ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.008 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.002, 0.019, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.019 std_dev=0.017
N9 A 0, 0.001, 0.020, 0.038, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.037, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.019
O6 A 0, 0.007, 0.026, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.026 std_dev=0.020
N2 A 0, 0.001, 0.022, 0.042, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.004, 0.025, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.020
C8 A 0, 0.002, 0.030, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.030 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.015, 0.047, 0.079, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.047 std_dev=0.032
C3' A 0, 0.029, 0.093, 0.157, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.093 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.011, 0.075, 0.140, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.075 std_dev=0.064
C4' A 0, 0.022, 0.089, 0.156, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.067
O3' A 0, 0.017, 0.117, 0.218, 0.296 max_d=0.296 avg_d=0.117 std_dev=0.100
O5' B 0, 0.086, 0.201, 0.316, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.201 std_dev=0.115
O2' A 0, 0.007, 0.123, 0.239, 0.344 max_d=0.344 avg_d=0.123 std_dev=0.116
P B 0, 0.069, 0.195, 0.321, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.195 std_dev=0.126
OP2 B 0, 0.114, 0.257, 0.399, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.257 std_dev=0.143
C5' A 0, 0.031, 0.178, 0.325, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.178 std_dev=0.147
C6 B 0, 0.146, 0.295, 0.445, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.295 std_dev=0.150
O5' A 0, 0.036, 0.204, 0.371, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.204 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.112, 0.284, 0.455, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.284 std_dev=0.172
C5 B 0, 0.168, 0.350, 0.533, 0.524 max_d=0.524 avg_d=0.350 std_dev=0.182
C5' B 0, 0.069, 0.275, 0.482, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.275 std_dev=0.206
N1 B 0, 0.109, 0.325, 0.540, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.325 std_dev=0.215
C4 B 0, 0.144, 0.367, 0.590, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.367 std_dev=0.223
N3 B 0, 0.141, 0.368, 0.596, 0.705 max_d=0.705 avg_d=0.368 std_dev=0.228
C2 B 0, 0.149, 0.390, 0.631, 0.650 max_d=0.650 avg_d=0.390 std_dev=0.241
P A 0, 0.102, 0.366, 0.630, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.366 std_dev=0.264
OP1 A 0, 0.153, 0.439, 0.725, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.439 std_dev=0.286
O4 B 0, 0.120, 0.446, 0.772, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.446 std_dev=0.326
O4' B 0, 0.028, 0.359, 0.690, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.359 std_dev=0.331
OP2 A 0, 0.140, 0.475, 0.809, 0.991 max_d=0.991 avg_d=0.475 std_dev=0.334
O2 B 0, 0.159, 0.510, 0.861, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.510 std_dev=0.351
C4' B 0, -0.017, 0.347, 0.711, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.347 std_dev=0.364
C1' B 0, 0.024, 0.393, 0.762, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.393 std_dev=0.369
C3' B 0, 0.014, 0.413, 0.813, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.413 std_dev=0.399
C2' B 0, 0.004, 0.466, 0.929, 1.348 max_d=1.348 avg_d=0.466 std_dev=0.462
O3' B 0, -0.076, 0.532, 1.140, 1.719 max_d=1.719 avg_d=0.532 std_dev=0.608
O2' B 0, -0.101, 0.618, 1.337, 2.022 max_d=2.022 avg_d=0.618 std_dev=0.719

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.06 0.03 0.09 0.00 0.11 0.15 0.10
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.08 0.08 0.05
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.09 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.09 0.01 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.11 0.00 0.13 0.16 0.12
C5' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.11 0.00 0.14 0.18 0.14
C8 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02 0.10 0.00 0.10 0.12 0.10
N1 0.03 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.07 0.03 0.10 0.00 0.13 0.17 0.13
N2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.08 0.01 0.11 0.15 0.10
N3 0.03 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.03 0.08 0.01 0.09 0.13 0.09
N7 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.02 0.11 0.00 0.13 0.16 0.13
N9 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.08 0.10 0.08
O2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.06 0.03 0.08 0.03 0.09 0.08 0.06 0.05 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.08 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.04 0.07 0.06 0.03 0.06 0.03 0.03 0.00 0.01 0.07 0.08 0.11 0.12 0.07
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04
O5' 0.04 0.09 0.04 0.05 0.09 0.01 0.11 0.00 0.11 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.08 0.03 0.07 0.02 0.00 0.12 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.12 0.00 0.16 0.20 0.16
OP1 0.05 0.11 0.08 0.09 0.10 0.04 0.13 0.02 0.14 0.10 0.13 0.11 0.09 0.13 0.08 0.06 0.11 0.02 0.02 0.16 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.15 0.08 0.09 0.13 0.02 0.16 0.01 0.18 0.12 0.17 0.15 0.13 0.16 0.10 0.06 0.12 0.05 0.01 0.20 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.05 0.06 0.10 0.02 0.12 0.01 0.14 0.10 0.13 0.10 0.09 0.13 0.08 0.03 0.07 0.04 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.30 0.29 0.20 0.21 0.29 0.19 0.19 0.27 0.31 0.26 0.33 0.40 0.18 0.21 0.36 0.08 0.03 0.09 0.05
C2 0.38 0.40 0.34 0.24 0.15 0.25 0.07 0.17 0.18 0.33 0.32 0.47 0.44 0.24 0.21 0.30 0.15 0.12 0.19 0.13
C2' 0.31 0.25 0.26 0.20 0.18 0.26 0.19 0.18 0.26 0.28 0.22 0.26 0.34 0.18 0.16 0.32 0.09 0.05 0.12 0.07
C3' 0.22 0.22 0.15 0.10 0.22 0.17 0.21 0.13 0.22 0.23 0.22 0.22 0.21 0.08 0.22 0.24 0.04 0.02 0.04 0.01
C4 0.35 0.35 0.26 0.17 0.23 0.22 0.17 0.14 0.24 0.32 0.32 0.39 0.35 0.15 0.25 0.30 0.10 0.07 0.15 0.08
C4' 0.27 0.24 0.20 0.13 0.23 0.23 0.22 0.17 0.24 0.25 0.24 0.25 0.29 0.10 0.25 0.29 0.04 0.03 0.02 0.01
C5 0.30 0.34 0.20 0.11 0.26 0.18 0.17 0.12 0.22 0.29 0.34 0.38 0.28 0.09 0.29 0.26 0.10 0.10 0.18 0.10
C5' 0.23 0.25 0.14 0.07 0.28 0.18 0.26 0.13 0.24 0.24 0.28 0.25 0.22 0.03 0.32 0.25 0.04 0.06 0.07 0.04
C6 0.29 0.35 0.21 0.11 0.23 0.17 0.12 0.12 0.18 0.27 0.35 0.40 0.28 0.10 0.26 0.24 0.12 0.13 0.21 0.13
C8 0.28 0.31 0.17 0.09 0.28 0.17 0.23 0.11 0.24 0.28 0.31 0.33 0.25 0.07 0.31 0.27 0.05 0.08 0.13 0.07
N1 0.33 0.37 0.27 0.18 0.17 0.21 0.08 0.14 0.17 0.29 0.34 0.44 0.36 0.17 0.21 0.26 0.15 0.14 0.21 0.14
N2 0.42 0.41 0.41 0.30 0.16 0.28 0.11 0.19 0.16 0.33 0.29 0.53 0.52 0.32 0.24 0.30 0.18 0.14 0.20 0.14
N3 0.40 0.37 0.34 0.24 0.17 0.27 0.10 0.17 0.22 0.34 0.30 0.42 0.44 0.23 0.20 0.33 0.13 0.09 0.15 0.10
N7 0.27 0.32 0.16 0.07 0.29 0.15 0.21 0.10 0.23 0.27 0.33 0.35 0.22 0.07 0.32 0.25 0.07 0.11 0.16 0.09
N9 0.33 0.32 0.24 0.15 0.24 0.23 0.21 0.14 0.26 0.31 0.30 0.35 0.33 0.12 0.26 0.31 0.07 0.05 0.12 0.06
O2' 0.38 0.25 0.37 0.32 0.16 0.38 0.17 0.27 0.26 0.30 0.20 0.27 0.48 0.33 0.12 0.40 0.15 0.08 0.12 0.09
O3' 0.16 0.17 0.12 0.08 0.19 0.14 0.19 0.11 0.19 0.18 0.18 0.16 0.16 0.06 0.19 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.34 0.29 0.26 0.17 0.23 0.27 0.22 0.18 0.26 0.30 0.27 0.31 0.37 0.14 0.25 0.34 0.06 0.02 0.05 0.02
O5' 0.23 0.29 0.12 0.06 0.35 0.16 0.30 0.13 0.26 0.26 0.33 0.29 0.17 0.06 0.39 0.24 0.04 0.11 0.02 0.05
O6 0.26 0.33 0.17 0.08 0.22 0.14 0.12 0.11 0.16 0.24 0.33 0.38 0.23 0.07 0.26 0.22 0.12 0.15 0.22 0.14
OP1 0.23 0.32 0.15 0.12 0.40 0.16 0.37 0.16 0.30 0.29 0.37 0.30 0.15 0.14 0.45 0.24 0.10 0.12 0.14 0.09
OP2 0.28 0.40 0.22 0.19 0.48 0.20 0.43 0.18 0.36 0.35 0.46 0.40 0.21 0.20 0.54 0.27 0.14 0.18 0.16 0.14
P 0.24 0.33 0.16 0.12 0.41 0.16 0.36 0.14 0.30 0.29 0.39 0.33 0.17 0.13 0.47 0.25 0.08 0.11 0.09 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.03 0.12 0.08
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.09 0.01 0.02 0.11 0.12 0.24 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.06 0.15 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.05 0.03
C3' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.06 0.14 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.08 0.10 0.05
C4 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.15 0.21 0.32 0.22
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.06 0.03 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.08 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.03 0.16 0.22 0.31 0.22
C5' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.09 0.01 0.11 0.00 0.10 0.06 0.07 0.04 0.04 0.02 0.10 0.00 0.00 0.07 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.08 0.10 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.14 0.17 0.24 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.11 0.21 0.15
N3 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.13 0.17 0.29 0.20
O2 0.03 0.00 0.15 0.14 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.13 0.17 0.01 0.03 0.10 0.09 0.22 0.14
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.01 0.04 0.13 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.08 0.05 0.04
O3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.11 0.02 0.11 0.03 0.08 0.17 0.03 0.00 0.05 0.01 0.08 0.16 0.22 0.12
O4 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.16 0.24 0.35 0.24
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.14 0.09
O5' 0.05 0.11 0.04 0.05 0.15 0.02 0.16 0.00 0.14 0.10 0.13 0.10 0.05 0.08 0.16 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.03 0.12 0.06 0.08 0.21 0.08 0.22 0.07 0.17 0.11 0.17 0.09 0.08 0.16 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.24 0.05 0.10 0.32 0.03 0.31 0.02 0.24 0.21 0.29 0.22 0.05 0.22 0.35 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.16 0.03 0.05 0.22 0.02 0.22 0.00 0.19 0.15 0.20 0.14 0.04 0.12 0.24 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00