ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50057

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.023, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.023 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.025 std_dev=0.018
N2 A 0, 0.001, 0.023, 0.046, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.009, 0.038, 0.067, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.038 std_dev=0.029
C5 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N1 A 0, 0.012, 0.043, 0.074, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.043 std_dev=0.031
C4 A 0, 0.015, 0.055, 0.095, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.055 std_dev=0.040
N9 A 0, 0.017, 0.059, 0.101, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.059 std_dev=0.042
O6 A 0, 0.018, 0.064, 0.110, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.064 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.025, 0.086, 0.146, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.086 std_dev=0.061
C8 A 0, 0.031, 0.106, 0.181, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.106 std_dev=0.075
O4' A 0, 0.062, 0.216, 0.370, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.216 std_dev=0.154
C2 B 0, 0.070, 0.250, 0.429, 0.415 max_d=0.415 avg_d=0.250 std_dev=0.180
C2' A 0, 0.088, 0.312, 0.535, 0.511 max_d=0.511 avg_d=0.312 std_dev=0.223
C4' A 0, 0.091, 0.318, 0.546, 0.520 max_d=0.520 avg_d=0.318 std_dev=0.228
N3 B 0, 0.091, 0.328, 0.565, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.328 std_dev=0.237
O2' A 0, 0.110, 0.390, 0.669, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.390 std_dev=0.279
C3' A 0, 0.119, 0.423, 0.726, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.423 std_dev=0.303
O2 B 0, 0.164, 0.568, 0.971, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.568 std_dev=0.403
N1 B 0, 0.171, 0.588, 1.004, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.588 std_dev=0.417
C5' A 0, 0.175, 0.603, 1.032, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.603 std_dev=0.429
C4 B 0, 0.180, 0.615, 1.050, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.615 std_dev=0.435
O5' A 0, 0.184, 0.637, 1.090, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.637 std_dev=0.453
OP1 A 0, 0.185, 0.650, 1.115, 1.058 max_d=1.058 avg_d=0.650 std_dev=0.465
P A 0, 0.196, 0.670, 1.145, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.670 std_dev=0.475
O3' A 0, 0.181, 0.659, 1.136, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.659 std_dev=0.478
OP2 A 0, 0.227, 0.777, 1.327, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.777 std_dev=0.550
C6 B 0, 0.228, 0.783, 1.338, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.783 std_dev=0.555
C5 B 0, 0.234, 0.801, 1.368, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.801 std_dev=0.567
N4 B 0, 0.295, 1.006, 1.718, 1.523 max_d=1.523 avg_d=1.006 std_dev=0.712
C1' B 0, 0.304, 1.036, 1.769, 1.557 max_d=1.557 avg_d=1.036 std_dev=0.733
O4' B 0, 0.383, 1.309, 2.234, 1.991 max_d=1.991 avg_d=1.309 std_dev=0.926
C2' B 0, 0.386, 1.316, 2.247, 1.984 max_d=1.984 avg_d=1.316 std_dev=0.931
P B 0, 0.377, 1.310, 2.244, 2.103 max_d=2.103 avg_d=1.310 std_dev=0.933
O5' B 0, 0.399, 1.370, 2.341, 2.140 max_d=2.140 avg_d=1.370 std_dev=0.971
C5' B 0, 0.426, 1.478, 2.530, 2.360 max_d=2.360 avg_d=1.478 std_dev=1.052
O2' B 0, 0.448, 1.534, 2.620, 2.364 max_d=2.364 avg_d=1.534 std_dev=1.086
C4' B 0, 0.449, 1.540, 2.630, 2.385 max_d=2.385 avg_d=1.540 std_dev=1.091
OP2 B 0, 0.454, 1.572, 2.690, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.572 std_dev=1.118
OP1 B 0, 0.466, 1.605, 2.744, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.605 std_dev=1.139
C3' B 0, 0.473, 1.618, 2.763, 2.472 max_d=2.472 avg_d=1.618 std_dev=1.145
O3' B 0, 0.588, 2.012, 3.435, 3.087 max_d=3.087 avg_d=2.012 std_dev=1.424

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.08 0.06
C2 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.12 0.02 0.07 0.01 0.07 0.15 0.11
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.08 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.06 0.10 0.08 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.07 0.14 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.16 0.12
C5' 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.00 0.10 0.16 0.13
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.08 0.13 0.12
N1 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.09 0.16 0.12
N2 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.15 0.02 0.07 0.01 0.07 0.14 0.11
N3 0.01 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.12 0.02 0.06 0.01 0.07 0.13 0.10
N7 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.10 0.16 0.13
N9 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.12 0.10
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04 0.08 0.15 0.12 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.17 0.11 0.12
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.07
O5' 0.03 0.07 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.06 0.05 0.01 0.07 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.00 0.10 0.17 0.13
OP1 0.03 0.07 0.05 0.08 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.07 0.07 0.10 0.06 0.05 0.17 0.05 0.02 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.15 0.01 0.03 0.14 0.02 0.16 0.01 0.16 0.13 0.16 0.14 0.13 0.16 0.12 0.02 0.11 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.11 0.01 0.04 0.11 0.01 0.12 0.00 0.13 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.10 0.01 0.12 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.06 0.02 0.03 0.03 0.22 0.01 0.29 0.10 0.20 0.04 0.08 0.29 0.14 0.10 0.04 0.03 0.12 0.06 0.03 0.04
C2 0.24 0.04 0.24 0.29 0.11 0.32 0.20 0.35 0.23 0.17 0.03 0.11 0.06 0.22 0.30 0.34 0.33 0.26 0.22 0.23
C2' 0.09 0.03 0.05 0.03 0.19 0.02 0.27 0.08 0.19 0.03 0.06 0.25 0.16 0.14 0.03 0.06 0.12 0.08 0.04 0.06
C3' 0.07 0.05 0.04 0.02 0.28 0.07 0.34 0.03 0.23 0.07 0.15 0.35 0.07 0.13 0.01 0.10 0.05 0.02 0.04 0.01
C4 0.06 0.03 0.08 0.12 0.20 0.13 0.27 0.21 0.22 0.10 0.10 0.24 0.08 0.05 0.13 0.11 0.21 0.15 0.11 0.13
C4' 0.07 0.04 0.04 0.01 0.30 0.06 0.35 0.02 0.23 0.06 0.15 0.39 0.09 0.13 0.01 0.09 0.04 0.03 0.09 0.04
C5 0.02 0.05 0.02 0.03 0.20 0.04 0.21 0.11 0.13 0.06 0.12 0.25 0.04 0.05 0.03 0.03 0.14 0.09 0.06 0.08
C5' 0.06 0.09 0.03 0.02 0.36 0.09 0.39 0.05 0.24 0.09 0.22 0.48 0.03 0.12 0.03 0.11 0.07 0.10 0.15 0.10
C6 0.07 0.06 0.06 0.06 0.13 0.09 0.11 0.14 0.08 0.07 0.09 0.15 0.02 0.08 0.07 0.08 0.17 0.12 0.10 0.10
C8 0.09 0.03 0.08 0.08 0.25 0.09 0.26 0.02 0.12 0.02 0.14 0.35 0.07 0.12 0.08 0.12 0.09 0.07 0.08 0.07
N1 0.19 0.05 0.18 0.20 0.08 0.22 0.12 0.26 0.15 0.13 0.05 0.08 0.02 0.18 0.20 0.23 0.26 0.20 0.18 0.18
N2 0.32 0.05 0.34 0.40 0.07 0.44 0.18 0.44 0.25 0.21 0.01 0.05 0.08 0.33 0.43 0.44 0.40 0.34 0.27 0.29
N3 0.17 0.03 0.19 0.26 0.17 0.29 0.26 0.35 0.26 0.15 0.06 0.18 0.09 0.14 0.27 0.29 0.32 0.25 0.19 0.22
N7 0.08 0.04 0.07 0.09 0.24 0.09 0.21 0.02 0.07 0.03 0.14 0.33 0.04 0.10 0.09 0.12 0.09 0.07 0.05 0.06
N9 0.03 0.02 0.01 0.03 0.23 0.02 0.29 0.10 0.19 0.05 0.11 0.30 0.10 0.07 0.03 0.02 0.13 0.07 0.03 0.06
O2' 0.13 0.10 0.10 0.05 0.14 0.04 0.23 0.10 0.17 0.06 0.03 0.20 0.24 0.19 0.06 0.07 0.12 0.10 0.06 0.08
O3' 0.06 0.06 0.04 0.03 0.28 0.08 0.33 0.06 0.23 0.07 0.15 0.35 0.07 0.14 0.02 0.11 0.01 0.01 0.02 0.00
O4' 0.06 0.02 0.03 0.01 0.27 0.03 0.32 0.05 0.21 0.05 0.13 0.36 0.11 0.11 0.01 0.06 0.07 0.02 0.07 0.03
O5' 0.05 0.13 0.04 0.06 0.40 0.12 0.40 0.09 0.23 0.10 0.27 0.52 0.04 0.11 0.08 0.13 0.11 0.16 0.22 0.16
O6 0.04 0.06 0.02 0.01 0.09 0.03 0.05 0.07 0.04 0.04 0.10 0.12 0.05 0.06 0.00 0.03 0.12 0.09 0.07 0.07
OP1 0.12 0.13 0.14 0.19 0.42 0.25 0.38 0.25 0.18 0.07 0.30 0.58 0.05 0.21 0.24 0.22 0.26 0.38 0.42 0.33
OP2 0.04 0.23 0.06 0.13 0.48 0.17 0.41 0.16 0.20 0.13 0.38 0.65 0.16 0.10 0.17 0.15 0.20 0.28 0.34 0.26
P 0.05 0.17 0.06 0.12 0.45 0.17 0.40 0.16 0.21 0.11 0.33 0.60 0.09 0.12 0.16 0.15 0.19 0.28 0.35 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.07 0.08 0.11 0.05
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.16 0.16 0.26 0.17
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.02 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.08 0.04 0.00 0.01 0.01 0.07 0.10 0.16 0.09
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.06 0.03 0.04 0.09 0.04 0.01 0.00 0.02 0.07 0.12 0.14 0.10
C4 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.09 0.02 0.28 0.30 0.41 0.32
C4' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.01 0.06 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00
C5 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.07 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.04 0.30 0.33 0.42 0.35
C5' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.16 0.00 0.20 0.00 0.17 0.09 0.10 0.18 0.04 0.07 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.26 0.27 0.32 0.28
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.17 0.17 0.23 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.01 0.22 0.23 0.34 0.24
N4 0.01 0.00 0.08 0.09 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.12 0.03 0.30 0.34 0.47 0.37
O2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.11 0.09 0.20 0.10
O2' 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.09 0.05 0.00 0.00 0.03 0.05 0.03 0.11 0.04
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.06 0.03 0.06 0.12 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.12 0.13 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.04 0.03
O5' 0.07 0.16 0.07 0.07 0.28 0.01 0.30 0.00 0.26 0.17 0.22 0.30 0.11 0.05 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.16 0.10 0.12 0.30 0.06 0.33 0.07 0.27 0.17 0.23 0.34 0.09 0.03 0.12 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.26 0.16 0.14 0.41 0.04 0.42 0.02 0.32 0.23 0.34 0.47 0.20 0.11 0.13 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.17 0.09 0.10 0.32 0.00 0.35 0.01 0.28 0.17 0.24 0.37 0.10 0.04 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00