Doublet Group distance statistics: 50068

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 4, 0, 4, 3, 7, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1	A	0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C2	A	0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C5	A	0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N7	A	0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N3	A	0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4	A	0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1'	A	0, -0.001, 0.017, 0.035, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.017 std_dev=0.018
N2	A	0, 0.018, 0.040, 0.062, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.040 std_dev=0.022
N9	A	0, 0.003, 0.026, 0.048, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.026 std_dev=0.022
C8	A	0, 0.006, 0.029, 0.052, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.029 std_dev=0.023
O6	A	0, 0.004, 0.028, 0.052, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.028 std_dev=0.024
O4'	A	0, 0.075, 0.197, 0.319, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.197 std_dev=0.122
C2'	A	0, 0.138, 0.288, 0.438, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.288 std_dev=0.150
C4	B	0, 0.157, 0.336, 0.516, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.336 std_dev=0.180
C5	B	0, 0.159, 0.341, 0.522, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.341 std_dev=0.182
N3	B	0, 0.168, 0.370, 0.573, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.370 std_dev=0.203
O2'	A	0, 0.202, 0.410, 0.619, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.410 std_dev=0.208
O4	B	0, 0.176, 0.386, 0.596, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.386 std_dev=0.210
C6	B	0, 0.190, 0.401, 0.612, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.401 std_dev=0.211
C4'	A	0, 0.148, 0.365, 0.582, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.365 std_dev=0.217
C3'	A	0, 0.202, 0.422, 0.642, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.422 std_dev=0.220
N1	B	0, 0.193, 0.432, 0.671, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.432 std_dev=0.239
C2	B	0, 0.155, 0.399, 0.642, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.399 std_dev=0.244
C1'	B	0, 0.278, 0.572, 0.865, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.572 std_dev=0.293
O2	B	0, 0.181, 0.480, 0.779, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.480 std_dev=0.299
O3'	A	0, 0.318, 0.673, 1.028, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.673 std_dev=0.355
C2'	B	0, 0.347, 0.738, 1.129, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.738 std_dev=0.391
O5'	B	0, 0.403, 0.800, 1.196, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.800 std_dev=0.396
O4'	B	0, 0.364, 0.764, 1.164, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.764 std_dev=0.400
C5'	A	0, 0.241, 0.654, 1.067, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.654 std_dev=0.413
O5'	A	0, 0.266, 0.691, 1.115, 2.113 max_d=2.113 avg_d=0.691 std_dev=0.425
OP2	B	0, 0.406, 0.845, 1.284, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.845 std_dev=0.439
C3'	B	0, 0.530, 0.981, 1.432, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.981 std_dev=0.451
P	B	0, 0.373, 0.824, 1.275, 1.555 max_d=1.555 avg_d=0.824 std_dev=0.451
C4'	B	0, 0.459, 0.930, 1.402, 1.683 max_d=1.683 avg_d=0.930 std_dev=0.471
C5'	B	0, 0.518, 1.020, 1.522, 1.818 max_d=1.818 avg_d=1.020 std_dev=0.502
OP2	A	0, 0.316, 0.833, 1.350, 2.185 max_d=2.185 avg_d=0.833 std_dev=0.517
OP1	B	0, 0.487, 1.097, 1.707, 1.986 max_d=1.986 avg_d=1.097 std_dev=0.610
P	A	0, 0.212, 0.933, 1.655, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.933 std_dev=0.722
O2'	B	0, 1.049, 1.889, 2.728, 3.019 max_d=3.019 avg_d=1.889 std_dev=0.839
O3'	B	0, 0.890, 1.841, 2.791, 3.188 max_d=3.188 avg_d=1.841 std_dev=0.950
OP1	A	0, 0.096, 1.341, 2.587, 5.139 max_d=5.139 avg_d=1.341 std_dev=1.245

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.01	0.01	0.02	0.01	0.01	0.05	0.01	0.02	0.03	0.04	0.04	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.18	0.01	0.32	0.18	0.16
C2	0.03	0.00	0.09	0.12	0.01	0.06	0.01	0.18	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.17	0.13	0.03	0.33	0.01	0.85	0.38	0.39
C2'	0.01	0.09	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.03	0.04	0.07	0.07	0.12	0.10	0.06	0.02	0.00	0.02	0.01	0.12	0.04	0.33	0.17	0.17
C3'	0.01	0.12	0.00	0.00	0.07	0.00	0.10	0.02	0.10	0.16	0.10	0.15	0.11	0.16	0.07	0.02	0.01	0.02	0.09	0.12	0.30	0.12	0.17
C4	0.02	0.01	0.04	0.07	0.00	0.07	0.00	0.19	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.09	0.06	0.02	0.31	0.01	0.72	0.37	0.33
C4'	0.01	0.06	0.01	0.00	0.07	0.00	0.11	0.01	0.11	0.15	0.08	0.06	0.04	0.15	0.07	0.05	0.02	0.00	0.02	0.13	0.19	0.13	0.04
C5	0.01	0.01	0.03	0.10	0.00	0.11	0.00	0.27	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.07	0.10	0.03	0.34	0.01	0.86	0.46	0.39
C5'	0.05	0.18	0.03	0.02	0.19	0.01	0.27	0.00	0.28	0.28	0.24	0.16	0.15	0.31	0.17	0.05	0.05	0.02	0.01	0.32	0.32	0.28	0.02
C6	0.01	0.01	0.04	0.10	0.01	0.11	0.01	0.28	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.10	0.10	0.03	0.37	0.01	0.98	0.49	0.43
C8	0.02	0.01	0.07	0.16	0.00	0.15	0.01	0.28	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.00	0.04	0.18	0.05	0.32	0.02	0.61	0.41	0.32
N1	0.03	0.00	0.07	0.10	0.01	0.08	0.01	0.24	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.14	0.10	0.03	0.36	0.01	0.96	0.45	0.43
N2	0.04	0.01	0.12	0.15	0.01	0.06	0.02	0.16	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.20	0.19	0.04	0.33	0.02	0.85	0.37	0.40
N3	0.04	0.00	0.10	0.11	0.01	0.04	0.01	0.15	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.16	0.12	0.03	0.30	0.01	0.71	0.33	0.33
N7	0.01	0.01	0.06	0.16	0.00	0.15	0.00	0.31	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.00	0.01	0.05	0.18	0.05	0.34	0.02	0.80	0.51	0.38
N9	0.01	0.01	0.02	0.07	0.00	0.07	0.01	0.17	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01	0.00	0.03	0.07	0.02	0.27	0.02	0.54	0.31	0.26
O2'	0.01	0.17	0.00	0.02	0.09	0.05	0.07	0.05	0.10	0.04	0.14	0.20	0.16	0.05	0.03	0.00	0.06	0.06	0.05	0.09	0.24	0.10	0.12
O3'	0.02	0.13	0.02	0.01	0.06	0.02	0.10	0.05	0.10	0.18	0.10	0.19	0.12	0.18	0.07	0.06	0.00	0.02	0.12	0.12	0.34	0.16	0.18
O4'	0.01	0.03	0.01	0.02	0.02	0.00	0.03	0.02	0.03	0.05	0.03	0.04	0.03	0.05	0.02	0.06	0.02	0.00	0.16	0.05	0.18	0.12	0.12
O5'	0.18	0.33	0.12	0.09	0.31	0.02	0.34	0.01	0.37	0.32	0.36	0.33	0.30	0.34	0.27	0.05	0.12	0.16	0.00	0.39	0.03	0.02	0.01
O6	0.01	0.01	0.04	0.12	0.01	0.13	0.01	0.32	0.01	0.02	0.01	0.02	0.01	0.02	0.02	0.09	0.12	0.05	0.39	0.00	1.06	0.54	0.47
OP1	0.32	0.85	0.33	0.30	0.72	0.19	0.86	0.32	0.98	0.61	0.96	0.85	0.71	0.80	0.54	0.24	0.34	0.18	0.03	1.06	0.00	0.01	0.01
OP2	0.18	0.38	0.17	0.12	0.37	0.13	0.46	0.28	0.49	0.41	0.45	0.37	0.33	0.51	0.31	0.10	0.16	0.12	0.02	0.54	0.01	0.00	0.01
P	0.16	0.39	0.17	0.17	0.33	0.04	0.39	0.02	0.43	0.32	0.43	0.40	0.33	0.38	0.26	0.12	0.18	0.12	0.01	0.47	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.33	0.22	0.25	0.35	0.14	0.30	0.18	0.31	0.25	0.25	0.18	0.25	0.35	0.27	0.16	0.34	0.14	0.06	0.15	0.06
C2	0.28	0.13	0.27	0.30	0.15	0.27	0.21	0.29	0.25	0.22	0.11	0.18	0.28	0.28	0.19	0.27	0.26	0.18	0.21	0.16
C2'	0.28	0.20	0.22	0.34	0.16	0.28	0.17	0.30	0.24	0.23	0.18	0.22	0.32	0.29	0.17	0.31	0.15	0.08	0.19	0.10
C3'	0.21	0.19	0.26	0.30	0.19	0.20	0.21	0.25	0.22	0.20	0.18	0.20	0.28	0.32	0.20	0.22	0.08	0.03	0.07	0.02
C4	0.26	0.16	0.21	0.33	0.12	0.23	0.19	0.25	0.24	0.20	0.14	0.19	0.23	0.19	0.15	0.24	0.18	0.09	0.19	0.09
C4'	0.23	0.19	0.26	0.29	0.22	0.23	0.24	0.28	0.24	0.21	0.19	0.21	0.31	0.29	0.25	0.27	0.06	0.06	0.12	0.05
C5	0.22	0.14	0.18	0.35	0.12	0.23	0.20	0.23	0.23	0.18	0.13	0.17	0.19	0.21	0.16	0.21	0.21	0.14	0.25	0.15
C5'	0.27	0.29	0.38	0.32	0.37	0.20	0.39	0.25	0.34	0.29	0.32	0.27	0.41	0.33	0.41	0.24	0.10	0.14	0.26	0.12
C6	0.21	0.14	0.19	0.33	0.14	0.22	0.22	0.22	0.22	0.18	0.11	0.18	0.21	0.19	0.18	0.20	0.23	0.14	0.24	0.14
C8	0.25	0.18	0.20	0.40	0.16	0.29	0.19	0.30	0.24	0.21	0.17	0.19	0.22	0.33	0.19	0.28	0.24	0.22	0.31	0.23
N1	0.25	0.15	0.24	0.30	0.17	0.24	0.23	0.25	0.24	0.21	0.11	0.19	0.23	0.24	0.22	0.24	0.24	0.15	0.21	0.13
N2	0.32	0.14	0.34	0.31	0.18	0.33	0.21	0.35	0.25	0.24	0.15	0.18	0.37	0.42	0.22	0.33	0.31	0.26	0.25	0.22
N3	0.29	0.15	0.26	0.30	0.12	0.25	0.18	0.28	0.25	0.21	0.13	0.20	0.30	0.23	0.16	0.25	0.23	0.16	0.20	0.14
N7	0.22	0.15	0.17	0.39	0.14	0.26	0.19	0.27	0.22	0.18	0.15	0.17	0.20	0.30	0.18	0.24	0.26	0.24	0.33	0.24
N9	0.28	0.19	0.22	0.35	0.14	0.26	0.19	0.27	0.25	0.22	0.16	0.21	0.26	0.25	0.17	0.28	0.17	0.09	0.20	0.10
O2'	0.40	0.29	0.32	0.37	0.20	0.36	0.20	0.36	0.28	0.31	0.25	0.33	0.53	0.35	0.19	0.42	0.23	0.15	0.19	0.13
O3'	0.18	0.17	0.25	0.27	0.18	0.17	0.19	0.23	0.19	0.17	0.17	0.18	0.26	0.36	0.19	0.19	0.02	0.03	0.03	0.01
O4'	0.28	0.19	0.23	0.32	0.18	0.27	0.20	0.30	0.23	0.22	0.18	0.22	0.32	0.27	0.22	0.32	0.10	0.04	0.11	0.03
O5'	0.40	0.48	0.53	0.42	0.56	0.26	0.56	0.27	0.49	0.46	0.52	0.47	0.58	0.44	0.60	0.30	0.23	0.17	0.30	0.18
O6	0.19	0.15	0.18	0.34	0.15	0.21	0.23	0.21	0.21	0.17	0.13	0.20	0.24	0.20	0.19	0.19	0.25	0.18	0.28	0.18
OP1	0.88	1.14	1.01	0.81	1.33	0.57	1.25	0.49	1.07	1.04	1.26	1.11	1.10	0.84	1.43	0.64	0.54	0.48	0.70	0.48
OP2	0.41	0.51	0.52	0.54	0.57	0.34	0.53	0.31	0.47	0.47	0.55	0.50	0.60	0.61	0.62	0.34	0.34	0.26	0.43	0.28
P	0.57	0.66	0.73	0.62	0.75	0.40	0.75	0.36	0.67	0.63	0.71	0.64	0.82	0.64	0.79	0.41	0.40	0.30	0.54	0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.02	0.00	0.01	0.02	0.01	0.02	0.07	0.01	0.01	0.02	0.03	0.02	0.25	0.02	0.00	0.12	0.11	0.28	0.13
C2	0.02	0.00	0.11	0.19	0.01	0.04	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.17	0.15	0.01	0.06	0.14	0.11	0.23	0.12
C2'	0.00	0.11	0.00	0.00	0.04	0.01	0.11	0.19	0.13	0.02	0.08	0.20	0.00	0.03	0.05	0.01	0.27	0.28	0.44	0.30
C3'	0.01	0.19	0.00	0.00	0.31	0.01	0.33	0.02	0.29	0.20	0.26	0.13	0.02	0.01	0.32	0.02	0.24	0.21	0.11	0.19
C4	0.02	0.01	0.04	0.31	0.00	0.11	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.32	0.17	0.00	0.02	0.24	0.19	0.26	0.18
C4'	0.01	0.04	0.01	0.01	0.11	0.00	0.15	0.01	0.14	0.07	0.07	0.06	0.26	0.03	0.11	0.01	0.01	0.09	0.15	0.02
C5	0.02	0.01	0.11	0.33	0.01	0.15	0.00	0.13	0.00	0.01	0.01	0.01	0.33	0.25	0.01	0.05	0.27	0.20	0.25	0.19
C5'	0.07	0.06	0.19	0.02	0.10	0.01	0.13	0.00	0.11	0.06	0.07	0.08	0.09	0.17	0.11	0.02	0.01	0.07	0.18	0.02
C6	0.01	0.01	0.13	0.29	0.01	0.14	0.00	0.11	0.00	0.01	0.01	0.01	0.28	0.19	0.01	0.07	0.23	0.14	0.24	0.14
N1	0.01	0.01	0.02	0.20	0.01	0.07	0.01	0.06	0.01	0.00	0.01	0.02	0.17	0.08	0.02	0.01	0.15	0.10	0.24	0.11
N3	0.02	0.00	0.08	0.26	0.00	0.07	0.01	0.07	0.01	0.01	0.00	0.01	0.25	0.10	0.01	0.05	0.18	0.15	0.24	0.14
O2	0.03	0.01	0.20	0.13	0.01	0.06	0.01	0.08	0.01	0.02	0.01	0.00	0.14	0.30	0.01	0.12	0.12	0.11	0.24	0.12
O2'	0.02	0.17	0.00	0.02	0.32	0.26	0.33	0.09	0.28	0.17	0.25	0.14	0.00	0.06	0.35	0.18	0.25	0.23	0.46	0.25
O3'	0.25	0.15	0.03	0.01	0.17	0.03	0.25	0.17	0.19	0.08	0.10	0.30	0.06	0.00	0.20	0.18	0.34	0.50	0.32	0.38
O4	0.02	0.01	0.05	0.32	0.00	0.11	0.01	0.11	0.01	0.02	0.01	0.01	0.35	0.20	0.00	0.03	0.25	0.22	0.27	0.20
O4'	0.00	0.06	0.01	0.02	0.02	0.01	0.05	0.02	0.07	0.01	0.05	0.12	0.18	0.18	0.03	0.00	0.08	0.09	0.26	0.12
O5'	0.12	0.14	0.27	0.24	0.24	0.01	0.27	0.01	0.23	0.15	0.18	0.12	0.25	0.34	0.25	0.08	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.11	0.11	0.28	0.21	0.19	0.09	0.20	0.07	0.14	0.10	0.15	0.11	0.23	0.50	0.22	0.09	0.02	0.00	0.01	0.01
OP2	0.28	0.23	0.44	0.11	0.26	0.15	0.25	0.18	0.24	0.24	0.24	0.24	0.46	0.32	0.27	0.26	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.13	0.12	0.30	0.19	0.18	0.02	0.19	0.02	0.14	0.11	0.14	0.12	0.25	0.38	0.20	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00