ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50062

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 9, 24, 19, 13, 4, 5, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.023, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.019, 0.035, 0.051, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.035 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.020, 0.038, 0.055, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.038 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.017, 0.035, 0.054, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.035 std_dev=0.018
O6 A 0, 0.025, 0.048, 0.071, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.048 std_dev=0.023
N7 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.020, 0.049, 0.079, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.049 std_dev=0.030
N2 A 0, 0.020, 0.051, 0.083, 0.254 max_d=0.254 avg_d=0.051 std_dev=0.031
C5 B 0, 0.411, 0.596, 0.780, 1.407 max_d=1.407 avg_d=0.596 std_dev=0.185
C6 B 0, 0.282, 0.471, 0.660, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.471 std_dev=0.189
N1 B 0, 0.330, 0.520, 0.710, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.520 std_dev=0.190
N3 B 0, 0.300, 0.492, 0.683, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.492 std_dev=0.192
C4 B 0, 0.277, 0.476, 0.676, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.476 std_dev=0.200
C2 B 0, 0.452, 0.664, 0.875, 1.235 max_d=1.235 avg_d=0.664 std_dev=0.211
O4' A 0, -0.011, 0.225, 0.462, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.225 std_dev=0.237
O4' B 0, 0.557, 0.797, 1.037, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.797 std_dev=0.240
C2' A 0, -0.001, 0.243, 0.488, 1.935 max_d=1.935 avg_d=0.243 std_dev=0.244
O4 B 0, 0.406, 0.676, 0.947, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.676 std_dev=0.271
C1' B 0, 0.509, 0.783, 1.057, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.783 std_dev=0.274
O2 B 0, 0.764, 1.060, 1.357, 1.793 max_d=1.793 avg_d=1.060 std_dev=0.296
O2' A 0, 0.043, 0.353, 0.662, 2.556 max_d=2.556 avg_d=0.353 std_dev=0.310
C4' B 0, 0.539, 0.868, 1.196, 1.810 max_d=1.810 avg_d=0.868 std_dev=0.328
C5' B 0, 0.373, 0.717, 1.061, 1.721 max_d=1.721 avg_d=0.717 std_dev=0.344
P B 0, 0.259, 0.605, 0.952, 1.937 max_d=1.937 avg_d=0.605 std_dev=0.346
C3' A 0, 0.058, 0.406, 0.754, 2.753 max_d=2.753 avg_d=0.406 std_dev=0.348
C4' A 0, 0.069, 0.421, 0.773, 2.882 max_d=2.882 avg_d=0.421 std_dev=0.352
C2' B 0, 0.581, 0.953, 1.324, 1.882 max_d=1.882 avg_d=0.953 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.253, 0.626, 0.999, 2.367 max_d=2.367 avg_d=0.626 std_dev=0.373
C3' B 0, 0.517, 0.930, 1.343, 2.012 max_d=2.012 avg_d=0.930 std_dev=0.413
O3' A 0, 0.091, 0.535, 0.979, 3.094 max_d=3.094 avg_d=0.535 std_dev=0.444
O2' B 0, 0.810, 1.298, 1.787, 2.453 max_d=2.453 avg_d=1.298 std_dev=0.489
OP2 B 0, 0.266, 0.765, 1.265, 3.667 max_d=3.667 avg_d=0.765 std_dev=0.500
OP1 B 0, 0.251, 0.769, 1.287, 3.498 max_d=3.498 avg_d=0.769 std_dev=0.518
C5' A 0, 0.263, 0.792, 1.321, 4.092 max_d=4.092 avg_d=0.792 std_dev=0.529
O3' B 0, 0.564, 1.239, 1.914, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.239 std_dev=0.675
O5' A 0, 0.458, 1.368, 2.279, 4.683 max_d=4.683 avg_d=1.368 std_dev=0.911
P A 0, 0.942, 1.860, 2.779, 4.327 max_d=4.327 avg_d=1.860 std_dev=0.918
OP1 A 0, 1.180, 2.242, 3.304, 5.256 max_d=5.256 avg_d=2.242 std_dev=1.062
OP2 A 0, 1.181, 2.247, 3.313, 5.714 max_d=5.714 avg_d=2.247 std_dev=1.066

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.26 0.02 0.40 0.37 0.24
C2 0.04 0.00 0.19 0.20 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.22 0.11 0.56 0.01 0.89 0.52 0.55
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.10 0.01 0.06 0.07 0.09 0.10 0.15 0.23 0.19 0.08 0.03 0.00 0.02 0.01 0.27 0.08 0.48 0.44 0.32
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.03 0.16 0.16 0.18 0.24 0.19 0.16 0.09 0.02 0.01 0.02 0.34 0.17 0.54 0.42 0.37
C4 0.02 0.01 0.10 0.13 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.11 0.06 0.57 0.01 0.82 0.50 0.52
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.13 0.09 0.12 0.09 0.13 0.06 0.09 0.02 0.00 0.02 0.11 0.26 0.37 0.10
C5 0.01 0.01 0.06 0.14 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.04 0.70 0.01 0.99 0.64 0.65
C5' 0.06 0.20 0.07 0.03 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.25 0.23 0.20 0.17 0.28 0.16 0.05 0.08 0.02 0.01 0.29 0.31 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.16 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.15 0.06 0.73 0.01 1.09 0.70 0.71
C8 0.01 0.01 0.10 0.16 0.01 0.13 0.01 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.16 0.07 0.68 0.02 0.81 0.57 0.57
N1 0.03 0.00 0.15 0.18 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.18 0.09 0.66 0.01 1.03 0.63 0.65
N2 0.05 0.01 0.23 0.24 0.01 0.12 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.25 0.28 0.13 0.52 0.02 0.87 0.49 0.53
N3 0.04 0.01 0.19 0.19 0.00 0.09 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.20 0.11 0.49 0.01 0.77 0.45 0.47
N7 0.01 0.01 0.08 0.16 0.01 0.13 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.05 0.76 0.02 1.00 0.71 0.70
N9 0.01 0.01 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.07 0.02 0.52 0.02 0.67 0.44 0.43
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.12 0.15 0.25 0.18 0.11 0.05 0.00 0.04 0.08 0.10 0.11 0.35 0.51 0.24
O3' 0.08 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.08 0.15 0.16 0.18 0.28 0.20 0.17 0.07 0.04 0.00 0.07 0.32 0.16 0.65 0.55 0.43
O4' 0.01 0.11 0.01 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.06 0.07 0.09 0.13 0.11 0.05 0.02 0.08 0.07 0.00 0.20 0.05 0.30 0.45 0.26
O5' 0.26 0.56 0.27 0.34 0.57 0.02 0.70 0.01 0.73 0.68 0.66 0.52 0.49 0.76 0.52 0.10 0.32 0.20 0.00 0.78 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.17 0.01 0.11 0.01 0.29 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.11 0.16 0.05 0.78 0.00 1.18 0.80 0.78
OP1 0.40 0.89 0.48 0.54 0.82 0.26 0.99 0.31 1.09 0.81 1.03 0.87 0.77 1.00 0.67 0.35 0.65 0.30 0.02 1.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.37 0.52 0.44 0.42 0.50 0.37 0.64 0.38 0.70 0.57 0.63 0.49 0.45 0.71 0.44 0.51 0.55 0.45 0.02 0.80 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.55 0.32 0.37 0.52 0.10 0.65 0.02 0.71 0.57 0.65 0.53 0.47 0.70 0.43 0.24 0.43 0.26 0.01 0.78 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.26 0.22 0.24 0.31 0.26 0.30 0.30 0.24 0.23 0.28 0.27 0.27 0.24 0.36 0.28 0.27 0.13 0.20 0.08
C2 0.30 0.28 0.30 0.24 0.22 0.29 0.21 0.29 0.20 0.24 0.26 0.35 0.36 0.30 0.27 0.30 0.24 0.31 0.27 0.18
C2' 0.39 0.34 0.38 0.41 0.32 0.43 0.33 0.46 0.33 0.35 0.32 0.36 0.41 0.42 0.34 0.43 0.40 0.13 0.17 0.18
C3' 0.42 0.40 0.49 0.49 0.40 0.48 0.41 0.53 0.41 0.40 0.39 0.40 0.45 0.51 0.40 0.44 0.48 0.25 0.16 0.37
C4 0.24 0.26 0.21 0.18 0.27 0.23 0.22 0.26 0.18 0.21 0.28 0.29 0.25 0.18 0.33 0.25 0.25 0.27 0.21 0.12
C4' 0.31 0.31 0.37 0.39 0.38 0.40 0.38 0.48 0.33 0.31 0.34 0.30 0.34 0.43 0.43 0.35 0.41 0.30 0.20 0.37
C5 0.22 0.25 0.20 0.18 0.24 0.22 0.17 0.26 0.16 0.19 0.27 0.29 0.25 0.16 0.31 0.24 0.29 0.34 0.25 0.19
C5' 0.35 0.39 0.47 0.45 0.50 0.43 0.49 0.52 0.42 0.38 0.45 0.38 0.43 0.49 0.56 0.37 0.49 0.44 0.42 0.50
C6 0.24 0.26 0.22 0.18 0.19 0.22 0.20 0.25 0.19 0.21 0.26 0.33 0.29 0.18 0.26 0.26 0.28 0.37 0.27 0.20
C8 0.21 0.24 0.20 0.22 0.29 0.24 0.20 0.29 0.16 0.18 0.28 0.26 0.23 0.22 0.38 0.25 0.34 0.32 0.27 0.24
N1 0.28 0.27 0.27 0.21 0.19 0.25 0.20 0.26 0.19 0.22 0.24 0.35 0.33 0.26 0.26 0.28 0.24 0.34 0.26 0.18
N2 0.36 0.29 0.39 0.33 0.23 0.36 0.22 0.35 0.22 0.26 0.26 0.38 0.48 0.43 0.28 0.35 0.27 0.34 0.33 0.25
N3 0.29 0.28 0.27 0.22 0.27 0.27 0.25 0.29 0.22 0.24 0.28 0.32 0.33 0.26 0.30 0.27 0.23 0.27 0.26 0.15
N7 0.20 0.24 0.20 0.21 0.26 0.23 0.17 0.28 0.16 0.18 0.28 0.27 0.24 0.19 0.35 0.24 0.34 0.37 0.32 0.26
N9 0.23 0.25 0.20 0.20 0.30 0.24 0.25 0.28 0.19 0.21 0.28 0.27 0.23 0.20 0.37 0.25 0.28 0.23 0.18 0.13
O2' 0.43 0.35 0.38 0.40 0.35 0.43 0.36 0.43 0.35 0.36 0.33 0.38 0.51 0.42 0.38 0.45 0.34 0.19 0.38 0.15
O3' 0.43 0.39 0.52 0.54 0.37 0.52 0.38 0.58 0.40 0.41 0.37 0.40 0.49 0.58 0.36 0.46 0.51 0.41 0.16 0.47
O4' 0.25 0.26 0.24 0.24 0.35 0.27 0.33 0.33 0.25 0.24 0.30 0.27 0.26 0.27 0.42 0.28 0.29 0.10 0.14 0.19
O5' 0.59 0.73 0.75 0.66 0.86 0.57 0.83 0.62 0.72 0.68 0.80 0.70 0.69 0.67 0.92 0.52 0.66 0.52 0.70 0.62
O6 0.24 0.27 0.22 0.19 0.20 0.22 0.24 0.25 0.22 0.22 0.26 0.34 0.31 0.19 0.25 0.26 0.30 0.41 0.32 0.24
OP1 1.00 1.20 1.20 1.04 1.37 0.88 1.29 0.89 1.15 1.12 1.31 1.17 1.20 1.07 1.46 0.83 0.98 0.92 1.08 0.96
OP2 0.63 0.72 0.79 0.79 0.85 0.67 0.78 0.68 0.69 0.67 0.80 0.70 0.77 0.86 0.94 0.58 0.76 0.76 0.90 0.75
P 0.70 0.83 0.93 0.79 0.96 0.65 0.92 0.67 0.82 0.78 0.91 0.81 0.91 0.80 1.04 0.58 0.77 0.67 0.90 0.74

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.16 0.02 0.01 0.11 0.18 0.21 0.12
C2 0.02 0.00 0.10 0.16 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.12 0.01 0.05 0.15 0.31 0.28 0.19
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.10 0.10 0.11 0.02 0.07 0.19 0.00 0.02 0.05 0.01 0.25 0.29 0.35 0.27
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.21 0.01 0.21 0.02 0.18 0.13 0.19 0.16 0.02 0.01 0.23 0.02 0.11 0.17 0.15 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.21 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.13 0.00 0.04 0.21 0.45 0.37 0.28
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.09 0.00 0.11 0.01 0.11 0.05 0.06 0.05 0.18 0.02 0.10 0.00 0.02 0.12 0.11 0.03
C5 0.02 0.01 0.10 0.21 0.01 0.11 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.16 0.01 0.06 0.22 0.43 0.35 0.28
C5' 0.04 0.08 0.10 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.15 0.02 0.01 0.14 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.13 0.01 0.07 0.19 0.32 0.27 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.01 0.02 0.14 0.26 0.24 0.17
N3 0.02 0.00 0.07 0.19 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.11 0.01 0.04 0.18 0.39 0.33 0.24
O2 0.03 0.01 0.19 0.16 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.21 0.01 0.08 0.13 0.28 0.26 0.17
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.23 0.18 0.24 0.08 0.20 0.13 0.17 0.10 0.00 0.05 0.25 0.12 0.17 0.23 0.37 0.21
O3' 0.16 0.12 0.02 0.01 0.13 0.02 0.16 0.12 0.13 0.06 0.11 0.21 0.05 0.00 0.16 0.11 0.18 0.31 0.25 0.21
O4 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.16 0.00 0.04 0.23 0.51 0.40 0.32
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.08 0.12 0.11 0.04 0.00 0.10 0.16 0.21 0.12
O5' 0.11 0.15 0.25 0.11 0.21 0.02 0.22 0.01 0.19 0.14 0.18 0.13 0.17 0.18 0.23 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.31 0.29 0.17 0.45 0.12 0.43 0.14 0.32 0.26 0.39 0.28 0.23 0.31 0.51 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.28 0.35 0.15 0.37 0.11 0.35 0.10 0.27 0.24 0.33 0.26 0.37 0.25 0.40 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.19 0.27 0.10 0.28 0.03 0.28 0.01 0.21 0.17 0.24 0.17 0.21 0.21 0.32 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00