ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50076

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N2 A 0, 0.002, 0.008, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.008, 0.026, 0.044, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.026 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.029 std_dev=0.021
N9 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O6 A 0, 0.012, 0.041, 0.071, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.041 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.015, 0.052, 0.089, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.052 std_dev=0.037
C8 A 0, 0.017, 0.057, 0.098, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.057 std_dev=0.041
C2' A 0, 0.036, 0.124, 0.213, 0.199 max_d=0.199 avg_d=0.124 std_dev=0.088
O4' A 0, 0.046, 0.158, 0.270, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.158 std_dev=0.112
O2' A 0, 0.045, 0.159, 0.272, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.159 std_dev=0.114
C4' A 0, 0.051, 0.175, 0.298, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.175 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.055, 0.187, 0.320, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.187 std_dev=0.133
O3' A 0, 0.065, 0.224, 0.383, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.224 std_dev=0.159
C2 B 0, 0.078, 0.269, 0.460, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.269 std_dev=0.191
N1 B 0, 0.079, 0.279, 0.479, 0.458 max_d=0.458 avg_d=0.279 std_dev=0.200
O2 B 0, 0.083, 0.285, 0.486, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.285 std_dev=0.202
C1' B 0, 0.086, 0.302, 0.519, 0.495 max_d=0.495 avg_d=0.302 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.101, 0.347, 0.593, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.347 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.107, 0.365, 0.623, 0.553 max_d=0.553 avg_d=0.365 std_dev=0.258
C6 B 0, 0.113, 0.394, 0.675, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.394 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.126, 0.430, 0.733, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.430 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.121, 0.425, 0.729, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.425 std_dev=0.304
O2' B 0, 0.125, 0.434, 0.743, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.434 std_dev=0.309
C4 B 0, 0.127, 0.444, 0.760, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.444 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.136, 0.473, 0.809, 0.758 max_d=0.758 avg_d=0.473 std_dev=0.337
C2' B 0, 0.139, 0.484, 0.829, 0.781 max_d=0.781 avg_d=0.484 std_dev=0.345
O3' B 0, 0.157, 0.543, 0.929, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.543 std_dev=0.386
O4 B 0, 0.157, 0.547, 0.936, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.547 std_dev=0.390
C3' B 0, 0.175, 0.610, 1.044, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.610 std_dev=0.434
C4' B 0, 0.183, 0.637, 1.091, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.637 std_dev=0.454
P A 0, 0.219, 0.748, 1.277, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.748 std_dev=0.529
OP1 A 0, 0.239, 0.816, 1.394, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.816 std_dev=0.577
C5' B 0, 0.233, 0.813, 1.393, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.813 std_dev=0.580
O5' B 0, 0.236, 0.823, 1.410, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.823 std_dev=0.587
OP2 A 0, 0.244, 0.832, 1.420, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.832 std_dev=0.588
P B 0, 0.292, 1.010, 1.728, 1.603 max_d=1.603 avg_d=1.010 std_dev=0.718
OP1 B 0, 0.334, 1.149, 1.965, 1.806 max_d=1.806 avg_d=1.149 std_dev=0.816
OP2 B 0, 0.339, 1.170, 2.001, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.170 std_dev=0.831

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.00 0.03 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.05
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.03
C5' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.09 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02
N2 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.08 0.10 0.08
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.04
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.09 0.06 0.05
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.06
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03
O5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.05 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03
OP1 0.06 0.00 0.09 0.08 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.09 0.01 0.02 0.01 0.08 0.06 0.09 0.08 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.03 0.06 0.06 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.03 0.10 0.05 0.06 0.06 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.04 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.02 0.06 0.03 0.08 0.04 0.05 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.06 0.03 0.04 0.06 0.05 0.05 0.06 0.08 0.01 0.10 0.09 0.02 0.03 0.12 0.05 0.03 0.04 0.06 0.06
C2 0.02 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.05 0.07 0.05 0.01 0.05 0.11 0.00 0.06 0.02 0.06 0.08 0.08 0.10 0.07
C2' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.11 0.06 0.01 0.07 0.04 0.02 0.13 0.10 0.01 0.02 0.17 0.04 0.03 0.07 0.09 0.08
C3' 0.02 0.08 0.01 0.04 0.10 0.06 0.01 0.07 0.04 0.01 0.12 0.10 0.00 0.03 0.17 0.05 0.03 0.06 0.08 0.07
C4 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.02 0.07 0.10 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02
C4' 0.04 0.06 0.03 0.06 0.08 0.07 0.03 0.07 0.06 0.01 0.10 0.08 0.02 0.06 0.15 0.06 0.03 0.05 0.07 0.06
C5 0.02 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.13 0.02 0.11 0.04 0.03 0.08 0.04 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03
C5' 0.05 0.05 0.04 0.06 0.07 0.08 0.03 0.07 0.07 0.02 0.09 0.07 0.03 0.07 0.14 0.07 0.03 0.05 0.07 0.06
C6 0.02 0.02 0.03 0.01 0.10 0.03 0.13 0.02 0.11 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.10 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02
C8 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.12 0.05 0.11 0.04 0.06 0.08 0.04 0.01 0.03 0.03 0.04 0.06 0.09 0.08
N1 0.00 0.02 0.01 0.03 0.07 0.06 0.09 0.06 0.08 0.03 0.03 0.08 0.03 0.06 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04
N2 0.06 0.07 0.06 0.09 0.02 0.12 0.02 0.13 0.03 0.04 0.05 0.11 0.04 0.09 0.03 0.10 0.13 0.13 0.16 0.13
N3 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.01 0.09 0.11 0.01 0.03 0.06 0.03 0.07 0.06 0.07 0.05
N7 0.03 0.03 0.05 0.03 0.08 0.02 0.14 0.04 0.12 0.05 0.03 0.07 0.05 0.01 0.08 0.02 0.04 0.05 0.08 0.07
N9 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02 0.03 0.09 0.04 0.09 0.02 0.08 0.09 0.02 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.06 0.05
O2' 0.01 0.09 0.00 0.04 0.12 0.07 0.04 0.09 0.01 0.03 0.13 0.09 0.02 0.03 0.18 0.04 0.04 0.08 0.09 0.08
O3' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.11 0.06 0.02 0.08 0.02 0.02 0.13 0.10 0.02 0.03 0.18 0.04 0.03 0.07 0.09 0.08
O4' 0.05 0.04 0.05 0.06 0.05 0.07 0.05 0.06 0.09 0.03 0.08 0.07 0.04 0.06 0.12 0.07 0.03 0.04 0.06 0.05
O5' 0.04 0.05 0.03 0.05 0.06 0.06 0.04 0.05 0.08 0.02 0.09 0.08 0.03 0.05 0.13 0.05 0.03 0.04 0.06 0.05
O6 0.03 0.04 0.05 0.01 0.14 0.03 0.15 0.02 0.12 0.07 0.08 0.04 0.07 0.04 0.15 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03
OP1 0.04 0.14 0.05 0.02 0.16 0.02 0.05 0.02 0.02 0.06 0.18 0.16 0.06 0.02 0.23 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.00 0.10 0.01 0.01 0.10 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.14 0.13 0.01 0.01 0.16 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02
P 0.01 0.09 0.00 0.03 0.10 0.04 0.00 0.04 0.04 0.01 0.14 0.12 0.01 0.03 0.18 0.03 0.03 0.02 0.04 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.04
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.03
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.13 0.06
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.12 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.07 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.04
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.05 0.03
O2 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.00 0.05 0.01 0.02 0.06 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.09 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.14 0.06
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.04
O4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
O5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.06 0.13 0.12 0.05 0.08 0.04 0.03 0.07 0.07 0.05 0.06 0.14 0.12 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.06 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00