ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50050

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N9 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C8 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.018 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.009, 0.027, 0.044, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O6 A 0, 0.004, 0.025, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.025 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.012, 0.036, 0.060, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.024
N2 A 0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C4 B 0, 0.203, 0.451, 0.700, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.451 std_dev=0.249
N3 B 0, 0.271, 0.522, 0.773, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.522 std_dev=0.251
C2 B 0, 0.302, 0.567, 0.832, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.567 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.291, 0.570, 0.850, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.570 std_dev=0.279
C5 B 0, 0.141, 0.426, 0.711, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.426 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.212, 0.500, 0.788, 0.834 max_d=0.834 avg_d=0.500 std_dev=0.288
O2 B 0, 0.352, 0.720, 1.088, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.720 std_dev=0.368
N4 B 0, 0.169, 0.554, 0.940, 1.219 max_d=1.219 avg_d=0.554 std_dev=0.386
C1' B 0, 0.339, 0.784, 1.229, 1.521 max_d=1.521 avg_d=0.784 std_dev=0.445
O4' B 0, 0.284, 0.857, 1.430, 1.949 max_d=1.949 avg_d=0.857 std_dev=0.573
C2' B 0, 0.335, 0.989, 1.644, 2.204 max_d=2.204 avg_d=0.989 std_dev=0.654
C3' A 0, 0.857, 1.599, 2.341, 2.349 max_d=2.349 avg_d=1.599 std_dev=0.742
C3' B 0, 0.389, 1.137, 1.885, 2.535 max_d=2.535 avg_d=1.137 std_dev=0.748
C4' B 0, 0.298, 1.076, 1.854, 2.605 max_d=2.605 avg_d=1.076 std_dev=0.778
C2' A 0, 0.314, 1.108, 1.901, 2.674 max_d=2.674 avg_d=1.108 std_dev=0.793
O4' A 0, 0.341, 1.137, 1.932, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.137 std_dev=0.795
O2' B 0, 0.194, 1.034, 1.875, 2.708 max_d=2.708 avg_d=1.034 std_dev=0.840
C5' B 0, 0.309, 1.180, 2.051, 2.919 max_d=2.919 avg_d=1.180 std_dev=0.871
O3' B 0, 0.485, 1.459, 2.432, 3.296 max_d=3.296 avg_d=1.459 std_dev=0.974
C4' A 0, 0.696, 1.694, 2.691, 3.447 max_d=3.447 avg_d=1.694 std_dev=0.997
O3' A 0, 0.838, 2.089, 3.340, 3.138 max_d=3.138 avg_d=2.089 std_dev=1.251
O2' A 0, 0.611, 1.920, 3.229, 4.461 max_d=4.461 avg_d=1.920 std_dev=1.309
O5' B 0, 1.128, 2.473, 3.818, 4.627 max_d=4.627 avg_d=2.473 std_dev=1.345
C5' A 0, 0.471, 2.338, 4.205, 6.178 max_d=6.178 avg_d=2.338 std_dev=1.867
P B 0, 1.187, 3.184, 5.181, 6.833 max_d=6.833 avg_d=3.184 std_dev=1.997
O5' A 0, -0.170, 2.242, 4.654, 7.414 max_d=7.414 avg_d=2.242 std_dev=2.412
OP2 B 0, 2.056, 4.538, 7.019, 8.472 max_d=8.472 avg_d=4.538 std_dev=2.481
OP1 B 0, 1.254, 3.836, 6.417, 8.733 max_d=8.733 avg_d=3.836 std_dev=2.581
P A 0, -0.251, 3.100, 6.451, 10.386 max_d=10.386 avg_d=3.100 std_dev=3.351
OP2 A 0, -0.124, 3.289, 6.702, 10.650 max_d=10.650 avg_d=3.289 std_dev=3.413
OP1 A 0, -0.269, 3.561, 7.390, 11.900 max_d=11.900 avg_d=3.561 std_dev=3.830

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.13 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.30 0.00 0.23 0.03 0.35 0.18 0.23
C2 0.03 0.00 0.19 0.32 0.01 0.67 0.01 1.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.26 0.43 0.96 0.01 1.27 1.81 1.39
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.08 0.01 0.03 0.23 0.06 0.11 0.13 0.23 0.19 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01 0.24 0.04 0.20 0.60 0.26
C3' 0.01 0.32 0.00 0.00 0.08 0.00 0.20 0.01 0.14 0.47 0.16 0.48 0.32 0.42 0.19 0.00 0.01 0.01 0.22 0.21 0.23 0.42 0.21
C4 0.02 0.01 0.08 0.08 0.00 0.29 0.00 0.66 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.12 0.14 0.23 0.15 0.01 0.22 0.65 0.32
C4' 0.00 0.67 0.01 0.00 0.29 0.00 0.11 0.00 0.26 0.35 0.50 0.85 0.63 0.22 0.04 0.26 0.04 0.00 0.01 0.18 0.28 0.21 0.10
C5 0.02 0.01 0.03 0.20 0.00 0.11 0.00 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.20 0.02 0.12 0.32 0.01 0.21 0.41 0.18
C5' 0.13 1.36 0.23 0.01 0.66 0.00 0.38 0.00 0.65 0.40 1.08 1.70 1.25 0.20 0.14 0.05 0.20 0.02 0.01 0.51 0.32 0.31 0.01
C6 0.03 0.01 0.06 0.14 0.01 0.26 0.01 0.65 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.02 0.21 0.14 0.00 0.23 0.64 0.30
C8 0.01 0.01 0.11 0.47 0.01 0.35 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.13 0.21 1.10 0.02 1.09 0.96 1.06
N1 0.03 0.00 0.13 0.16 0.01 0.50 0.01 1.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.14 0.35 0.57 0.01 0.87 1.32 0.95
N2 0.03 0.00 0.23 0.48 0.01 0.85 0.01 1.70 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.36 0.51 1.46 0.02 1.95 2.55 2.06
N3 0.03 0.00 0.19 0.32 0.00 0.63 0.00 1.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.30 0.42 0.83 0.00 1.01 1.52 1.14
N7 0.01 0.01 0.07 0.42 0.00 0.22 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.28 0.16 0.09 0.95 0.02 0.94 0.90 0.92
N9 0.01 0.01 0.01 0.19 0.01 0.04 0.01 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.02 0.42 0.02 0.39 0.25 0.31
O2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.12 0.26 0.20 0.05 0.18 0.28 0.11 0.15 0.08 0.28 0.16 0.00 0.02 0.16 0.13 0.22 0.23 0.53 0.18
O3' 0.30 0.26 0.02 0.01 0.14 0.04 0.02 0.20 0.02 0.13 0.14 0.36 0.30 0.16 0.09 0.02 0.00 0.28 0.27 0.07 0.52 0.46 0.36
O4' 0.00 0.43 0.01 0.01 0.23 0.00 0.12 0.02 0.21 0.21 0.35 0.51 0.42 0.09 0.02 0.16 0.28 0.00 0.33 0.17 0.55 0.19 0.41
O5' 0.23 0.96 0.24 0.22 0.15 0.01 0.32 0.01 0.14 1.10 0.57 1.46 0.83 0.95 0.42 0.13 0.27 0.33 0.00 0.25 0.02 0.02 0.00
O6 0.03 0.01 0.04 0.21 0.01 0.18 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.22 0.07 0.17 0.25 0.00 0.20 0.53 0.22
OP1 0.35 1.27 0.20 0.23 0.22 0.28 0.21 0.32 0.23 1.09 0.87 1.95 1.01 0.94 0.39 0.23 0.52 0.55 0.02 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 1.81 0.60 0.42 0.65 0.21 0.41 0.31 0.64 0.96 1.32 2.55 1.52 0.90 0.25 0.53 0.46 0.19 0.02 0.53 0.01 0.00 0.01
P 0.23 1.39 0.26 0.21 0.32 0.10 0.18 0.01 0.30 1.06 0.95 2.06 1.14 0.92 0.31 0.18 0.36 0.41 0.00 0.22 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.10 0.32 0.32 0.32 0.33 0.37 0.26 0.26 0.10 0.20 0.40 0.14 0.47 0.41 0.20 0.52 0.65 0.50 0.68
C2 0.05 0.14 0.09 0.05 0.22 0.07 0.23 0.08 0.19 0.13 0.18 0.24 0.10 0.17 0.11 0.06 0.19 0.28 0.27 0.12
C2' 0.46 0.42 0.39 0.55 0.67 0.62 0.82 0.83 0.79 0.56 0.49 0.70 0.27 0.26 0.50 0.61 1.53 1.72 1.27 1.70
C3' 0.32 0.36 0.29 0.38 0.77 0.45 0.98 0.85 0.86 0.50 0.50 0.87 0.27 0.53 0.32 0.49 1.68 2.17 1.88 2.17
C4 0.16 0.12 0.21 0.23 0.32 0.28 0.33 0.29 0.21 0.08 0.23 0.38 0.09 0.29 0.26 0.24 0.25 0.14 0.45 0.19
C4' 0.78 0.58 1.06 0.85 0.19 0.70 0.28 0.32 0.20 0.46 0.36 0.25 0.88 1.46 1.02 0.55 0.85 1.44 1.25 1.40
C5 0.23 0.11 0.24 0.32 0.33 0.41 0.28 0.47 0.10 0.05 0.25 0.42 0.08 0.28 0.34 0.38 0.50 0.63 0.70 0.43
C5' 1.38 1.20 1.69 1.29 0.46 1.03 0.22 0.42 0.41 0.98 0.90 0.30 1.64 2.20 1.45 0.96 0.68 1.41 1.42 1.38
C6 0.19 0.10 0.16 0.24 0.27 0.32 0.17 0.41 0.06 0.06 0.24 0.35 0.08 0.18 0.24 0.33 0.58 0.87 0.72 0.55
C8 0.28 0.11 0.37 0.47 0.38 0.57 0.36 0.64 0.16 0.09 0.25 0.50 0.11 0.45 0.53 0.44 0.47 0.38 0.77 0.40
N1 0.09 0.12 0.09 0.09 0.22 0.15 0.17 0.21 0.11 0.08 0.20 0.25 0.09 0.17 0.10 0.17 0.34 0.61 0.47 0.28
N2 0.15 0.15 0.19 0.18 0.18 0.19 0.19 0.16 0.19 0.16 0.16 0.18 0.14 0.29 0.26 0.14 0.27 0.35 0.18 0.25
N3 0.05 0.13 0.10 0.07 0.27 0.08 0.30 0.08 0.24 0.14 0.20 0.30 0.10 0.18 0.12 0.06 0.30 0.26 0.30 0.30
N7 0.30 0.11 0.33 0.46 0.37 0.57 0.30 0.67 0.08 0.09 0.26 0.50 0.09 0.38 0.49 0.48 0.68 0.81 0.94 0.64
N9 0.21 0.11 0.31 0.35 0.34 0.41 0.36 0.39 0.22 0.09 0.23 0.43 0.11 0.42 0.41 0.30 0.29 0.10 0.50 0.32
O2' 0.65 0.52 0.68 0.83 0.64 0.88 0.76 0.99 0.78 0.65 0.53 0.63 0.41 0.57 0.86 0.77 1.72 1.97 1.09 1.79
O3' 0.32 0.37 0.25 0.49 0.78 0.55 0.97 1.00 0.86 0.52 0.52 0.87 0.15 0.30 0.41 0.52 1.94 2.70 2.05 2.55
O4' 0.90 0.58 1.16 1.12 0.17 1.08 0.13 0.79 0.28 0.57 0.37 0.13 0.78 1.40 1.26 0.85 0.43 0.53 0.63 0.60
O5' 0.92 0.71 1.32 0.92 0.37 0.66 0.67 0.35 0.47 0.51 0.39 0.53 1.23 1.94 1.18 0.54 0.97 1.69 1.89 1.72
O6 0.22 0.08 0.17 0.29 0.23 0.38 0.10 0.51 0.14 0.11 0.23 0.35 0.11 0.18 0.27 0.38 0.80 1.25 0.92 0.82
OP1 1.04 1.03 1.47 0.97 0.48 0.62 0.76 0.66 0.58 0.70 0.72 0.55 1.65 2.13 1.22 0.54 1.23 2.26 2.43 2.17
OP2 1.47 1.40 1.77 1.30 0.84 1.03 1.01 0.75 0.92 1.14 1.08 0.84 1.99 2.32 1.47 1.02 0.91 1.46 1.95 1.57
P 1.26 1.16 1.69 1.19 0.46 0.84 0.65 0.46 0.53 0.86 0.81 0.48 1.78 2.34 1.44 0.74 0.87 1.65 1.98 1.68

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.23 0.40 0.21 0.17
C2 0.02 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.12 0.07 0.02 0.49 0.87 0.34 0.45
C2' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.01 0.24 0.40 0.07 0.21
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.17 0.01 0.21 0.02 0.20 0.11 0.11 0.18 0.04 0.02 0.01 0.01 0.30 0.35 0.04 0.26
C4 0.02 0.01 0.03 0.17 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.20 0.03 0.73 1.35 0.54 0.75
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.08 0.16 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.22 0.08 0.06
C5 0.01 0.01 0.07 0.21 0.00 0.18 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.25 0.03 0.79 1.37 0.58 0.79
C5' 0.02 0.13 0.01 0.02 0.28 0.01 0.33 0.00 0.29 0.15 0.20 0.32 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.17 0.15 0.01
C6 0.01 0.00 0.07 0.20 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.22 0.03 0.68 1.06 0.47 0.62
N1 0.01 0.00 0.03 0.11 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.48 0.78 0.33 0.42
N3 0.02 0.00 0.02 0.11 0.00 0.08 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.12 0.12 0.02 0.61 1.12 0.44 0.60
N4 0.02 0.02 0.03 0.18 0.00 0.16 0.01 0.32 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.08 0.22 0.03 0.79 1.52 0.62 0.84
O2 0.03 0.00 0.08 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.20 0.07 0.03 0.37 0.69 0.25 0.33
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.07 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.12 0.08 0.20 0.00 0.02 0.06 0.05 0.33 0.05 0.14
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.20 0.04 0.25 0.07 0.22 0.11 0.12 0.22 0.07 0.02 0.00 0.03 0.21 0.28 0.17 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.15 0.23 0.24 0.09
O5' 0.23 0.49 0.24 0.30 0.73 0.02 0.79 0.01 0.68 0.48 0.61 0.79 0.37 0.05 0.21 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.40 0.87 0.40 0.35 1.35 0.22 1.37 0.17 1.06 0.78 1.12 1.52 0.69 0.33 0.28 0.23 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.34 0.07 0.04 0.54 0.08 0.58 0.15 0.47 0.33 0.44 0.62 0.25 0.05 0.17 0.24 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.45 0.21 0.26 0.75 0.06 0.79 0.01 0.62 0.42 0.60 0.84 0.33 0.14 0.24 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00