Doublet Group distance statistics: 50048

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 1, 0, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C2	A	0, 0.001, 0.009, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N1	A	0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C5	A	0, 0.002, 0.012, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3	A	0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C4	A	0, 0.003, 0.016, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N2	A	0, 0.003, 0.016, 0.029, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.013
N9	A	0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.015
O6	A	0, 0.006, 0.022, 0.038, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7	A	0, 0.003, 0.022, 0.040, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.022 std_dev=0.018
C8	A	0, 0.006, 0.028, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.028 std_dev=0.022
N1	B	0, 0.158, 0.315, 0.472, 0.649 max_d=0.649 avg_d=0.315 std_dev=0.157
C6	B	0, 0.370, 0.582, 0.795, 0.789 max_d=0.789 avg_d=0.582 std_dev=0.213
C2'	A	0, 0.179, 0.488, 0.797, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.488 std_dev=0.309
O4'	A	0, 0.161, 0.471, 0.781, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.471 std_dev=0.310
O2'	A	0, 0.224, 0.536, 0.848, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.536 std_dev=0.312
C5	B	0, 0.508, 0.872, 1.236, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.872 std_dev=0.364
C2	B	0, 0.430, 0.803, 1.175, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.803 std_dev=0.373
C1'	B	0, 0.223, 0.680, 1.137, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.680 std_dev=0.457
C4	B	0, 0.579, 1.048, 1.517, 1.804 max_d=1.804 avg_d=1.048 std_dev=0.469
C4'	A	0, 0.242, 0.723, 1.205, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.723 std_dev=0.482
N3	B	0, 0.617, 1.108, 1.598, 1.989 max_d=1.989 avg_d=1.108 std_dev=0.490
C3'	A	0, 0.269, 0.773, 1.276, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.773 std_dev=0.503
C2'	B	0, 0.158, 0.666, 1.174, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.666 std_dev=0.508
OP2	B	0, 0.556, 1.100, 1.644, 1.843 max_d=1.843 avg_d=1.100 std_dev=0.544
O5'	B	0, 0.477, 1.060, 1.643, 1.795 max_d=1.795 avg_d=1.060 std_dev=0.583
O2	B	0, 0.675, 1.262, 1.848, 2.259 max_d=2.259 avg_d=1.262 std_dev=0.587
OP1	B	0, 0.482, 1.072, 1.663, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.072 std_dev=0.590
P	B	0, 0.391, 1.022, 1.653, 1.857 max_d=1.857 avg_d=1.022 std_dev=0.631
C3'	B	0, 0.320, 0.955, 1.589, 1.901 max_d=1.901 avg_d=0.955 std_dev=0.635
O4'	B	0, 0.390, 1.039, 1.687, 1.908 max_d=1.908 avg_d=1.039 std_dev=0.648
O3'	A	0, 0.369, 1.036, 1.703, 2.029 max_d=2.029 avg_d=1.036 std_dev=0.667
O2'	B	0, 0.387, 1.079, 1.772, 2.118 max_d=2.118 avg_d=1.079 std_dev=0.692
N4	B	0, 0.870, 1.565, 2.261, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.565 std_dev=0.695
O5'	A	0, 0.287, 1.019, 1.751, 2.132 max_d=2.132 avg_d=1.019 std_dev=0.732
O3'	B	0, 0.402, 1.175, 1.948, 2.449 max_d=2.449 avg_d=1.175 std_dev=0.773
C4'	B	0, 0.545, 1.357, 2.169, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.357 std_dev=0.812
C5'	A	0, 0.431, 1.273, 2.115, 2.497 max_d=2.497 avg_d=1.273 std_dev=0.842
P	A	0, 0.303, 1.301, 2.299, 3.510 max_d=3.510 avg_d=1.301 std_dev=0.998
C5'	B	0, 0.773, 1.794, 2.816, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.794 std_dev=1.022
OP2	A	0, 0.322, 1.353, 2.384, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.353 std_dev=1.031
OP1	A	0, 0.344, 1.893, 3.443, 4.402 max_d=4.402 avg_d=1.893 std_dev=1.550

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.19	0.01	0.47	0.49	0.28
C2	0.02	0.00	0.17	0.27	0.01	0.15	0.01	0.25	0.00	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.11	0.32	0.03	0.52	0.00	1.08	0.66	0.62
C2'	0.00	0.17	0.00	0.01	0.09	0.01	0.05	0.02	0.08	0.07	0.13	0.20	0.17	0.05	0.02	0.00	0.01	0.01	0.24	0.07	0.35	0.40	0.25
C3'	0.01	0.27	0.01	0.00	0.15	0.00	0.11	0.02	0.16	0.10	0.24	0.32	0.25	0.06	0.04	0.02	0.01	0.01	0.33	0.14	0.33	0.35	0.26
C4	0.01	0.01	0.09	0.15	0.00	0.10	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.05	0.16	0.02	0.48	0.01	0.99	0.55	0.55
C4'	0.00	0.15	0.01	0.00	0.10	0.00	0.11	0.01	0.13	0.06	0.15	0.16	0.13	0.07	0.05	0.05	0.02	0.00	0.02	0.13	0.13	0.40	0.09
C5	0.01	0.01	0.05	0.11	0.00	0.11	0.00	0.22	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.05	0.11	0.03	0.57	0.01	1.21	0.59	0.65
C5'	0.03	0.25	0.02	0.02	0.19	0.01	0.22	0.00	0.26	0.12	0.27	0.26	0.21	0.17	0.12	0.05	0.04	0.01	0.01	0.27	0.26	0.38	0.01
C6	0.01	0.00	0.08	0.16	0.01	0.13	0.01	0.26	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.07	0.18	0.03	0.61	0.00	1.31	0.68	0.71
C8	0.01	0.01	0.07	0.10	0.00	0.06	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.04	0.11	0.03	0.47	0.02	1.00	0.45	0.51
N1	0.02	0.00	0.13	0.24	0.01	0.15	0.01	0.27	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.27	0.03	0.59	0.00	1.24	0.71	0.70
N2	0.03	0.00	0.20	0.32	0.01	0.16	0.01	0.26	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.13	0.40	0.03	0.51	0.01	1.04	0.69	0.61
N3	0.02	0.00	0.17	0.25	0.00	0.13	0.00	0.21	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.10	0.28	0.02	0.45	0.01	0.93	0.59	0.53
N7	0.01	0.01	0.05	0.06	0.00	0.07	0.00	0.17	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.08	0.04	0.56	0.02	1.24	0.51	0.63
N9	0.00	0.01	0.02	0.04	0.00	0.05	0.01	0.12	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.39	0.02	0.82	0.48	0.44
O2'	0.01	0.11	0.00	0.02	0.05	0.05	0.05	0.05	0.07	0.04	0.09	0.13	0.10	0.04	0.02	0.00	0.03	0.05	0.07	0.06	0.16	0.40	0.13
O3'	0.01	0.32	0.01	0.01	0.16	0.02	0.11	0.04	0.18	0.11	0.27	0.40	0.28	0.08	0.04	0.03	0.00	0.02	0.29	0.16	0.40	0.34	0.25
O4'	0.01	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.03	0.03	0.03	0.02	0.04	0.01	0.05	0.02	0.00	0.12	0.04	0.28	0.58	0.23
O5'	0.19	0.52	0.24	0.33	0.48	0.02	0.57	0.01	0.61	0.47	0.59	0.51	0.45	0.56	0.39	0.07	0.29	0.12	0.00	0.65	0.01	0.02	0.01
O6	0.01	0.00	0.07	0.14	0.01	0.13	0.01	0.27	0.00	0.02	0.00	0.01	0.01	0.02	0.02	0.06	0.16	0.04	0.65	0.00	1.42	0.72	0.76
OP1	0.47	1.08	0.35	0.33	0.99	0.13	1.21	0.26	1.31	1.00	1.24	1.04	0.93	1.24	0.82	0.16	0.40	0.28	0.01	1.42	0.00	0.01	0.00
OP2	0.49	0.66	0.40	0.35	0.55	0.40	0.59	0.38	0.68	0.45	0.71	0.69	0.59	0.51	0.48	0.40	0.34	0.58	0.02	0.72	0.01	0.00	0.01
P	0.28	0.62	0.25	0.26	0.55	0.09	0.65	0.01	0.71	0.51	0.70	0.61	0.53	0.63	0.44	0.13	0.25	0.23	0.01	0.76	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.30	0.20	0.21	0.18	0.14	0.21	0.19	0.31	0.11	0.18	0.12	0.22	0.29	0.35	0.22	0.27	0.25	0.04	0.10	0.08
C2	0.21	0.18	0.21	0.21	0.13	0.27	0.19	0.36	0.18	0.13	0.16	0.19	0.28	0.28	0.21	0.25	0.32	0.29	0.23	0.26
C2'	0.24	0.13	0.18	0.21	0.14	0.20	0.19	0.33	0.13	0.13	0.09	0.21	0.19	0.29	0.26	0.24	0.31	0.11	0.17	0.16
C3'	0.23	0.28	0.22	0.31	0.40	0.18	0.43	0.29	0.36	0.27	0.33	0.45	0.24	0.19	0.33	0.23	0.08	0.01	0.05	0.01
C4	0.21	0.17	0.15	0.11	0.11	0.15	0.16	0.25	0.10	0.14	0.12	0.19	0.25	0.25	0.13	0.15	0.20	0.12	0.15	0.11
C4'	0.21	0.25	0.17	0.29	0.43	0.17	0.46	0.33	0.34	0.24	0.32	0.51	0.22	0.19	0.34	0.22	0.04	0.13	0.25	0.10
C5	0.18	0.16	0.11	0.08	0.12	0.12	0.14	0.20	0.08	0.13	0.12	0.21	0.22	0.19	0.09	0.13	0.20	0.11	0.19	0.12
C5'	0.30	0.46	0.33	0.42	0.67	0.22	0.68	0.32	0.52	0.42	0.57	0.78	0.40	0.23	0.45	0.26	0.14	0.21	0.45	0.22
C6	0.15	0.14	0.12	0.10	0.12	0.12	0.16	0.20	0.10	0.11	0.11	0.22	0.21	0.18	0.11	0.11	0.25	0.17	0.21	0.17
C8	0.24	0.18	0.15	0.13	0.19	0.19	0.18	0.23	0.13	0.18	0.17	0.29	0.23	0.24	0.15	0.24	0.22	0.14	0.21	0.16
N1	0.18	0.15	0.18	0.16	0.17	0.20	0.20	0.26	0.16	0.13	0.14	0.25	0.23	0.23	0.16	0.20	0.31	0.25	0.23	0.24
N2	0.29	0.22	0.30	0.31	0.19	0.40	0.21	0.47	0.24	0.19	0.23	0.23	0.33	0.37	0.31	0.40	0.38	0.38	0.26	0.33
N3	0.22	0.19	0.19	0.18	0.09	0.24	0.18	0.37	0.15	0.13	0.13	0.15	0.29	0.29	0.20	0.19	0.25	0.23	0.18	0.20
N7	0.20	0.17	0.12	0.11	0.18	0.16	0.15	0.23	0.11	0.15	0.17	0.28	0.22	0.19	0.12	0.19	0.19	0.13	0.21	0.13
N9	0.25	0.18	0.16	0.13	0.15	0.17	0.18	0.24	0.11	0.17	0.13	0.24	0.25	0.28	0.16	0.22	0.21	0.06	0.14	0.08
O2'	0.37	0.25	0.34	0.30	0.09	0.31	0.13	0.43	0.12	0.23	0.16	0.13	0.35	0.48	0.36	0.34	0.43	0.13	0.17	0.19
O3'	0.25	0.32	0.30	0.40	0.43	0.22	0.44	0.35	0.39	0.31	0.37	0.46	0.28	0.21	0.43	0.25	0.01	0.01	0.02	0.01
O4'	0.23	0.16	0.12	0.18	0.27	0.16	0.31	0.31	0.20	0.15	0.17	0.37	0.22	0.27	0.24	0.23	0.14	0.07	0.14	0.03
O5'	0.56	0.81	0.57	0.54	1.00	0.35	0.95	0.31	0.77	0.72	0.93	1.12	0.77	0.47	0.50	0.44	0.49	0.31	0.61	0.42
O6	0.14	0.15	0.12	0.12	0.15	0.12	0.17	0.21	0.11	0.11	0.13	0.26	0.22	0.16	0.12	0.10	0.25	0.18	0.23	0.17
OP1	0.97	1.38	0.97	0.87	1.64	0.63	1.47	0.50	1.22	1.20	1.57	1.82	1.34	0.86	0.82	0.76	0.68	0.70	0.91	0.65
OP2	0.81	1.13	0.93	0.88	1.32	0.62	1.18	0.56	0.98	0.98	1.27	1.48	1.11	0.82	0.88	0.61	0.66	0.44	0.71	0.52
P	0.70	1.01	0.74	0.69	1.22	0.46	1.11	0.37	0.91	0.88	1.16	1.37	0.98	0.64	0.66	0.53	0.53	0.40	0.70	0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.02	0.03	0.03	0.01	0.02	0.00	0.13	0.15	0.13	0.11
C2	0.02	0.00	0.07	0.12	0.02	0.05	0.01	0.10	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.11	0.04	0.31	0.30	0.27	0.28
C2'	0.00	0.07	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.02	0.06	0.02	0.06	0.05	0.11	0.00	0.02	0.01	0.28	0.35	0.15	0.25
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.10	0.00	0.07	0.03	0.05	0.06	0.13	0.12	0.14	0.01	0.01	0.01	0.38	0.45	0.17	0.34
C4	0.03	0.02	0.04	0.10	0.00	0.08	0.00	0.16	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.04	0.13	0.04	0.42	0.39	0.39	0.40
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.08	0.00	0.08	0.01	0.07	0.04	0.06	0.08	0.04	0.03	0.02	0.00	0.02	0.12	0.21	0.01
C5	0.02	0.01	0.05	0.07	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.08	0.04	0.42	0.36	0.35	0.38
C5'	0.02	0.10	0.02	0.03	0.16	0.01	0.17	0.00	0.14	0.10	0.13	0.18	0.08	0.03	0.05	0.01	0.01	0.11	0.34	0.01
C6	0.02	0.01	0.06	0.05	0.01	0.07	0.00	0.14	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.04	0.05	0.04	0.36	0.29	0.24	0.30
N1	0.01	0.01	0.02	0.06	0.02	0.04	0.01	0.10	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.05	0.02	0.28	0.25	0.20	0.23
N3	0.02	0.01	0.06	0.13	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.14	0.03	0.38	0.36	0.35	0.35
N4	0.03	0.02	0.05	0.12	0.00	0.08	0.01	0.18	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.04	0.15	0.04	0.45	0.43	0.46	0.44
O2	0.03	0.00	0.11	0.14	0.02	0.04	0.02	0.08	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.13	0.05	0.27	0.28	0.24	0.24
O2'	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.03	0.05	0.03	0.04	0.02	0.03	0.04	0.05	0.00	0.06	0.04	0.10	0.24	0.08	0.11
O3'	0.02	0.11	0.02	0.01	0.13	0.02	0.08	0.05	0.05	0.05	0.14	0.15	0.13	0.06	0.00	0.02	0.34	0.53	0.23	0.37
O4'	0.00	0.04	0.01	0.01	0.04	0.00	0.04	0.01	0.04	0.02	0.03	0.04	0.05	0.04	0.02	0.00	0.08	0.07	0.27	0.13
O5'	0.13	0.31	0.28	0.38	0.42	0.02	0.42	0.01	0.36	0.28	0.38	0.45	0.27	0.10	0.34	0.08	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.15	0.30	0.35	0.45	0.39	0.12	0.36	0.11	0.29	0.25	0.36	0.43	0.28	0.24	0.53	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.13	0.27	0.15	0.17	0.39	0.21	0.35	0.34	0.24	0.20	0.35	0.46	0.24	0.08	0.23	0.27	0.01	0.01	0.00	0.01
P	0.11	0.28	0.25	0.34	0.40	0.01	0.38	0.01	0.30	0.23	0.35	0.44	0.24	0.11	0.37	0.13	0.00	0.01	0.01	0.00