ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50047

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 9, 8, 8, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.010, 0.021, 0.033, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.008, 0.024, 0.041, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.024 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.010, 0.030, 0.049, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.005, 0.024, 0.044, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C2 A 0, -0.002, 0.019, 0.039, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.019 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.013, 0.037, 0.062, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.017, 0.042, 0.067, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.042 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.001, 0.027, 0.052, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.027 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.016, 0.046, 0.077, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.046 std_dev=0.031
N2 A 0, 0.000, 0.040, 0.080, 0.187 max_d=0.187 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C6 B 0, 0.220, 0.363, 0.506, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.363 std_dev=0.143
N1 B 0, 0.206, 0.355, 0.505, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.355 std_dev=0.150
C2 B 0, 0.245, 0.406, 0.566, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.406 std_dev=0.161
N3 B 0, 0.280, 0.443, 0.607, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.443 std_dev=0.164
C5 B 0, 0.233, 0.409, 0.585, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.409 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.255, 0.437, 0.619, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.437 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.280, 0.492, 0.705, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.492 std_dev=0.213
O2 B 0, 0.319, 0.549, 0.778, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.549 std_dev=0.229
O4' A 0, -0.039, 0.215, 0.469, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.215 std_dev=0.254
N4 B 0, 0.325, 0.591, 0.857, 1.305 max_d=1.305 avg_d=0.591 std_dev=0.266
C2' A 0, -0.022, 0.246, 0.514, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.246 std_dev=0.268
O4' B 0, 0.251, 0.565, 0.878, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.565 std_dev=0.314
C2' B 0, 0.310, 0.635, 0.960, 1.487 max_d=1.487 avg_d=0.635 std_dev=0.325
C3' B 0, 0.301, 0.628, 0.954, 1.564 max_d=1.564 avg_d=0.628 std_dev=0.327
O2' A 0, 0.114, 0.444, 0.774, 1.725 max_d=1.725 avg_d=0.444 std_dev=0.330
C4' A 0, 0.099, 0.447, 0.794, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.447 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.275, 0.623, 0.971, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.623 std_dev=0.348
O3' B 0, 0.392, 0.790, 1.187, 1.830 max_d=1.830 avg_d=0.790 std_dev=0.397
C3' A 0, 0.012, 0.428, 0.845, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.428 std_dev=0.416
C5' B 0, 0.312, 0.750, 1.187, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.750 std_dev=0.437
O2' B 0, 0.368, 0.942, 1.516, 3.132 max_d=3.132 avg_d=0.942 std_dev=0.574
C5' A 0, 0.320, 0.914, 1.508, 3.233 max_d=3.233 avg_d=0.914 std_dev=0.594
O5' A 0, 0.454, 1.066, 1.677, 2.813 max_d=2.813 avg_d=1.066 std_dev=0.612
O3' A 0, 0.030, 0.657, 1.284, 3.009 max_d=3.009 avg_d=0.657 std_dev=0.627
O5' B 0, -0.198, 0.737, 1.671, 4.317 max_d=4.317 avg_d=0.737 std_dev=0.935
P A 0, 0.614, 1.677, 2.741, 4.816 max_d=4.816 avg_d=1.677 std_dev=1.063
OP2 A 0, 0.792, 2.076, 3.360, 5.787 max_d=5.787 avg_d=2.076 std_dev=1.284
P B 0, -0.430, 0.917, 2.264, 6.148 max_d=6.148 avg_d=0.917 std_dev=1.347
OP1 B 0, -0.232, 1.119, 2.471, 6.503 max_d=6.503 avg_d=1.119 std_dev=1.351
OP1 A 0, 0.716, 2.075, 3.433, 5.276 max_d=5.276 avg_d=2.075 std_dev=1.359
OP2 B 0, -0.780, 1.217, 3.213, 8.714 max_d=8.714 avg_d=1.217 std_dev=1.997

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.24 0.04 0.34 0.48 0.26
C2 0.06 0.00 0.21 0.25 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.28 0.08 0.48 0.01 0.65 0.81 0.53
C2' 0.00 0.21 0.00 0.01 0.11 0.02 0.08 0.07 0.11 0.11 0.17 0.26 0.21 0.09 0.04 0.01 0.04 0.01 0.29 0.10 0.37 0.40 0.27
C3' 0.01 0.25 0.01 0.00 0.18 0.01 0.19 0.03 0.22 0.19 0.24 0.29 0.23 0.20 0.12 0.02 0.01 0.03 0.31 0.22 0.44 0.32 0.28
C4 0.03 0.01 0.11 0.18 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.15 0.16 0.04 0.49 0.02 0.62 0.76 0.49
C4' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.12 0.06 0.13 0.03 0.00 0.02 0.11 0.23 0.34 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.09 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.17 0.03 0.61 0.02 0.76 0.92 0.61
C5' 0.04 0.17 0.07 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.24 0.22 0.21 0.17 0.14 0.25 0.14 0.09 0.10 0.02 0.01 0.26 0.29 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.22 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.18 0.21 0.05 0.63 0.01 0.83 1.00 0.67
C8 0.01 0.01 0.11 0.19 0.00 0.11 0.01 0.22 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.11 0.18 0.06 0.58 0.03 0.68 0.82 0.54
N1 0.05 0.01 0.17 0.24 0.02 0.09 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.22 0.25 0.06 0.57 0.01 0.77 0.93 0.62
N2 0.08 0.01 0.26 0.29 0.02 0.11 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.28 0.34 0.10 0.44 0.02 0.63 0.79 0.51
N3 0.06 0.01 0.21 0.23 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.21 0.25 0.08 0.42 0.01 0.56 0.71 0.45
N7 0.01 0.01 0.09 0.20 0.01 0.12 0.00 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.19 0.04 0.65 0.03 0.81 0.97 0.64
N9 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.06 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.09 0.02 0.45 0.03 0.53 0.67 0.42
O2' 0.01 0.24 0.01 0.02 0.15 0.13 0.15 0.09 0.18 0.11 0.22 0.28 0.21 0.13 0.09 0.00 0.07 0.09 0.12 0.18 0.28 0.35 0.16
O3' 0.12 0.28 0.04 0.01 0.16 0.03 0.17 0.10 0.21 0.18 0.25 0.34 0.25 0.19 0.09 0.07 0.00 0.09 0.28 0.22 0.58 0.42 0.35
O4' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.06 0.10 0.08 0.04 0.02 0.09 0.09 0.00 0.18 0.05 0.32 0.50 0.28
O5' 0.24 0.48 0.29 0.31 0.49 0.02 0.61 0.01 0.63 0.58 0.57 0.44 0.42 0.65 0.45 0.12 0.28 0.18 0.00 0.68 0.03 0.02 0.01
O6 0.04 0.01 0.10 0.22 0.02 0.11 0.02 0.26 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.18 0.22 0.05 0.68 0.00 0.91 1.09 0.73
OP1 0.34 0.65 0.37 0.44 0.62 0.23 0.76 0.29 0.83 0.68 0.77 0.63 0.56 0.81 0.53 0.28 0.58 0.32 0.03 0.91 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.81 0.40 0.32 0.76 0.34 0.92 0.39 1.00 0.82 0.93 0.79 0.71 0.97 0.67 0.35 0.42 0.50 0.02 1.09 0.01 0.00 0.01
P 0.26 0.53 0.27 0.28 0.49 0.10 0.61 0.02 0.67 0.54 0.62 0.51 0.45 0.64 0.42 0.16 0.35 0.28 0.01 0.73 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.19 0.32 0.36 0.27 0.43 0.24 0.49 0.18 0.20 0.22 0.38 0.23 0.38 0.39 0.42 0.56 0.24 0.89 0.62
C2 0.24 0.19 0.21 0.24 0.15 0.27 0.16 0.31 0.19 0.18 0.19 0.22 0.25 0.24 0.24 0.28 0.39 0.35 0.61 0.35
C2' 0.49 0.32 0.52 0.56 0.26 0.63 0.26 0.67 0.30 0.37 0.26 0.31 0.37 0.57 0.59 0.60 0.75 0.32 0.93 0.73
C3' 0.59 0.46 0.69 0.75 0.38 0.76 0.40 0.84 0.48 0.51 0.40 0.36 0.49 0.70 0.79 0.67 0.96 0.66 1.24 1.07
C4 0.24 0.18 0.22 0.27 0.24 0.32 0.18 0.38 0.17 0.16 0.24 0.34 0.22 0.24 0.27 0.32 0.57 0.32 0.91 0.60
C4' 0.45 0.33 0.56 0.64 0.36 0.67 0.36 0.79 0.35 0.36 0.32 0.43 0.34 0.57 0.70 0.56 0.86 0.66 1.21 1.03
C5 0.21 0.20 0.20 0.26 0.23 0.30 0.17 0.37 0.19 0.16 0.26 0.36 0.23 0.21 0.26 0.30 0.64 0.43 1.09 0.73
C5' 0.50 0.44 0.64 0.72 0.53 0.72 0.52 0.86 0.48 0.45 0.48 0.61 0.42 0.64 0.79 0.58 1.00 0.94 1.54 1.26
C6 0.21 0.21 0.19 0.24 0.16 0.26 0.18 0.32 0.21 0.18 0.24 0.26 0.27 0.20 0.23 0.27 0.59 0.44 1.00 0.66
C8 0.24 0.20 0.25 0.31 0.30 0.37 0.22 0.46 0.19 0.18 0.28 0.45 0.21 0.28 0.33 0.36 0.74 0.49 1.28 0.89
N1 0.23 0.20 0.20 0.24 0.13 0.26 0.19 0.29 0.21 0.19 0.19 0.21 0.27 0.22 0.22 0.27 0.47 0.38 0.76 0.48
N2 0.27 0.21 0.26 0.26 0.17 0.29 0.18 0.32 0.20 0.20 0.20 0.22 0.28 0.30 0.26 0.29 0.28 0.44 0.46 0.24
N3 0.25 0.18 0.22 0.26 0.20 0.30 0.17 0.35 0.16 0.16 0.21 0.27 0.23 0.26 0.26 0.30 0.42 0.30 0.66 0.39
N7 0.22 0.20 0.22 0.28 0.28 0.33 0.18 0.41 0.19 0.17 0.29 0.42 0.23 0.24 0.30 0.32 0.74 0.53 1.30 0.89
N9 0.26 0.19 0.26 0.31 0.28 0.37 0.22 0.44 0.17 0.18 0.25 0.40 0.21 0.29 0.33 0.36 0.63 0.34 1.04 0.72
O2' 0.51 0.40 0.53 0.55 0.42 0.60 0.43 0.60 0.40 0.41 0.39 0.46 0.44 0.61 0.58 0.58 0.47 0.18 0.61 0.39
O3' 0.69 0.53 0.84 0.92 0.39 0.89 0.42 0.99 0.53 0.59 0.45 0.33 0.57 0.84 0.99 0.75 1.03 0.90 1.18 1.19
O4' 0.30 0.19 0.35 0.42 0.31 0.49 0.27 0.59 0.20 0.20 0.25 0.43 0.21 0.39 0.46 0.43 0.67 0.39 1.05 0.80
O5' 0.62 0.66 0.77 0.76 0.77 0.72 0.73 0.83 0.65 0.63 0.73 0.85 0.64 0.77 0.79 0.62 1.06 0.95 1.69 1.31
O6 0.21 0.23 0.19 0.24 0.16 0.25 0.22 0.31 0.22 0.19 0.25 0.23 0.29 0.21 0.23 0.26 0.63 0.50 1.09 0.73
OP1 0.87 0.90 1.10 1.08 1.00 0.99 0.94 1.11 0.88 0.86 0.97 1.10 0.88 1.14 1.13 0.83 1.33 1.41 2.05 1.64
OP2 0.84 1.00 1.01 0.89 1.14 0.79 1.03 0.86 0.91 0.91 1.11 1.26 0.99 1.07 0.91 0.72 1.19 1.19 1.99 1.49
P 0.70 0.78 0.91 0.87 0.91 0.78 0.84 0.89 0.75 0.73 0.87 1.01 0.76 0.94 0.90 0.65 1.17 1.12 1.90 1.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.09 0.00 0.20 0.30 0.33 0.20
C2 0.03 0.00 0.10 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.12 0.04 0.37 0.46 0.56 0.40
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.07 0.02 0.12 0.09 0.14 0.03 0.07 0.08 0.20 0.00 0.02 0.01 0.28 0.37 0.39 0.30
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.13 0.01 0.13 0.03 0.13 0.09 0.15 0.14 0.19 0.02 0.01 0.01 0.24 0.36 0.23 0.21
C4 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.13 0.03 0.55 0.64 0.97 0.66
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.07 0.06 0.13 0.03 0.01 0.02 0.17 0.27 0.08
C5 0.02 0.01 0.12 0.13 0.00 0.07 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.15 0.04 0.59 0.64 1.03 0.71
C5' 0.05 0.10 0.09 0.03 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.09 0.13 0.17 0.09 0.06 0.09 0.02 0.01 0.17 0.13 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.13 0.01 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.13 0.05 0.52 0.52 0.79 0.57
N1 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.06 0.02 0.37 0.42 0.53 0.38
N3 0.02 0.00 0.07 0.15 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.04 0.46 0.56 0.76 0.53
N4 0.02 0.01 0.08 0.14 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.18 0.16 0.04 0.59 0.70 1.11 0.75
O2 0.05 0.01 0.20 0.19 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.14 0.18 0.06 0.27 0.41 0.40 0.28
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.17 0.13 0.20 0.06 0.17 0.08 0.12 0.18 0.14 0.00 0.05 0.09 0.18 0.30 0.54 0.29
O3' 0.09 0.12 0.02 0.01 0.13 0.03 0.15 0.09 0.13 0.06 0.13 0.16 0.18 0.05 0.00 0.07 0.22 0.39 0.26 0.18
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.04 0.06 0.09 0.07 0.00 0.12 0.25 0.35 0.17
O5' 0.20 0.37 0.28 0.24 0.55 0.02 0.59 0.01 0.52 0.37 0.46 0.59 0.27 0.18 0.22 0.12 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.30 0.46 0.37 0.36 0.64 0.17 0.64 0.17 0.52 0.42 0.56 0.70 0.41 0.30 0.39 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.56 0.39 0.23 0.97 0.27 1.03 0.13 0.79 0.53 0.76 1.11 0.40 0.54 0.26 0.35 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.40 0.30 0.21 0.66 0.08 0.71 0.02 0.57 0.38 0.53 0.75 0.28 0.29 0.18 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00