ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50030

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N9 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O4' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C4' A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N6 B 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O3' B 0, 0.000, 0.027, 0.054, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.027
C3' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C6 B 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C2' B 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O5' A 0, 0.000, 0.035, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O3' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
C5' A 0, 0.000, 0.037, 0.074, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.037 std_dev=0.037
OP2 A 0, 0.000, 0.038, 0.076, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.038 std_dev=0.038
N1 B 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C5 B 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
P A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C4 B 0, 0.000, 0.042, 0.083, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.042 std_dev=0.042
C2 B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N3 B 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
OP1 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
N7 B 0, 0.000, 0.044, 0.089, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.044 std_dev=0.044
N9 B 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2' B 0, 0.000, 0.049, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.049 std_dev=0.049
C8 B 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C3' B 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C1' B 0, 0.000, 0.055, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.000, 0.057, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.057 std_dev=0.057
P B 0, 0.000, 0.072, 0.144, 0.144 max_d=0.144 avg_d=0.072 std_dev=0.072
O5' B 0, 0.000, 0.081, 0.162, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.081 std_dev=0.081
C4' B 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
OP1 B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O4' B 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
C5' B 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
OP2 B 0, 0.000, 0.118, 0.236, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.118 std_dev=0.118

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
N2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01
C2 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03
C2' 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.02
C3' 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02
C4' 0.03 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02
C5' 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02
C8 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01
N1 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.03
N2 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.05 0.03
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01
N9 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01
O2' 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.03 0.10 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.08 0.05 0.07 0.06
O3' 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00
O4' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03
OP1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
OP2 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02
C5' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02
C8 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.01 0.05 0.02
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02
N7 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.10 0.06
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.05 0.04
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
O5' 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.05 0.07 0.05 0.05 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.04 0.05 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00