0.07 0.05 0.07 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.36 0.33 0.36 0.07
O2' 0.13 0.09 0.16 0.16 0.07 0.16 0.03 0.13 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.00 0.07 0.16 0.16 0.12 0.37 0.11 0.51 0.03
O3' 0.11 0.00 0.16 0.22 0.02 0.23 0.02 0.30 0.05 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02 0.05 0.15 0.26 0.15 0.25 0.10 0.70 0.13
O4' 0.07 0.10 0.07 0.03 0.09 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.10 0.10 0.08 0.06 0.07 0.11 0.04 0.04 0.43 0.17 0.51 0.04
O5' 0.02 0.15 0.01 0.05 0.09 0.09 0.10 0.16 0.13 0.03 0.16 0.12 0.14 0.07 0.05 0.04 0.06 0.04 0.36 0.27 0.59 0.12
O6 0.04 0.09 0.04 0.07 0.01 0.08 0.05 0.10 0.00 0.11 0.08 0.05 0.03 0.13 0.06 0.01 0.07 0.08 0.11 0.73 0.03 0.20
OP1 0.06 0.02 0.06 0.09 0.04 0.10 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.03 0.08 0.08 0.36 0.15 0.60 0.08
OP2 0.03 0.12 0.00 0.04 0.10 0.06 0.13 0.11 0.16 0.10 0.15 0.09 0.18 0.13 0.07 0.00 0.06 0.00 0.44 0.03 0.53 0.02
P 0.01 0.08 0.02 0.06 0.05 0.09 0.06 0.14 0.09 0.03 0.09 0.05 0.10 0.05 0.02 0.00 0.07 0.04 0.39 0.16 0.57 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.14 0.09 0.05
C2 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.38 0.21 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.05 0.06
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.09 0.05 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.37 0.16 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.22 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.48 0.28 0.03
C5' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.34 0.27 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.51 0.33 0.03
C8 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.12 0.42 0.17 0.04
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.46 0.29 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.32 0.13 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.57 0.41 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.53 0.32 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.09 0.30 0.07 0.04
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.12 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.31 0.23 0.06 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.18 0.04 0.24 0.04
O5' 0.08 0.04 0.09 0.22 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.12 0.04 0.04 0.06 0.10 0.09 0.05 0.31 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.38 0.04 0.09 0.37 0.17 0.48 0.34 0.51 0.42 0.46 0.32 0.57 0.53 0.30 0.05 0.23 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.21 0.05 0.05 0.16 0.22 0.28 0.27 0.33 0.17 0.29 0.13 0.41 0.32 0.07 0.12 0.06 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.03 0.06 0.06 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00