Doublet Group distance statistics: 50051

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, -0.004, 0.016, 0.036, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.020
N9	A	0, -0.001, 0.021, 0.043, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.022
C6	A	0, -0.008, 0.015, 0.039, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.015 std_dev=0.023
C4	A	0, -0.006, 0.022, 0.051, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.022 std_dev=0.028
C8	A	0, 0.001, 0.030, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.029
C1'	A	0, -0.010, 0.021, 0.052, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.021 std_dev=0.031
C5	A	0, -0.011, 0.021, 0.052, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.021 std_dev=0.031
C2	A	0, -0.014, 0.019, 0.053, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.019 std_dev=0.033
N7	A	0, -0.003, 0.030, 0.064, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.030 std_dev=0.033
N3	A	0, -0.013, 0.024, 0.061, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.024 std_dev=0.037
N2	A	0, -0.016, 0.038, 0.092, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.038 std_dev=0.054
O6	A	0, -0.038, 0.056, 0.151, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.056 std_dev=0.095
O4'	A	0, 0.082, 0.197, 0.311, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.197 std_dev=0.114
C2'	A	0, 0.068, 0.228, 0.388, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.228 std_dev=0.160
C4'	A	0, 0.109, 0.332, 0.555, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.332 std_dev=0.223
C3'	A	0, 0.118, 0.349, 0.581, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.349 std_dev=0.231
O5'	A	0, 0.172, 0.408, 0.645, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.408 std_dev=0.237
C6	B	0, 0.275, 0.526, 0.777, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.526 std_dev=0.251
N1	B	0, 0.258, 0.513, 0.767, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.513 std_dev=0.254
O2'	A	0, 0.025, 0.282, 0.540, 0.826 max_d=0.826 avg_d=0.282 std_dev=0.257
C2	B	0, 0.361, 0.672, 0.983, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.672 std_dev=0.311
C2'	B	0, 0.230, 0.555, 0.879, 1.010 max_d=1.010 avg_d=0.555 std_dev=0.324
C3'	B	0, 0.222, 0.563, 0.903, 1.051 max_d=1.051 avg_d=0.563 std_dev=0.340
C5'	A	0, 0.181, 0.522, 0.864, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.522 std_dev=0.342
P	A	0, 0.288, 0.637, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.637 std_dev=0.349
O5'	B	0, 0.200, 0.553, 0.905, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.553 std_dev=0.352
O2	B	0, 0.430, 0.784, 1.138, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.784 std_dev=0.354
C5	B	0, 0.302, 0.662, 1.022, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.662 std_dev=0.360
C1'	B	0, 0.125, 0.488, 0.850, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.488 std_dev=0.363
O3'	A	0, 0.152, 0.525, 0.898, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.525 std_dev=0.373
O3'	B	0, 0.404, 0.780, 1.155, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.780 std_dev=0.376
N3	B	0, 0.357, 0.776, 1.194, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.776 std_dev=0.418
OP2	B	0, 0.057, 0.483, 0.909, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.483 std_dev=0.426
P	B	0, 0.070, 0.499, 0.929, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.499 std_dev=0.429
C4	B	0, 0.307, 0.760, 1.214, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.760 std_dev=0.453
C4'	B	0, 0.137, 0.596, 1.055, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.596 std_dev=0.459
O2'	B	0, 0.296, 0.767, 1.239, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.767 std_dev=0.472
O4'	B	0, -0.011, 0.462, 0.934, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.462 std_dev=0.473
C5'	B	0, 0.203, 0.684, 1.166, 1.482 max_d=1.482 avg_d=0.684 std_dev=0.482
N4	B	0, 0.330, 0.939, 1.548, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.939 std_dev=0.609
OP1	B	0, 0.005, 0.659, 1.313, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.659 std_dev=0.654
OP2	A	0, 1.426, 2.626, 3.827, 3.449 max_d=3.449 avg_d=2.626 std_dev=1.201
OP1	A	0, 1.270, 2.510, 3.750, 3.690 max_d=3.690 avg_d=2.510 std_dev=1.240

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.06	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.02	0.01	0.03	0.04	0.08	0.07	0.03	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.05	0.14	0.09	0.06
C2	0.06	0.00	0.22	0.20	0.00	0.09	0.01	0.05	0.01	0.00	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.25	0.27	0.03	0.09	0.00	0.26	0.27	0.11
C2'	0.01	0.22	0.00	0.00	0.10	0.00	0.04	0.02	0.08	0.10	0.17	0.27	0.22	0.07	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.06	0.06	0.08	0.07
C3'	0.01	0.20	0.00	0.00	0.09	0.01	0.06	0.02	0.08	0.15	0.15	0.25	0.19	0.12	0.02	0.01	0.01	0.01	0.10	0.11	0.08	0.09	0.10
C4	0.02	0.00	0.10	0.09	0.00	0.03	0.01	0.05	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.11	0.02	0.07	0.04	0.26	0.25	0.11
C4'	0.00	0.09	0.00	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.11	0.05	0.12	0.09	0.10	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.13	0.08	0.08	0.02
C5	0.02	0.01	0.04	0.06	0.01	0.06	0.00	0.12	0.02	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.04	0.08	0.05	0.09	0.04	0.32	0.34	0.16
C5'	0.02	0.05	0.02	0.02	0.05	0.01	0.12	0.00	0.14	0.14	0.07	0.06	0.05	0.16	0.05	0.03	0.03	0.01	0.01	0.22	0.14	0.15	0.02
C6	0.01	0.01	0.08	0.08	0.02	0.06	0.02	0.14	0.00	0.04	0.00	0.01	0.02	0.04	0.03	0.09	0.11	0.06	0.12	0.00	0.35	0.40	0.20
C8	0.03	0.00	0.10	0.15	0.00	0.11	0.01	0.14	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.09	0.18	0.03	0.08	0.09	0.30	0.27	0.14
N1	0.04	0.00	0.17	0.15	0.00	0.05	0.01	0.07	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.19	0.21	0.03	0.09	0.01	0.31	0.35	0.15
N2	0.08	0.00	0.27	0.25	0.00	0.12	0.02	0.06	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.01	0.32	0.35	0.04	0.10	0.01	0.25	0.26	0.10
N3	0.07	0.00	0.22	0.19	0.00	0.09	0.01	0.05	0.02	0.01	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.23	0.25	0.03	0.10	0.02	0.24	0.22	0.10
N7	0.03	0.02	0.07	0.12	0.00	0.10	0.01	0.16	0.04	0.01	0.02	0.02	0.01	0.00	0.02	0.05	0.15	0.05	0.11	0.09	0.36	0.37	0.19
N9	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.05	0.03	0.01	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.03	0.01	0.06	0.07	0.22	0.19	0.09
O2'	0.01	0.25	0.00	0.01	0.10	0.02	0.04	0.03	0.09	0.09	0.19	0.32	0.23	0.05	0.01	0.00	0.03	0.03	0.07	0.05	0.08	0.07	0.07
O3'	0.01	0.27	0.01	0.01	0.11	0.01	0.08	0.03	0.11	0.18	0.21	0.35	0.25	0.15	0.03	0.03	0.00	0.02	0.18	0.13	0.23	0.18	0.18
O4'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.00	0.05	0.01	0.06	0.03	0.03	0.04	0.03	0.05	0.01	0.03	0.02	0.00	0.08	0.11	0.14	0.08	0.07
O5'	0.04	0.09	0.06	0.10	0.07	0.02	0.09	0.01	0.12	0.08	0.09	0.10	0.10	0.11	0.06	0.07	0.18	0.08	0.00	0.19	0.01	0.01	0.01
O6	0.05	0.00	0.06	0.11	0.04	0.13	0.04	0.22	0.00	0.09	0.01	0.01	0.02	0.09	0.07	0.05	0.13	0.11	0.19	0.00	0.42	0.50	0.29
OP1	0.14	0.26	0.06	0.08	0.26	0.08	0.32	0.14	0.35	0.30	0.31	0.25	0.24	0.36	0.22	0.08	0.23	0.14	0.01	0.42	0.00	0.01	0.00
OP2	0.09	0.27	0.08	0.09	0.25	0.08	0.34	0.15	0.40	0.27	0.35	0.26	0.22	0.37	0.19	0.07	0.18	0.08	0.01	0.50	0.01	0.00	0.00
P	0.06	0.11	0.07	0.10	0.11	0.02	0.16	0.02	0.20	0.14	0.15	0.10	0.10	0.19	0.09	0.07	0.18	0.07	0.01	0.29	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.09	0.12	0.09	0.09	0.35	0.13	0.38	0.12	0.24	0.11	0.23	0.43	0.09	0.15	0.12	0.15	0.27	0.09	0.06	0.11
C2	0.25	0.10	0.25	0.30	0.12	0.38	0.15	0.40	0.20	0.13	0.15	0.14	0.17	0.31	0.33	0.37	0.25	0.26	0.15	0.22
C2'	0.10	0.12	0.11	0.12	0.29	0.15	0.33	0.13	0.23	0.11	0.20	0.34	0.09	0.15	0.15	0.16	0.30	0.12	0.11	0.14
C3'	0.16	0.26	0.17	0.19	0.44	0.16	0.47	0.18	0.36	0.25	0.35	0.49	0.20	0.13	0.18	0.16	0.10	0.03	0.02	0.03
C4	0.12	0.10	0.12	0.13	0.19	0.16	0.23	0.19	0.21	0.13	0.14	0.20	0.08	0.14	0.14	0.15	0.19	0.11	0.10	0.10
C4'	0.13	0.28	0.14	0.17	0.54	0.14	0.55	0.17	0.39	0.25	0.41	0.64	0.20	0.11	0.16	0.15	0.10	0.03	0.14	0.03
C5	0.22	0.20	0.22	0.18	0.15	0.17	0.14	0.16	0.15	0.19	0.18	0.13	0.20	0.26	0.18	0.18	0.20	0.13	0.17	0.14
C5'	0.20	0.37	0.22	0.23	0.63	0.16	0.61	0.18	0.43	0.32	0.51	0.76	0.30	0.16	0.22	0.17	0.06	0.10	0.25	0.10
C6	0.33	0.17	0.35	0.30	0.11	0.30	0.11	0.26	0.14	0.21	0.08	0.17	0.23	0.43	0.31	0.29	0.22	0.16	0.19	0.16
C8	0.08	0.24	0.08	0.04	0.38	0.07	0.29	0.07	0.16	0.15	0.34	0.45	0.20	0.08	0.04	0.11	0.26	0.21	0.23	0.22
N1	0.35	0.08	0.36	0.35	0.16	0.40	0.12	0.37	0.17	0.18	0.16	0.22	0.09	0.46	0.38	0.39	0.26	0.23	0.15	0.19
N2	0.23	0.18	0.25	0.35	0.15	0.46	0.14	0.49	0.19	0.12	0.23	0.18	0.28	0.32	0.39	0.42	0.29	0.35	0.18	0.28
N3	0.12	0.07	0.13	0.19	0.13	0.26	0.21	0.32	0.22	0.11	0.09	0.14	0.14	0.14	0.20	0.24	0.20	0.21	0.11	0.17
N7	0.16	0.28	0.17	0.10	0.29	0.07	0.15	0.06	0.11	0.19	0.34	0.30	0.29	0.20	0.10	0.10	0.21	0.18	0.24	0.19
N9	0.06	0.15	0.05	0.05	0.32	0.08	0.32	0.09	0.21	0.12	0.24	0.37	0.10	0.07	0.06	0.10	0.23	0.10	0.11	0.11
O2'	0.16	0.10	0.19	0.19	0.26	0.22	0.30	0.18	0.20	0.09	0.16	0.33	0.13	0.26	0.23	0.19	0.35	0.15	0.11	0.16
O3'	0.16	0.24	0.19	0.21	0.38	0.17	0.39	0.21	0.31	0.23	0.31	0.42	0.20	0.14	0.22	0.15	0.03	0.01	0.02	0.01
O4'	0.08	0.23	0.08	0.11	0.51	0.12	0.52	0.14	0.34	0.20	0.38	0.63	0.14	0.10	0.11	0.14	0.18	0.04	0.07	0.03
O5'	0.22	0.42	0.23	0.18	0.66	0.13	0.59	0.08	0.39	0.34	0.56	0.80	0.37	0.19	0.16	0.18	0.10	0.11	0.07	0.08
O6	0.38	0.24	0.42	0.33	0.20	0.31	0.19	0.24	0.12	0.23	0.09	0.33	0.39	0.54	0.36	0.30	0.23	0.19	0.26	0.19
OP1	0.26	0.49	0.30	0.25	0.67	0.12	0.55	0.11	0.38	0.38	0.62	0.82	0.47	0.25	0.24	0.15	0.14	0.29	0.29	0.22
OP2	0.43	0.68	0.45	0.36	0.85	0.24	0.64	0.15	0.48	0.53	0.82	1.05	0.67	0.43	0.35	0.29	0.20	0.18	0.24	0.17
P	0.25	0.48	0.27	0.21	0.69	0.11	0.56	0.05	0.37	0.37	0.62	0.87	0.45	0.24	0.19	0.17	0.09	0.13	0.13	0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.02	0.02	0.02	0.01	0.01	0.00	0.04	0.03	0.06	0.03
C2	0.02	0.00	0.03	0.07	0.01	0.05	0.02	0.11	0.03	0.01	0.01	0.00	0.01	0.03	0.07	0.02	0.19	0.17	0.18	0.19
C2'	0.01	0.03	0.00	0.00	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.02	0.03	0.04	0.06	0.00	0.01	0.01	0.12	0.07	0.03	0.08
C3'	0.01	0.07	0.00	0.00	0.08	0.01	0.08	0.01	0.07	0.05	0.08	0.09	0.08	0.01	0.01	0.01	0.18	0.09	0.03	0.10
C4	0.02	0.01	0.04	0.08	0.00	0.08	0.00	0.16	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.03	0.10	0.02	0.26	0.26	0.28	0.29
C4'	0.00	0.05	0.01	0.01	0.08	0.00	0.08	0.01	0.07	0.05	0.07	0.08	0.04	0.04	0.01	0.00	0.01	0.04	0.09	0.02
C5	0.01	0.02	0.05	0.08	0.00	0.08	0.00	0.17	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.03	0.11	0.02	0.25	0.24	0.21	0.27
C5'	0.02	0.11	0.01	0.01	0.16	0.01	0.17	0.00	0.14	0.10	0.14	0.17	0.08	0.05	0.03	0.01	0.01	0.05	0.10	0.01
C6	0.01	0.03	0.05	0.07	0.00	0.07	0.00	0.14	0.00	0.00	0.02	0.01	0.03	0.03	0.08	0.02	0.19	0.16	0.11	0.19
N1	0.01	0.01	0.02	0.05	0.01	0.05	0.01	0.10	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.05	0.01	0.15	0.13	0.11	0.14
N3	0.02	0.01	0.03	0.08	0.01	0.07	0.02	0.14	0.02	0.01	0.00	0.00	0.03	0.03	0.09	0.02	0.23	0.23	0.25	0.25
N4	0.02	0.00	0.04	0.09	0.00	0.08	0.00	0.17	0.01	0.02	0.00	0.00	0.02	0.04	0.11	0.02	0.28	0.30	0.32	0.33
O2	0.02	0.01	0.06	0.08	0.03	0.04	0.04	0.08	0.03	0.02	0.03	0.02	0.00	0.06	0.08	0.02	0.16	0.15	0.17	0.16
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.03	0.04	0.03	0.05	0.03	0.01	0.03	0.04	0.06	0.00	0.03	0.04	0.03	0.05	0.05	0.02
O3'	0.01	0.07	0.01	0.01	0.10	0.01	0.11	0.03	0.08	0.05	0.09	0.11	0.08	0.03	0.00	0.01	0.20	0.12	0.05	0.11
O4'	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.02	0.04	0.01	0.00	0.14	0.08	0.15	0.09
O5'	0.04	0.19	0.12	0.18	0.26	0.01	0.25	0.01	0.19	0.15	0.23	0.28	0.16	0.03	0.20	0.14	0.00	0.02	0.02	0.00
OP1	0.03	0.17	0.07	0.09	0.26	0.04	0.24	0.05	0.16	0.13	0.23	0.30	0.15	0.05	0.12	0.08	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.06	0.18	0.03	0.03	0.28	0.09	0.21	0.10	0.11	0.11	0.25	0.32	0.17	0.05	0.05	0.15	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.03	0.19	0.08	0.10	0.29	0.02	0.27	0.01	0.19	0.14	0.25	0.33	0.16	0.02	0.11	0.09	0.00	0.01	0.01	0.00