ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50058

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N7 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C8 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
N2 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
O4' A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.031 std_dev=0.031
O2' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C4' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O3' A 0, 0.000, 0.062, 0.123, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.062 std_dev=0.062
C5' A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O5' B 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
P B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C5' B 0, 0.000, 0.097, 0.193, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.097 std_dev=0.097
OP2 B 0, 0.000, 0.099, 0.197, 0.197 max_d=0.197 avg_d=0.099 std_dev=0.099
N1 B 0, 0.000, 0.100, 0.200, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.100 std_dev=0.100
O4' B 0, 0.000, 0.106, 0.212, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.106 std_dev=0.106
C4' B 0, 0.000, 0.109, 0.218, 0.218 max_d=0.218 avg_d=0.109 std_dev=0.109
OP1 B 0, 0.000, 0.118, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.118 std_dev=0.118
O5' A 0, 0.000, 0.119, 0.237, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.119 std_dev=0.119
C6 B 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
C2 B 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
C1' B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C5 B 0, 0.000, 0.149, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C3' B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C4 B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O2 B 0, 0.000, 0.175, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.175 std_dev=0.175
C2' B 0, 0.000, 0.183, 0.366, 0.366 max_d=0.366 avg_d=0.183 std_dev=0.183
O3' B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.000, 0.218, 0.436, 0.436 max_d=0.436 avg_d=0.218 std_dev=0.218
N4 B 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
P A 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP2 A 0, 0.000, 0.296, 0.591, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.296 std_dev=0.296
OP1 A 0, 0.000, 0.296, 0.593, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.296 std_dev=0.296

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.08 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.08 0.06
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.07 0.11 0.08
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.00 0.07 0.12 0.09
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.10 0.08
N2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.05
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.09 0.12 0.10
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.07 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.08 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03
O5' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.13 0.10
OP1 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.05 0.02 0.02 0.09 0.04 0.04 0.08 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.00 0.04 0.08 0.01 0.11 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.07 0.12 0.07 0.01 0.08 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.00 0.03 0.06 0.00 0.08 0.01 0.09 0.08 0.08 0.05 0.05 0.10 0.06 0.01 0.07 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.00 0.05 0.04 0.04 0.03 0.08 0.01 0.09 0.04 0.00 0.03 0.03 0.08 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01
C2 0.09 0.01 0.09 0.08 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06 0.02 0.03 0.00 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05
C2' 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03 0.09 0.02 0.09 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01
C3' 0.03 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.10 0.00 0.09 0.04 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
C4 0.06 0.02 0.06 0.05 0.03 0.04 0.07 0.03 0.09 0.05 0.01 0.02 0.00 0.08 0.05 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04
C4' 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.03 0.09 0.01 0.09 0.04 0.02 0.06 0.02 0.08 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
C5 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.08 0.03 0.09 0.06 0.04 0.04 0.02 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04
C5' 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.03 0.06 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.07 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.04 0.08 0.07 0.05 0.03 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05
C8 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.09 0.00 0.08 0.05 0.03 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03
N1 0.08 0.05 0.08 0.08 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.07 0.02 0.01 0.05 0.09 0.08 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06
N2 0.10 0.01 0.11 0.10 0.04 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.05 0.07 0.01 0.12 0.10 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05
N3 0.08 0.00 0.08 0.07 0.01 0.05 0.05 0.04 0.08 0.05 0.01 0.01 0.02 0.10 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04
N7 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.05 0.07 0.02 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03
N9 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02
O2' 0.05 0.00 0.06 0.05 0.04 0.04 0.08 0.03 0.09 0.04 0.00 0.04 0.04 0.09 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01
O3' 0.03 0.03 0.03 0.02 0.08 0.02 0.11 0.01 0.10 0.05 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
O4' 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.09 0.01 0.09 0.04 0.01 0.04 0.03 0.08 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.04
O6 0.07 0.08 0.06 0.06 0.07 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06
OP1 0.04 0.01 0.04 0.04 0.05 0.05 0.08 0.04 0.07 0.04 0.02 0.05 0.01 0.08 0.05 0.04 0.06 0.11 0.08 0.09
OP2 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.03 0.01 0.06 0.11 0.11 0.10
P 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.09 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02
C2 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.06 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.10 0.11 0.13 0.11
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.02 0.12 0.13 0.15 0.13
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.07 0.04 0.06 0.09 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.10 0.10 0.11 0.11
N1 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.08 0.10 0.07
N4 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.11 0.13 0.15 0.13
O2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03
O3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.06 0.06 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.11 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.02 0.02 0.11 0.02 0.13 0.03 0.10 0.06 0.08 0.13 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.06 0.00 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.11 0.06 0.10 0.15 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.02 0.01 0.11 0.01 0.13 0.01 0.11 0.06 0.07 0.13 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00