ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50078

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.000, 0.002, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N9 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C8 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O6 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N2 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2' A 0, 0.000, 0.010, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O4' A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C3' A 0, 0.000, 0.028, 0.056, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O2' A 0, 0.000, 0.032, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C4' A 0, 0.000, 0.035, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.035 std_dev=0.035
C5' A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O3' A 0, 0.000, 0.040, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.040 std_dev=0.040
O5' A 0, 0.000, 0.044, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.044 std_dev=0.044
OP2 A 0, 0.000, 0.082, 0.163, 0.163 max_d=0.163 avg_d=0.082 std_dev=0.082
P A 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
O4 B 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.000, 0.089, 0.178, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.089 std_dev=0.089
OP1 A 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C5 B 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C6 B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
C5' B 0, 0.000, 0.129, 0.258, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.129 std_dev=0.129
N1 B 0, 0.000, 0.145, 0.289, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.145 std_dev=0.145
C4' B 0, 0.000, 0.145, 0.290, 0.290 max_d=0.290 avg_d=0.145 std_dev=0.145
O5' B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
P B 0, 0.000, 0.151, 0.302, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.151 std_dev=0.151
C1' B 0, 0.000, 0.162, 0.324, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.162 std_dev=0.162
N3 B 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
C3' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
OP1 B 0, 0.000, 0.165, 0.331, 0.331 max_d=0.331 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O4' B 0, 0.000, 0.167, 0.333, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.167 std_dev=0.167
C2' B 0, 0.000, 0.167, 0.334, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.167 std_dev=0.167
O2' B 0, 0.000, 0.170, 0.340, 0.340 max_d=0.340 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O3' B 0, 0.000, 0.175, 0.350, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.175 std_dev=0.175
OP2 B 0, 0.000, 0.189, 0.379, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.189 std_dev=0.189
C2 B 0, 0.000, 0.211, 0.422, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.211 std_dev=0.211
O2 B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01
C8 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
N2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01
N7 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.07 0.06
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.00 0.04 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.09 0.03 0.08 0.05 0.01 0.00 0.05 0.04 0.05 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
C2 0.04 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00
C2' 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.09 0.03 0.08 0.06 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01
C3' 0.06 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.03 0.08 0.05 0.03 0.01 0.05 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01
C4 0.04 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02 0.05 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00
C4' 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.02 0.08 0.05 0.01 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01
C5 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
C5' 0.04 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03 0.08 0.02 0.08 0.04 0.00 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01
C6 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.08 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03
C8 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02
N1 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
N2 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.05 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.02
N3 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.04 0.08 0.03 0.08 0.04 0.01 0.03 0.05 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01
N7 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03
N9 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.08 0.02 0.07 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00
O2' 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.08 0.07 0.05 0.04 0.06 0.05 0.06 0.07 0.03 0.01 0.02 0.01
O3' 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.05 0.03 0.02 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.00 0.01 0.00
O4' 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.09 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01
O5' 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00
O6 0.03 0.11 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.10 0.16 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04 0.03 0.04
OP1 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
OP2 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.04 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
P 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.07 0.07 0.07
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.06 0.06 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.04
O2 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
O3' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02
O5' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.02 0.04 0.00 0.00 0.02 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00