ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50032

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C8 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O6 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.000, 0.012, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C2' A 0, 0.000, 0.027, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.027 std_dev=0.027
O4' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C3' A 0, 0.000, 0.052, 0.104, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
OP1 B 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
P B 0, 0.000, 0.069, 0.139, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.069 std_dev=0.069
O3' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C5' A 0, 0.000, 0.087, 0.174, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O5' B 0, 0.000, 0.087, 0.175, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.087 std_dev=0.087
O3' B 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP2 B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP1 A 0, 0.000, 0.104, 0.208, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.104 std_dev=0.104
C3' B 0, 0.000, 0.120, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.120 std_dev=0.120
O5' A 0, 0.000, 0.133, 0.267, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.133 std_dev=0.133
C5' B 0, 0.000, 0.135, 0.270, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.135 std_dev=0.135
P A 0, 0.000, 0.139, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.139 std_dev=0.139
C4' B 0, 0.000, 0.145, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.145 std_dev=0.145
OP2 A 0, 0.000, 0.177, 0.354, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O4' B 0, 0.000, 0.180, 0.360, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.180 std_dev=0.180
C8 B 0, 0.000, 0.180, 0.361, 0.361 max_d=0.361 avg_d=0.180 std_dev=0.180
N7 B 0, 0.000, 0.188, 0.376, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.188 std_dev=0.188
N9 B 0, 0.000, 0.199, 0.397, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C1' B 0, 0.000, 0.201, 0.403, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.201 std_dev=0.201
C2' B 0, 0.000, 0.206, 0.413, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.206 std_dev=0.206
C5 B 0, 0.000, 0.209, 0.418, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.209 std_dev=0.209
C4 B 0, 0.000, 0.215, 0.431, 0.431 max_d=0.431 avg_d=0.215 std_dev=0.215
N6 B 0, 0.000, 0.225, 0.450, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.225 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.000, 0.226, 0.452, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.226 std_dev=0.226
N3 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
N1 B 0, 0.000, 0.247, 0.493, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.247 std_dev=0.247
C2 B 0, 0.000, 0.251, 0.503, 0.503 max_d=0.503 avg_d=0.251 std_dev=0.251
O2' B 0, 0.000, 0.262, 0.524, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.262 std_dev=0.262

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C8 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
N2 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03
N9 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02
OP1 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01 0.01 0.01
C2 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.09 0.05 0.09 0.08 0.00 0.08 0.03 0.09 0.04 0.00 0.06 0.06 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00
C2' 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.09 0.08 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02
C3' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C4 0.06 0.02 0.05 0.05 0.00 0.09 0.03 0.09 0.05 0.01 0.05 0.00 0.07 0.02 0.02 0.07 0.06 0.09 0.04 0.01 0.03 0.00
C4' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00
C5 0.09 0.02 0.07 0.06 0.04 0.10 0.01 0.09 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.02 0.06 0.09 0.06 0.11 0.04 0.00 0.03 0.00
C5' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.09 0.03 0.08 0.06 0.05 0.10 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.05 0.02 0.07 0.11 0.06 0.11 0.03 0.00 0.03 0.00
C8 0.08 0.02 0.07 0.07 0.04 0.09 0.02 0.09 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.06 0.08 0.07 0.10 0.05 0.00 0.02 0.01
N1 0.07 0.01 0.06 0.05 0.02 0.10 0.02 0.09 0.05 0.02 0.05 0.02 0.08 0.01 0.04 0.09 0.06 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00
N2 0.03 0.08 0.02 0.04 0.04 0.09 0.06 0.09 0.09 0.02 0.10 0.05 0.10 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.03 0.02 0.03 0.00
N3 0.03 0.06 0.03 0.04 0.03 0.09 0.06 0.09 0.08 0.01 0.08 0.03 0.09 0.04 0.01 0.05 0.06 0.08 0.03 0.01 0.03 0.00
N7 0.10 0.04 0.09 0.07 0.07 0.10 0.05 0.08 0.02 0.08 0.02 0.06 0.01 0.05 0.08 0.10 0.07 0.11 0.04 0.00 0.02 0.00
N9 0.05 0.02 0.05 0.06 0.00 0.09 0.02 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.06 0.02 0.02 0.06 0.06 0.09 0.05 0.01 0.02 0.01
O2' 0.05 0.08 0.02 0.03 0.07 0.05 0.08 0.10 0.09 0.07 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.03 0.06 0.02 0.04 0.04 0.00 0.02
O3' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.06 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.08 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.04 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00
O5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03
O6 0.11 0.07 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.08 0.03 0.07 0.04 0.09 0.02 0.05 0.09 0.12 0.06 0.12 0.03 0.01 0.04 0.01
OP1 0.03 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.05 0.03
P 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.07
C8 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.05 0.05 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.05 0.05 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.06 0.07 0.08 0.08
N7 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.06 0.07 0.07
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02
O3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.03 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
O5' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.05 0.05 0.03 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.06 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.08 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.07 0.06 0.06 0.04 0.08 0.07 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00