ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50066

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 8, 6, 4, 5, 1, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.005, 0.019, 0.033, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.019 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.024, 0.040, 0.055, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.040 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.014, 0.034, 0.054, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.034 std_dev=0.025
N2 A 0, 0.027, 0.055, 0.083, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.055 std_dev=0.028
C8 A 0, 0.011, 0.040, 0.070, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.040 std_dev=0.030
O6 A 0, 0.008, 0.041, 0.074, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.041 std_dev=0.033
C2' A 0, 0.078, 0.236, 0.394, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.236 std_dev=0.158
O4' A 0, 0.089, 0.251, 0.413, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.251 std_dev=0.162
O2' A 0, 0.093, 0.268, 0.444, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.268 std_dev=0.176
C4 B 0, 0.226, 0.456, 0.687, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.456 std_dev=0.231
O4 B 0, 0.327, 0.560, 0.793, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.560 std_dev=0.233
C4' A 0, 0.179, 0.416, 0.653, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.416 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.168, 0.422, 0.676, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.422 std_dev=0.254
N3 B 0, 0.316, 0.578, 0.839, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.578 std_dev=0.262
C5 B 0, 0.191, 0.456, 0.721, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.456 std_dev=0.265
N1 B 0, 0.234, 0.522, 0.809, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.522 std_dev=0.287
C6 B 0, 0.214, 0.506, 0.798, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.506 std_dev=0.292
C2 B 0, 0.299, 0.601, 0.902, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.601 std_dev=0.302
C2' B 0, 0.380, 0.707, 1.034, 1.633 max_d=1.633 avg_d=0.707 std_dev=0.327
C1' B 0, 0.311, 0.648, 0.985, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.648 std_dev=0.337
O3' A 0, 0.261, 0.603, 0.944, 1.335 max_d=1.335 avg_d=0.603 std_dev=0.341
O2 B 0, 0.390, 0.784, 1.178, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.784 std_dev=0.394
O5' B 0, 0.329, 0.761, 1.192, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.761 std_dev=0.432
C3' B 0, 0.433, 0.868, 1.303, 1.759 max_d=1.759 avg_d=0.868 std_dev=0.435
O4' B 0, 0.284, 0.720, 1.156, 1.747 max_d=1.747 avg_d=0.720 std_dev=0.436
C5' A 0, 0.288, 0.730, 1.172, 1.723 max_d=1.723 avg_d=0.730 std_dev=0.442
C4' B 0, 0.363, 0.828, 1.294, 1.748 max_d=1.748 avg_d=0.828 std_dev=0.465
O5' A 0, 0.306, 0.784, 1.261, 1.920 max_d=1.920 avg_d=0.784 std_dev=0.477
P B 0, 0.324, 0.807, 1.290, 1.820 max_d=1.820 avg_d=0.807 std_dev=0.483
OP2 B 0, 0.344, 0.859, 1.373, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.859 std_dev=0.515
C5' B 0, 0.374, 0.899, 1.423, 2.085 max_d=2.085 avg_d=0.899 std_dev=0.524
OP1 B 0, 0.382, 1.058, 1.735, 2.639 max_d=2.639 avg_d=1.058 std_dev=0.677
O2' B 0, 0.354, 1.037, 1.720, 2.590 max_d=2.590 avg_d=1.037 std_dev=0.683
P A 0, 0.439, 1.153, 1.867, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.153 std_dev=0.714
O3' B 0, 0.437, 1.196, 1.955, 2.923 max_d=2.923 avg_d=1.196 std_dev=0.759
OP2 A 0, 0.511, 1.305, 2.098, 3.234 max_d=3.234 avg_d=1.305 std_dev=0.794
OP1 A 0, 0.453, 1.343, 2.233, 3.215 max_d=3.215 avg_d=1.343 std_dev=0.890

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.17 0.02 0.23 0.29 0.18
C2 0.04 0.00 0.09 0.15 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.11 0.16 0.03 0.43 0.01 0.59 0.63 0.48
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.07 0.07 0.12 0.10 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.21 0.05 0.31 0.25 0.20
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.10 0.00 0.11 0.04 0.12 0.12 0.14 0.18 0.14 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.26 0.13 0.38 0.19 0.24
C4 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.07 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.40 0.02 0.51 0.54 0.42
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.10 0.10 0.09 0.08 0.07 0.11 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.11 0.17 0.24 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.09 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.03 0.46 0.02 0.61 0.63 0.51
C5' 0.04 0.19 0.03 0.04 0.19 0.01 0.24 0.00 0.26 0.23 0.23 0.18 0.16 0.27 0.16 0.06 0.05 0.02 0.01 0.29 0.22 0.33 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.12 0.01 0.10 0.01 0.26 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.13 0.03 0.50 0.01 0.68 0.72 0.57
C8 0.02 0.02 0.07 0.12 0.01 0.10 0.01 0.23 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.14 0.04 0.39 0.03 0.46 0.46 0.39
N1 0.02 0.00 0.07 0.14 0.01 0.09 0.01 0.23 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.02 0.48 0.01 0.67 0.71 0.55
N2 0.05 0.01 0.12 0.18 0.02 0.08 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.21 0.05 0.41 0.02 0.60 0.63 0.48
N3 0.04 0.01 0.10 0.14 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.15 0.03 0.38 0.01 0.51 0.54 0.41
N7 0.01 0.02 0.06 0.13 0.01 0.11 0.00 0.27 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.15 0.04 0.46 0.03 0.59 0.60 0.49
N9 0.00 0.02 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.33 0.02 0.40 0.42 0.33
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.04 0.09 0.14 0.10 0.05 0.03 0.00 0.05 0.05 0.07 0.07 0.23 0.22 0.10
O3' 0.02 0.16 0.03 0.01 0.09 0.02 0.11 0.05 0.13 0.14 0.14 0.21 0.15 0.15 0.06 0.05 0.00 0.02 0.21 0.15 0.45 0.21 0.24
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.10 0.04 0.13 0.30 0.15
O5' 0.17 0.43 0.21 0.26 0.40 0.02 0.46 0.01 0.50 0.39 0.48 0.41 0.38 0.46 0.33 0.07 0.21 0.10 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.05 0.13 0.02 0.11 0.02 0.29 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.07 0.15 0.04 0.52 0.00 0.74 0.78 0.61
OP1 0.23 0.59 0.31 0.38 0.51 0.17 0.61 0.22 0.68 0.46 0.67 0.60 0.51 0.59 0.40 0.23 0.45 0.13 0.02 0.74 0.00 0.02 0.01
OP2 0.29 0.63 0.25 0.19 0.54 0.24 0.63 0.33 0.72 0.46 0.71 0.63 0.54 0.60 0.42 0.22 0.21 0.30 0.02 0.78 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.48 0.20 0.24 0.42 0.05 0.51 0.01 0.57 0.39 0.55 0.48 0.41 0.49 0.33 0.10 0.24 0.15 0.01 0.61 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.31 0.20 0.24 0.27 0.23 0.25 0.29 0.23 0.27 0.30 0.38 0.30 0.23 0.30 0.31 0.21 0.06 0.09 0.06
C2 0.25 0.28 0.22 0.18 0.10 0.25 0.23 0.37 0.23 0.19 0.22 0.43 0.35 0.29 0.13 0.22 0.35 0.26 0.25 0.22
C2' 0.29 0.28 0.19 0.24 0.26 0.23 0.27 0.30 0.25 0.25 0.27 0.31 0.27 0.25 0.28 0.31 0.22 0.12 0.09 0.10
C3' 0.20 0.21 0.26 0.15 0.26 0.16 0.26 0.17 0.20 0.19 0.24 0.22 0.19 0.21 0.29 0.27 0.09 0.03 0.07 0.02
C4 0.27 0.32 0.17 0.20 0.22 0.18 0.22 0.27 0.20 0.23 0.30 0.40 0.24 0.18 0.24 0.20 0.27 0.13 0.21 0.13
C4' 0.21 0.23 0.24 0.16 0.29 0.17 0.28 0.18 0.21 0.20 0.26 0.25 0.18 0.22 0.34 0.28 0.07 0.11 0.15 0.07
C5 0.24 0.32 0.17 0.24 0.22 0.17 0.20 0.22 0.20 0.22 0.32 0.39 0.20 0.18 0.25 0.19 0.26 0.15 0.29 0.17
C5' 0.25 0.31 0.38 0.19 0.41 0.17 0.40 0.14 0.31 0.28 0.36 0.29 0.31 0.23 0.47 0.28 0.13 0.20 0.28 0.16
C6 0.22 0.30 0.18 0.23 0.15 0.17 0.22 0.24 0.21 0.20 0.29 0.40 0.19 0.19 0.17 0.18 0.29 0.18 0.32 0.19
C8 0.27 0.32 0.20 0.27 0.30 0.21 0.24 0.21 0.21 0.25 0.33 0.37 0.22 0.23 0.35 0.27 0.23 0.18 0.29 0.19
N1 0.23 0.28 0.22 0.20 0.11 0.21 0.24 0.31 0.23 0.19 0.23 0.42 0.26 0.26 0.14 0.21 0.32 0.22 0.28 0.20
N2 0.26 0.24 0.29 0.22 0.12 0.33 0.24 0.45 0.26 0.18 0.17 0.43 0.48 0.42 0.14 0.30 0.40 0.35 0.27 0.28
N3 0.27 0.30 0.18 0.17 0.16 0.22 0.22 0.36 0.22 0.21 0.25 0.41 0.34 0.23 0.18 0.18 0.33 0.23 0.20 0.19
N7 0.25 0.31 0.19 0.27 0.28 0.19 0.22 0.20 0.20 0.24 0.34 0.37 0.21 0.21 0.34 0.23 0.25 0.20 0.34 0.21
N9 0.28 0.32 0.18 0.23 0.27 0.20 0.24 0.25 0.21 0.25 0.31 0.38 0.23 0.20 0.31 0.26 0.23 0.08 0.18 0.10
O2' 0.39 0.34 0.29 0.33 0.28 0.35 0.29 0.40 0.30 0.33 0.31 0.39 0.47 0.35 0.28 0.41 0.24 0.17 0.08 0.13
O3' 0.18 0.18 0.30 0.15 0.25 0.16 0.26 0.16 0.20 0.17 0.21 0.17 0.19 0.24 0.29 0.26 0.02 0.03 0.02 0.01
O4' 0.26 0.27 0.20 0.19 0.29 0.20 0.26 0.23 0.20 0.22 0.28 0.32 0.22 0.21 0.34 0.29 0.14 0.06 0.10 0.03
O5' 0.45 0.58 0.65 0.48 0.75 0.36 0.75 0.36 0.63 0.55 0.67 0.53 0.59 0.47 0.82 0.37 0.42 0.27 0.47 0.33
O6 0.20 0.27 0.19 0.26 0.16 0.17 0.24 0.22 0.22 0.19 0.27 0.37 0.19 0.20 0.18 0.18 0.29 0.22 0.37 0.23
OP1 0.73 0.85 1.06 0.72 1.00 0.55 0.96 0.53 0.85 0.81 0.94 0.82 1.10 0.66 1.07 0.51 0.64 0.57 0.77 0.59
OP2 0.68 0.86 0.91 0.65 1.03 0.50 0.97 0.44 0.83 0.79 0.96 0.83 0.96 0.63 1.13 0.52 0.51 0.39 0.51 0.38
P 0.57 0.71 0.86 0.58 0.90 0.42 0.87 0.40 0.74 0.67 0.81 0.67 0.87 0.53 0.98 0.41 0.50 0.36 0.58 0.41

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.26 0.02 0.01 0.15 0.21 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.13 0.19 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.16 0.02 0.07 0.20 0.19 0.24 0.15
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.15 0.13 0.02 0.10 0.23 0.00 0.03 0.06 0.01 0.36 0.51 0.50 0.43
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.31 0.01 0.32 0.02 0.27 0.18 0.26 0.16 0.02 0.01 0.33 0.02 0.15 0.30 0.14 0.15
C4 0.02 0.01 0.05 0.31 0.00 0.12 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.15 0.00 0.03 0.30 0.27 0.35 0.27
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.01 0.15 0.07 0.08 0.06 0.25 0.02 0.13 0.00 0.02 0.14 0.15 0.03
C5 0.02 0.01 0.10 0.32 0.01 0.15 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.22 0.01 0.06 0.32 0.29 0.34 0.28
C5' 0.06 0.08 0.15 0.02 0.15 0.01 0.18 0.00 0.15 0.08 0.11 0.08 0.10 0.18 0.17 0.02 0.01 0.11 0.16 0.02
C6 0.02 0.01 0.13 0.27 0.01 0.15 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.17 0.01 0.08 0.27 0.21 0.25 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.09 0.01 0.02 0.19 0.17 0.22 0.13
N3 0.03 0.01 0.10 0.26 0.01 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.11 0.01 0.06 0.25 0.22 0.29 0.21
O2 0.03 0.01 0.23 0.16 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.31 0.03 0.11 0.18 0.21 0.23 0.14
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.31 0.25 0.32 0.10 0.28 0.18 0.24 0.14 0.00 0.05 0.33 0.16 0.25 0.45 0.56 0.37
O3' 0.26 0.16 0.03 0.01 0.15 0.02 0.22 0.18 0.17 0.09 0.11 0.31 0.05 0.00 0.19 0.18 0.24 0.35 0.27 0.25
O4 0.02 0.02 0.06 0.33 0.00 0.13 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.19 0.00 0.04 0.32 0.32 0.40 0.32
O4' 0.01 0.07 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.06 0.11 0.16 0.18 0.04 0.00 0.09 0.09 0.25 0.14
O5' 0.15 0.20 0.36 0.15 0.30 0.02 0.32 0.01 0.27 0.19 0.25 0.18 0.25 0.24 0.32 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.19 0.51 0.30 0.27 0.14 0.29 0.11 0.21 0.17 0.22 0.21 0.45 0.35 0.32 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.24 0.50 0.14 0.35 0.15 0.34 0.16 0.25 0.22 0.29 0.23 0.56 0.27 0.40 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.15 0.43 0.15 0.27 0.03 0.28 0.02 0.20 0.13 0.21 0.14 0.37 0.25 0.32 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00