ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50075

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.004
N9 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C8 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.001, 0.006, 0.010, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.006
O6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N2 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2' A 0, 0.012, 0.098, 0.183, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.098 std_dev=0.086
O4' A 0, 0.006, 0.101, 0.195, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.101 std_dev=0.095
C2' A 0, 0.001, 0.097, 0.194, 0.229 max_d=0.229 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.004, 0.156, 0.308, 0.362 max_d=0.362 avg_d=0.156 std_dev=0.152
C3' A 0, 0.003, 0.163, 0.323, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.163 std_dev=0.160
O3' A 0, 0.003, 0.228, 0.453, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.228 std_dev=0.225
C5' A 0, -0.002, 0.262, 0.527, 0.625 max_d=0.625 avg_d=0.262 std_dev=0.265
O5' A 0, -0.037, 0.244, 0.525, 0.637 max_d=0.637 avg_d=0.244 std_dev=0.281
O4' B 0, 0.042, 0.365, 0.689, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.365 std_dev=0.323
N1 B 0, 0.098, 0.438, 0.778, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.438 std_dev=0.340
C6 B 0, 0.121, 0.462, 0.803, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.462 std_dev=0.341
C1' B 0, 0.044, 0.393, 0.742, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.393 std_dev=0.349
OP2 B 0, -0.067, 0.286, 0.638, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.286 std_dev=0.353
C2 B 0, 0.124, 0.480, 0.835, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.480 std_dev=0.356
C5 B 0, 0.146, 0.503, 0.859, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.503 std_dev=0.357
C5' B 0, 0.035, 0.399, 0.763, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.399 std_dev=0.364
P B 0, -0.060, 0.304, 0.668, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.304 std_dev=0.364
C4' B 0, 0.028, 0.394, 0.759, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.394 std_dev=0.365
O2 B 0, 0.122, 0.490, 0.859, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.490 std_dev=0.368
OP2 A 0, -0.046, 0.324, 0.695, 0.843 max_d=0.843 avg_d=0.324 std_dev=0.371
O5' B 0, 0.055, 0.427, 0.798, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.427 std_dev=0.372
P A 0, -0.076, 0.297, 0.670, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.297 std_dev=0.373
N3 B 0, 0.153, 0.530, 0.907, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.530 std_dev=0.377
C4 B 0, 0.157, 0.537, 0.917, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.537 std_dev=0.380
C2' B 0, 0.008, 0.424, 0.840, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.424 std_dev=0.416
O4 B 0, 0.169, 0.590, 1.010, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.590 std_dev=0.420
C3' B 0, 0.023, 0.444, 0.866, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.444 std_dev=0.422
OP1 A 0, -0.062, 0.366, 0.793, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.366 std_dev=0.427
O2' B 0, -0.016, 0.414, 0.844, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.414 std_dev=0.430
OP1 B 0, 0.007, 0.440, 0.874, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.440 std_dev=0.434
O3' B 0, 0.028, 0.500, 0.971, 1.132 max_d=1.132 avg_d=0.500 std_dev=0.471

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.08 0.09 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.11 0.04 0.07 0.00 0.09 0.15 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.04 0.06 0.10 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C3' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.05 0.03 0.08 0.10 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.07 0.03 0.04
C4 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.00 0.08 0.13 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.11 0.16 0.12
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.09 0.00 0.13 0.18 0.13
C8 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.07 0.00 0.08 0.12 0.11
N1 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.03 0.08 0.00 0.12 0.17 0.12
N2 0.01 0.00 0.10 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.14 0.04 0.07 0.00 0.09 0.15 0.10
N3 0.00 0.00 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.10 0.03 0.06 0.00 0.07 0.13 0.09
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.08 0.00 0.11 0.16 0.13
N9 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.06 0.10 0.08
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.08 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02
O3' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.07 0.03 0.10 0.14 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.12 0.07 0.08
O4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04
O5' 0.03 0.07 0.00 0.02 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.07 0.08 0.07 0.06 0.08 0.06 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.00 0.15 0.20 0.15
OP1 0.01 0.09 0.04 0.07 0.08 0.02 0.11 0.01 0.13 0.08 0.12 0.09 0.07 0.11 0.06 0.07 0.12 0.02 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.15 0.01 0.03 0.13 0.01 0.16 0.00 0.18 0.12 0.17 0.15 0.13 0.16 0.10 0.00 0.07 0.05 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.10 0.01 0.04 0.10 0.00 0.12 0.00 0.13 0.11 0.12 0.10 0.09 0.13 0.08 0.02 0.08 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.05 0.08 0.10 0.03 0.11 0.02 0.10 0.02 0.05 0.03 0.07 0.08 0.10 0.07 0.10 0.11 0.01 0.00 0.02
C2 0.09 0.11 0.09 0.10 0.17 0.08 0.16 0.10 0.13 0.11 0.14 0.09 0.08 0.10 0.18 0.08 0.13 0.12 0.15 0.12
C2' 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.09 0.07 0.10 0.04 0.05 0.08 0.07 0.06 0.09 0.11 0.08 0.12 0.03 0.02 0.04
C3' 0.08 0.13 0.05 0.03 0.19 0.04 0.19 0.03 0.15 0.12 0.16 0.11 0.06 0.04 0.21 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00
C4 0.03 0.01 0.03 0.07 0.07 0.07 0.09 0.07 0.07 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.09 0.06 0.10 0.06 0.08 0.06
C4' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.15 0.05 0.15 0.04 0.11 0.08 0.11 0.07 0.06 0.04 0.18 0.06 0.04 0.07 0.03 0.02
C5 0.03 0.01 0.04 0.08 0.06 0.07 0.09 0.07 0.07 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.09 0.07 0.09 0.05 0.06 0.05
C5' 0.07 0.11 0.05 0.03 0.20 0.04 0.20 0.02 0.15 0.10 0.15 0.08 0.06 0.02 0.24 0.06 0.00 0.11 0.06 0.05
C6 0.02 0.04 0.04 0.07 0.11 0.06 0.12 0.07 0.09 0.04 0.06 0.06 0.02 0.07 0.14 0.05 0.09 0.08 0.10 0.08
C8 0.10 0.07 0.11 0.14 0.03 0.13 0.04 0.12 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.15 0.07 0.13 0.13 0.02 0.04 0.05
N1 0.07 0.09 0.08 0.09 0.16 0.07 0.15 0.09 0.12 0.09 0.12 0.09 0.07 0.09 0.19 0.06 0.12 0.11 0.14 0.11
N2 0.14 0.17 0.15 0.15 0.19 0.12 0.18 0.13 0.16 0.15 0.18 0.15 0.15 0.15 0.20 0.12 0.16 0.15 0.18 0.15
N3 0.05 0.07 0.05 0.07 0.13 0.06 0.13 0.08 0.11 0.08 0.09 0.04 0.04 0.07 0.13 0.06 0.11 0.10 0.12 0.10
N7 0.08 0.05 0.09 0.11 0.01 0.11 0.06 0.10 0.08 0.06 0.05 0.07 0.08 0.13 0.05 0.11 0.11 0.01 0.00 0.02
N9 0.07 0.04 0.08 0.10 0.03 0.10 0.03 0.10 0.05 0.05 0.03 0.06 0.07 0.10 0.06 0.10 0.11 0.02 0.02 0.02
O2' 0.08 0.05 0.09 0.12 0.05 0.12 0.04 0.14 0.02 0.05 0.04 0.07 0.09 0.11 0.06 0.10 0.14 0.06 0.04 0.06
O3' 0.12 0.16 0.09 0.05 0.22 0.06 0.23 0.03 0.20 0.16 0.19 0.13 0.09 0.02 0.23 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.07 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.07 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.11 0.08 0.08 0.04 0.02 0.01
O5' 0.07 0.14 0.04 0.02 0.23 0.04 0.21 0.03 0.14 0.11 0.19 0.11 0.05 0.04 0.29 0.05 0.03 0.07 0.02 0.02
O6 0.02 0.03 0.03 0.07 0.09 0.06 0.12 0.07 0.09 0.04 0.05 0.07 0.01 0.07 0.12 0.05 0.09 0.08 0.10 0.07
OP1 0.06 0.14 0.04 0.05 0.27 0.08 0.24 0.08 0.15 0.11 0.21 0.11 0.05 0.09 0.34 0.07 0.07 0.07 0.04 0.06
OP2 0.07 0.19 0.04 0.02 0.29 0.04 0.22 0.05 0.14 0.13 0.26 0.18 0.04 0.06 0.37 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04
P 0.06 0.15 0.03 0.03 0.26 0.05 0.22 0.06 0.14 0.12 0.22 0.13 0.04 0.06 0.33 0.05 0.05 0.06 0.02 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.11 0.08
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.12 0.21 0.15
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.13 0.21 0.29 0.23
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.22 0.29 0.23
C5' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.12 0.17 0.22 0.19
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.11 0.18 0.14
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.11 0.17 0.26 0.19
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.08 0.18 0.12
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03
O3' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.14 0.24 0.32 0.24
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.04
O5' 0.04 0.08 0.03 0.01 0.13 0.00 0.14 0.00 0.12 0.08 0.11 0.06 0.02 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.12 0.01 0.03 0.21 0.02 0.22 0.03 0.17 0.11 0.17 0.08 0.03 0.09 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.21 0.07 0.02 0.29 0.02 0.29 0.00 0.22 0.18 0.26 0.18 0.06 0.04 0.32 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.04 0.01 0.23 0.01 0.23 0.01 0.19 0.14 0.19 0.12 0.03 0.04 0.24 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00