ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50031

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.209, 0.419, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C2' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
O2' A 0, 0.000, 0.216, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.216 std_dev=0.216
C4' A 0, 0.000, 0.307, 0.615, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.307 std_dev=0.307
C3' A 0, 0.000, 0.331, 0.663, 0.663 max_d=0.663 avg_d=0.331 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
C2 B 0, 0.000, 0.421, 0.843, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.421 std_dev=0.421
O5' A 0, 0.000, 0.464, 0.929, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.464 std_dev=0.464
O3' A 0, 0.000, 0.474, 0.947, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.474 std_dev=0.474
C5' A 0, 0.000, 0.516, 1.031, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.516 std_dev=0.516
C4 B 0, 0.000, 0.517, 1.035, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.517 std_dev=0.517
C2' B 0, 0.000, 0.591, 1.181, 1.181 max_d=1.181 avg_d=0.591 std_dev=0.591
N9 B 0, 0.000, 0.599, 1.197, 1.197 max_d=1.197 avg_d=0.599 std_dev=0.599
N1 B 0, 0.000, 0.635, 1.270, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.635 std_dev=0.635
C5 B 0, 0.000, 0.661, 1.322, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.661 std_dev=0.661
C8 B 0, 0.000, 0.689, 1.379, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.689 std_dev=0.689
P A 0, 0.000, 0.692, 1.384, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.692 std_dev=0.692
C1' B 0, 0.000, 0.696, 1.392, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.696 std_dev=0.696
OP2 A 0, 0.000, 0.745, 1.490, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.745 std_dev=0.745
N7 B 0, 0.000, 0.754, 1.507, 1.507 max_d=1.507 avg_d=0.754 std_dev=0.754
C6 B 0, 0.000, 0.758, 1.515, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.758 std_dev=0.758
OP1 A 0, 0.000, 0.812, 1.625, 1.625 max_d=1.625 avg_d=0.812 std_dev=0.812
C3' B 0, 0.000, 0.909, 1.819, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.909 std_dev=0.909
O4' B 0, 0.000, 0.927, 1.854, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.927 std_dev=0.927
C4' B 0, 0.000, 0.941, 1.881, 1.881 max_d=1.881 avg_d=0.941 std_dev=0.941
N6 B 0, 0.000, 0.998, 1.996, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.998 std_dev=0.998
C5' B 0, 0.000, 1.026, 2.052, 2.052 max_d=2.052 avg_d=1.026 std_dev=1.026
O3' B 0, 0.000, 1.081, 2.163, 2.163 max_d=2.163 avg_d=1.081 std_dev=1.081
O2' B 0, 0.000, 1.165, 2.330, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.165 std_dev=1.165
OP2 B 0, 0.000, 1.913, 3.826, 3.826 max_d=3.826 avg_d=1.913 std_dev=1.913
O5' B 0, 0.000, 1.982, 3.964, 3.964 max_d=3.964 avg_d=1.982 std_dev=1.982
P B 0, 0.000, 2.448, 4.896, 4.896 max_d=4.896 avg_d=2.448 std_dev=2.448
OP1 B 0, 0.000, 3.296, 6.593, 6.593 max_d=6.593 avg_d=3.296 std_dev=3.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00
C2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.06 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.09 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.03 0.00 0.01 0.04 0.02
C8 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03
N1 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03
N2 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.12 0.07 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04
N3 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.04 0.02
N7 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01
N9 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01
O2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
O3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.04 0.02 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.12 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.00 0.00 0.01
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01
O5' 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02
OP1 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.46 0.09 0.22 0.52 0.10 0.55 0.12 0.47 0.34 0.21 0.29 0.10 0.60 0.07 0.29 0.21 0.49 0.61 0.61 0.92 0.24 0.38
C2 0.40 0.23 0.29 0.32 0.12 0.30 0.39 0.08 0.53 0.13 0.43 0.04 0.69 0.41 0.07 0.54 0.23 0.36 0.22 0.43 0.38 0.55
C2' 0.54 0.04 0.27 0.68 0.17 0.74 0.04 0.71 0.28 0.34 0.24 0.15 0.55 0.04 0.38 0.19 0.69 0.76 1.02 1.54 0.63 0.88
C3' 0.62 0.09 0.38 0.80 0.32 0.82 0.18 0.79 0.07 0.52 0.08 0.27 0.32 0.31 0.51 0.22 0.80 0.82 1.15 1.73 0.79 1.07
C4 0.48 0.13 0.31 0.46 0.06 0.45 0.22 0.30 0.46 0.13 0.37 0.08 0.70 0.19 0.26 0.37 0.36 0.52 0.27 0.30 0.04 0.02
C4' 0.56 0.06 0.32 0.68 0.27 0.69 0.13 0.64 0.09 0.43 0.09 0.23 0.31 0.23 0.44 0.22 0.67 0.71 0.89 1.39 0.55 0.76
C5 0.47 0.11 0.36 0.45 0.10 0.39 0.18 0.23 0.44 0.16 0.37 0.11 0.68 0.12 0.28 0.39 0.29 0.43 0.21 0.22 0.05 0.05
C5' 0.61 0.16 0.39 0.74 0.37 0.71 0.27 0.66 0.06 0.53 0.02 0.32 0.13 0.37 0.52 0.26 0.71 0.73 0.92 1.39 0.59 0.80
C6 0.42 0.17 0.38 0.37 0.01 0.27 0.26 0.10 0.48 0.05 0.43 0.06 0.64 0.20 0.19 0.49 0.18 0.30 0.03 0.13 0.21 0.27
C8 0.49 0.03 0.32 0.53 0.20 0.49 0.00 0.38 0.28 0.31 0.24 0.17 0.58 0.08 0.36 0.24 0.41 0.54 0.52 0.73 0.19 0.30
N1 0.38 0.23 0.35 0.30 0.11 0.22 0.37 0.02 0.53 0.10 0.45 0.03 0.67 0.35 0.08 0.57 0.15 0.25 0.24 0.43 0.36 0.51
N2 0.29 0.26 0.23 0.21 0.20 0.19 0.44 0.06 0.54 0.26 0.44 0.10 0.68 0.47 0.05 0.60 0.16 0.24 0.56 0.90 0.61 0.90
N3 0.45 0.18 0.27 0.41 0.04 0.42 0.32 0.25 0.50 0.01 0.40 0.02 0.70 0.33 0.16 0.43 0.34 0.50 0.09 0.00 0.19 0.26
N7 0.48 0.03 0.36 0.50 0.19 0.43 0.02 0.30 0.31 0.27 0.28 0.18 0.60 0.05 0.35 0.30 0.34 0.46 0.38 0.49 0.09 0.16
N9 0.49 0.08 0.28 0.52 0.12 0.51 0.11 0.40 0.36 0.23 0.30 0.12 0.64 0.05 0.32 0.27 0.43 0.57 0.49 0.67 0.14 0.24
O2' 0.43 0.12 0.13 0.56 0.05 0.67 0.16 0.67 0.36 0.16 0.30 0.05 0.59 0.13 0.23 0.09 0.64 0.69 0.97 1.62 0.62 0.87
O3' 0.65 0.15 0.40 0.88 0.37 0.91 0.25 0.92 0.02 0.58 0.00 0.32 0.19 0.38 0.55 0.20 0.94 0.88 1.35 2.08 1.04 1.37
O4' 0.49 0.02 0.25 0.55 0.17 0.55 0.00 0.47 0.22 0.30 0.19 0.16 0.45 0.07 0.34 0.23 0.51 0.60 0.61 0.94 0.26 0.40
O5' 0.64 0.21 0.45 0.77 0.43 0.72 0.34 0.66 0.13 0.58 0.08 0.37 0.06 0.45 0.57 0.29 0.70 0.73 0.92 1.33 0.58 0.79
O6 0.37 0.16 0.41 0.34 0.03 0.20 0.20 0.05 0.41 0.05 0.40 0.08 0.55 0.14 0.18 0.50 0.11 0.20 0.08 0.18 0.22 0.29
OP1 0.66 0.28 0.49 0.82 0.49 0.75 0.44 0.70 0.28 0.64 0.20 0.42 0.17 0.55 0.61 0.29 0.76 0.74 0.98 1.44 0.68 0.90
OP2 0.63 0.30 0.52 0.77 0.49 0.66 0.46 0.58 0.31 0.62 0.22 0.42 0.20 0.55 0.59 0.31 0.65 0.65 0.82 1.16 0.52 0.70
P 0.63 0.26 0.48 0.77 0.46 0.68 0.40 0.61 0.23 0.60 0.16 0.40 0.09 0.50 0.58 0.30 0.68 0.69 0.85 1.23 0.54 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.00 0.10 0.16 0.04 0.04
C2 0.01 0.00 0.19 0.17 0.01 0.03 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.14 0.05 0.14 0.09 0.00
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.08 0.01 0.01 0.16 0.05 0.16 0.13 0.19 0.01 0.10 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.11 0.03
C3' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.17 0.00 0.21 0.02 0.22 0.16 0.21 0.15 0.22 0.20 0.14 0.01 0.00 0.01 0.24 0.24 0.12 0.25
C4 0.01 0.01 0.08 0.17 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.15 0.28 0.04 0.08
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.21 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.24 0.07 0.05 0.24 0.44 0.02 0.16
C5' 0.07 0.12 0.16 0.02 0.09 0.00 0.08 0.00 0.10 0.03 0.11 0.11 0.10 0.04 0.07 0.07 0.14 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00
C6 0.02 0.00 0.05 0.22 0.01 0.00 0.01 0.10 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.22 0.07 0.08 0.19 0.40 0.05 0.12
C8 0.01 0.02 0.16 0.16 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.29 0.09 0.06 0.37 0.59 0.03 0.27
N1 0.01 0.00 0.13 0.21 0.01 0.02 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.02 0.12 0.11 0.26 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.19 0.15 0.00 0.03 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.13 0.05 0.13 0.08 0.00
N6 0.03 0.00 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.10 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.28 0.12 0.07 0.23 0.49 0.04 0.16
N7 0.01 0.01 0.10 0.20 0.00 0.06 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.31 0.13 0.02 0.36 0.64 0.02 0.27
N9 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.17 0.03 0.01 0.21 0.33 0.02 0.13
O2' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.13 0.23 0.24 0.07 0.22 0.29 0.12 0.00 0.28 0.31 0.17 0.00 0.02 0.15 0.21 0.22 0.07 0.16
O3' 0.20 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.07 0.14 0.07 0.09 0.02 0.10 0.12 0.13 0.03 0.02 0.00 0.15 0.27 0.26 0.39 0.39
O4' 0.00 0.14 0.01 0.01 0.08 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.12 0.13 0.07 0.02 0.01 0.15 0.15 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03
O5' 0.10 0.05 0.09 0.24 0.15 0.01 0.24 0.00 0.19 0.37 0.11 0.05 0.23 0.36 0.21 0.21 0.27 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.14 0.12 0.24 0.28 0.01 0.44 0.04 0.40 0.59 0.26 0.13 0.49 0.64 0.33 0.22 0.26 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.09 0.11 0.12 0.04 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.07 0.08 0.04 0.02 0.02 0.07 0.39 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.00 0.03 0.25 0.08 0.00 0.16 0.00 0.12 0.27 0.05 0.00 0.16 0.27 0.13 0.16 0.39 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00