ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50073

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.003, 0.016, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.013
O6 A 0, 0.014, 0.036, 0.058, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.036 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.016, 0.039, 0.062, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.039 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.017, 0.040, 0.064, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N2 A 0, -0.007, 0.030, 0.066, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.030 std_dev=0.036
O4' A 0, 0.025, 0.063, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.063 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.032, 0.077, 0.121, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.077 std_dev=0.044
C4' A 0, 0.037, 0.090, 0.143, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.090 std_dev=0.053
C3' A 0, 0.040, 0.100, 0.159, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.100 std_dev=0.060
O2' A 0, 0.046, 0.112, 0.179, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.112 std_dev=0.066
O3' A 0, 0.051, 0.122, 0.192, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.122 std_dev=0.071
C5' A 0, 0.060, 0.156, 0.252, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.156 std_dev=0.096
C5 B 0, 0.050, 0.151, 0.251, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.151 std_dev=0.101
O5' A 0, 0.060, 0.163, 0.266, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.163 std_dev=0.103
P A 0, 0.078, 0.206, 0.334, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.206 std_dev=0.128
C6 B 0, 0.057, 0.189, 0.322, 0.327 max_d=0.327 avg_d=0.189 std_dev=0.133
C4 B 0, 0.027, 0.161, 0.295, 0.370 max_d=0.370 avg_d=0.161 std_dev=0.134
OP1 A 0, 0.057, 0.210, 0.363, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.210 std_dev=0.153
P B 0, 0.087, 0.242, 0.396, 0.400 max_d=0.400 avg_d=0.242 std_dev=0.155
N1 B 0, 0.054, 0.220, 0.386, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.220 std_dev=0.166
O4 B 0, -0.023, 0.146, 0.314, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.146 std_dev=0.168
O5' B 0, 0.105, 0.274, 0.443, 0.463 max_d=0.463 avg_d=0.274 std_dev=0.169
OP2 A 0, 0.063, 0.243, 0.423, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.243 std_dev=0.180
N3 B 0, 0.024, 0.207, 0.389, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.207 std_dev=0.182
C2' B 0, 0.074, 0.258, 0.441, 0.435 max_d=0.435 avg_d=0.258 std_dev=0.184
O3' B 0, 0.051, 0.240, 0.429, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.240 std_dev=0.189
C1' B 0, 0.060, 0.250, 0.439, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.250 std_dev=0.189
C3' B 0, 0.053, 0.245, 0.436, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.245 std_dev=0.192
C2 B 0, 0.038, 0.237, 0.437, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.237 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.031, 0.241, 0.450, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.241 std_dev=0.210
O2' B 0, 0.081, 0.292, 0.504, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.292 std_dev=0.211
C4' B 0, 0.026, 0.256, 0.486, 0.616 max_d=0.616 avg_d=0.256 std_dev=0.230
C5' B 0, 0.022, 0.258, 0.494, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.258 std_dev=0.236
OP2 B 0, 0.120, 0.361, 0.602, 0.634 max_d=0.634 avg_d=0.361 std_dev=0.241
OP1 B 0, 0.072, 0.338, 0.604, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.338 std_dev=0.266
O2 B 0, 0.028, 0.302, 0.576, 0.737 max_d=0.737 avg_d=0.302 std_dev=0.274

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.08 0.12 0.10
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.04
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.12 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.01 0.09 0.13 0.10
C5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.10 0.13 0.11
C8 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.08 0.11 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.02 0.09 0.13 0.11
N2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.07 0.04 0.08 0.12 0.11
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.12 0.10
N7 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01 0.07 0.00 0.10 0.12 0.10
N9 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.10 0.09
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.03
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.05 0.04
O4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06
O5' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.01 0.04 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.14 0.11
OP1 0.04 0.08 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08 0.07 0.10 0.06 0.03 0.08 0.03 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.12 0.05 0.02 0.12 0.03 0.13 0.03 0.13 0.11 0.13 0.12 0.12 0.12 0.10 0.04 0.05 0.06 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.04 0.01 0.10 0.03 0.10 0.02 0.11 0.09 0.11 0.11 0.10 0.10 0.09 0.03 0.04 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.10 0.10 0.04 0.09 0.04 0.09 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.03 0.10 0.21 0.17 0.10 0.04
C2 0.03 0.02 0.07 0.07 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.01 0.03 0.04 0.06 0.05 0.03 0.02 0.21 0.13 0.14 0.04
C2' 0.07 0.07 0.08 0.08 0.05 0.07 0.03 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.06 0.06 0.05 0.08 0.23 0.15 0.06 0.03
C3' 0.11 0.12 0.10 0.11 0.08 0.11 0.06 0.09 0.08 0.11 0.11 0.14 0.09 0.10 0.07 0.12 0.20 0.19 0.06 0.04
C4 0.07 0.03 0.09 0.09 0.03 0.08 0.05 0.09 0.06 0.06 0.01 0.03 0.07 0.06 0.04 0.08 0.21 0.22 0.12 0.06
C4' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.05 0.11 0.04 0.09 0.07 0.10 0.08 0.13 0.08 0.08 0.04 0.11 0.21 0.19 0.09 0.04
C5 0.07 0.02 0.08 0.09 0.08 0.10 0.07 0.11 0.06 0.06 0.05 0.01 0.06 0.06 0.10 0.09 0.19 0.29 0.13 0.09
C5' 0.09 0.08 0.08 0.09 0.02 0.10 0.02 0.09 0.05 0.08 0.06 0.12 0.06 0.06 0.02 0.10 0.22 0.20 0.07 0.03
C6 0.04 0.07 0.06 0.08 0.11 0.08 0.09 0.12 0.07 0.04 0.10 0.07 0.04 0.03 0.11 0.06 0.18 0.33 0.15 0.12
C8 0.10 0.07 0.10 0.11 0.05 0.13 0.05 0.12 0.07 0.09 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07 0.13 0.19 0.28 0.11 0.08
N1 0.01 0.07 0.05 0.06 0.09 0.05 0.08 0.08 0.06 0.03 0.08 0.08 0.03 0.03 0.08 0.02 0.21 0.26 0.15 0.08
N2 0.03 0.03 0.09 0.08 0.01 0.05 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.04 0.09 0.06 0.01 0.02 0.18 0.06 0.17 0.03
N3 0.05 0.02 0.08 0.08 0.01 0.06 0.03 0.07 0.04 0.04 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.21 0.14 0.13 0.03
N7 0.10 0.05 0.09 0.11 0.09 0.13 0.07 0.14 0.07 0.08 0.06 0.05 0.08 0.08 0.13 0.13 0.18 0.31 0.12 0.10
N9 0.08 0.06 0.09 0.10 0.03 0.10 0.04 0.09 0.06 0.08 0.04 0.07 0.07 0.07 0.03 0.10 0.21 0.22 0.11 0.05
O2' 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.04 0.05 0.06 0.07 0.05 0.05 0.06 0.05 0.25 0.09 0.06 0.06
O3' 0.10 0.11 0.09 0.09 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.11 0.14 0.07 0.08 0.08 0.10 0.22 0.16 0.04 0.04
O4' 0.10 0.09 0.10 0.11 0.04 0.11 0.04 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.08 0.08 0.02 0.11 0.21 0.19 0.11 0.04
O5' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.01 0.10 0.01 0.08 0.04 0.08 0.05 0.12 0.07 0.06 0.03 0.10 0.23 0.21 0.05 0.02
O6 0.04 0.12 0.05 0.08 0.13 0.10 0.10 0.16 0.09 0.06 0.15 0.13 0.04 0.03 0.13 0.07 0.14 0.40 0.16 0.16
OP1 0.07 0.07 0.07 0.07 0.02 0.08 0.03 0.07 0.04 0.07 0.04 0.11 0.08 0.05 0.03 0.08 0.23 0.21 0.03 0.02
OP2 0.07 0.07 0.07 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.03 0.06 0.03 0.13 0.08 0.05 0.07 0.08 0.24 0.20 0.03 0.02
P 0.07 0.07 0.06 0.07 0.02 0.09 0.02 0.08 0.03 0.06 0.03 0.12 0.07 0.05 0.05 0.09 0.24 0.20 0.03 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.10 0.25 0.10 0.05
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.21 0.23 0.10 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.00 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.24 0.11 0.10
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.22 0.11 0.10
C4 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.25 0.18 0.06 0.01
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.20 0.12 0.04
C5 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.25 0.15 0.07 0.03
C5' 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.05 0.05 0.06 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.14 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.24 0.17 0.11 0.02
N1 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.19 0.23 0.10 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.23 0.22 0.07 0.01
O2 0.05 0.01 0.06 0.05 0.02 0.04 0.02 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.01 0.05 0.21 0.23 0.12 0.02
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.01 0.03 0.07 0.00 0.04 0.02 0.01 0.07 0.23 0.13 0.09
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.01 0.03 0.12 0.21 0.11 0.09
O4 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.25 0.17 0.04 0.01
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.13 0.24 0.10 0.05
O5' 0.10 0.21 0.05 0.14 0.25 0.01 0.25 0.01 0.24 0.19 0.23 0.21 0.07 0.12 0.25 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.25 0.23 0.24 0.22 0.18 0.20 0.15 0.14 0.17 0.23 0.22 0.23 0.23 0.21 0.17 0.24 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.10 0.11 0.11 0.06 0.12 0.07 0.14 0.11 0.10 0.07 0.12 0.13 0.11 0.04 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.01 0.10 0.10 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.09 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00