ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50074

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.023 std_dev=0.016
N2 A 0, 0.009, 0.030, 0.052, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.033 std_dev=0.023
C5 A 0, 0.012, 0.041, 0.070, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.041 std_dev=0.029
C4 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N9 A 0, 0.014, 0.048, 0.082, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.048 std_dev=0.034
O6 A 0, 0.017, 0.063, 0.109, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.063 std_dev=0.046
N7 A 0, 0.026, 0.089, 0.151, 0.139 max_d=0.139 avg_d=0.089 std_dev=0.063
C8 A 0, 0.028, 0.096, 0.164, 0.148 max_d=0.148 avg_d=0.096 std_dev=0.068
C4 B 0, 0.071, 0.250, 0.429, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.250 std_dev=0.179
N3 B 0, 0.057, 0.331, 0.605, 0.671 max_d=0.671 avg_d=0.331 std_dev=0.274
O2' A 0, 0.116, 0.397, 0.677, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.397 std_dev=0.281
C2' A 0, 0.128, 0.439, 0.750, 0.685 max_d=0.685 avg_d=0.439 std_dev=0.311
C5 B 0, 0.114, 0.462, 0.810, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.462 std_dev=0.348
C2 B 0, 0.143, 0.492, 0.840, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.492 std_dev=0.349
P A 0, 0.146, 0.504, 0.862, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.504 std_dev=0.358
O4' A 0, 0.150, 0.516, 0.882, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.516 std_dev=0.366
O4 B 0, 0.147, 0.543, 0.939, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.543 std_dev=0.396
N1 B 0, 0.189, 0.669, 1.149, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.669 std_dev=0.480
C6 B 0, 0.189, 0.689, 1.188, 1.170 max_d=1.170 avg_d=0.689 std_dev=0.500
C4' A 0, 0.219, 0.754, 1.290, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.754 std_dev=0.535
O2 B 0, 0.213, 0.753, 1.294, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.753 std_dev=0.540
C3' A 0, 0.222, 0.764, 1.306, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.764 std_dev=0.542
O5' A 0, 0.234, 0.822, 1.411, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.822 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.328, 1.125, 1.922, 1.754 max_d=1.754 avg_d=1.125 std_dev=0.797
O3' A 0, 0.330, 1.131, 1.932, 1.759 max_d=1.759 avg_d=1.131 std_dev=0.801
C2' B 0, 0.344, 1.182, 2.020, 1.847 max_d=1.847 avg_d=1.182 std_dev=0.838
C5' A 0, 0.353, 1.217, 2.081, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.217 std_dev=0.864
OP2 B 0, 0.380, 1.322, 2.264, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.322 std_dev=0.942
O4' B 0, 0.409, 1.407, 2.404, 2.202 max_d=2.202 avg_d=1.407 std_dev=0.998
O5' B 0, 0.410, 1.409, 2.409, 2.204 max_d=2.204 avg_d=1.409 std_dev=0.999
C3' B 0, 0.412, 1.423, 2.433, 2.252 max_d=2.252 avg_d=1.423 std_dev=1.010
P B 0, 0.421, 1.449, 2.478, 2.274 max_d=2.274 avg_d=1.449 std_dev=1.028
OP2 A 0, 0.428, 1.469, 2.510, 2.285 max_d=2.285 avg_d=1.469 std_dev=1.041
O2' B 0, 0.456, 1.559, 2.662, 2.391 max_d=2.391 avg_d=1.559 std_dev=1.103
C4' B 0, 0.498, 1.707, 2.917, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.707 std_dev=1.210
O3' B 0, 0.505, 1.730, 2.956, 2.684 max_d=2.684 avg_d=1.730 std_dev=1.226
OP1 B 0, 0.568, 1.948, 3.329, 3.023 max_d=3.023 avg_d=1.948 std_dev=1.380
C5' B 0, 0.574, 1.967, 3.360, 3.041 max_d=3.041 avg_d=1.967 std_dev=1.393
OP1 A 0, 0.636, 2.172, 3.709, 3.297 max_d=3.297 avg_d=2.172 std_dev=1.536

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.46 0.07 0.18
C2 0.01 0.00 0.14 0.19 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.26 0.02 0.11 0.00 0.56 0.15 0.20
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.08 0.04 0.12 0.16 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.08 0.11 0.08 0.01
C3' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.11 0.00 0.09 0.00 0.13 0.06 0.18 0.21 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.14 0.13 0.12
C4 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.07 0.00 0.59 0.14 0.19
C4' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.18 0.05
C5 0.00 0.00 0.05 0.09 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.08 0.01 0.66 0.25 0.20
C5' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.06 0.05 0.08 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.27 0.01
C6 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.17 0.01 0.10 0.00 0.66 0.28 0.21
C8 0.00 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.01 0.01 0.68 0.20 0.19
N1 0.01 0.00 0.12 0.18 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.24 0.01 0.11 0.00 0.62 0.23 0.20
N2 0.01 0.00 0.16 0.21 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.11 0.30 0.03 0.11 0.00 0.52 0.12 0.19
N3 0.01 0.00 0.14 0.16 0.00 0.06 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.22 0.02 0.09 0.00 0.53 0.10 0.19
N7 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.70 0.29 0.19
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.59 0.09 0.19
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.05 0.03 0.07 0.11 0.08 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.04 0.07 0.04 0.02
O3' 0.01 0.26 0.02 0.00 0.13 0.01 0.10 0.01 0.17 0.07 0.24 0.30 0.22 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.13 0.16 0.48 0.19 0.27
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.51 0.24 0.25
O5' 0.03 0.11 0.03 0.08 0.07 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.11 0.11 0.09 0.04 0.04 0.02 0.13 0.09 0.00 0.11 0.01 0.00 0.00
O6 0.01 0.00 0.08 0.13 0.00 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.11 0.00 0.68 0.34 0.21
OP1 0.46 0.56 0.11 0.14 0.59 0.06 0.66 0.11 0.66 0.68 0.62 0.52 0.53 0.70 0.59 0.07 0.48 0.51 0.01 0.68 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.15 0.08 0.13 0.14 0.18 0.25 0.27 0.28 0.20 0.23 0.12 0.10 0.29 0.09 0.04 0.19 0.24 0.00 0.34 0.00 0.00 0.00
P 0.18 0.20 0.01 0.12 0.19 0.05 0.20 0.01 0.21 0.19 0.20 0.19 0.19 0.19 0.19 0.02 0.27 0.25 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.16 0.18 0.10 0.05 0.12 0.13 0.14 0.06 0.12 0.09 0.25 0.30 0.11 0.10 0.18 0.01 0.02 0.05 0.01
C2 0.15 0.09 0.15 0.21 0.09 0.27 0.17 0.34 0.21 0.08 0.11 0.18 0.15 0.21 0.12 0.25 0.41 0.38 0.25 0.33
C2' 0.14 0.05 0.11 0.07 0.14 0.10 0.20 0.16 0.13 0.02 0.04 0.13 0.24 0.09 0.19 0.14 0.03 0.02 0.07 0.01
C3' 0.05 0.10 0.06 0.12 0.29 0.07 0.32 0.12 0.23 0.10 0.19 0.03 0.15 0.09 0.34 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00
C4 0.17 0.15 0.15 0.11 0.02 0.12 0.12 0.16 0.10 0.11 0.09 0.22 0.20 0.12 0.07 0.13 0.20 0.17 0.08 0.15
C4' 0.10 0.02 0.06 0.11 0.23 0.06 0.28 0.16 0.18 0.04 0.11 0.06 0.19 0.09 0.29 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01
C5 0.18 0.15 0.16 0.13 0.04 0.13 0.11 0.09 0.13 0.15 0.09 0.19 0.19 0.13 0.05 0.16 0.19 0.14 0.07 0.13
C5' 0.08 0.09 0.06 0.14 0.30 0.06 0.33 0.11 0.21 0.09 0.19 0.03 0.15 0.12 0.37 0.11 0.01 0.02 0.07 0.02
C6 0.16 0.13 0.15 0.13 0.05 0.13 0.12 0.12 0.15 0.14 0.09 0.16 0.17 0.13 0.02 0.15 0.30 0.24 0.16 0.22
C8 0.25 0.18 0.23 0.19 0.05 0.23 0.10 0.16 0.14 0.19 0.10 0.22 0.28 0.20 0.08 0.26 0.02 0.08 0.15 0.08
N1 0.17 0.08 0.16 0.18 0.04 0.21 0.14 0.23 0.18 0.12 0.07 0.14 0.17 0.18 0.09 0.21 0.39 0.35 0.24 0.31
N2 0.25 0.09 0.22 0.31 0.14 0.41 0.20 0.47 0.27 0.16 0.16 0.18 0.21 0.32 0.17 0.41 0.47 0.47 0.30 0.40
N3 0.10 0.13 0.11 0.16 0.07 0.20 0.16 0.32 0.16 0.04 0.12 0.22 0.15 0.16 0.10 0.15 0.32 0.30 0.18 0.26
N7 0.23 0.17 0.21 0.18 0.08 0.20 0.12 0.15 0.16 0.19 0.11 0.20 0.24 0.19 0.08 0.23 0.06 0.03 0.09 0.03
N9 0.22 0.16 0.19 0.13 0.02 0.15 0.10 0.10 0.08 0.15 0.09 0.23 0.27 0.14 0.08 0.20 0.05 0.04 0.05 0.02
O2' 0.17 0.12 0.14 0.06 0.10 0.05 0.17 0.28 0.10 0.07 0.07 0.21 0.29 0.07 0.13 0.11 0.08 0.05 0.05 0.01
O3' 0.05 0.20 0.11 0.20 0.36 0.04 0.38 0.16 0.29 0.19 0.28 0.14 0.07 0.16 0.40 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00
O4' 0.18 0.10 0.13 0.08 0.12 0.10 0.20 0.15 0.11 0.07 0.01 0.18 0.26 0.09 0.18 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01
O5' 0.13 0.07 0.09 0.06 0.28 0.17 0.27 0.12 0.14 0.06 0.17 0.04 0.20 0.07 0.37 0.19 0.09 0.19 0.11 0.14
O6 0.18 0.16 0.17 0.15 0.11 0.14 0.14 0.09 0.17 0.17 0.13 0.17 0.18 0.15 0.06 0.16 0.30 0.24 0.16 0.22
OP1 0.07 0.23 0.13 0.20 0.49 0.29 0.43 0.34 0.24 0.15 0.38 0.17 0.24 0.33 0.62 0.15 0.37 0.83 0.60 0.61
OP2 0.46 0.37 0.42 0.39 0.27 0.46 0.29 0.43 0.36 0.40 0.32 0.40 0.47 0.40 0.21 0.49 0.35 0.40 0.53 0.39
P 0.17 0.06 0.16 0.16 0.25 0.27 0.22 0.27 0.09 0.06 0.16 0.06 0.26 0.22 0.36 0.25 0.23 0.45 0.36 0.35

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.23 0.02 0.12
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.35 0.41 0.27 0.32
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.31 0.10 0.18
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00 0.21 0.37 0.09 0.23
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.46 0.48 0.41 0.44
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.47 0.45 0.36 0.43
C5' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.15 0.26 0.00
C6 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.41 0.39 0.24 0.34
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.32 0.35 0.19 0.27
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.41 0.46 0.36 0.39
O2 0.02 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.09 0.01 0.02 0.29 0.39 0.25 0.28
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.17 0.05 0.06
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01 0.10 0.33 0.04 0.16
O4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.49 0.51 0.46 0.48
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.13 0.13 0.03
O5' 0.16 0.35 0.17 0.21 0.46 0.01 0.47 0.01 0.41 0.32 0.41 0.29 0.05 0.10 0.49 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.23 0.41 0.31 0.37 0.48 0.14 0.45 0.15 0.39 0.35 0.46 0.39 0.17 0.33 0.51 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.27 0.10 0.09 0.41 0.16 0.36 0.26 0.24 0.19 0.36 0.25 0.05 0.04 0.46 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.12 0.32 0.18 0.23 0.44 0.00 0.43 0.00 0.34 0.27 0.39 0.28 0.06 0.16 0.48 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00