ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50070

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 1, 0, 0, 5, 1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.002, 0.014, 0.025, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.002, 0.015, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.016, 0.032, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.016 std_dev=0.015
C4 A 0, -0.001, 0.015, 0.031, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.015 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.005, 0.021, 0.038, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.004, 0.025, 0.046, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.025 std_dev=0.021
O6 A 0, 0.006, 0.029, 0.051, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.029 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.005, 0.031, 0.058, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.031 std_dev=0.026
C8 A 0, 0.008, 0.036, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.036 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.120, 0.404, 0.689, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.404 std_dev=0.285
C2' A 0, 0.098, 0.420, 0.743, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.420 std_dev=0.323
O4' A 0, 0.083, 0.433, 0.782, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.433 std_dev=0.350
C6 B 0, 0.206, 0.567, 0.929, 1.223 max_d=1.223 avg_d=0.567 std_dev=0.362
C5 B 0, 0.224, 0.589, 0.954, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.589 std_dev=0.365
N1 B 0, 0.247, 0.614, 0.981, 1.356 max_d=1.356 avg_d=0.614 std_dev=0.367
C4 B 0, 0.213, 0.591, 0.969, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.591 std_dev=0.378
O4 B 0, 0.361, 0.741, 1.121, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.741 std_dev=0.380
P B 0, 0.363, 0.745, 1.127, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.745 std_dev=0.382
C2 B 0, 0.248, 0.632, 1.016, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.632 std_dev=0.384
C1' B 0, 0.382, 0.768, 1.154, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.768 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.173, 0.572, 0.971, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.572 std_dev=0.399
O5' B 0, 0.453, 0.862, 1.272, 1.377 max_d=1.377 avg_d=0.862 std_dev=0.410
O2 B 0, 0.381, 0.791, 1.201, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.791 std_dev=0.410
C2' B 0, 0.422, 0.843, 1.264, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.843 std_dev=0.421
O4' B 0, 0.396, 0.840, 1.284, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.840 std_dev=0.444
C3' B 0, 0.438, 0.894, 1.350, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.894 std_dev=0.456
O2' B 0, 0.452, 0.949, 1.446, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.949 std_dev=0.497
C4' B 0, 0.416, 0.918, 1.420, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.918 std_dev=0.502
OP2 A 0, 0.740, 1.256, 1.772, 2.386 max_d=2.386 avg_d=1.256 std_dev=0.516
C4' A 0, 0.202, 0.721, 1.239, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.721 std_dev=0.519
C3' A 0, 0.221, 0.753, 1.285, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.753 std_dev=0.532
C5' B 0, 0.405, 0.944, 1.483, 1.661 max_d=1.661 avg_d=0.944 std_dev=0.539
O3' B 0, 0.463, 1.008, 1.552, 1.618 max_d=1.618 avg_d=1.008 std_dev=0.545
O3' A 0, 0.319, 1.080, 1.841, 2.353 max_d=2.353 avg_d=1.080 std_dev=0.761
OP1 B 0, 0.410, 1.210, 2.011, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.210 std_dev=0.801
C5' A 0, 0.328, 1.177, 2.025, 2.632 max_d=2.632 avg_d=1.177 std_dev=0.849
O5' A 0, 0.792, 1.809, 2.827, 3.028 max_d=3.028 avg_d=1.809 std_dev=1.018
OP2 B 0, 0.194, 1.332, 2.471, 3.180 max_d=3.180 avg_d=1.332 std_dev=1.138
P A 0, 0.829, 2.084, 3.340, 3.621 max_d=3.621 avg_d=2.084 std_dev=1.255
OP1 A 0, 1.661, 3.528, 5.396, 5.798 max_d=5.798 avg_d=3.528 std_dev=1.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.03 0.38 0.51 0.22
C2 0.03 0.00 0.24 0.31 0.01 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.15 0.41 0.08 0.45 0.01 1.09 0.63 0.56
C2' 0.00 0.24 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.02 0.13 0.10 0.19 0.28 0.24 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.25 0.11 0.40 0.42 0.27
C3' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.19 0.00 0.18 0.02 0.23 0.17 0.29 0.36 0.29 0.16 0.10 0.03 0.01 0.01 0.32 0.22 0.43 0.36 0.31
C4 0.02 0.01 0.13 0.19 0.00 0.08 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.23 0.05 0.40 0.01 0.96 0.59 0.50
C4' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.12 0.11 0.12 0.13 0.10 0.11 0.06 0.06 0.02 0.00 0.01 0.13 0.21 0.40 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.18 0.00 0.10 0.00 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.21 0.04 0.47 0.01 1.18 0.61 0.59
C5' 0.04 0.16 0.02 0.02 0.14 0.00 0.19 0.00 0.21 0.20 0.19 0.16 0.13 0.22 0.12 0.06 0.04 0.01 0.01 0.24 0.36 0.41 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.23 0.01 0.12 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.29 0.05 0.51 0.00 1.33 0.64 0.65
C8 0.01 0.01 0.10 0.17 0.00 0.11 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.17 0.04 0.42 0.02 0.87 0.58 0.45
N1 0.03 0.00 0.19 0.29 0.01 0.12 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.37 0.07 0.50 0.01 1.26 0.64 0.63
N2 0.04 0.00 0.28 0.36 0.01 0.13 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.48 0.09 0.44 0.02 1.07 0.63 0.56
N3 0.03 0.00 0.24 0.29 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.35 0.07 0.39 0.01 0.92 0.60 0.49
N7 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.11 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.17 0.03 0.47 0.02 1.16 0.60 0.57
N9 0.01 0.02 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.02 0.34 0.02 0.73 0.56 0.39
O2' 0.01 0.15 0.00 0.03 0.07 0.06 0.05 0.06 0.07 0.06 0.12 0.19 0.14 0.05 0.03 0.00 0.06 0.05 0.08 0.06 0.19 0.42 0.13
O3' 0.02 0.41 0.03 0.01 0.23 0.02 0.21 0.04 0.29 0.17 0.37 0.48 0.35 0.17 0.10 0.06 0.00 0.01 0.27 0.28 0.51 0.36 0.31
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.07 0.09 0.07 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.14 0.05 0.19 0.56 0.20
O5' 0.18 0.45 0.25 0.32 0.40 0.01 0.47 0.01 0.51 0.42 0.50 0.44 0.39 0.47 0.34 0.08 0.27 0.14 0.00 0.53 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.01 0.11 0.22 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.06 0.28 0.05 0.53 0.00 1.45 0.65 0.70
OP1 0.38 1.09 0.40 0.43 0.96 0.21 1.18 0.36 1.33 0.87 1.26 1.07 0.92 1.16 0.73 0.19 0.51 0.19 0.02 1.45 0.00 0.01 0.01
OP2 0.51 0.63 0.42 0.36 0.59 0.40 0.61 0.41 0.64 0.58 0.64 0.63 0.60 0.60 0.56 0.42 0.36 0.56 0.02 0.65 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.56 0.27 0.31 0.50 0.07 0.59 0.01 0.65 0.45 0.63 0.56 0.49 0.57 0.39 0.13 0.31 0.20 0.01 0.70 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 0.29 0.49 0.56 0.31 0.65 0.23 0.69 0.22 0.32 0.27 0.34 0.55 0.60 0.43 0.60 0.64 0.44 0.18 0.26
C2 0.34 0.26 0.32 0.33 0.16 0.39 0.18 0.38 0.23 0.26 0.20 0.34 0.35 0.34 0.26 0.40 0.37 0.86 0.30 0.22
C2' 0.70 0.47 0.73 0.77 0.30 0.86 0.26 0.85 0.37 0.52 0.35 0.54 0.80 0.80 0.37 0.82 0.76 0.42 0.31 0.23
C3' 0.91 0.64 1.00 1.10 0.38 1.14 0.43 1.19 0.65 0.74 0.48 0.69 1.04 1.15 0.33 1.02 1.19 0.16 0.46 0.86
C4 0.39 0.25 0.36 0.41 0.21 0.50 0.10 0.52 0.21 0.28 0.23 0.31 0.41 0.42 0.36 0.51 0.49 0.82 0.21 0.19
C4' 0.75 0.49 0.86 1.00 0.34 1.04 0.37 1.15 0.51 0.58 0.38 0.53 0.90 1.08 0.37 0.88 1.14 0.37 0.45 0.91
C5 0.35 0.22 0.31 0.36 0.17 0.45 0.17 0.49 0.28 0.27 0.21 0.27 0.35 0.35 0.33 0.47 0.47 0.94 0.38 0.25
C5' 0.83 0.58 0.96 1.13 0.46 1.13 0.52 1.26 0.66 0.68 0.48 0.59 0.98 1.23 0.45 0.95 1.28 0.61 0.92 1.16
C6 0.32 0.22 0.27 0.31 0.13 0.39 0.28 0.42 0.32 0.27 0.17 0.26 0.29 0.30 0.21 0.42 0.41 1.02 0.42 0.26
C8 0.39 0.24 0.37 0.44 0.27 0.54 0.17 0.59 0.25 0.28 0.26 0.28 0.42 0.45 0.44 0.53 0.57 0.79 0.40 0.31
N1 0.32 0.23 0.28 0.30 0.13 0.36 0.27 0.37 0.30 0.27 0.14 0.28 0.30 0.29 0.20 0.39 0.36 0.97 0.32 0.25
N2 0.32 0.31 0.32 0.32 0.23 0.34 0.23 0.32 0.23 0.26 0.27 0.41 0.35 0.33 0.28 0.34 0.32 0.81 0.41 0.28
N3 0.40 0.30 0.38 0.41 0.22 0.48 0.14 0.47 0.18 0.29 0.25 0.37 0.43 0.42 0.33 0.49 0.44 0.76 0.28 0.17
N7 0.36 0.23 0.32 0.38 0.23 0.48 0.19 0.53 0.28 0.27 0.24 0.26 0.36 0.38 0.40 0.49 0.52 0.92 0.51 0.30
N9 0.42 0.26 0.41 0.47 0.28 0.57 0.16 0.61 0.22 0.29 0.26 0.31 0.46 0.49 0.42 0.55 0.57 0.70 0.17 0.24
O2' 0.59 0.41 0.63 0.66 0.36 0.75 0.34 0.72 0.28 0.41 0.34 0.49 0.73 0.71 0.44 0.69 0.55 0.29 0.92 0.09
O3' 1.09 0.78 1.24 1.36 0.44 1.37 0.50 1.45 0.76 0.88 0.58 0.85 1.29 1.45 0.32 1.18 1.42 0.72 0.49 1.16
O4' 0.53 0.33 0.60 0.72 0.31 0.79 0.25 0.90 0.32 0.39 0.29 0.37 0.64 0.79 0.42 0.68 0.88 0.04 0.20 0.61
O5' 0.81 0.78 0.93 1.04 0.87 1.01 0.85 1.11 0.82 0.79 0.82 0.76 0.90 1.12 0.96 0.87 1.14 0.36 1.07 1.01
O6 0.31 0.24 0.26 0.30 0.21 0.37 0.35 0.40 0.36 0.29 0.21 0.27 0.27 0.28 0.21 0.40 0.40 1.08 0.52 0.29
OP1 1.20 1.40 1.32 1.33 1.60 1.19 1.47 1.20 1.31 1.30 1.53 1.38 1.26 1.38 1.75 1.12 1.26 0.61 1.33 1.12
OP2 0.79 0.66 0.88 0.98 0.69 0.98 0.70 1.06 0.74 0.72 0.66 0.65 0.87 1.05 0.75 0.88 1.05 0.39 1.24 0.94
P 0.89 0.88 1.02 1.12 0.99 1.06 0.96 1.14 0.92 0.89 0.94 0.86 0.99 1.20 1.08 0.93 1.18 0.40 1.25 1.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.34 0.25 0.14
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.03 0.13 0.84 0.13 0.27
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.07 0.04 0.08 0.12 0.00 0.01 0.08 0.00 0.05 0.13 0.12 0.07
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.11 0.00 0.11 0.01 0.10 0.06 0.12 0.13 0.02 0.00 0.12 0.01 0.07 0.16 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.00 0.02 0.18 1.25 0.27 0.36
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.02 0.07 0.00 0.02 0.21 0.32 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01 0.03 0.17 1.20 0.24 0.35
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.07 0.05 0.02 0.14 0.01 0.01 0.40 0.39 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.03 0.14 0.89 0.14 0.28
N1 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.10 0.70 0.15 0.24
N3 0.02 0.00 0.08 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.14 0.01 0.02 0.16 1.08 0.19 0.33
O2 0.03 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.16 0.01 0.04 0.12 0.73 0.14 0.24
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.05 0.06 0.05 0.06 0.03 0.07 0.09 0.00 0.03 0.07 0.04 0.03 0.10 0.18 0.04
O3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.14 0.02 0.14 0.02 0.12 0.06 0.14 0.16 0.03 0.00 0.17 0.02 0.09 0.44 0.21 0.16
O4 0.02 0.01 0.08 0.12 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.17 0.00 0.02 0.20 1.38 0.34 0.39
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.00 0.06 0.17 0.45 0.13
O5' 0.04 0.13 0.05 0.07 0.18 0.02 0.17 0.01 0.14 0.10 0.16 0.12 0.03 0.09 0.20 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.34 0.84 0.13 0.16 1.25 0.21 1.20 0.40 0.89 0.70 1.08 0.73 0.10 0.44 1.38 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.13 0.12 0.14 0.27 0.32 0.24 0.39 0.14 0.15 0.19 0.14 0.18 0.21 0.34 0.45 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.27 0.07 0.09 0.36 0.03 0.35 0.01 0.28 0.24 0.33 0.24 0.04 0.16 0.39 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00