ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 50079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.020, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
N3 A 0, 0.000, 0.028, 0.055, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.028
O6 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
N7 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C8 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
N2 A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O2 B 0, 0.000, 0.238, 0.476, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP2 B 0, 0.000, 0.261, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.261 std_dev=0.261
N1 B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C2 B 0, 0.000, 0.309, 0.617, 0.617 max_d=0.617 avg_d=0.309 std_dev=0.309
C2' A 0, 0.000, 0.315, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.315 std_dev=0.315
O2' A 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C1' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
O4' A 0, 0.000, 0.355, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C6 B 0, 0.000, 0.358, 0.715, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.358 std_dev=0.358
O5' A 0, 0.000, 0.380, 0.760, 0.760 max_d=0.760 avg_d=0.380 std_dev=0.380
C4' B 0, 0.000, 0.386, 0.772, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.386 std_dev=0.386
O4' B 0, 0.000, 0.395, 0.790, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.395 std_dev=0.395
C5' B 0, 0.000, 0.398, 0.796, 0.796 max_d=0.796 avg_d=0.398 std_dev=0.398
P B 0, 0.000, 0.426, 0.852, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.426 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.000, 0.427, 0.855, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.427 std_dev=0.427
P A 0, 0.000, 0.433, 0.865, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.433 std_dev=0.433
C2' B 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
OP1 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
N3 B 0, 0.000, 0.472, 0.945, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.472 std_dev=0.472
C4' A 0, 0.000, 0.506, 1.012, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.506 std_dev=0.506
C5 B 0, 0.000, 0.507, 1.014, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.507 std_dev=0.507
OP1 A 0, 0.000, 0.512, 1.024, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.512 std_dev=0.512
C3' A 0, 0.000, 0.518, 1.036, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.518 std_dev=0.518
O5' B 0, 0.000, 0.546, 1.091, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.546 std_dev=0.546
OP2 A 0, 0.000, 0.565, 1.129, 1.129 max_d=1.129 avg_d=0.565 std_dev=0.565
O3' B 0, 0.000, 0.565, 1.130, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.565 std_dev=0.565
C4 B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
O2' B 0, 0.000, 0.627, 1.253, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.627 std_dev=0.627
O4 B 0, 0.000, 0.682, 1.364, 1.364 max_d=1.364 avg_d=0.682 std_dev=0.682
O3' A 0, 0.000, 0.709, 1.418, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.709 std_dev=0.709
C5' A 0, 0.000, 0.938, 1.875, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.938 std_dev=0.938

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.20 0.02
C2 0.04 0.00 0.10 0.18 0.00 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.05 0.15 0.01 0.04 0.16 0.02
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.06 0.13 0.10 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.19 0.00 0.20 0.06 0.12
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.07 0.15 0.21 0.16 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.30 0.08 0.29 0.00 0.21
C4 0.02 0.00 0.05 0.10 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.02 0.16 0.01 0.06 0.15 0.03
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.21 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.19 0.01 0.05 0.13 0.04
C5' 0.02 0.12 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.15 0.06 0.14 0.11 0.09 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.01 0.16 0.06 0.26 0.00
C6 0.02 0.00 0.02 0.10 0.00 0.06 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.01 0.19 0.01 0.03 0.13 0.03
C8 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.04 0.21 0.01 0.08 0.12 0.05
N1 0.04 0.00 0.06 0.15 0.01 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.19 0.03 0.18 0.01 0.04 0.15 0.02
N2 0.05 0.00 0.13 0.21 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.27 0.07 0.14 0.01 0.04 0.17 0.02
N3 0.04 0.00 0.10 0.16 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.05 0.14 0.01 0.06 0.16 0.02
N7 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.03 0.22 0.01 0.06 0.10 0.05
N9 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.15 0.01 0.07 0.15 0.02
O2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.06 0.12 0.13 0.02
O3' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.00 0.07 0.00 0.12 0.07 0.19 0.27 0.19 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.30 0.09 0.37 0.05 0.26
O4' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.03 0.07 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.10 0.00 0.05 0.28 0.11
O5' 0.04 0.15 0.19 0.30 0.16 0.00 0.19 0.01 0.19 0.21 0.18 0.14 0.14 0.22 0.15 0.04 0.30 0.10 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.21 0.00 0.02 0.11 0.03
OP1 0.05 0.04 0.20 0.29 0.06 0.06 0.05 0.06 0.03 0.08 0.04 0.04 0.06 0.06 0.07 0.12 0.37 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.20 0.16 0.06 0.00 0.15 0.21 0.13 0.26 0.13 0.12 0.15 0.17 0.16 0.10 0.15 0.13 0.05 0.28 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.12 0.21 0.03 0.01 0.04 0.00 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.02 0.26 0.11 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.23 0.08 0.10 0.36 0.14 0.32 0.10 0.24 0.18 0.32 0.17 0.24 0.20 0.37 0.02 0.29 0.04 0.01 0.08
C2 0.20 0.13 0.23 0.23 0.26 0.26 0.17 0.23 0.06 0.01 0.25 0.09 0.33 0.26 0.28 0.24 0.08 0.05 0.01 0.04
C2' 0.01 0.14 0.14 0.12 0.29 0.13 0.30 0.00 0.24 0.14 0.22 0.05 0.33 0.23 0.31 0.02 0.38 0.13 0.14 0.18
C3' 0.21 0.06 0.34 0.36 0.09 0.39 0.10 0.29 0.02 0.07 0.03 0.13 0.49 0.47 0.12 0.22 0.06 0.02 0.06 0.00
C4 0.11 0.19 0.15 0.17 0.35 0.24 0.30 0.22 0.17 0.10 0.31 0.13 0.28 0.22 0.37 0.20 0.15 0.01 0.03 0.03
C4' 0.15 0.02 0.28 0.33 0.12 0.35 0.09 0.34 0.01 0.03 0.09 0.03 0.40 0.44 0.15 0.19 0.01 0.16 0.34 0.14
C5 0.14 0.18 0.13 0.14 0.39 0.25 0.31 0.25 0.15 0.07 0.33 0.12 0.25 0.18 0.42 0.23 0.10 0.02 0.05 0.03
C5' 0.30 0.14 0.42 0.49 0.06 0.51 0.10 0.55 0.18 0.20 0.07 0.17 0.51 0.59 0.03 0.35 0.22 0.29 0.60 0.31
C6 0.18 0.15 0.14 0.15 0.38 0.25 0.25 0.26 0.07 0.01 0.32 0.11 0.23 0.17 0.42 0.26 0.06 0.00 0.05 0.01
C8 0.07 0.19 0.09 0.10 0.38 0.20 0.34 0.19 0.20 0.12 0.31 0.13 0.23 0.16 0.41 0.15 0.19 0.08 0.07 0.11
N1 0.22 0.12 0.20 0.20 0.29 0.26 0.17 0.26 0.02 0.03 0.28 0.09 0.27 0.21 0.33 0.27 0.05 0.04 0.03 0.03
N2 0.22 0.06 0.29 0.27 0.16 0.26 0.09 0.22 0.00 0.04 0.16 0.03 0.37 0.31 0.19 0.22 0.05 0.09 0.01 0.08
N3 0.14 0.17 0.21 0.21 0.29 0.25 0.23 0.20 0.13 0.08 0.27 0.11 0.33 0.26 0.31 0.19 0.14 0.03 0.01 0.01
N7 0.11 0.18 0.10 0.11 0.40 0.22 0.34 0.23 0.17 0.08 0.32 0.12 0.22 0.14 0.44 0.20 0.12 0.07 0.08 0.08
N9 0.06 0.20 0.12 0.13 0.36 0.21 0.32 0.18 0.21 0.14 0.31 0.14 0.26 0.20 0.38 0.13 0.21 0.04 0.03 0.07
O2' 0.19 0.28 0.04 0.05 0.38 0.10 0.39 0.21 0.35 0.29 0.34 0.20 0.15 0.08 0.39 0.24 0.55 0.16 0.14 0.22
O3' 0.23 0.13 0.39 0.40 0.02 0.38 0.04 0.24 0.02 0.11 0.05 0.21 0.54 0.54 0.05 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00
O4' 0.06 0.15 0.17 0.22 0.26 0.26 0.21 0.26 0.12 0.08 0.23 0.11 0.30 0.32 0.29 0.12 0.13 0.09 0.23 0.06
O5' 0.13 0.33 0.05 0.02 0.50 0.05 0.48 0.03 0.36 0.29 0.44 0.27 0.12 0.09 0.54 0.08 0.23 0.07 0.00 0.15
O6 0.17 0.14 0.11 0.12 0.38 0.23 0.22 0.26 0.03 0.01 0.32 0.11 0.18 0.12 0.46 0.25 0.04 0.01 0.07 0.02
OP1 0.00 0.14 0.05 0.08 0.25 0.13 0.22 0.14 0.14 0.10 0.21 0.10 0.17 0.16 0.27 0.04 0.09 0.10 0.11 0.11
OP2 0.26 0.05 0.28 0.30 0.13 0.41 0.08 0.42 0.05 0.11 0.07 0.09 0.41 0.37 0.19 0.33 0.15 0.11 0.23 0.11
P 0.05 0.14 0.10 0.13 0.29 0.20 0.25 0.21 0.14 0.08 0.24 0.09 0.24 0.21 0.33 0.10 0.06 0.02 0.13 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.06 0.13 0.03
C2 0.03 0.00 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.02 0.03 0.04 0.05 0.19 0.05
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.07 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.08 0.11 0.01 0.00 0.04 0.00 0.16 0.08 0.05 0.13
C4 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.11 0.27 0.11
C4' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.07 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09
C5 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.13 0.28 0.13
C5' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.13 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.09 0.02 0.01 0.13 0.01 0.01 0.12 0.03 0.01
C6 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.13 0.24 0.11
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.07 0.09 0.20 0.07
N3 0.02 0.00 0.04 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.09 0.02 0.03 0.02 0.07 0.23 0.08
O2 0.04 0.00 0.09 0.11 0.02 0.07 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.04 0.04 0.02 0.00 0.14 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.07 0.16 0.05 0.20
O3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.07 0.00 0.05 0.01 0.04 0.04 0.09 0.11 0.00 0.00 0.04 0.00 0.31 0.22 0.05 0.27
O4 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.04 0.01 0.11 0.28 0.12
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.20 0.12 0.12 0.07
O5' 0.11 0.04 0.05 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.02 0.07 0.31 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.06 0.05 0.06 0.08 0.11 0.00 0.13 0.12 0.13 0.09 0.07 0.00 0.16 0.22 0.11 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.19 0.07 0.05 0.27 0.01 0.28 0.03 0.24 0.20 0.23 0.14 0.05 0.05 0.28 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.09 0.13 0.11 0.09 0.13 0.01 0.11 0.07 0.08 0.00 0.20 0.27 0.12 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00