ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50052

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.010
N7 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O6 A 0, 0.010, 0.026, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.026 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.028 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.017, 0.036, 0.055, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.036 std_dev=0.019
O4' A 0, 0.066, 0.201, 0.337, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.201 std_dev=0.136
C2' A 0, 0.083, 0.264, 0.445, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.264 std_dev=0.181
C6 B 0, 0.145, 0.344, 0.544, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.344 std_dev=0.200
C5 B 0, 0.190, 0.396, 0.603, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.396 std_dev=0.206
C4' A 0, 0.088, 0.316, 0.543, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.316 std_dev=0.228
OP2 A 0, 0.194, 0.432, 0.670, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.432 std_dev=0.238
N1 B 0, 0.201, 0.444, 0.686, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.444 std_dev=0.243
C4 B 0, 0.240, 0.487, 0.734, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.487 std_dev=0.247
C3' A 0, 0.130, 0.380, 0.630, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.380 std_dev=0.250
O2' A 0, 0.117, 0.367, 0.618, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.367 std_dev=0.250
C1' B 0, 0.365, 0.666, 0.967, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.666 std_dev=0.301
C2 B 0, 0.351, 0.652, 0.953, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.652 std_dev=0.301
O5' A 0, 0.161, 0.462, 0.764, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.462 std_dev=0.302
N3 B 0, 0.316, 0.631, 0.945, 1.040 max_d=1.040 avg_d=0.631 std_dev=0.314
O4' B 0, 0.336, 0.654, 0.972, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.654 std_dev=0.318
O3' A 0, 0.246, 0.565, 0.884, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.565 std_dev=0.319
P A 0, 0.270, 0.597, 0.924, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.597 std_dev=0.327
C5' A 0, 0.162, 0.527, 0.891, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.527 std_dev=0.365
N4 B 0, 0.315, 0.694, 1.074, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.694 std_dev=0.379
O5' B 0, 0.388, 0.767, 1.147, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.767 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.470, 0.863, 1.256, 1.128 max_d=1.128 avg_d=0.863 std_dev=0.393
P B 0, 0.350, 0.758, 1.165, 1.354 max_d=1.354 avg_d=0.758 std_dev=0.408
C4' B 0, 0.465, 0.883, 1.301, 1.306 max_d=1.306 avg_d=0.883 std_dev=0.418
C5' B 0, 0.464, 0.897, 1.330, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.897 std_dev=0.433
OP2 B 0, 0.347, 0.781, 1.215, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.781 std_dev=0.434
C3' B 0, 0.515, 0.951, 1.387, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.951 std_dev=0.436
O2 B 0, 0.495, 0.967, 1.439, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.967 std_dev=0.472
OP1 B 0, 0.449, 0.956, 1.462, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.956 std_dev=0.507
O2' B 0, 0.556, 1.064, 1.572, 1.475 max_d=1.475 avg_d=1.064 std_dev=0.508
OP1 A 0, 0.436, 0.986, 1.536, 1.579 max_d=1.579 avg_d=0.986 std_dev=0.550
O3' B 0, 0.631, 1.229, 1.826, 1.830 max_d=1.830 avg_d=1.229 std_dev=0.597

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.16 0.06
C2 0.01 0.00 0.09 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.11 0.03 0.11 0.01 0.13 0.23 0.12
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.12 0.10 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.05 0.12 0.06 0.12 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06
C4 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.02 0.11 0.01 0.12 0.22 0.11
C4' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.02 0.04 0.02 0.07 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.13 0.01 0.16 0.24 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.11 0.07 0.04 0.04 0.12 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.11 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.02 0.14 0.00 0.17 0.26 0.16
C8 0.00 0.01 0.07 0.12 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.14 0.02 0.13 0.01 0.13 0.20 0.13
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.12 0.00 0.16 0.25 0.14
N2 0.02 0.01 0.12 0.12 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.03 0.10 0.01 0.12 0.24 0.12
N3 0.01 0.00 0.10 0.09 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.11 0.03 0.10 0.01 0.11 0.22 0.10
N7 0.00 0.00 0.06 0.10 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.15 0.01 0.17 0.24 0.16
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.09 0.19 0.09
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.07 0.13 0.10 0.04 0.01 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.07 0.04
O3' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.14 0.06 0.16 0.11 0.13 0.04 0.05 0.00 0.01 0.09 0.07 0.12 0.15 0.10
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.02 0.05 0.18 0.09
O5' 0.06 0.11 0.03 0.05 0.11 0.01 0.13 0.01 0.14 0.13 0.12 0.10 0.10 0.15 0.10 0.04 0.09 0.08 0.00 0.15 0.01 0.02 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.15 0.00 0.20 0.27 0.18
OP1 0.04 0.13 0.05 0.07 0.12 0.06 0.16 0.07 0.17 0.13 0.16 0.12 0.11 0.17 0.09 0.06 0.12 0.05 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.23 0.06 0.06 0.22 0.05 0.24 0.02 0.26 0.20 0.25 0.24 0.22 0.24 0.19 0.07 0.15 0.18 0.02 0.27 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.12 0.03 0.06 0.11 0.01 0.15 0.01 0.16 0.13 0.14 0.12 0.10 0.16 0.09 0.04 0.10 0.09 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.17 0.19 0.17 0.14 0.20 0.24 0.19 0.22 0.17 0.11 0.15 0.24 0.20 0.17 0.20 0.09 0.04 0.07 0.02
C2 0.43 0.26 0.46 0.41 0.19 0.42 0.19 0.35 0.24 0.29 0.20 0.29 0.39 0.53 0.44 0.40 0.25 0.21 0.07 0.15
C2' 0.17 0.12 0.17 0.18 0.09 0.20 0.18 0.21 0.18 0.13 0.08 0.09 0.18 0.16 0.19 0.18 0.12 0.07 0.06 0.06
C3' 0.12 0.11 0.10 0.08 0.17 0.09 0.25 0.10 0.23 0.14 0.11 0.18 0.11 0.10 0.08 0.12 0.04 0.02 0.05 0.01
C4 0.30 0.24 0.29 0.24 0.17 0.25 0.22 0.20 0.23 0.25 0.17 0.22 0.32 0.32 0.24 0.27 0.11 0.06 0.08 0.04
C4' 0.14 0.13 0.11 0.09 0.20 0.11 0.29 0.11 0.24 0.15 0.13 0.22 0.15 0.11 0.08 0.13 0.03 0.03 0.09 0.03
C5 0.25 0.25 0.25 0.18 0.20 0.17 0.21 0.11 0.16 0.21 0.20 0.29 0.33 0.28 0.18 0.20 0.04 0.06 0.17 0.08
C5' 0.14 0.16 0.10 0.06 0.28 0.06 0.34 0.05 0.28 0.18 0.19 0.31 0.14 0.10 0.04 0.11 0.04 0.08 0.14 0.07
C6 0.29 0.27 0.31 0.23 0.25 0.21 0.19 0.14 0.14 0.22 0.24 0.39 0.39 0.36 0.24 0.23 0.07 0.05 0.14 0.06
C8 0.16 0.18 0.14 0.12 0.15 0.11 0.21 0.11 0.15 0.15 0.15 0.17 0.23 0.15 0.11 0.12 0.13 0.18 0.29 0.20
N1 0.37 0.27 0.41 0.33 0.23 0.33 0.18 0.25 0.18 0.26 0.23 0.36 0.42 0.48 0.36 0.32 0.17 0.12 0.06 0.09
N2 0.48 0.23 0.55 0.51 0.18 0.53 0.19 0.45 0.26 0.29 0.19 0.28 0.38 0.65 0.57 0.47 0.34 0.30 0.14 0.23
N3 0.40 0.24 0.41 0.37 0.16 0.39 0.22 0.34 0.28 0.29 0.17 0.23 0.35 0.45 0.39 0.39 0.24 0.20 0.06 0.15
N7 0.17 0.21 0.16 0.13 0.17 0.10 0.21 0.10 0.13 0.16 0.18 0.24 0.26 0.17 0.14 0.12 0.13 0.18 0.30 0.20
N9 0.22 0.19 0.20 0.15 0.15 0.17 0.23 0.13 0.21 0.19 0.14 0.17 0.26 0.21 0.14 0.19 0.03 0.04 0.14 0.06
O2' 0.21 0.18 0.24 0.27 0.06 0.30 0.13 0.32 0.13 0.15 0.12 0.06 0.27 0.24 0.30 0.25 0.19 0.13 0.08 0.11
O3' 0.08 0.07 0.04 0.03 0.13 0.06 0.19 0.07 0.17 0.09 0.08 0.15 0.07 0.07 0.05 0.10 0.01 0.02 0.02 0.01
O4' 0.19 0.17 0.16 0.13 0.19 0.16 0.29 0.16 0.25 0.18 0.14 0.21 0.22 0.17 0.13 0.18 0.06 0.03 0.09 0.02
O5' 0.15 0.20 0.12 0.11 0.31 0.06 0.35 0.10 0.28 0.20 0.24 0.35 0.16 0.12 0.12 0.10 0.14 0.21 0.28 0.19
O6 0.25 0.26 0.28 0.21 0.28 0.17 0.20 0.10 0.12 0.19 0.25 0.46 0.38 0.34 0.23 0.19 0.06 0.08 0.19 0.10
OP1 0.26 0.34 0.28 0.28 0.49 0.21 0.50 0.21 0.40 0.33 0.42 0.57 0.30 0.26 0.30 0.21 0.25 0.32 0.33 0.26
OP2 0.23 0.32 0.24 0.28 0.42 0.20 0.38 0.23 0.30 0.28 0.39 0.49 0.30 0.24 0.33 0.17 0.28 0.40 0.46 0.34
P 0.19 0.25 0.20 0.22 0.37 0.15 0.39 0.16 0.31 0.24 0.31 0.43 0.21 0.19 0.24 0.14 0.22 0.29 0.36 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.03 0.08 0.08 0.10 0.08
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.06 0.04 0.14 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.10 0.06
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.05 0.08 0.07 0.13 0.01 0.01 0.01 0.04 0.07 0.09 0.06
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.09 0.10 0.14 0.12
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.09 0.11 0.14 0.13
C5' 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.04 0.08 0.09 0.11 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
N4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.09 0.12 0.16 0.13
O2 0.03 0.00 0.14 0.13 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.16 0.05 0.08 0.08 0.09 0.06
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.12 0.00 0.03 0.04 0.05 0.06 0.08 0.05
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.10 0.06 0.11 0.11 0.16 0.03 0.00 0.02 0.04 0.09 0.09 0.06
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.00 0.07 0.08 0.05 0.07
O5' 0.07 0.08 0.05 0.04 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.08 0.08 0.09 0.08 0.05 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.08 0.07 0.07 0.10 0.04 0.11 0.05 0.09 0.08 0.09 0.12 0.08 0.06 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.10 0.10 0.09 0.14 0.02 0.14 0.02 0.11 0.10 0.12 0.16 0.09 0.08 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.06 0.06 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.09 0.13 0.06 0.05 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00