ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50056

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.005, 0.016, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.011, 0.029, 0.046, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.029 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.011, 0.029, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N2 A 0, 0.019, 0.047, 0.074, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.047 std_dev=0.027
C4' B 0, 0.027, 0.138, 0.249, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.138 std_dev=0.111
O3' A 0, 0.018, 0.137, 0.256, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.137 std_dev=0.119
C3' B 0, 0.076, 0.198, 0.320, 0.310 max_d=0.310 avg_d=0.198 std_dev=0.122
C5' B 0, 0.094, 0.224, 0.355, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.224 std_dev=0.130
O3' B 0, 0.111, 0.263, 0.415, 0.354 max_d=0.354 avg_d=0.263 std_dev=0.152
C1' B 0, 0.066, 0.218, 0.371, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.218 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.017, 0.171, 0.326, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.171 std_dev=0.155
C6 B 0, 0.034, 0.189, 0.344, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.189 std_dev=0.155
N1 B 0, 0.026, 0.181, 0.337, 0.412 max_d=0.412 avg_d=0.181 std_dev=0.155
O4' B 0, 0.083, 0.239, 0.394, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.239 std_dev=0.155
N4 B 0, 0.028, 0.184, 0.340, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.184 std_dev=0.156
C5 B 0, 0.030, 0.188, 0.345, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.188 std_dev=0.157
C2' B 0, 0.079, 0.239, 0.399, 0.440 max_d=0.440 avg_d=0.239 std_dev=0.160
C2 B 0, 0.012, 0.173, 0.333, 0.405 max_d=0.405 avg_d=0.173 std_dev=0.160
O2 B 0, 0.044, 0.205, 0.367, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.205 std_dev=0.162
N3 B 0, -0.003, 0.159, 0.321, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.159 std_dev=0.162
OP2 A 0, 0.070, 0.236, 0.402, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.236 std_dev=0.166
C3' A 0, 0.059, 0.243, 0.427, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.243 std_dev=0.184
O2' B 0, 0.126, 0.316, 0.507, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.316 std_dev=0.190
C4' A 0, 0.085, 0.289, 0.493, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.289 std_dev=0.204
C2' A 0, 0.079, 0.288, 0.497, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.288 std_dev=0.209
O4' A 0, 0.117, 0.351, 0.586, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.351 std_dev=0.234
P A 0, 0.029, 0.298, 0.567, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.298 std_dev=0.269
O5' A 0, 0.086, 0.398, 0.710, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.398 std_dev=0.312
OP1 A 0, 0.058, 0.389, 0.720, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.389 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.150, 0.512, 0.874, 0.992 max_d=0.992 avg_d=0.512 std_dev=0.362
P B 0, 0.106, 0.490, 0.873, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.490 std_dev=0.384
C5' A 0, 0.148, 0.548, 0.949, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.548 std_dev=0.401
OP1 B 0, 0.271, 0.764, 1.257, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.764 std_dev=0.493
O5' B 0, 0.154, 0.714, 1.274, 1.567 max_d=1.567 avg_d=0.714 std_dev=0.560
OP2 B 0, 0.337, 1.196, 2.055, 2.381 max_d=2.381 avg_d=1.196 std_dev=0.859

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.11 0.02
C2 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.04 0.08 0.06 0.01 0.05 0.12 0.03
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.10 0.19 0.11
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.14 0.07
C4 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.12 0.02
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.06 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.06 0.01 0.03 0.13 0.03
C5' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.00
C6 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.13 0.03
C8 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.06 0.01 0.03 0.14 0.04
N1 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.03 0.06 0.07 0.00 0.03 0.12 0.03
N2 0.01 0.00 0.11 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.09 0.07 0.01 0.06 0.11 0.03
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.04 0.08 0.06 0.01 0.05 0.11 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.04 0.14 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.12 0.02
O2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.02 0.08 0.05 0.13 0.21 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.06 0.13 0.22 0.13
O3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.11 0.03
O4' 0.00 0.08 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.06 0.09 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.03 0.11 0.12 0.09
O5' 0.04 0.06 0.09 0.08 0.06 0.01 0.06 0.00 0.06 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.06 0.11 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.13 0.04
OP1 0.05 0.05 0.10 0.07 0.03 0.09 0.03 0.10 0.03 0.03 0.03 0.06 0.05 0.04 0.03 0.13 0.08 0.11 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.12 0.19 0.14 0.12 0.06 0.13 0.03 0.13 0.14 0.12 0.11 0.11 0.14 0.12 0.22 0.11 0.12 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.11 0.07 0.02 0.03 0.03 0.00 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.13 0.03 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.10 0.13 0.04 0.05 0.04 0.09 0.22 0.13 0.14 0.06 0.03 0.11 0.17 0.04 0.18 0.35 0.16 0.55 0.29
C2 0.14 0.04 0.15 0.09 0.07 0.09 0.08 0.23 0.03 0.06 0.03 0.09 0.07 0.23 0.10 0.09 0.24 0.16 0.30 0.18
C2' 0.09 0.04 0.05 0.11 0.02 0.12 0.04 0.33 0.06 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.15 0.10 0.27 0.06 0.47 0.18
C3' 0.09 0.04 0.04 0.11 0.02 0.10 0.03 0.30 0.05 0.06 0.02 0.04 0.04 0.05 0.17 0.11 0.23 0.04 0.49 0.18
C4 0.17 0.08 0.14 0.06 0.02 0.07 0.05 0.24 0.09 0.12 0.03 0.05 0.10 0.21 0.06 0.14 0.33 0.17 0.40 0.23
C4' 0.15 0.07 0.07 0.04 0.02 0.03 0.05 0.24 0.09 0.10 0.03 0.04 0.08 0.12 0.09 0.16 0.27 0.06 0.52 0.22
C5 0.17 0.10 0.16 0.08 0.04 0.07 0.06 0.23 0.10 0.13 0.05 0.04 0.11 0.22 0.09 0.12 0.36 0.20 0.37 0.23
C5' 0.13 0.06 0.04 0.08 0.01 0.06 0.03 0.27 0.07 0.08 0.02 0.04 0.07 0.09 0.14 0.14 0.25 0.06 0.45 0.17
C6 0.15 0.08 0.17 0.09 0.02 0.08 0.04 0.22 0.06 0.10 0.03 0.05 0.10 0.24 0.12 0.10 0.33 0.21 0.31 0.21
C8 0.18 0.12 0.15 0.05 0.09 0.05 0.12 0.23 0.15 0.15 0.09 0.05 0.12 0.20 0.05 0.16 0.40 0.20 0.48 0.27
N1 0.14 0.05 0.17 0.10 0.06 0.09 0.06 0.22 0.03 0.07 0.02 0.08 0.08 0.25 0.13 0.08 0.27 0.19 0.28 0.18
N2 0.11 0.03 0.14 0.10 0.09 0.10 0.11 0.22 0.07 0.03 0.05 0.11 0.05 0.24 0.12 0.08 0.17 0.13 0.26 0.15
N3 0.16 0.05 0.13 0.06 0.05 0.07 0.05 0.25 0.04 0.08 0.01 0.08 0.08 0.20 0.07 0.12 0.26 0.15 0.36 0.20
N7 0.17 0.12 0.16 0.07 0.09 0.07 0.11 0.23 0.14 0.15 0.09 0.05 0.12 0.22 0.07 0.14 0.39 0.21 0.41 0.25
N9 0.18 0.10 0.14 0.05 0.05 0.05 0.09 0.23 0.13 0.14 0.06 0.03 0.11 0.19 0.04 0.17 0.36 0.18 0.48 0.26
O2' 0.09 0.04 0.08 0.14 0.02 0.18 0.03 0.37 0.06 0.06 0.02 0.05 0.04 0.08 0.18 0.11 0.27 0.09 0.50 0.19
O3' 0.13 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.05 0.22 0.08 0.09 0.04 0.03 0.08 0.07 0.11 0.15 0.22 0.06 0.58 0.24
O4' 0.20 0.10 0.13 0.05 0.03 0.06 0.07 0.21 0.13 0.14 0.05 0.04 0.11 0.19 0.05 0.20 0.34 0.13 0.54 0.27
O5' 0.12 0.06 0.05 0.08 0.03 0.08 0.05 0.28 0.08 0.09 0.03 0.05 0.06 0.10 0.12 0.14 0.28 0.08 0.48 0.18
O6 0.14 0.09 0.18 0.11 0.03 0.09 0.04 0.21 0.07 0.10 0.05 0.03 0.11 0.25 0.14 0.09 0.34 0.23 0.29 0.20
OP1 0.14 0.11 0.07 0.09 0.11 0.08 0.10 0.29 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.29 0.10 0.48 0.18
OP2 0.27 0.24 0.23 0.18 0.23 0.19 0.23 0.29 0.24 0.25 0.23 0.22 0.24 0.28 0.17 0.27 0.34 0.21 0.54 0.26
P 0.17 0.13 0.11 0.08 0.11 0.09 0.11 0.27 0.13 0.14 0.11 0.11 0.13 0.16 0.10 0.17 0.29 0.10 0.50 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.24 0.26 0.15 0.13
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.02 0.33 0.25 0.14 0.13
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.02 0.01 0.15 0.21 0.25 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.04 0.10 0.07 0.01 0.01 0.02 0.08 0.20 0.35 0.07
C4 0.00 0.00 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.35 0.20 0.18 0.12
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.00 0.13 0.06 0.06 0.12 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.19 0.23 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.14 0.00 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.01 0.34 0.18 0.22 0.13
C5' 0.06 0.16 0.01 0.01 0.29 0.00 0.33 0.00 0.29 0.18 0.22 0.31 0.10 0.04 0.06 0.02 0.00 0.26 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.11 0.00 0.13 0.00 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.01 0.32 0.20 0.20 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.31 0.24 0.16 0.13
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01 0.35 0.23 0.15 0.12
N4 0.00 0.00 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.01 0.35 0.19 0.18 0.11
O2 0.01 0.00 0.09 0.07 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.12 0.02 0.31 0.27 0.14 0.13
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.02 0.06 0.03 0.12 0.00 0.03 0.05 0.03 0.17 0.30 0.05
O3' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.07 0.01 0.12 0.06 0.11 0.03 0.03 0.09 0.12 0.03 0.00 0.01 0.15 0.17 0.55 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.24 0.30 0.19 0.21
O5' 0.24 0.33 0.15 0.08 0.35 0.00 0.34 0.00 0.32 0.31 0.35 0.35 0.31 0.03 0.15 0.24 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.26 0.25 0.21 0.20 0.20 0.19 0.18 0.26 0.20 0.24 0.23 0.19 0.27 0.17 0.17 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.14 0.25 0.35 0.18 0.23 0.22 0.20 0.20 0.16 0.15 0.18 0.14 0.30 0.55 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.13 0.00 0.07 0.12 0.03 0.13 0.01 0.13 0.13 0.12 0.11 0.13 0.05 0.24 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00