ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 2, 3, 1, 1, 3, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.027, 0.045, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.006, 0.027, 0.047, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N3 A 0, 0.005, 0.031, 0.058, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.031 std_dev=0.027
N9 A 0, 0.010, 0.037, 0.064, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.037 std_dev=0.027
O6 A 0, 0.017, 0.047, 0.077, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.047 std_dev=0.030
N7 A 0, 0.021, 0.055, 0.088, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.055 std_dev=0.033
C2 A 0, -0.001, 0.033, 0.068, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.033 std_dev=0.034
C1' A 0, 0.002, 0.040, 0.078, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.040 std_dev=0.038
C8 A 0, 0.020, 0.059, 0.098, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.059 std_dev=0.039
N2 A 0, 0.001, 0.072, 0.144, 0.255 max_d=0.255 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C2' A 0, 0.101, 0.233, 0.365, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.233 std_dev=0.132
O2' A 0, 0.172, 0.322, 0.473, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.322 std_dev=0.151
O4' A 0, 0.080, 0.247, 0.413, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.247 std_dev=0.166
N1 B 0, 0.184, 0.394, 0.604, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.394 std_dev=0.210
C3' A 0, 0.198, 0.409, 0.621, 0.929 max_d=0.929 avg_d=0.409 std_dev=0.212
C2 B 0, 0.224, 0.437, 0.649, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.437 std_dev=0.212
C4' A 0, 0.192, 0.419, 0.645, 0.889 max_d=0.889 avg_d=0.419 std_dev=0.226
C6 B 0, 0.218, 0.511, 0.804, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.511 std_dev=0.293
O3' A 0, 0.313, 0.609, 0.905, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.609 std_dev=0.296
N3 B 0, 0.272, 0.590, 0.907, 1.175 max_d=1.175 avg_d=0.590 std_dev=0.317
O2 B 0, 0.279, 0.604, 0.930, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.604 std_dev=0.326
C1' B 0, 0.305, 0.636, 0.966, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.636 std_dev=0.330
C5 B 0, 0.196, 0.585, 0.975, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.585 std_dev=0.389
C2' B 0, 0.388, 0.790, 1.193, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.790 std_dev=0.402
C4 B 0, 0.237, 0.648, 1.059, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.648 std_dev=0.411
O4' B 0, 0.287, 0.754, 1.221, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.754 std_dev=0.467
C5' A 0, 0.287, 0.755, 1.222, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.755 std_dev=0.467
O5' A 0, 0.190, 0.686, 1.182, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.686 std_dev=0.496
O2' B 0, 0.494, 1.016, 1.538, 1.939 max_d=1.939 avg_d=1.016 std_dev=0.522
P B 0, 0.312, 0.838, 1.364, 1.876 max_d=1.876 avg_d=0.838 std_dev=0.526
C3' B 0, 0.357, 0.898, 1.440, 1.698 max_d=1.698 avg_d=0.898 std_dev=0.542
O5' B 0, 0.294, 0.837, 1.381, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.837 std_dev=0.543
C4' B 0, 0.317, 0.880, 1.443, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.880 std_dev=0.563
OP1 A 0, 0.439, 1.002, 1.565, 1.752 max_d=1.752 avg_d=1.002 std_dev=0.563
O4 B 0, 0.301, 0.881, 1.460, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.881 std_dev=0.580
C5' B 0, 0.340, 0.928, 1.517, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.928 std_dev=0.589
OP2 B 0, 0.319, 0.942, 1.566, 2.111 max_d=2.111 avg_d=0.942 std_dev=0.623
O3' B 0, 0.479, 1.142, 1.806, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.142 std_dev=0.664
P A 0, 0.218, 0.942, 1.666, 2.355 max_d=2.355 avg_d=0.942 std_dev=0.724
OP1 B 0, 0.376, 1.119, 1.861, 2.621 max_d=2.621 avg_d=1.119 std_dev=0.743
OP2 A 0, 0.131, 1.182, 2.233, 3.344 max_d=3.344 avg_d=1.182 std_dev=1.051

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.07 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.06 0.10 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.19 0.02 0.34 0.34 0.18
C2 0.07 0.00 0.14 0.19 0.02 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.19 0.26 0.07 0.35 0.03 0.46 0.41 0.35
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.06 0.03 0.08 0.09 0.12 0.17 0.14 0.08 0.03 0.00 0.02 0.02 0.17 0.08 0.22 0.24 0.13
C3' 0.02 0.19 0.00 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.15 0.16 0.18 0.22 0.17 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.22 0.16 0.23 0.23 0.16
C4 0.04 0.02 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.10 0.14 0.04 0.32 0.01 0.45 0.43 0.32
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.11 0.16 0.08 0.10 0.07 0.15 0.08 0.07 0.03 0.01 0.02 0.13 0.17 0.21 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.11 0.00 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.15 0.03 0.36 0.01 0.54 0.52 0.39
C5' 0.07 0.21 0.03 0.03 0.23 0.01 0.30 0.00 0.31 0.33 0.26 0.19 0.17 0.36 0.22 0.07 0.07 0.02 0.01 0.35 0.23 0.26 0.02
C6 0.03 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.01 0.31 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.19 0.03 0.39 0.01 0.57 0.53 0.45
C8 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.16 0.01 0.33 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.18 0.04 0.30 0.02 0.50 0.55 0.29
N1 0.06 0.01 0.12 0.18 0.02 0.08 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.24 0.05 0.39 0.03 0.53 0.47 0.42
N2 0.10 0.01 0.17 0.22 0.03 0.10 0.02 0.19 0.02 0.03 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.23 0.31 0.11 0.34 0.04 0.43 0.39 0.34
N3 0.07 0.01 0.14 0.17 0.01 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.17 0.22 0.07 0.31 0.03 0.42 0.38 0.30
N7 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.15 0.00 0.36 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.18 0.04 0.34 0.03 0.57 0.60 0.39
N9 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.22 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.08 0.02 0.27 0.01 0.42 0.42 0.24
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.10 0.07 0.09 0.07 0.12 0.06 0.17 0.23 0.17 0.07 0.04 0.00 0.04 0.07 0.09 0.12 0.18 0.23 0.09
O3' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.14 0.03 0.15 0.07 0.19 0.18 0.24 0.31 0.22 0.18 0.08 0.04 0.00 0.03 0.25 0.20 0.36 0.32 0.22
O4' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.11 0.07 0.04 0.02 0.07 0.03 0.00 0.24 0.03 0.39 0.35 0.23
O5' 0.19 0.35 0.17 0.22 0.32 0.02 0.36 0.01 0.39 0.30 0.39 0.34 0.31 0.34 0.27 0.09 0.25 0.24 0.00 0.40 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.03 0.08 0.16 0.01 0.13 0.01 0.35 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.12 0.20 0.03 0.40 0.00 0.62 0.58 0.49
OP1 0.34 0.46 0.22 0.23 0.45 0.17 0.54 0.23 0.57 0.50 0.53 0.43 0.42 0.57 0.42 0.18 0.36 0.39 0.02 0.62 0.00 0.02 0.01
OP2 0.34 0.41 0.24 0.23 0.43 0.21 0.52 0.26 0.53 0.55 0.47 0.39 0.38 0.60 0.42 0.23 0.32 0.35 0.02 0.58 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.35 0.13 0.16 0.32 0.04 0.39 0.02 0.45 0.29 0.42 0.34 0.30 0.39 0.24 0.09 0.22 0.23 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.28 0.28 0.23 0.27 0.25 0.26 0.27 0.20 0.26 0.25 0.33 0.36 0.22 0.32 0.29 0.22 0.08 0.17 0.06
C2 0.20 0.27 0.22 0.25 0.23 0.34 0.15 0.43 0.14 0.16 0.30 0.36 0.28 0.26 0.26 0.35 0.41 0.37 0.30 0.32
C2' 0.32 0.27 0.28 0.25 0.29 0.26 0.31 0.28 0.25 0.26 0.26 0.31 0.35 0.24 0.33 0.32 0.28 0.14 0.12 0.12
C3' 0.25 0.25 0.20 0.19 0.41 0.20 0.43 0.18 0.31 0.24 0.31 0.23 0.25 0.18 0.48 0.29 0.09 0.02 0.12 0.03
C4 0.18 0.27 0.18 0.11 0.21 0.12 0.16 0.25 0.12 0.20 0.25 0.31 0.23 0.09 0.23 0.11 0.26 0.19 0.26 0.18
C4' 0.27 0.27 0.21 0.19 0.46 0.20 0.46 0.20 0.33 0.26 0.35 0.26 0.27 0.18 0.55 0.29 0.07 0.10 0.25 0.10
C5 0.14 0.22 0.16 0.10 0.20 0.12 0.16 0.23 0.11 0.14 0.23 0.26 0.21 0.09 0.23 0.11 0.27 0.22 0.34 0.23
C5' 0.34 0.44 0.31 0.28 0.65 0.24 0.63 0.20 0.47 0.40 0.54 0.40 0.30 0.27 0.75 0.34 0.15 0.26 0.40 0.22
C6 0.19 0.19 0.20 0.17 0.25 0.21 0.21 0.29 0.14 0.13 0.23 0.25 0.28 0.17 0.32 0.23 0.34 0.29 0.36 0.28
C8 0.23 0.24 0.21 0.19 0.25 0.19 0.18 0.24 0.17 0.21 0.26 0.26 0.24 0.18 0.31 0.22 0.22 0.22 0.39 0.24
N1 0.24 0.21 0.24 0.25 0.27 0.32 0.19 0.38 0.14 0.15 0.29 0.27 0.32 0.26 0.33 0.34 0.40 0.35 0.34 0.32
N2 0.25 0.28 0.27 0.34 0.24 0.46 0.16 0.53 0.17 0.16 0.32 0.41 0.34 0.38 0.29 0.46 0.47 0.46 0.33 0.38
N3 0.19 0.30 0.20 0.17 0.21 0.23 0.17 0.37 0.15 0.20 0.27 0.38 0.26 0.18 0.22 0.21 0.35 0.30 0.24 0.26
N7 0.17 0.22 0.17 0.14 0.21 0.14 0.17 0.23 0.16 0.17 0.25 0.26 0.20 0.13 0.26 0.14 0.24 0.25 0.41 0.26
N9 0.26 0.27 0.23 0.17 0.24 0.16 0.20 0.22 0.17 0.23 0.26 0.30 0.28 0.15 0.28 0.21 0.19 0.10 0.25 0.12
O2' 0.46 0.37 0.45 0.41 0.29 0.44 0.31 0.44 0.29 0.35 0.31 0.47 0.55 0.41 0.32 0.45 0.38 0.25 0.10 0.19
O3' 0.26 0.27 0.21 0.23 0.45 0.24 0.47 0.24 0.35 0.26 0.35 0.24 0.24 0.22 0.52 0.31 0.03 0.02 0.03 0.01
O4' 0.29 0.27 0.23 0.19 0.38 0.22 0.38 0.23 0.27 0.25 0.31 0.29 0.32 0.19 0.47 0.28 0.12 0.06 0.25 0.06
O5' 0.38 0.57 0.43 0.43 0.80 0.31 0.74 0.31 0.55 0.49 0.70 0.53 0.37 0.44 0.91 0.31 0.35 0.27 0.38 0.29
O6 0.24 0.19 0.24 0.20 0.30 0.23 0.28 0.29 0.18 0.17 0.20 0.30 0.33 0.21 0.42 0.24 0.35 0.32 0.41 0.31
OP1 0.43 0.69 0.45 0.45 0.94 0.39 0.77 0.44 0.57 0.55 0.86 0.66 0.42 0.48 1.12 0.38 0.43 0.70 0.71 0.56
OP2 0.54 0.67 0.62 0.63 0.79 0.48 0.71 0.44 0.61 0.60 0.75 0.66 0.58 0.69 0.89 0.48 0.47 0.43 0.54 0.44
P 0.48 0.74 0.55 0.52 0.98 0.35 0.85 0.32 0.64 0.62 0.89 0.71 0.49 0.53 1.14 0.37 0.35 0.34 0.45 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.12 0.14 0.13 0.12
C2 0.03 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.03 0.30 0.33 0.38 0.31
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.05 0.03 0.06 0.10 0.01 0.02 0.07 0.01 0.15 0.21 0.18 0.15
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.13 0.08 0.12 0.11 0.02 0.01 0.15 0.02 0.21 0.27 0.21 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.10 0.01 0.22 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.17 0.01 0.04 0.46 0.54 0.60 0.51
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.11 0.05 0.07 0.06 0.09 0.02 0.11 0.01 0.02 0.09 0.13 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.13 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.17 0.01 0.04 0.48 0.54 0.57 0.52
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.22 0.01 0.25 0.00 0.21 0.11 0.16 0.06 0.09 0.05 0.25 0.02 0.01 0.13 0.21 0.02
C6 0.01 0.02 0.05 0.13 0.02 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.14 0.02 0.04 0.41 0.41 0.39 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02 0.02 0.28 0.29 0.30 0.27
N3 0.02 0.00 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.16 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.14 0.02 0.03 0.38 0.44 0.51 0.42
O2 0.05 0.01 0.10 0.11 0.02 0.06 0.02 0.06 0.03 0.03 0.02 0.00 0.14 0.13 0.03 0.05 0.23 0.25 0.33 0.24
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.07 0.09 0.05 0.09 0.03 0.03 0.09 0.14 0.00 0.06 0.09 0.08 0.08 0.12 0.14 0.07
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.17 0.02 0.17 0.05 0.14 0.08 0.14 0.13 0.06 0.00 0.19 0.02 0.20 0.32 0.31 0.23
O4 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.11 0.01 0.25 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.19 0.00 0.04 0.49 0.60 0.68 0.58
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.08 0.02 0.04 0.00 0.09 0.12 0.17 0.15
O5' 0.12 0.30 0.15 0.21 0.46 0.02 0.48 0.01 0.41 0.28 0.38 0.23 0.08 0.20 0.49 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.33 0.21 0.27 0.54 0.09 0.54 0.13 0.41 0.29 0.44 0.25 0.12 0.32 0.60 0.12 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.38 0.18 0.21 0.60 0.13 0.57 0.21 0.39 0.30 0.51 0.33 0.14 0.31 0.68 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.12 0.31 0.15 0.20 0.51 0.04 0.52 0.02 0.39 0.27 0.42 0.24 0.07 0.23 0.58 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00