ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50063

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 15, 12, 15, 8, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.013, 0.020, 0.026, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.020 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.028 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.021, 0.035, 0.049, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.035 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.018, 0.033, 0.047, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.033 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.027, 0.046, 0.064, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.046 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.027, 0.050, 0.074, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.050 std_dev=0.024
O6 A 0, 0.042, 0.068, 0.093, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.068 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.034, 0.063, 0.093, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.063 std_dev=0.029
N2 A 0, 0.020, 0.050, 0.080, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.050 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.043, 0.078, 0.114, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.078 std_dev=0.035
C2' A 0, 0.168, 0.316, 0.465, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.316 std_dev=0.148
O4' A 0, 0.187, 0.345, 0.502, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.345 std_dev=0.158
C6 B 0, 0.185, 0.359, 0.532, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.359 std_dev=0.173
N1 B 0, 0.281, 0.455, 0.629, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.455 std_dev=0.174
N3 B 0, 0.510, 0.697, 0.884, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.697 std_dev=0.187
C2 B 0, 0.580, 0.771, 0.962, 1.243 max_d=1.243 avg_d=0.771 std_dev=0.191
C5 B 0, 0.267, 0.461, 0.655, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.461 std_dev=0.194
O2' A 0, 0.174, 0.375, 0.576, 0.969 max_d=0.969 avg_d=0.375 std_dev=0.201
C4 B 0, 0.240, 0.469, 0.698, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.469 std_dev=0.229
C3' A 0, 0.301, 0.555, 0.809, 1.415 max_d=1.415 avg_d=0.555 std_dev=0.254
C4' A 0, 0.306, 0.561, 0.816, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.561 std_dev=0.255
C1' B 0, 0.353, 0.611, 0.869, 1.340 max_d=1.340 avg_d=0.611 std_dev=0.258
O4' B 0, 0.359, 0.628, 0.897, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.628 std_dev=0.269
O2 B 0, 0.875, 1.181, 1.487, 2.055 max_d=2.055 avg_d=1.181 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.476, 0.784, 1.092, 1.755 max_d=1.755 avg_d=0.784 std_dev=0.308
O4 B 0, 0.294, 0.616, 0.937, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.616 std_dev=0.322
O5' B 0, 0.507, 0.838, 1.169, 1.870 max_d=1.870 avg_d=0.838 std_dev=0.331
C2' B 0, 0.408, 0.745, 1.081, 1.599 max_d=1.599 avg_d=0.745 std_dev=0.336
O3' A 0, 0.386, 0.734, 1.082, 1.858 max_d=1.858 avg_d=0.734 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.409, 0.759, 1.108, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.759 std_dev=0.350
P B 0, 0.261, 0.647, 1.034, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.647 std_dev=0.387
O3' B 0, 0.541, 0.987, 1.432, 2.242 max_d=2.242 avg_d=0.987 std_dev=0.445
C5' A 0, 0.502, 0.950, 1.399, 2.712 max_d=2.712 avg_d=0.950 std_dev=0.449
C5' B 0, 0.414, 0.865, 1.316, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.865 std_dev=0.451
OP2 B 0, 0.186, 0.672, 1.159, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.672 std_dev=0.486
O2' B 0, 0.512, 1.009, 1.506, 2.464 max_d=2.464 avg_d=1.009 std_dev=0.497
O5' A 0, 0.864, 1.377, 1.890, 2.710 max_d=2.710 avg_d=1.377 std_dev=0.513
OP1 B 0, 0.161, 0.715, 1.269, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.715 std_dev=0.554
P A 0, 0.722, 1.368, 2.013, 4.466 max_d=4.466 avg_d=1.368 std_dev=0.645
OP2 A 0, 0.689, 1.420, 2.150, 5.986 max_d=5.986 avg_d=1.420 std_dev=0.731
OP1 A 0, 0.818, 1.689, 2.560, 5.759 max_d=5.759 avg_d=1.689 std_dev=0.871

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.21 0.02 0.22 0.25 0.19
C2 0.04 0.00 0.11 0.12 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.18 0.14 0.04 0.46 0.02 0.47 0.59 0.46
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.05 0.02 0.06 0.07 0.09 0.13 0.11 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.26 0.06 0.35 0.16 0.22
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.02 0.12 0.14 0.12 0.14 0.11 0.14 0.08 0.03 0.01 0.01 0.35 0.13 0.47 0.15 0.30
C4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.09 0.02 0.49 0.01 0.48 0.56 0.47
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.08 0.12 0.06 0.07 0.05 0.12 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.11 0.16 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.12 0.03 0.63 0.01 0.63 0.76 0.63
C5' 0.03 0.12 0.02 0.02 0.13 0.01 0.19 0.00 0.20 0.21 0.16 0.10 0.09 0.24 0.12 0.07 0.05 0.01 0.01 0.24 0.21 0.36 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.08 0.01 0.20 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.11 0.13 0.03 0.65 0.00 0.67 0.83 0.68
C8 0.02 0.02 0.07 0.14 0.01 0.12 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.05 0.63 0.03 0.59 0.65 0.59
N1 0.03 0.01 0.09 0.12 0.01 0.06 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.14 0.03 0.56 0.01 0.59 0.73 0.58
N2 0.05 0.01 0.13 0.14 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.22 0.18 0.06 0.40 0.02 0.43 0.53 0.40
N3 0.04 0.01 0.11 0.11 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.12 0.04 0.40 0.02 0.40 0.48 0.38
N7 0.02 0.02 0.06 0.14 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.04 0.71 0.03 0.70 0.83 0.72
N9 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.46 0.02 0.42 0.46 0.41
O2' 0.02 0.18 0.00 0.03 0.09 0.07 0.08 0.07 0.11 0.05 0.15 0.22 0.16 0.05 0.03 0.00 0.05 0.07 0.08 0.10 0.23 0.14 0.09
O3' 0.02 0.14 0.02 0.01 0.09 0.02 0.12 0.05 0.13 0.15 0.14 0.18 0.12 0.16 0.07 0.05 0.00 0.02 0.32 0.15 0.54 0.28 0.34
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.04 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.14 0.04 0.13 0.31 0.18
O5' 0.21 0.46 0.26 0.35 0.49 0.02 0.63 0.01 0.65 0.63 0.56 0.40 0.40 0.71 0.46 0.08 0.32 0.14 0.00 0.71 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.06 0.13 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.10 0.15 0.04 0.71 0.00 0.77 0.95 0.77
OP1 0.22 0.47 0.35 0.47 0.48 0.16 0.63 0.21 0.67 0.59 0.59 0.43 0.40 0.70 0.42 0.23 0.54 0.13 0.02 0.77 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.59 0.16 0.15 0.56 0.24 0.76 0.36 0.83 0.65 0.73 0.53 0.48 0.83 0.46 0.14 0.28 0.31 0.02 0.95 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.46 0.22 0.30 0.47 0.05 0.63 0.02 0.68 0.59 0.58 0.40 0.38 0.72 0.41 0.09 0.34 0.18 0.01 0.77 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.23 0.18 0.16 0.27 0.17 0.25 0.25 0.20 0.18 0.25 0.27 0.27 0.16 0.32 0.20 0.21 0.05 0.16 0.06
C2 0.34 0.19 0.34 0.31 0.17 0.33 0.21 0.30 0.22 0.22 0.16 0.31 0.41 0.31 0.25 0.34 0.31 0.18 0.35 0.18
C2' 0.22 0.22 0.16 0.15 0.25 0.15 0.25 0.26 0.20 0.19 0.23 0.25 0.24 0.16 0.28 0.19 0.21 0.09 0.18 0.09
C3' 0.21 0.23 0.17 0.16 0.30 0.14 0.30 0.18 0.24 0.21 0.26 0.23 0.19 0.18 0.34 0.22 0.12 0.04 0.09 0.02
C4 0.24 0.22 0.21 0.19 0.22 0.21 0.21 0.21 0.19 0.17 0.23 0.28 0.28 0.17 0.28 0.23 0.25 0.11 0.32 0.14
C4' 0.21 0.23 0.16 0.15 0.33 0.14 0.33 0.21 0.24 0.20 0.28 0.24 0.22 0.17 0.39 0.21 0.09 0.10 0.14 0.06
C5 0.23 0.23 0.20 0.19 0.21 0.19 0.21 0.20 0.19 0.19 0.24 0.30 0.25 0.17 0.29 0.22 0.26 0.18 0.39 0.20
C5' 0.24 0.30 0.21 0.20 0.45 0.16 0.43 0.18 0.32 0.27 0.37 0.28 0.22 0.22 0.53 0.24 0.13 0.20 0.25 0.13
C6 0.27 0.25 0.25 0.24 0.18 0.22 0.23 0.22 0.22 0.22 0.21 0.33 0.30 0.22 0.26 0.26 0.28 0.19 0.43 0.21
C8 0.20 0.24 0.16 0.16 0.29 0.16 0.24 0.19 0.18 0.18 0.28 0.27 0.21 0.15 0.37 0.20 0.26 0.23 0.35 0.21
N1 0.32 0.23 0.32 0.30 0.18 0.29 0.23 0.25 0.24 0.24 0.16 0.34 0.38 0.29 0.27 0.31 0.30 0.17 0.40 0.20
N2 0.39 0.18 0.43 0.39 0.19 0.41 0.20 0.37 0.23 0.24 0.16 0.30 0.52 0.41 0.26 0.40 0.35 0.25 0.34 0.22
N3 0.29 0.20 0.28 0.26 0.19 0.29 0.20 0.30 0.20 0.18 0.20 0.29 0.36 0.26 0.25 0.30 0.29 0.16 0.30 0.15
N7 0.21 0.24 0.17 0.17 0.26 0.17 0.21 0.21 0.18 0.18 0.28 0.29 0.21 0.16 0.35 0.20 0.27 0.26 0.41 0.24
N9 0.22 0.23 0.17 0.15 0.27 0.16 0.24 0.19 0.18 0.17 0.26 0.27 0.24 0.14 0.33 0.20 0.23 0.11 0.27 0.12
O2' 0.31 0.31 0.28 0.25 0.27 0.25 0.26 0.39 0.25 0.28 0.29 0.35 0.38 0.26 0.29 0.27 0.26 0.16 0.16 0.12
O3' 0.22 0.22 0.18 0.19 0.28 0.17 0.29 0.21 0.24 0.21 0.24 0.22 0.20 0.22 0.32 0.25 0.02 0.02 0.02 0.01
O4' 0.22 0.23 0.16 0.14 0.31 0.15 0.29 0.22 0.21 0.18 0.27 0.26 0.25 0.15 0.37 0.20 0.15 0.07 0.12 0.03
O5' 0.50 0.67 0.49 0.48 0.85 0.41 0.79 0.38 0.65 0.60 0.77 0.63 0.45 0.49 0.94 0.45 0.50 0.41 0.56 0.43
O6 0.27 0.26 0.25 0.25 0.19 0.22 0.25 0.23 0.23 0.23 0.23 0.34 0.31 0.24 0.27 0.25 0.29 0.24 0.46 0.25
OP1 0.68 0.83 0.72 0.74 1.04 0.64 0.98 0.62 0.84 0.77 0.94 0.79 0.66 0.77 1.15 0.62 0.74 0.72 0.89 0.71
OP2 0.51 0.76 0.52 0.49 0.99 0.41 0.86 0.40 0.67 0.64 0.91 0.73 0.47 0.51 1.15 0.43 0.45 0.54 0.49 0.40
P 0.51 0.70 0.52 0.52 0.91 0.44 0.84 0.42 0.67 0.62 0.83 0.66 0.47 0.54 1.04 0.45 0.53 0.51 0.61 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.12 0.03 0.01 0.12 0.19 0.29 0.12
C2 0.03 0.00 0.11 0.18 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.17 0.02 0.04 0.22 0.18 0.36 0.17
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.08 0.09 0.03 0.09 0.19 0.00 0.03 0.08 0.02 0.20 0.27 0.24 0.15
C3' 0.02 0.18 0.01 0.00 0.21 0.01 0.21 0.02 0.19 0.13 0.20 0.20 0.02 0.01 0.22 0.02 0.24 0.30 0.15 0.14
C4 0.02 0.01 0.07 0.21 0.00 0.11 0.01 0.22 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.19 0.01 0.04 0.32 0.27 0.47 0.29
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.09 0.08 0.14 0.02 0.12 0.01 0.02 0.24 0.24 0.11
C5 0.03 0.02 0.08 0.21 0.01 0.13 0.00 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.15 0.20 0.01 0.06 0.34 0.28 0.46 0.30
C5' 0.05 0.14 0.08 0.02 0.22 0.01 0.24 0.00 0.20 0.13 0.18 0.12 0.08 0.10 0.24 0.01 0.01 0.15 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.16 0.01 0.06 0.30 0.21 0.38 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.06 0.02 0.13 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.09 0.02 0.02 0.21 0.17 0.34 0.15
N3 0.02 0.01 0.09 0.20 0.01 0.09 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.18 0.02 0.03 0.28 0.21 0.42 0.23
O2 0.04 0.01 0.19 0.20 0.02 0.08 0.02 0.12 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.24 0.02 0.07 0.19 0.19 0.34 0.15
O2' 0.02 0.13 0.00 0.02 0.17 0.14 0.15 0.08 0.12 0.09 0.16 0.16 0.00 0.08 0.19 0.11 0.12 0.20 0.27 0.10
O3' 0.12 0.17 0.03 0.01 0.19 0.02 0.20 0.10 0.16 0.09 0.18 0.24 0.08 0.00 0.22 0.09 0.25 0.38 0.20 0.21
O4 0.03 0.02 0.08 0.22 0.01 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.22 0.00 0.04 0.34 0.31 0.51 0.33
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.11 0.09 0.04 0.00 0.09 0.22 0.34 0.19
O5' 0.12 0.22 0.20 0.24 0.32 0.02 0.34 0.01 0.30 0.21 0.28 0.19 0.12 0.25 0.34 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.18 0.27 0.30 0.27 0.24 0.28 0.15 0.21 0.17 0.21 0.19 0.20 0.38 0.31 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.36 0.24 0.15 0.47 0.24 0.46 0.24 0.38 0.34 0.42 0.34 0.27 0.20 0.51 0.34 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.17 0.15 0.14 0.29 0.11 0.30 0.02 0.22 0.15 0.23 0.15 0.10 0.21 0.33 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00