ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N7 A max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C4 A max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N1 A max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C8 A max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A max_d=0.032 avg_d=0.016 std_dev=0.016
C2 A max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
O6 A max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N2 A max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O2' A max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
C2' A max_d=0.140 avg_d=0.070 std_dev=0.070
O4' A max_d=0.154 avg_d=0.077 std_dev=0.077
P A max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
OP2 A max_d=0.215 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C4' A max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
C5' A max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C3' A max_d=0.296 avg_d=0.148 std_dev=0.148
O5' A max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
O3' A max_d=0.510 avg_d=0.255 std_dev=0.255
N1 B max_d=0.511 avg_d=0.255 std_dev=0.255
C6 B max_d=0.516 avg_d=0.258 std_dev=0.258
OP1 A max_d=0.625 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C1' B max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
C2 B max_d=1.167 avg_d=0.583 std_dev=0.583
C5 B max_d=1.183 avg_d=0.592 std_dev=0.592
O4' B max_d=1.226 avg_d=0.613 std_dev=0.613
O5' B max_d=1.260 avg_d=0.630 std_dev=0.630
P B max_d=1.311 avg_d=0.656 std_dev=0.656
OP2 B max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
N3 B max_d=1.540 avg_d=0.770 std_dev=0.770
C4 B max_d=1.598 avg_d=0.799 std_dev=0.799
O2 B max_d=1.608 avg_d=0.804 std_dev=0.804
OP1 B max_d=1.803 avg_d=0.901 std_dev=0.901
O3' B max_d=1.871 avg_d=0.936 std_dev=0.936
C2' B max_d=1.978 avg_d=0.989 std_dev=0.989
O4 B max_d=2.223 avg_d=1.111 std_dev=1.111
C4' B max_d=2.262 avg_d=1.131 std_dev=1.131
C3' B max_d=2.307 avg_d=1.154 std_dev=1.154
O2' B max_d=2.447 avg_d=1.224 std_dev=1.224
C5' B max_d=3.311 avg_d=1.656 std_dev=1.656

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.01
C2 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.04 0.12 0.00 0.03 0.04 0.01
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.12 0.04 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.09 0.06 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.11 0.00 0.04 0.04 0.01
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01
C5' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.08 0.06 0.03 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.03 0.00
N1 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.03 0.12 0.00 0.01 0.05 0.01
N2 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.12 0.06 0.13 0.00 0.04 0.04 0.00
N3 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.04 0.12 0.00 0.05 0.04 0.00
N7 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.01
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.05 0.03 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.02 0.01
O3' 0.04 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.12 0.08 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.02 0.07 0.06 0.03
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.08 0.05
O5' 0.08 0.12 0.03 0.04 0.11 0.01 0.10 0.00 0.10 0.09 0.12 0.13 0.12 0.09 0.11 0.02 0.03 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.00 0.03 0.06 0.03
OP1 0.07 0.03 0.12 0.09 0.04 0.05 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.05 0.01 0.05 0.13 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.08 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.14 0.29 0.41 0.33 0.47 0.24 0.69 0.08 0.04 0.26 0.12 0.12 0.34 0.41 0.30 0.35 0.19 0.08 0.15
C2 0.19 0.16 0.33 0.58 0.03 0.75 0.11 0.97 0.05 0.11 0.08 0.25 0.06 0.49 0.06 0.42 0.36 0.46 0.26 0.31
C2' 0.01 0.27 0.25 0.29 0.49 0.29 0.34 0.43 0.13 0.13 0.42 0.26 0.14 0.24 0.60 0.16 0.25 0.05 0.02 0.04
C3' 0.00 0.32 0.24 0.31 0.56 0.31 0.37 0.46 0.15 0.16 0.49 0.31 0.14 0.25 0.73 0.16 0.25 0.03 0.06 0.04
C4 0.12 0.04 0.24 0.42 0.08 0.57 0.10 0.75 0.03 0.05 0.02 0.07 0.00 0.35 0.11 0.40 0.33 0.30 0.13 0.20
C4' 0.03 0.26 0.22 0.35 0.44 0.41 0.27 0.59 0.10 0.11 0.40 0.25 0.07 0.30 0.58 0.25 0.30 0.10 0.02 0.08
C5 0.07 0.10 0.08 0.27 0.06 0.46 0.02 0.57 0.02 0.07 0.09 0.11 0.17 0.26 0.07 0.37 0.26 0.28 0.09 0.15
C5' 0.02 0.26 0.16 0.28 0.37 0.37 0.15 0.51 0.03 0.09 0.38 0.29 0.00 0.26 0.50 0.26 0.29 0.08 0.06 0.06
C6 0.09 0.21 0.05 0.27 0.14 0.49 0.05 0.57 0.03 0.12 0.21 0.26 0.25 0.27 0.16 0.37 0.23 0.34 0.13 0.18
C8 0.00 0.10 0.06 0.19 0.07 0.33 0.01 0.43 0.03 0.02 0.12 0.13 0.13 0.19 0.07 0.27 0.24 0.16 0.01 0.07
N1 0.16 0.22 0.20 0.44 0.08 0.64 0.02 0.77 0.01 0.13 0.18 0.31 0.10 0.41 0.07 0.40 0.29 0.43 0.21 0.26
N2 0.22 0.17 0.41 0.67 0.05 0.79 0.14 1.07 0.07 0.12 0.08 0.29 0.14 0.57 0.09 0.38 0.38 0.55 0.33 0.38
N3 0.18 0.07 0.36 0.56 0.12 0.70 0.16 0.97 0.07 0.07 0.02 0.14 0.10 0.46 0.16 0.42 0.39 0.40 0.22 0.29
N7 0.01 0.01 0.03 0.13 0.10 0.32 0.11 0.39 0.07 0.02 0.05 0.04 0.25 0.15 0.13 0.29 0.21 0.19 0.01 0.08
N9 0.07 0.07 0.21 0.35 0.17 0.47 0.12 0.64 0.03 0.01 0.14 0.06 0.01 0.30 0.21 0.33 0.32 0.22 0.07 0.14
O2' 0.04 0.24 0.35 0.34 0.51 0.25 0.43 0.39 0.18 0.12 0.40 0.21 0.29 0.26 0.62 0.10 0.24 0.02 0.01 0.04
O3' 0.05 0.29 0.35 0.41 0.59 0.36 0.44 0.55 0.18 0.14 0.49 0.26 0.25 0.34 0.78 0.18 0.28 0.04 0.03 0.07
O4' 0.06 0.18 0.24 0.39 0.34 0.49 0.22 0.70 0.07 0.06 0.30 0.17 0.04 0.34 0.44 0.31 0.35 0.20 0.05 0.15
O5' 0.02 0.24 0.11 0.23 0.30 0.34 0.06 0.43 0.03 0.06 0.35 0.29 0.04 0.23 0.41 0.28 0.27 0.08 0.09 0.04
O6 0.04 0.27 0.10 0.13 0.24 0.36 0.12 0.42 0.06 0.13 0.30 0.32 0.42 0.17 0.28 0.29 0.18 0.32 0.10 0.15
OP1 0.00 0.22 0.04 0.16 0.08 0.30 0.16 0.37 0.15 0.03 0.26 0.35 0.11 0.17 0.11 0.26 0.31 0.13 0.00 0.11
OP2 0.11 0.24 0.14 0.01 0.00 0.16 0.16 0.20 0.08 0.09 0.21 0.37 0.30 0.03 0.07 0.16 0.16 0.03 0.13 0.03
P 0.05 0.24 0.03 0.11 0.12 0.26 0.08 0.33 0.07 0.08 0.27 0.34 0.19 0.12 0.14 0.22 0.23 0.07 0.09 0.02

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.11 0.28 0.10 0.13
C2 0.02 0.00 0.14 0.10 0.00 0.07 0.01 0.27 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.07 0.01 0.26 0.17
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.14 0.01 0.09 0.25 0.00 0.02 0.01 0.02 0.45 0.71 0.53 0.56
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.03 0.05 0.12 0.11 0.00 0.00 0.12 0.00 0.32 0.66 0.35 0.46
C4 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.00 0.03 0.25 0.38 0.56 0.48
C4' 0.00 0.07 0.02 0.00 0.17 0.00 0.20 0.00 0.18 0.09 0.11 0.01 0.02 0.01 0.18 0.00 0.00 0.21 0.06 0.06
C5 0.01 0.01 0.11 0.06 0.00 0.20 0.00 0.39 0.00 0.00 0.01 0.01 0.24 0.02 0.00 0.10 0.27 0.39 0.49 0.47
C5' 0.07 0.27 0.01 0.01 0.40 0.00 0.39 0.00 0.31 0.24 0.36 0.22 0.01 0.01 0.44 0.00 0.01 0.12 0.28 0.01
C6 0.01 0.00 0.14 0.03 0.00 0.18 0.00 0.31 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.03 0.01 0.12 0.16 0.18 0.25 0.26
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.00 0.10 0.09 0.01 0.01 0.04 0.03 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.11 0.01 0.36 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.10 0.01 0.03 0.17 0.20 0.44 0.34
O2 0.02 0.00 0.25 0.11 0.01 0.01 0.01 0.22 0.00 0.00 0.01 0.00 0.16 0.16 0.01 0.11 0.01 0.12 0.18 0.08
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.02 0.24 0.01 0.22 0.10 0.07 0.16 0.00 0.02 0.17 0.04 0.44 0.82 0.70 0.64
O3' 0.11 0.12 0.02 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.09 0.10 0.16 0.02 0.00 0.05 0.02 0.18 0.57 0.31 0.36
O4 0.00 0.01 0.01 0.12 0.00 0.18 0.00 0.44 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.05 0.00 0.03 0.31 0.50 0.69 0.59
O4' 0.00 0.06 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.03 0.11 0.04 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.10 0.06
O5' 0.11 0.07 0.45 0.32 0.25 0.00 0.27 0.01 0.16 0.04 0.17 0.01 0.44 0.18 0.31 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.28 0.01 0.71 0.66 0.38 0.21 0.39 0.12 0.18 0.03 0.20 0.12 0.82 0.57 0.50 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.26 0.53 0.35 0.56 0.06 0.49 0.28 0.25 0.14 0.44 0.18 0.70 0.31 0.69 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.17 0.56 0.46 0.48 0.06 0.47 0.01 0.26 0.10 0.34 0.08 0.64 0.36 0.59 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00