ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50053

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.013, 0.025, 0.037, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.025 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.018, 0.034, 0.049, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.034 std_dev=0.016
O6 A 0, 0.012, 0.029, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.030 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.016, 0.035, 0.053, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.022, 0.045, 0.068, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.045 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.024, 0.051, 0.079, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.051 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.017, 0.045, 0.073, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.045 std_dev=0.028
N9 A 0, 0.031, 0.065, 0.098, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.065 std_dev=0.034
N2 A 0, 0.046, 0.092, 0.139, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.092 std_dev=0.047
C6 B 0, 0.260, 0.488, 0.715, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.488 std_dev=0.227
O4' A 0, 0.063, 0.299, 0.535, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.299 std_dev=0.236
N1 B 0, 0.282, 0.535, 0.787, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.535 std_dev=0.253
C2' A 0, 0.171, 0.471, 0.771, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.471 std_dev=0.300
C4' A 0, 0.150, 0.495, 0.841, 1.099 max_d=1.099 avg_d=0.495 std_dev=0.345
C5 B 0, 0.285, 0.635, 0.986, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.635 std_dev=0.351
C2 B 0, 0.380, 0.741, 1.102, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.741 std_dev=0.361
C1' B 0, 0.412, 0.784, 1.157, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.784 std_dev=0.373
N3 B 0, 0.281, 0.672, 1.063, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.672 std_dev=0.391
C4 B 0, 0.195, 0.589, 0.983, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.589 std_dev=0.394
O2' A 0, 0.320, 0.715, 1.109, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.715 std_dev=0.395
O4' B 0, 0.311, 0.722, 1.133, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.722 std_dev=0.411
C3' A 0, 0.185, 0.653, 1.122, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.653 std_dev=0.469
N4 B 0, 0.337, 0.821, 1.305, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.821 std_dev=0.484
C2' B 0, 0.535, 1.068, 1.601, 1.479 max_d=1.479 avg_d=1.068 std_dev=0.533
O5' B 0, 0.515, 1.060, 1.605, 1.819 max_d=1.819 avg_d=1.060 std_dev=0.545
O2 B 0, 0.565, 1.121, 1.676, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.121 std_dev=0.556
C5' A 0, 0.215, 0.855, 1.495, 2.008 max_d=2.008 avg_d=0.855 std_dev=0.640
C5' B 0, 0.324, 0.979, 1.634, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.979 std_dev=0.655
C4' B 0, 0.303, 0.963, 1.624, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.963 std_dev=0.660
O3' A 0, 0.368, 1.040, 1.712, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.040 std_dev=0.672
C3' B 0, 0.450, 1.129, 1.809, 1.809 max_d=1.809 avg_d=1.129 std_dev=0.679
OP2 B 0, 0.582, 1.262, 1.942, 2.288 max_d=2.288 avg_d=1.262 std_dev=0.680
P B 0, 0.369, 1.089, 1.809, 2.235 max_d=2.235 avg_d=1.089 std_dev=0.720
O2' B 0, 0.674, 1.431, 2.188, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.431 std_dev=0.757
O5' A 0, 0.045, 0.830, 1.615, 2.408 max_d=2.408 avg_d=0.830 std_dev=0.785
OP1 B 0, 0.526, 1.350, 2.175, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.350 std_dev=0.825
O3' B 0, 0.694, 1.647, 2.599, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.647 std_dev=0.952
P A 0, 0.174, 1.253, 2.332, 3.280 max_d=3.280 avg_d=1.253 std_dev=1.079
OP2 A 0, 0.139, 1.315, 2.492, 3.662 max_d=3.662 avg_d=1.315 std_dev=1.177
OP1 A 0, 0.432, 1.670, 2.907, 3.821 max_d=3.821 avg_d=1.670 std_dev=1.238

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.23 0.04 0.25 0.25 0.25
C2 0.04 0.00 0.12 0.14 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.17 0.03 0.44 0.01 0.45 0.51 0.48
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.09 0.16 0.09 0.16 0.13 0.16 0.08 0.00 0.03 0.00 0.25 0.11 0.29 0.30 0.26
C3' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.21 0.09 0.19 0.14 0.18 0.07 0.01 0.01 0.01 0.31 0.10 0.35 0.28 0.27
C4 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.09 0.03 0.47 0.02 0.49 0.52 0.50
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.08 0.06 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.15 0.22 0.06
C5 0.02 0.00 0.11 0.09 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.15 0.04 0.59 0.01 0.63 0.68 0.64
C5' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.07 0.07 0.10 0.07 0.07 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.20 0.34 0.01
C6 0.03 0.01 0.09 0.08 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.13 0.04 0.60 0.00 0.66 0.72 0.67
C8 0.00 0.01 0.16 0.21 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.24 0.07 0.61 0.02 0.64 0.63 0.63
N1 0.03 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.13 0.03 0.53 0.01 0.56 0.63 0.58
N2 0.04 0.00 0.16 0.19 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.24 0.04 0.38 0.02 0.39 0.46 0.43
N3 0.04 0.00 0.13 0.14 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.16 0.03 0.39 0.01 0.40 0.44 0.42
N7 0.01 0.01 0.16 0.18 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.24 0.06 0.66 0.02 0.72 0.76 0.72
N9 0.01 0.01 0.08 0.07 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.03 0.45 0.03 0.46 0.45 0.47
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.11 0.11 0.10 0.15 0.11 0.12 0.06 0.00 0.05 0.02 0.05 0.13 0.14 0.24 0.10
O3' 0.01 0.17 0.03 0.01 0.09 0.02 0.15 0.04 0.13 0.24 0.13 0.24 0.16 0.24 0.09 0.05 0.00 0.01 0.22 0.16 0.34 0.25 0.15
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.13 0.05 0.15 0.14 0.13
O5' 0.23 0.44 0.25 0.31 0.47 0.01 0.59 0.01 0.60 0.61 0.53 0.38 0.39 0.66 0.45 0.05 0.22 0.13 0.00 0.66 0.03 0.06 0.00
O6 0.04 0.01 0.11 0.10 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.13 0.16 0.05 0.66 0.00 0.75 0.81 0.74
OP1 0.25 0.45 0.29 0.35 0.49 0.15 0.63 0.20 0.66 0.64 0.56 0.39 0.40 0.72 0.46 0.14 0.34 0.15 0.03 0.75 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.51 0.30 0.28 0.52 0.22 0.68 0.34 0.72 0.63 0.63 0.46 0.44 0.76 0.45 0.24 0.25 0.14 0.06 0.81 0.02 0.00 0.01
P 0.25 0.48 0.26 0.27 0.50 0.06 0.64 0.01 0.67 0.63 0.58 0.43 0.42 0.72 0.47 0.10 0.15 0.13 0.00 0.74 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.39 0.31 0.21 0.24 0.20 0.17 0.08 0.22 0.33 0.35 0.21 0.47 0.36 0.18 0.31 0.24 0.08 0.15 0.05
C2 0.18 0.27 0.22 0.15 0.20 0.23 0.26 0.30 0.20 0.12 0.23 0.23 0.46 0.34 0.17 0.22 0.36 0.16 0.36 0.13
C2' 0.39 0.40 0.34 0.26 0.31 0.21 0.27 0.09 0.32 0.39 0.37 0.27 0.43 0.33 0.20 0.33 0.22 0.08 0.22 0.10
C3' 0.20 0.25 0.17 0.14 0.23 0.07 0.19 0.09 0.20 0.22 0.26 0.23 0.26 0.13 0.13 0.15 0.22 0.11 0.05 0.01
C4 0.25 0.37 0.24 0.13 0.23 0.08 0.27 0.13 0.22 0.25 0.32 0.23 0.48 0.28 0.12 0.12 0.26 0.13 0.38 0.13
C4' 0.23 0.25 0.17 0.15 0.19 0.11 0.13 0.06 0.15 0.21 0.25 0.20 0.29 0.17 0.13 0.21 0.17 0.13 0.21 0.08
C5 0.19 0.35 0.23 0.17 0.30 0.06 0.36 0.11 0.28 0.22 0.34 0.31 0.45 0.22 0.17 0.07 0.22 0.27 0.49 0.23
C5' 0.11 0.19 0.14 0.20 0.21 0.08 0.17 0.12 0.12 0.12 0.23 0.26 0.21 0.08 0.25 0.10 0.26 0.22 0.43 0.18
C6 0.13 0.29 0.18 0.13 0.33 0.10 0.38 0.16 0.27 0.15 0.30 0.37 0.45 0.20 0.14 0.12 0.23 0.23 0.52 0.22
C8 0.29 0.36 0.30 0.27 0.28 0.16 0.32 0.11 0.31 0.30 0.36 0.27 0.43 0.27 0.27 0.19 0.18 0.42 0.46 0.31
N1 0.14 0.26 0.17 0.11 0.27 0.19 0.33 0.26 0.25 0.12 0.24 0.32 0.46 0.25 0.12 0.21 0.30 0.13 0.45 0.15
N2 0.21 0.20 0.28 0.26 0.17 0.34 0.23 0.40 0.19 0.10 0.16 0.22 0.39 0.44 0.28 0.31 0.42 0.28 0.32 0.19
N3 0.24 0.33 0.24 0.13 0.18 0.18 0.21 0.25 0.16 0.19 0.27 0.19 0.47 0.34 0.14 0.17 0.35 0.13 0.30 0.11
N7 0.23 0.34 0.28 0.26 0.32 0.11 0.39 0.09 0.31 0.26 0.35 0.32 0.42 0.24 0.27 0.11 0.17 0.44 0.55 0.34
N9 0.30 0.38 0.27 0.19 0.24 0.12 0.23 0.05 0.23 0.29 0.35 0.22 0.46 0.29 0.16 0.20 0.23 0.19 0.31 0.14
O2' 0.57 0.51 0.53 0.46 0.36 0.45 0.33 0.30 0.42 0.51 0.45 0.31 0.56 0.54 0.40 0.55 0.21 0.11 0.22 0.14
O3' 0.24 0.26 0.25 0.24 0.27 0.14 0.26 0.10 0.26 0.26 0.27 0.27 0.26 0.19 0.22 0.20 0.04 0.05 0.04 0.01
O4' 0.28 0.31 0.21 0.14 0.21 0.14 0.15 0.05 0.15 0.24 0.30 0.23 0.39 0.26 0.10 0.24 0.22 0.11 0.13 0.04
O5' 0.62 0.82 0.53 0.45 0.84 0.40 0.72 0.29 0.65 0.70 0.88 0.88 0.84 0.53 0.39 0.53 0.29 0.50 0.27 0.27
O6 0.11 0.23 0.18 0.15 0.36 0.10 0.39 0.15 0.27 0.14 0.28 0.46 0.39 0.17 0.17 0.12 0.20 0.30 0.58 0.27
OP1 0.62 0.85 0.51 0.44 0.95 0.45 0.83 0.42 0.70 0.73 0.94 1.04 0.84 0.51 0.42 0.55 0.56 0.26 0.70 0.45
OP2 0.51 0.72 0.46 0.39 0.78 0.29 0.63 0.19 0.54 0.59 0.82 0.88 0.75 0.44 0.38 0.40 0.08 0.55 0.18 0.26
P 0.56 0.78 0.47 0.38 0.83 0.33 0.69 0.23 0.60 0.65 0.86 0.90 0.80 0.46 0.33 0.47 0.28 0.36 0.30 0.19

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.10 0.08 0.51 0.23
C2 0.02 0.00 0.13 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.13 0.13 0.05 0.19 0.21 0.58 0.28
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.12 0.01 0.09 0.01 0.07 0.07 0.14 0.13 0.14 0.00 0.03 0.01 0.05 0.10 0.56 0.27
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.12 0.06 0.10 0.12 0.10 0.03 0.01 0.01 0.14 0.12 0.49 0.26
C4 0.01 0.01 0.12 0.11 0.00 0.07 0.01 0.14 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.14 0.06 0.32 0.35 0.57 0.33
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.10 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.00 0.02 0.12 0.31 0.11
C5 0.01 0.01 0.09 0.12 0.01 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.15 0.06 0.36 0.36 0.57 0.33
C5' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.14 0.01 0.17 0.00 0.14 0.07 0.10 0.16 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.20 0.10 0.02
C6 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.05 0.32 0.27 0.56 0.29
N1 0.01 0.01 0.07 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.04 0.21 0.18 0.55 0.26
N3 0.02 0.00 0.14 0.10 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.15 0.06 0.25 0.28 0.58 0.31
N4 0.02 0.01 0.13 0.12 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.16 0.07 0.34 0.40 0.55 0.34
O2 0.04 0.00 0.14 0.10 0.00 0.06 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.17 0.16 0.05 0.13 0.16 0.57 0.27
O2' 0.04 0.13 0.00 0.03 0.11 0.03 0.07 0.03 0.05 0.04 0.15 0.13 0.17 0.00 0.10 0.05 0.09 0.10 0.53 0.24
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.14 0.01 0.15 0.03 0.13 0.07 0.15 0.16 0.16 0.10 0.00 0.02 0.23 0.23 0.44 0.26
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.05 0.05 0.02 0.00 0.13 0.07 0.39 0.17
O5' 0.10 0.19 0.05 0.14 0.32 0.02 0.36 0.01 0.32 0.21 0.25 0.34 0.13 0.09 0.23 0.13 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.08 0.21 0.10 0.12 0.35 0.12 0.36 0.20 0.27 0.18 0.28 0.40 0.16 0.10 0.23 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.51 0.58 0.56 0.49 0.57 0.31 0.57 0.10 0.56 0.55 0.58 0.55 0.57 0.53 0.44 0.39 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.23 0.28 0.27 0.26 0.33 0.11 0.33 0.02 0.29 0.26 0.31 0.34 0.27 0.24 0.26 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00